ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55564

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 1, 1, 5, 5, 9, 5, 1, 3, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.040, 0.061, 0.081, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.018, 0.073, 0.129, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.073 std_dev=0.055
N3 B 0, 0.302, 0.531, 0.760, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.531 std_dev=0.229
C4 B 0, 0.416, 0.693, 0.970, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.693 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.262, 0.570, 0.879, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.570 std_dev=0.308
N2 B 0, 0.248, 0.591, 0.935, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.591 std_dev=0.344
C5 B 0, 0.508, 0.856, 1.204, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.856 std_dev=0.348
N9 B 0, 0.414, 0.790, 1.167, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.790 std_dev=0.377
N1 B 0, 0.346, 0.738, 1.130, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.738 std_dev=0.392
C6 B 0, 0.472, 0.881, 1.291, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.881 std_dev=0.409
C1' B 0, 0.340, 0.755, 1.171, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.755 std_dev=0.416
N7 B 0, 0.591, 1.031, 1.470, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.031 std_dev=0.440
C8 B 0, 0.521, 0.989, 1.457, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.989 std_dev=0.468
O6 B 0, 0.568, 1.075, 1.582, 2.525 max_d=2.525 avg_d=1.075 std_dev=0.507
O4' B 0, 0.334, 0.881, 1.429, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.881 std_dev=0.547
C2' B 0, 0.250, 0.941, 1.632, 3.376 max_d=3.376 avg_d=0.941 std_dev=0.691
C3' B 0, 0.291, 1.013, 1.735, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.013 std_dev=0.722
C4' B 0, 0.206, 0.997, 1.787, 3.425 max_d=3.425 avg_d=0.997 std_dev=0.791
O2' B 0, 0.162, 0.980, 1.798, 4.025 max_d=4.025 avg_d=0.980 std_dev=0.818
O5' B 0, 0.503, 1.363, 2.223, 3.896 max_d=3.896 avg_d=1.363 std_dev=0.860
O4' A 0, 0.080, 1.008, 1.936, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.008 std_dev=0.928
O3' B 0, 0.231, 1.176, 2.122, 3.810 max_d=3.810 avg_d=1.176 std_dev=0.946
C2' A 0, 0.059, 1.048, 2.037, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.048 std_dev=0.989
C5' B 0, 0.283, 1.277, 2.270, 4.184 max_d=4.184 avg_d=1.277 std_dev=0.994
O3' A 0, -0.236, 0.856, 1.947, 4.038 max_d=4.038 avg_d=0.856 std_dev=1.092
C3' A 0, 0.039, 1.152, 2.265, 3.635 max_d=3.635 avg_d=1.152 std_dev=1.113
C4' A 0, 0.182, 1.328, 2.473, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.328 std_dev=1.145
OP2 B 0, 0.707, 1.916, 3.124, 4.343 max_d=4.343 avg_d=1.916 std_dev=1.209
P B 0, 0.536, 1.801, 3.065, 5.011 max_d=5.011 avg_d=1.801 std_dev=1.264
O2' A 0, 0.067, 1.665, 3.262, 4.660 max_d=4.660 avg_d=1.665 std_dev=1.597
OP1 B 0, 0.242, 2.303, 4.365, 6.632 max_d=6.632 avg_d=2.303 std_dev=2.061
C5' A 0, 0.372, 2.516, 4.660, 6.282 max_d=6.282 avg_d=2.516 std_dev=2.144
O5' A 0, 0.067, 2.689, 5.311, 7.574 max_d=7.574 avg_d=2.689 std_dev=2.622
OP1 A 0, 1.184, 4.533, 7.882, 11.134 max_d=11.134 avg_d=4.533 std_dev=3.349
P A 0, -0.168, 3.442, 7.051, 9.858 max_d=9.858 avg_d=3.442 std_dev=3.610
OP2 A 0, 0.067, 4.090, 8.112, 11.241 max_d=11.241 avg_d=4.090 std_dev=4.022

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.21 0.02 0.01 0.35 0.41 0.18 0.26
C2 0.03 0.00 0.12 0.29 0.02 0.38 0.02 0.64 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.11 0.03 0.31 0.57 0.93 1.06 0.82
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.16 0.14 0.02 0.09 0.22 0.00 0.02 0.06 0.02 0.41 0.51 0.40 0.30
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.21 0.01 0.18 0.02 0.18 0.12 0.28 0.42 0.02 0.01 0.23 0.01 0.24 0.52 0.24 0.24
C4 0.02 0.02 0.05 0.21 0.00 0.07 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.03 0.22 0.09 0.01 0.04 0.67 1.05 0.57 0.75
C4' 0.01 0.38 0.02 0.01 0.07 0.00 0.25 0.01 0.32 0.04 0.29 0.70 0.18 0.02 0.09 0.01 0.02 0.24 0.26 0.07
C5 0.02 0.02 0.11 0.18 0.01 0.25 0.00 0.50 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.08 0.02 0.24 1.08 1.30 0.72 1.15
C5' 0.07 0.64 0.16 0.02 0.19 0.01 0.50 0.00 0.59 0.13 0.53 1.21 0.09 0.15 0.22 0.02 0.01 0.36 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.18 0.02 0.32 0.01 0.59 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.08 0.02 0.31 1.13 1.19 0.75 1.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.09 0.02 0.02 0.53 0.68 0.31 0.50
N3 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.29 0.01 0.53 0.02 0.02 0.00 0.03 0.31 0.10 0.02 0.21 0.56 1.01 1.05 0.81
O2 0.05 0.01 0.22 0.42 0.03 0.70 0.03 1.21 0.02 0.02 0.03 0.00 0.49 0.18 0.05 0.59 1.06 1.38 1.73 1.43
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.22 0.18 0.21 0.09 0.22 0.13 0.31 0.49 0.00 0.06 0.24 0.12 0.36 0.59 0.51 0.31
O3' 0.21 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.08 0.15 0.08 0.09 0.10 0.18 0.06 0.00 0.11 0.15 0.28 0.56 0.28 0.30
O4 0.02 0.03 0.06 0.23 0.01 0.09 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.05 0.24 0.11 0.00 0.05 0.67 1.14 0.66 0.79
O4' 0.01 0.31 0.02 0.01 0.04 0.01 0.24 0.02 0.31 0.02 0.21 0.59 0.12 0.15 0.05 0.00 0.28 0.48 0.23 0.32
O5' 0.35 0.57 0.41 0.24 0.67 0.02 1.08 0.01 1.13 0.53 0.56 1.06 0.36 0.28 0.67 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.93 0.51 0.52 1.05 0.24 1.30 0.36 1.19 0.68 1.01 1.38 0.59 0.56 1.14 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 1.06 0.40 0.24 0.57 0.26 0.72 0.41 0.75 0.31 1.05 1.73 0.51 0.28 0.66 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.82 0.30 0.24 0.75 0.07 1.15 0.02 1.13 0.50 0.81 1.43 0.31 0.30 0.79 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.39 0.21 0.42 0.53 0.31 0.32 0.32 0.30 0.27 0.43 0.23 0.24 0.23 0.39 0.39 0.66 0.99 0.25 0.26 0.28 0.45 0.89 0.38
C2 0.33 0.22 0.38 0.41 0.29 0.31 0.30 0.33 0.26 0.37 0.23 0.25 0.23 0.34 0.35 0.58 0.94 0.24 0.26 0.26 0.44 0.90 0.43
C2' 0.25 0.25 0.21 0.60 0.31 0.44 0.37 0.48 0.36 0.39 0.30 0.24 0.24 0.42 0.32 0.40 1.14 0.37 0.42 0.39 0.55 0.99 0.55
C3' 0.33 0.34 0.50 0.99 0.29 0.69 0.25 0.67 0.26 0.24 0.30 0.40 0.35 0.24 0.27 0.35 1.51 0.46 0.60 0.25 0.55 1.18 0.65
C4 0.30 0.16 0.47 0.28 0.24 0.30 0.21 0.37 0.17 0.28 0.15 0.19 0.21 0.24 0.28 0.66 0.72 0.33 0.32 0.16 0.63 0.97 0.56
C4' 0.54 0.50 0.66 1.21 0.53 1.00 0.55 1.09 0.55 0.55 0.53 0.48 0.50 0.56 0.53 0.40 1.60 0.77 1.06 0.57 0.95 1.73 1.15
C5 0.31 0.16 0.49 0.33 0.23 0.29 0.21 0.34 0.16 0.29 0.15 0.19 0.21 0.24 0.29 0.74 0.79 0.28 0.28 0.15 0.57 0.99 0.52
C5' 1.32 0.89 1.46 2.10 1.16 1.94 1.21 2.09 1.12 1.39 0.97 0.71 0.99 1.34 1.29 1.09 2.41 1.62 2.06 1.14 1.86 2.60 2.10
C6 0.34 0.17 0.47 0.40 0.25 0.30 0.24 0.32 0.19 0.33 0.17 0.21 0.21 0.29 0.32 0.75 0.88 0.25 0.26 0.19 0.48 0.96 0.46
N1 0.35 0.20 0.42 0.45 0.28 0.31 0.28 0.32 0.23 0.37 0.21 0.23 0.22 0.33 0.35 0.68 0.95 0.24 0.26 0.24 0.44 0.92 0.42
N3 0.29 0.20 0.40 0.29 0.25 0.31 0.24 0.37 0.21 0.30 0.20 0.23 0.21 0.27 0.30 0.58 0.79 0.31 0.30 0.21 0.56 0.93 0.51
O2 0.35 0.27 0.34 0.50 0.33 0.33 0.35 0.33 0.32 0.42 0.29 0.29 0.27 0.40 0.39 0.46 1.04 0.23 0.26 0.33 0.39 0.84 0.38
O2' 0.68 0.66 0.44 0.47 0.83 0.45 0.96 0.59 0.94 1.01 0.80 0.50 0.66 1.06 0.86 0.58 0.90 0.67 0.71 1.01 0.94 0.87 0.86
O3' 0.42 0.26 0.38 0.63 0.39 0.28 0.44 0.36 0.39 0.57 0.30 0.28 0.28 0.55 0.47 0.37 1.10 0.43 0.37 0.43 0.74 0.79 0.56
O4 0.32 0.18 0.49 0.25 0.26 0.32 0.23 0.41 0.18 0.28 0.16 0.16 0.25 0.25 0.30 0.63 0.61 0.39 0.37 0.17 0.76 0.99 0.63
O4' 0.34 0.42 0.43 0.91 0.37 0.76 0.41 0.83 0.45 0.35 0.45 0.43 0.38 0.39 0.34 0.48 1.32 0.57 0.81 0.47 0.83 1.55 0.97
O5' 1.38 0.81 1.63 2.29 1.10 2.03 1.13 2.19 0.99 1.40 0.84 0.70 0.94 1.30 1.29 1.36 2.77 1.60 2.14 0.99 1.93 2.55 2.15
OP1 2.18 1.45 2.65 3.19 1.83 2.69 1.88 2.78 1.70 2.25 1.51 1.30 1.59 2.12 2.09 2.48 3.52 2.19 2.87 1.71 2.58 3.08 2.75
OP2 2.70 1.69 3.06 3.61 2.26 3.29 2.31 3.34 2.06 2.74 1.78 1.36 1.93 2.59 2.58 2.94 4.09 2.82 3.35 2.06 3.03 3.57 3.24
P 2.17 1.28 2.52 3.17 1.75 2.80 1.80 2.92 1.58 2.21 1.34 1.05 1.47 2.06 2.05 2.29 3.64 2.30 2.93 1.58 2.66 3.18 2.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.19 0.03 0.35 0.45 0.30
C2 0.05 0.00 0.27 0.13 0.01 0.20 0.01 0.36 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.44 0.31 0.38 0.02 1.06 0.92 0.73
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.15 0.03 0.11 0.20 0.16 0.12 0.23 0.30 0.25 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.36 0.14 0.35 0.54 0.42
C3' 0.03 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.24 0.02 0.24 0.33 0.17 0.15 0.11 0.34 0.17 0.02 0.01 0.02 0.12 0.28 0.16 0.20 0.12
C4 0.02 0.01 0.15 0.15 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.25 0.17 0.30 0.02 0.89 0.67 0.57
C4' 0.01 0.20 0.03 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.11 0.20 0.15 0.26 0.19 0.17 0.07 0.22 0.03 0.00 0.03 0.12 0.15 0.29 0.06
C5 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.09 0.31 0.02 1.07 0.58 0.59
C5' 0.09 0.36 0.20 0.02 0.24 0.01 0.24 0.00 0.29 0.17 0.34 0.41 0.32 0.21 0.14 0.09 0.16 0.02 0.01 0.29 0.29 0.28 0.02
C6 0.03 0.02 0.16 0.24 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.21 0.20 0.16 0.35 0.01 1.22 0.69 0.69
C8 0.02 0.02 0.12 0.33 0.01 0.20 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.22 0.15 0.21 0.03 0.71 0.35 0.31
N1 0.04 0.01 0.23 0.17 0.02 0.15 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.32 0.25 0.38 0.02 1.19 0.85 0.75
N2 0.07 0.01 0.30 0.15 0.02 0.26 0.02 0.41 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.35 0.56 0.38 0.41 0.03 1.06 1.03 0.78
N3 0.05 0.01 0.25 0.11 0.01 0.19 0.01 0.32 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.26 0.44 0.30 0.35 0.02 0.90 0.84 0.64
N7 0.02 0.01 0.06 0.34 0.01 0.17 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.22 0.07 0.28 0.03 1.00 0.40 0.45
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.14 0.02 0.21 0.02 0.64 0.47 0.39
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.17 0.22 0.20 0.09 0.21 0.29 0.24 0.35 0.26 0.27 0.15 0.00 0.06 0.16 0.27 0.23 0.22 0.59 0.34
O3' 0.28 0.44 0.02 0.01 0.25 0.03 0.16 0.16 0.20 0.22 0.32 0.56 0.44 0.22 0.14 0.06 0.00 0.22 0.22 0.19 0.45 0.25 0.24
O4' 0.01 0.31 0.01 0.02 0.17 0.00 0.09 0.02 0.16 0.15 0.25 0.38 0.30 0.07 0.02 0.16 0.22 0.00 0.10 0.12 0.18 0.41 0.19
O5' 0.19 0.38 0.36 0.12 0.30 0.03 0.31 0.01 0.35 0.21 0.38 0.41 0.35 0.28 0.21 0.27 0.22 0.10 0.00 0.36 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.28 0.02 0.12 0.02 0.29 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.23 0.19 0.12 0.36 0.00 1.32 0.64 0.69
OP1 0.35 1.06 0.35 0.16 0.89 0.15 1.07 0.29 1.22 0.71 1.19 1.06 0.90 1.00 0.64 0.22 0.45 0.18 0.02 1.32 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.92 0.54 0.20 0.67 0.29 0.58 0.28 0.69 0.35 0.85 1.03 0.84 0.40 0.47 0.59 0.25 0.41 0.02 0.64 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.73 0.42 0.12 0.57 0.06 0.59 0.02 0.69 0.31 0.75 0.78 0.64 0.45 0.39 0.34 0.24 0.19 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00