ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55549

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 B 0, 0.000, 0.093, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C4 B 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C8 B 0, 0.000, 0.217, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
N7 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
O4' B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
N3 B 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C6 B 0, 0.000, 0.466, 0.931, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.466 std_dev=0.466
O4' A 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C2 B 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
N1 B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538
C2' A 0, 0.000, 0.545, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C2' B 0, 0.000, 0.578, 1.156, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.578 std_dev=0.578
O6 B 0, 0.000, 0.616, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.616 std_dev=0.616
N2 B 0, 0.000, 0.740, 1.480, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.740 std_dev=0.740
C3' B 0, 0.000, 0.761, 1.522, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.761 std_dev=0.761
C4' B 0, 0.000, 0.790, 1.580, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.790 std_dev=0.790
C3' A 0, 0.000, 0.926, 1.853, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.926 std_dev=0.926
C4' A 0, 0.000, 0.927, 1.854, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.927 std_dev=0.927
O2' B 0, 0.000, 0.982, 1.964, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.982 std_dev=0.982
O5' B 0, 0.000, 1.012, 2.025, 2.025 max_d=2.025 avg_d=1.012 std_dev=1.012
C5' B 0, 0.000, 1.030, 2.059, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.030 std_dev=1.030
O2' A 0, 0.000, 1.035, 2.070, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.035 std_dev=1.035
O5' A 0, 0.000, 1.072, 2.144, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.072 std_dev=1.072
O3' B 0, 0.000, 1.102, 2.204, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.102 std_dev=1.102
OP2 A 0, 0.000, 1.135, 2.271, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.135 std_dev=1.135
C5' A 0, 0.000, 1.184, 2.367, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.184 std_dev=1.184
P A 0, 0.000, 1.208, 2.416, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.208 std_dev=1.208
O3' A 0, 0.000, 1.457, 2.914, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.457 std_dev=1.457
P B 0, 0.000, 1.479, 2.957, 2.957 max_d=2.957 avg_d=1.479 std_dev=1.479
OP1 A 0, 0.000, 1.535, 3.070, 3.070 max_d=3.070 avg_d=1.535 std_dev=1.535
OP2 B 0, 0.000, 1.662, 3.324, 3.324 max_d=3.324 avg_d=1.662 std_dev=1.662
OP1 B 0, 0.000, 1.901, 3.801, 3.801 max_d=3.801 avg_d=1.901 std_dev=1.901

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.00 0.00 0.12 0.11 0.21 0.13
C2 0.00 0.00 0.11 0.13 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.21 0.01 0.10 0.07 0.07 0.04 0.05
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.17 0.12 0.00 0.08 0.18 0.00 0.01 0.01 0.03 0.39 0.40 0.53 0.43
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.32 0.00 0.38 0.00 0.34 0.19 0.22 0.01 0.00 0.00 0.34 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C4 0.00 0.01 0.00 0.32 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.10 0.00 0.01 0.33 0.35 0.33 0.33
C4' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.27 0.09 0.04 0.16 0.24 0.00 0.16 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.09 0.38 0.00 0.26 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.45 0.23 0.00 0.10 0.41 0.40 0.34 0.39
C5' 0.05 0.00 0.17 0.00 0.23 0.00 0.34 0.00 0.31 0.10 0.09 0.13 0.05 0.18 0.25 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.12 0.34 0.00 0.27 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.18 0.00 0.13 0.32 0.27 0.14 0.25
N1 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.07 0.01 0.01 0.10 0.08 0.02 0.06
N3 0.00 0.00 0.08 0.22 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.08 0.01 0.06 0.19 0.20 0.19 0.18
O2 0.00 0.00 0.18 0.01 0.01 0.16 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.41 0.01 0.18 0.05 0.04 0.04 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.36 0.24 0.45 0.05 0.41 0.21 0.21 0.09 0.00 0.02 0.38 0.17 0.31 0.34 0.61 0.39
O3' 0.27 0.21 0.01 0.00 0.10 0.00 0.23 0.18 0.18 0.07 0.08 0.41 0.02 0.00 0.13 0.15 0.18 0.33 0.18 0.22
O4 0.00 0.01 0.01 0.34 0.00 0.16 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.13 0.00 0.00 0.37 0.42 0.42 0.39
O4' 0.00 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.06 0.18 0.17 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.05
O5' 0.12 0.07 0.39 0.02 0.33 0.02 0.41 0.01 0.32 0.10 0.19 0.05 0.31 0.18 0.37 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.07 0.40 0.01 0.35 0.02 0.40 0.04 0.27 0.08 0.20 0.04 0.34 0.33 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.04 0.53 0.02 0.33 0.05 0.34 0.03 0.14 0.02 0.19 0.04 0.61 0.18 0.42 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.05 0.43 0.02 0.33 0.02 0.39 0.01 0.25 0.06 0.18 0.05 0.39 0.22 0.39 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.16 0.31 0.17 0.05 0.17 0.12 0.04 0.21 0.08 0.06 0.35 0.19 0.18 0.06 0.55 0.26 0.15 0.12 0.38 0.15 0.44 0.28
C2 0.17 0.23 0.26 0.09 0.07 0.10 0.10 0.03 0.18 0.08 0.01 0.44 0.22 0.17 0.06 0.46 0.15 0.11 0.17 0.36 0.22 0.47 0.33
C2' 0.53 0.44 0.64 0.48 0.33 0.51 0.11 0.36 0.00 0.18 0.17 0.64 0.50 0.04 0.36 0.91 0.58 0.47 0.16 0.22 0.11 0.24 0.04
C3' 0.33 0.23 0.37 0.25 0.20 0.31 0.08 0.21 0.01 0.12 0.09 0.32 0.28 0.04 0.22 0.59 0.31 0.31 0.06 0.11 0.02 0.26 0.10
C4 0.13 0.33 0.18 0.03 0.11 0.02 0.03 0.18 0.02 0.09 0.22 0.49 0.27 0.16 0.06 0.35 0.01 0.05 0.32 0.21 0.45 0.67 0.51
C4' 0.10 0.02 0.14 0.01 0.03 0.07 0.14 0.04 0.21 0.10 0.13 0.12 0.06 0.18 0.01 0.37 0.06 0.08 0.19 0.32 0.22 0.48 0.33
C5 0.15 0.32 0.20 0.00 0.11 0.01 0.04 0.15 0.04 0.10 0.18 0.50 0.27 0.17 0.06 0.40 0.04 0.06 0.31 0.22 0.45 0.68 0.51
C5' 0.16 0.09 0.17 0.03 0.05 0.10 0.06 0.01 0.11 0.03 0.03 0.18 0.12 0.10 0.06 0.39 0.06 0.13 0.16 0.20 0.20 0.45 0.30
C6 0.17 0.27 0.24 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.10 0.47 0.25 0.18 0.06 0.46 0.11 0.10 0.25 0.29 0.36 0.61 0.44
N1 0.18 0.22 0.27 0.10 0.07 0.11 0.10 0.03 0.17 0.09 0.01 0.43 0.22 0.19 0.06 0.49 0.17 0.12 0.19 0.35 0.25 0.52 0.36
N3 0.15 0.30 0.20 0.02 0.10 0.03 0.06 0.11 0.10 0.08 0.15 0.48 0.25 0.16 0.06 0.39 0.05 0.08 0.25 0.31 0.33 0.55 0.41
O2 0.18 0.15 0.28 0.14 0.04 0.14 0.13 0.03 0.24 0.06 0.11 0.36 0.18 0.17 0.06 0.49 0.21 0.13 0.11 0.39 0.11 0.36 0.23
O2' 0.28 0.19 0.49 0.34 0.04 0.30 0.24 0.13 0.37 0.17 0.15 0.47 0.26 0.34 0.06 0.81 0.51 0.20 0.09 0.62 0.14 0.55 0.32
O3' 0.13 0.27 0.11 0.20 0.26 0.13 0.35 0.21 0.41 0.29 0.37 0.22 0.22 0.35 0.23 0.11 0.16 0.13 0.34 0.47 0.37 0.62 0.48
O4 0.11 0.36 0.13 0.09 0.13 0.07 0.01 0.24 0.07 0.09 0.30 0.49 0.27 0.14 0.05 0.29 0.09 0.02 0.38 0.08 0.55 0.73 0.58
O4' 0.04 0.02 0.11 0.04 0.09 0.01 0.23 0.13 0.30 0.20 0.19 0.13 0.02 0.28 0.08 0.34 0.03 0.00 0.28 0.43 0.30 0.57 0.42
O5' 0.30 0.27 0.32 0.17 0.21 0.23 0.11 0.11 0.07 0.12 0.16 0.36 0.28 0.06 0.21 0.52 0.20 0.27 0.03 0.03 0.11 0.34 0.19
OP1 0.34 0.31 0.34 0.19 0.26 0.26 0.17 0.14 0.15 0.18 0.22 0.38 0.32 0.13 0.26 0.54 0.20 0.32 0.00 0.06 0.10 0.32 0.16
OP2 0.37 0.40 0.38 0.22 0.32 0.27 0.24 0.14 0.22 0.22 0.32 0.47 0.39 0.17 0.31 0.56 0.22 0.33 0.01 0.14 0.11 0.31 0.16
P 0.31 0.31 0.32 0.16 0.24 0.22 0.15 0.10 0.13 0.15 0.21 0.39 0.31 0.10 0.24 0.51 0.17 0.28 0.04 0.04 0.13 0.35 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.03 0.02 0.09 0.00 0.07 0.20 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.07 0.02 0.03 0.11 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.19 0.16
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.04 0.01 0.00 0.09 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.16 0.00 0.18 0.28 0.23
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.13 0.13 0.09 0.02 0.03 0.15 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.16 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.17 0.00 0.20 0.31 0.26
C8 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.17 0.23 0.22
N1 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.07 0.01 0.14 0.00 0.14 0.26 0.21
N2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.17 0.13
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.02 0.07 0.00 0.03 0.15 0.12
N7 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.24 0.32 0.27
N9 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.15 0.14
O2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.01 0.12 0.17 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.02 0.04
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.07 0.00 0.02 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.17 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04
O5' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.17 0.14 0.14 0.07 0.07 0.18 0.08 0.04 0.01 0.03 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.21 0.00 0.27 0.37 0.30
OP1 0.01 0.07 0.09 0.12 0.09 0.06 0.18 0.03 0.20 0.17 0.14 0.03 0.03 0.24 0.08 0.05 0.17 0.01 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.20 0.01 0.04 0.19 0.00 0.28 0.01 0.31 0.23 0.26 0.17 0.15 0.32 0.15 0.02 0.08 0.04 0.01 0.37 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.15 0.00 0.03 0.16 0.01 0.23 0.01 0.26 0.22 0.21 0.13 0.12 0.27 0.14 0.04 0.06 0.04 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00