ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55565

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.021, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.002, 0.019, 0.041, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.019 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.057, 0.092, 0.127, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.092 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.006, 0.050, 0.093, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.050 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.095, 0.169, 0.242, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.169 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.119, 0.202, 0.284, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.202 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.002, 0.132, 0.261, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.132 std_dev=0.129
C3' A 0, 0.242, 0.404, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.404 std_dev=0.162
C4' A 0, 0.241, 0.439, 0.637, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.439 std_dev=0.198
O3' A 0, 0.357, 0.608, 0.860, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.608 std_dev=0.251
C5' A 0, 0.434, 0.763, 1.093, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.763 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.284, 0.627, 0.971, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.627 std_dev=0.343
N2 B 0, 0.542, 0.896, 1.250, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.896 std_dev=0.354
C2 B 0, 0.541, 0.905, 1.269, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.905 std_dev=0.364
N3 B 0, 0.356, 0.721, 1.085, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.721 std_dev=0.365
O5' A 0, 0.449, 0.845, 1.242, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.845 std_dev=0.397
O2' B 0, 0.330, 0.784, 1.238, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.784 std_dev=0.454
P A 0, 0.523, 0.990, 1.457, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.990 std_dev=0.467
C4 B 0, 0.317, 0.828, 1.339, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.828 std_dev=0.511
C1' B 0, 0.202, 0.715, 1.229, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.715 std_dev=0.513
N1 B 0, 0.676, 1.199, 1.721, 1.904 max_d=1.904 avg_d=1.199 std_dev=0.523
N9 B 0, 0.209, 0.793, 1.377, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.793 std_dev=0.584
C3' B 0, 0.270, 0.913, 1.556, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.913 std_dev=0.643
OP2 A 0, 0.742, 1.412, 2.082, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.412 std_dev=0.670
C5 B 0, 0.422, 1.119, 1.817, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.119 std_dev=0.698
C6 B 0, 0.614, 1.335, 2.056, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.335 std_dev=0.721
O3' B 0, 0.209, 0.954, 1.698, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.954 std_dev=0.744
C8 B 0, 0.268, 1.028, 1.788, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.028 std_dev=0.760
OP1 A 0, 0.919, 1.759, 2.599, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.759 std_dev=0.840
N7 B 0, 0.349, 1.223, 2.096, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.223 std_dev=0.874
C4' B 0, 0.038, 0.957, 1.876, 2.765 max_d=2.765 avg_d=0.957 std_dev=0.919
O6 B 0, 0.722, 1.648, 2.574, 3.300 max_d=3.300 avg_d=1.648 std_dev=0.926
O4' B 0, 0.030, 1.015, 2.000, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.015 std_dev=0.985
O5' B 0, 0.021, 1.255, 2.489, 3.886 max_d=3.886 avg_d=1.255 std_dev=1.234
C5' B 0, -0.168, 1.370, 2.908, 4.511 max_d=4.511 avg_d=1.370 std_dev=1.538
P B 0, -0.016, 1.692, 3.400, 5.418 max_d=5.418 avg_d=1.692 std_dev=1.708
OP2 B 0, 0.233, 1.981, 3.728, 5.955 max_d=5.955 avg_d=1.981 std_dev=1.748
OP1 B 0, 0.007, 1.871, 3.734, 5.672 max_d=5.672 avg_d=1.871 std_dev=1.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.34 0.14 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.09 0.57 0.47 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.19 0.10 0.05
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.08 0.07 0.01 0.00 0.12 0.00 0.07 0.12 0.05 0.07
C4 0.03 0.02 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.04 0.17 0.72 0.87 0.20
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.04 0.07 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.08 0.22 0.02
C5 0.02 0.02 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.16 0.01 0.03 0.19 0.70 0.89 0.21
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.01 0.15 0.00 0.12 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.18 0.39 0.01
C6 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.14 0.01 0.03 0.15 0.60 0.65 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.09 0.52 0.42 0.07
N3 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.04 0.13 0.66 0.68 0.14
O2 0.06 0.01 0.09 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.13 0.08 0.02 0.08 0.09 0.53 0.33 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.13 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.11 0.06 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.14 0.06 0.08 0.08 0.04 0.00 0.14 0.01 0.14 0.33 0.16 0.12
O4 0.04 0.02 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.14 0.00 0.05 0.19 0.76 0.99 0.23
O4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04 0.01 0.05 0.00 0.09 0.29 0.11 0.06
O5' 0.05 0.09 0.03 0.07 0.17 0.01 0.19 0.01 0.15 0.09 0.13 0.09 0.04 0.14 0.19 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.34 0.57 0.19 0.12 0.72 0.08 0.70 0.18 0.60 0.52 0.66 0.53 0.11 0.33 0.76 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.47 0.10 0.05 0.87 0.22 0.89 0.39 0.65 0.42 0.68 0.33 0.06 0.16 0.99 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.05 0.07 0.20 0.02 0.21 0.01 0.14 0.07 0.14 0.05 0.05 0.12 0.23 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.72 0.03 0.28 0.28 0.36 0.70 0.31 0.68 0.14 0.59 0.03 0.16 0.21 0.45 0.57 0.35 0.19 0.95 0.65 0.11 0.72 0.48 0.65
C2 0.74 0.05 0.17 0.17 0.40 0.63 0.35 0.64 0.19 0.61 0.06 0.17 0.24 0.49 0.60 0.15 0.18 0.96 0.74 0.16 0.75 0.57 0.73
C2' 0.76 0.07 0.30 0.36 0.43 0.84 0.41 0.90 0.23 0.70 0.08 0.15 0.25 0.57 0.65 0.26 0.15 1.08 0.81 0.21 0.93 0.67 0.85
C3' 0.76 0.12 0.29 0.30 0.43 0.77 0.39 0.79 0.22 0.66 0.10 0.09 0.30 0.53 0.63 0.32 0.17 1.04 0.73 0.18 0.82 0.57 0.75
C4 0.59 0.10 0.09 0.09 0.35 0.43 0.26 0.45 0.11 0.45 0.06 0.10 0.31 0.33 0.48 0.11 0.34 0.77 0.68 0.07 0.68 0.50 0.67
C4' 0.67 0.05 0.25 0.23 0.31 0.60 0.25 0.57 0.08 0.51 0.05 0.13 0.21 0.37 0.51 0.38 0.25 0.86 0.52 0.05 0.59 0.36 0.51
C5 0.64 0.10 0.15 0.13 0.34 0.49 0.24 0.48 0.10 0.45 0.08 0.09 0.30 0.32 0.50 0.25 0.33 0.83 0.66 0.09 0.66 0.45 0.64
C5' 0.66 0.09 0.25 0.22 0.30 0.54 0.21 0.47 0.08 0.45 0.09 0.11 0.25 0.31 0.48 0.44 0.33 0.82 0.47 0.10 0.51 0.30 0.44
C6 0.71 0.08 0.21 0.17 0.36 0.58 0.27 0.55 0.10 0.51 0.05 0.10 0.29 0.37 0.54 0.34 0.28 0.90 0.67 0.07 0.68 0.45 0.65
N1 0.74 0.05 0.23 0.21 0.38 0.65 0.31 0.63 0.14 0.57 0.03 0.14 0.25 0.44 0.58 0.31 0.21 0.95 0.69 0.09 0.72 0.51 0.68
N3 0.65 0.06 0.08 0.06 0.39 0.49 0.33 0.53 0.17 0.53 0.05 0.16 0.28 0.43 0.55 0.04 0.26 0.85 0.72 0.13 0.72 0.56 0.72
O2 0.76 0.07 0.22 0.28 0.42 0.73 0.42 0.76 0.27 0.69 0.11 0.19 0.21 0.58 0.64 0.14 0.11 1.04 0.79 0.26 0.81 0.64 0.79
O2' 0.67 0.06 0.29 0.40 0.37 0.83 0.38 0.92 0.22 0.68 0.06 0.22 0.17 0.56 0.59 0.23 0.19 1.00 0.73 0.21 0.92 0.63 0.80
O3' 0.73 0.13 0.27 0.30 0.44 0.77 0.41 0.83 0.24 0.67 0.12 0.09 0.29 0.56 0.63 0.26 0.13 1.03 0.71 0.21 0.85 0.58 0.76
O4 0.48 0.12 0.11 0.14 0.31 0.32 0.22 0.36 0.10 0.36 0.09 0.10 0.30 0.27 0.40 0.07 0.39 0.65 0.66 0.09 0.65 0.51 0.66
O4' 0.66 0.04 0.26 0.23 0.28 0.57 0.21 0.51 0.05 0.47 0.08 0.16 0.18 0.33 0.48 0.44 0.29 0.82 0.50 0.06 0.55 0.34 0.48
O5' 0.76 0.18 0.30 0.22 0.42 0.61 0.31 0.54 0.15 0.55 0.09 0.09 0.37 0.40 0.59 0.48 0.29 0.93 0.57 0.09 0.60 0.35 0.55
OP1 0.12 0.77 0.46 0.61 0.50 0.22 0.68 0.29 0.91 0.36 0.95 0.85 0.52 0.58 0.28 0.19 0.84 0.26 0.26 1.05 0.33 0.49 0.26
OP2 1.08 0.86 0.52 0.24 0.90 0.68 0.77 0.54 0.68 0.86 0.73 0.90 0.96 0.77 0.96 0.72 0.28 1.15 0.67 0.59 0.55 0.40 0.60
P 0.73 0.20 0.27 0.16 0.39 0.54 0.25 0.44 0.10 0.48 0.10 0.17 0.38 0.32 0.55 0.50 0.32 0.87 0.52 0.10 0.51 0.27 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.05 0.20 0.16 0.12
C2 0.07 0.00 0.36 0.37 0.02 0.13 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.49 0.07 0.43 0.02 0.39 0.41 0.43
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.03 0.11 0.01 0.19 0.11 0.29 0.42 0.35 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.16 0.26 0.14 0.17
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.20 0.01 0.15 0.01 0.22 0.14 0.31 0.43 0.34 0.09 0.06 0.01 0.01 0.02 0.25 0.20 0.32 0.10 0.19
C4 0.03 0.02 0.19 0.20 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.25 0.03 0.50 0.03 0.43 0.38 0.44
C4' 0.01 0.13 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.10 0.17 0.13 0.08 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.09 0.15 0.26 0.04
C5 0.03 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.19 0.03 0.65 0.02 0.58 0.55 0.60
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.10 0.15 0.05 0.10 0.06 0.16 0.07 0.08 0.05 0.00 0.00 0.14 0.21 0.33 0.02
C6 0.04 0.02 0.19 0.22 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.17 0.30 0.03 0.66 0.01 0.62 0.63 0.65
C8 0.02 0.01 0.11 0.14 0.01 0.09 0.02 0.15 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.07 0.66 0.05 0.55 0.44 0.53
N1 0.05 0.01 0.29 0.31 0.01 0.10 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.42 0.05 0.56 0.01 0.52 0.53 0.56
N2 0.08 0.00 0.42 0.43 0.02 0.17 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.41 0.59 0.10 0.37 0.03 0.34 0.38 0.39
N3 0.06 0.01 0.35 0.34 0.01 0.13 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.30 0.42 0.07 0.37 0.03 0.33 0.32 0.35
N7 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.05 0.74 0.05 0.67 0.63 0.68
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.47 0.05 0.39 0.28 0.36
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.15 0.07 0.10 0.08 0.17 0.08 0.27 0.41 0.30 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.14 0.15 0.15 0.06
O3' 0.01 0.49 0.01 0.01 0.25 0.02 0.19 0.05 0.30 0.14 0.42 0.59 0.42 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.14 0.27 0.28 0.12 0.12
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.05 0.10 0.07 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.10 0.05 0.11 0.30 0.06
O5' 0.21 0.43 0.23 0.25 0.50 0.01 0.65 0.00 0.66 0.66 0.56 0.37 0.37 0.74 0.47 0.05 0.14 0.10 0.00 0.73 0.01 0.01 0.01
O6 0.05 0.02 0.16 0.20 0.03 0.09 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.14 0.27 0.05 0.73 0.00 0.71 0.73 0.75
OP1 0.20 0.39 0.26 0.32 0.43 0.15 0.58 0.21 0.62 0.55 0.52 0.34 0.33 0.67 0.39 0.15 0.28 0.11 0.01 0.71 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.41 0.14 0.10 0.38 0.26 0.55 0.33 0.63 0.44 0.53 0.38 0.32 0.63 0.28 0.15 0.12 0.30 0.01 0.73 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.43 0.17 0.19 0.44 0.04 0.60 0.02 0.65 0.53 0.56 0.39 0.35 0.68 0.36 0.06 0.12 0.06 0.01 0.75 0.01 0.00 0.00