ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55547

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N1 B 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C6 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C2 B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N7 B 0, 0.000, 0.217, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.217 std_dev=0.217
N2 B 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O6 B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.000, 0.277, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C8 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
N3 B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C2' A 0, 0.000, 0.370, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.370 std_dev=0.370
O4' A 0, 0.000, 0.376, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.376 std_dev=0.376
N9 B 0, 0.000, 0.392, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.392 std_dev=0.392
O2' A 0, 0.000, 0.453, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.453 std_dev=0.453
OP2 B 0, 0.000, 0.482, 0.965, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.482 std_dev=0.482
C4' A 0, 0.000, 0.508, 1.016, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.508 std_dev=0.508
C1' B 0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
C3' A 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
C2' B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
O2' B 0, 0.000, 0.640, 1.281, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.640 std_dev=0.640
O4' B 0, 0.000, 0.675, 1.349, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.675 std_dev=0.675
C3' B 0, 0.000, 0.680, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.680 std_dev=0.680
O3' A 0, 0.000, 0.732, 1.464, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.732 std_dev=0.732
C4' B 0, 0.000, 0.751, 1.501, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.751 std_dev=0.751
O3' B 0, 0.000, 0.760, 1.520, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.760 std_dev=0.760
O5' B 0, 0.000, 0.792, 1.584, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.792 std_dev=0.792
P B 0, 0.000, 0.803, 1.607, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.803 std_dev=0.803
C5' B 0, 0.000, 0.815, 1.629, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.815 std_dev=0.815
C5' A 0, 0.000, 0.912, 1.824, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.912 std_dev=0.912
OP2 A 0, 0.000, 0.948, 1.897, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.948 std_dev=0.948
O5' A 0, 0.000, 1.017, 2.034, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.017 std_dev=1.017
P A 0, 0.000, 1.064, 2.127, 2.127 max_d=2.127 avg_d=1.064 std_dev=1.064
OP1 A 0, 0.000, 1.321, 2.642, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.321 std_dev=1.321
OP1 B 0, 0.000, 1.726, 3.451, 3.451 max_d=3.451 avg_d=1.726 std_dev=1.726

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.03 0.06 0.09 0.26 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.04 0.14 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.12 0.00 0.01
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.07 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.28 0.16
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.03 0.08 0.06 0.19 0.09
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.03 0.12 0.01 0.13 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.14 0.30 0.18
O2 0.03 0.00 0.14 0.16 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.18 0.00 0.05 0.10 0.10 0.27 0.18
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.01 0.01
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.07 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.16 0.11
O4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.31 0.18
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12
O5' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.06 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.09 0.12 0.17 0.13 0.09 0.06 0.07 0.01 0.02 0.14 0.10 0.15 0.25 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.26 0.00 0.07 0.28 0.04 0.19 0.02 0.13 0.18 0.30 0.27 0.01 0.16 0.31 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.01 0.05 0.16 0.03 0.09 0.01 0.05 0.10 0.18 0.18 0.01 0.11 0.18 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.08 0.09 0.11 0.07 0.07 0.07 0.00 0.10 0.03 0.04 0.07 0.02 0.16 0.15 0.91 0.08 0.25
C2 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.07 0.09 0.08 0.04 0.06 0.02 0.10 0.05 0.01 0.01 0.05 0.12 0.12 0.90 0.07 0.23
C2' 0.18 0.21 0.25 0.25 0.17 0.22 0.11 0.27 0.09 0.12 0.14 0.29 0.21 0.09 0.17 0.26 0.27 0.17 0.32 0.03 1.01 0.12 0.40
C3' 0.18 0.21 0.22 0.22 0.17 0.21 0.11 0.25 0.09 0.12 0.14 0.29 0.21 0.08 0.17 0.24 0.22 0.18 0.29 0.03 1.00 0.09 0.37
C4 0.08 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.11 0.04 0.10 0.13 0.04 0.05 0.04 0.14 0.09 0.03 0.01 0.08 0.09 0.13 0.95 0.15 0.21
C4' 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.06 0.09 0.08 0.05 0.03 0.11 0.04 0.08 0.01 0.05 0.04 0.01 0.14 0.12 0.88 0.11 0.23
C5 0.05 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.10 0.08 0.10 0.11 0.04 0.07 0.01 0.13 0.06 0.01 0.03 0.05 0.13 0.14 1.00 0.15 0.24
C5' 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.04 0.10 0.09 0.04 0.10 0.02 0.12 0.04 0.00 0.03 0.02 0.09 0.14 0.84 0.19 0.18
C6 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.07 0.11 0.08 0.07 0.03 0.10 0.02 0.10 0.03 0.04 0.07 0.02 0.17 0.14 1.01 0.11 0.28
N1 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.10 0.09 0.07 0.04 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.06 0.02 0.16 0.13 0.95 0.09 0.26
N3 0.08 0.02 0.04 0.03 0.08 0.04 0.10 0.04 0.10 0.11 0.04 0.04 0.04 0.13 0.09 0.04 0.02 0.08 0.09 0.12 0.90 0.10 0.21
O2 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.12 0.08 0.84 0.02 0.23
O2' 0.19 0.19 0.27 0.28 0.16 0.23 0.10 0.28 0.06 0.12 0.10 0.26 0.20 0.08 0.17 0.28 0.31 0.17 0.34 0.00 0.99 0.15 0.41
O3' 0.27 0.28 0.31 0.30 0.25 0.29 0.18 0.33 0.15 0.20 0.20 0.35 0.29 0.16 0.25 0.34 0.32 0.26 0.36 0.09 1.03 0.18 0.43
O4 0.12 0.03 0.07 0.06 0.10 0.07 0.13 0.00 0.10 0.16 0.04 0.03 0.07 0.17 0.12 0.07 0.06 0.12 0.04 0.12 0.93 0.18 0.17
O4' 0.11 0.08 0.07 0.06 0.12 0.07 0.17 0.00 0.18 0.16 0.14 0.00 0.08 0.19 0.12 0.07 0.06 0.10 0.06 0.22 0.83 0.21 0.16
O5' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05 0.05 0.01 0.15 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.01 0.11 0.09 0.88 0.16 0.20
OP1 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.16 0.02 0.98 0.09 0.27
OP2 0.21 0.26 0.23 0.23 0.21 0.24 0.19 0.31 0.19 0.17 0.23 0.31 0.24 0.16 0.21 0.23 0.21 0.22 0.35 0.17 1.19 0.09 0.46
P 0.09 0.15 0.10 0.09 0.09 0.11 0.05 0.17 0.05 0.04 0.10 0.21 0.13 0.02 0.08 0.11 0.08 0.10 0.21 0.02 1.03 0.07 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.18 0.18 0.08
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.65 0.08 0.22
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.15 0.05 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.55 0.10 0.18
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.19 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.12 0.00 0.70 0.08 0.22
C5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.08 0.10 0.05 0.06 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.26 0.24 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.00 0.80 0.06 0.25
C8 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.00 0.47 0.13 0.14
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.77 0.07 0.25
N2 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.13 0.02 0.63 0.08 0.21
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.00 0.53 0.10 0.18
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.09 0.00 0.67 0.09 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.40 0.14 0.13
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.08 0.01
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.27 0.04
O5' 0.05 0.13 0.06 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.14 0.06 0.15 0.13 0.12 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.13 0.00 0.87 0.03 0.26
OP1 0.18 0.65 0.15 0.00 0.55 0.14 0.70 0.26 0.80 0.47 0.77 0.63 0.53 0.67 0.40 0.02 0.15 0.01 0.01 0.87 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.08 0.05 0.01 0.10 0.19 0.08 0.24 0.06 0.13 0.07 0.08 0.10 0.09 0.14 0.09 0.08 0.27 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.22 0.07 0.03 0.18 0.01 0.22 0.00 0.25 0.14 0.25 0.21 0.18 0.20 0.13 0.04 0.01 0.04 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00