ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55550

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.000, 0.057, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.057
N1 B 0, 0.000, 0.057, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C6 B 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O5' A 0, 0.000, 0.136, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C5' A 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C2' B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C3' B 0, 0.000, 0.179, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O6 B 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C4 B 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
N3 B 0, 0.000, 0.232, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O3' B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
N9 B 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
N2 B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
N7 B 0, 0.000, 0.320, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.320 std_dev=0.320
C8 B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
O2' B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C1' B 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
C4' B 0, 0.000, 0.434, 0.867, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.434 std_dev=0.434
P A 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O4' B 0, 0.000, 0.556, 1.112, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.556 std_dev=0.556
OP1 A 0, 0.000, 0.651, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.651 std_dev=0.651
OP2 B 0, 0.000, 0.683, 1.365, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.683 std_dev=0.683
C5' B 0, 0.000, 0.707, 1.413, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.707 std_dev=0.707
OP2 A 0, 0.000, 0.734, 1.468, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.734 std_dev=0.734
O5' B 0, 0.000, 0.743, 1.487, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.743 std_dev=0.743
P B 0, 0.000, 0.815, 1.631, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.815 std_dev=0.815
OP1 B 0, 0.000, 0.993, 1.986, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.993 std_dev=0.993

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.29 0.16
C2 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.16 0.43 0.25
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.25 0.14
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.14 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.26 0.47 0.29
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.12 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.08 0.27 0.47 0.29
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.10 0.04 0.02
C6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.21 0.43 0.27
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.14 0.40 0.24
N3 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.21 0.46 0.27
O2 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.09 0.13 0.41 0.24
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.06 0.22 0.10
O3' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.15 0.03 0.00
O4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.28 0.47 0.29
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.12
O5' 0.04 0.08 0.09 0.08 0.08 0.02 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.16 0.00 0.05 0.26 0.08 0.27 0.10 0.21 0.14 0.21 0.13 0.06 0.15 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.43 0.25 0.14 0.47 0.12 0.47 0.04 0.43 0.40 0.46 0.41 0.22 0.03 0.47 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.25 0.14 0.08 0.29 0.06 0.29 0.02 0.27 0.24 0.27 0.24 0.10 0.00 0.29 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.17 0.10 0.02 0.06 0.06 0.05 0.11 0.08 0.06 0.05 0.05 0.08
C2 0.04 0.07 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.12 0.05 0.05 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.08 0.03 0.04 0.06
C2' 0.09 0.07 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.11 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.13 0.12 0.05 0.09 0.08 0.12
C3' 0.07 0.06 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.09 0.02 0.00 0.01 0.10 0.06 0.03 0.04 0.00 0.08 0.11 0.11 0.06 0.08 0.07 0.10
C4 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.08 0.03 0.08 0.01 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05
C4' 0.10 0.10 0.03 0.01 0.07 0.08 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.16 0.10 0.02 0.06 0.06 0.05 0.12 0.09 0.05 0.06 0.06 0.09
C5 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.04 0.10 0.03 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05
C5' 0.11 0.12 0.06 0.04 0.08 0.10 0.04 0.11 0.03 0.03 0.08 0.18 0.12 0.00 0.08 0.07 0.01 0.14 0.12 0.01 0.08 0.08 0.12
C6 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.12 0.05 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.05
N1 0.04 0.08 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.13 0.06 0.05 0.02 0.02 0.05 0.07 0.06 0.07 0.03 0.03 0.06
N3 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.09 0.03 0.07 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07 0.03 0.04 0.06
O2 0.05 0.07 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.13 0.06 0.05 0.02 0.01 0.08 0.07 0.05 0.10 0.03 0.03 0.05
O2' 0.13 0.09 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.12 0.00 0.05 0.03 0.13 0.11 0.02 0.09 0.03 0.09 0.17 0.13 0.05 0.10 0.10 0.13
O3' 0.08 0.05 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.11 0.02 0.01 0.00 0.09 0.06 0.02 0.05 0.01 0.09 0.13 0.12 0.06 0.10 0.08 0.12
O4 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.00 0.09 0.03 0.06 0.01 0.09 0.06 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.04 0.03 0.05
O4' 0.10 0.12 0.05 0.01 0.07 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.19 0.11 0.03 0.06 0.08 0.03 0.11 0.07 0.06 0.03 0.04 0.06
O5' 0.13 0.15 0.08 0.07 0.11 0.12 0.06 0.14 0.06 0.05 0.11 0.20 0.14 0.02 0.10 0.09 0.02 0.15 0.15 0.02 0.11 0.10 0.14
OP1 0.19 0.19 0.15 0.17 0.18 0.22 0.17 0.26 0.18 0.16 0.18 0.20 0.19 0.16 0.18 0.14 0.13 0.23 0.29 0.17 0.28 0.29 0.31
OP2 0.45 0.48 0.45 0.46 0.45 0.48 0.43 0.51 0.44 0.40 0.47 0.50 0.47 0.39 0.44 0.44 0.45 0.47 0.52 0.43 0.50 0.49 0.52
P 0.28 0.30 0.26 0.26 0.27 0.29 0.24 0.31 0.25 0.22 0.28 0.34 0.29 0.20 0.26 0.26 0.23 0.30 0.33 0.22 0.30 0.29 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.04 0.10 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.10 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.12 0.03 0.10 0.07 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.11 0.15 0.09
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.09 0.08 0.10
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.12 0.05 0.00 0.01 0.12 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.09 0.10 0.11
C8 0.02 0.00 0.08 0.12 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.04 0.13 0.01 0.11 0.06 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.08 0.01 0.07 0.09 0.09
N2 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.17 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03
N7 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.05 0.14 0.01 0.12 0.10 0.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.10 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.03
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.12 0.06 0.17 0.11 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.22 0.13
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05
O5' 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.10 0.01 0.10 0.13 0.08 0.03 0.04 0.14 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.11 0.00 0.11 0.12 0.13
OP1 0.03 0.05 0.09 0.11 0.06 0.06 0.09 0.04 0.09 0.11 0.07 0.03 0.04 0.12 0.06 0.07 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.06 0.10 0.15 0.05 0.04 0.08 0.03 0.10 0.06 0.09 0.05 0.04 0.10 0.03 0.08 0.22 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.09 0.04 0.03 0.13 0.04 0.03 0.13 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00