ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55570

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 17, 16, 15, 14, 10, 7, 2, 6, 5, 0, 4, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.001, 0.009, 0.018, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.015, 0.045, 0.075, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.045 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.021, 0.061, 0.100, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.061 std_dev=0.040
C2 B 0, 0.128, 0.371, 0.614, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.371 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.134, 0.385, 0.636, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.385 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.135, 0.430, 0.725, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.430 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.151, 0.489, 0.828, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.489 std_dev=0.338
C6 B 0, 0.157, 0.503, 0.848, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.503 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.183, 0.553, 0.924, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.553 std_dev=0.370
N6 B 0, 0.164, 0.571, 0.978, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.571 std_dev=0.407
N9 B 0, 0.124, 0.583, 1.043, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.583 std_dev=0.459
N7 B 0, 0.199, 0.684, 1.169, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.684 std_dev=0.485
C1' B 0, 0.064, 0.576, 1.087, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.576 std_dev=0.511
C8 B 0, 0.152, 0.697, 1.241, 2.574 max_d=2.574 avg_d=0.697 std_dev=0.544
C2' A 0, -0.106, 0.467, 1.041, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.467 std_dev=0.574
O4' A 0, -0.129, 0.449, 1.027, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.449 std_dev=0.578
C3' A 0, -0.133, 0.709, 1.550, 3.435 max_d=3.435 avg_d=0.709 std_dev=0.842
O2' B 0, 0.091, 0.979, 1.868, 3.348 max_d=3.348 avg_d=0.979 std_dev=0.888
C4' A 0, -0.167, 0.727, 1.621, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.727 std_dev=0.894
O2' A 0, -0.220, 0.691, 1.603, 3.771 max_d=3.771 avg_d=0.691 std_dev=0.911
C2' B 0, 0.001, 0.915, 1.829, 3.771 max_d=3.771 avg_d=0.915 std_dev=0.914
O4' B 0, 0.008, 0.928, 1.849, 3.829 max_d=3.829 avg_d=0.928 std_dev=0.921
O3' A 0, -0.118, 0.942, 2.001, 3.902 max_d=3.902 avg_d=0.942 std_dev=1.059
O5' A 0, -0.134, 1.062, 2.257, 6.904 max_d=6.904 avg_d=1.062 std_dev=1.195
C5' A 0, -0.235, 1.074, 2.383, 5.981 max_d=5.981 avg_d=1.074 std_dev=1.309
C3' B 0, -0.123, 1.188, 2.499, 5.057 max_d=5.057 avg_d=1.188 std_dev=1.311
C4' B 0, -0.145, 1.218, 2.582, 5.278 max_d=5.278 avg_d=1.218 std_dev=1.364
O3' B 0, -0.243, 1.389, 3.021, 5.572 max_d=5.572 avg_d=1.389 std_dev=1.632
O5' B 0, -0.113, 1.528, 3.168, 6.455 max_d=6.455 avg_d=1.528 std_dev=1.640
C5' B 0, -0.203, 1.539, 3.280, 6.775 max_d=6.775 avg_d=1.539 std_dev=1.742
P A 0, -0.340, 1.436, 3.212, 9.677 max_d=9.677 avg_d=1.436 std_dev=1.776
OP2 B 0, -0.093, 1.778, 3.649, 8.897 max_d=8.897 avg_d=1.778 std_dev=1.871
OP2 A 0, -0.305, 1.654, 3.613, 9.913 max_d=9.913 avg_d=1.654 std_dev=1.959
P B 0, -0.156, 1.814, 3.783, 7.726 max_d=7.726 avg_d=1.814 std_dev=1.970
OP1 A 0, -0.391, 1.794, 3.980, 10.546 max_d=10.546 avg_d=1.794 std_dev=2.186
OP1 B 0, -0.333, 2.302, 4.938, 9.652 max_d=9.652 avg_d=2.302 std_dev=2.636

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.27 0.03 0.00 0.06 0.20 0.16 0.11
C2 0.03 0.00 0.23 0.28 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.02 0.16 0.31 0.41 0.55 0.40
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.17 0.21 0.03 0.18 0.40 0.00 0.03 0.07 0.02 0.36 0.50 0.53 0.45
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.39 0.01 0.37 0.02 0.31 0.24 0.35 0.24 0.02 0.01 0.42 0.02 0.08 0.33 0.25 0.19
C4 0.03 0.01 0.06 0.39 0.00 0.18 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.20 0.01 0.03 0.53 0.75 0.92 0.69
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.18 0.00 0.27 0.01 0.27 0.11 0.09 0.17 0.29 0.02 0.19 0.00 0.01 0.20 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.15 0.37 0.01 0.27 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.23 0.01 0.15 0.60 0.80 0.87 0.74
C5' 0.07 0.16 0.17 0.02 0.26 0.01 0.37 0.00 0.34 0.13 0.17 0.28 0.12 0.20 0.28 0.01 0.01 0.21 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.31 0.01 0.27 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.16 0.01 0.20 0.49 0.57 0.56 0.54
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.02 0.11 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.07 0.02 0.02 0.26 0.33 0.36 0.30
N3 0.02 0.00 0.18 0.35 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.21 0.12 0.01 0.11 0.42 0.57 0.76 0.54
O2 0.05 0.01 0.40 0.24 0.02 0.17 0.02 0.28 0.01 0.01 0.02 0.00 0.23 0.23 0.02 0.29 0.37 0.45 0.60 0.46
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.36 0.29 0.46 0.12 0.42 0.21 0.21 0.23 0.00 0.06 0.38 0.21 0.26 0.48 0.65 0.42
O3' 0.27 0.11 0.03 0.01 0.20 0.02 0.23 0.20 0.16 0.07 0.12 0.23 0.06 0.00 0.24 0.18 0.17 0.34 0.41 0.24
O4 0.03 0.02 0.07 0.42 0.01 0.19 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.24 0.00 0.04 0.57 0.86 1.07 0.78
O4' 0.00 0.16 0.02 0.02 0.03 0.00 0.15 0.01 0.20 0.02 0.11 0.29 0.21 0.18 0.04 0.00 0.14 0.14 0.26 0.16
O5' 0.06 0.31 0.36 0.08 0.53 0.01 0.60 0.01 0.49 0.26 0.42 0.37 0.26 0.17 0.57 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.41 0.50 0.33 0.75 0.20 0.80 0.21 0.57 0.33 0.57 0.45 0.48 0.34 0.86 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.55 0.53 0.25 0.92 0.23 0.87 0.23 0.56 0.36 0.76 0.60 0.65 0.41 1.07 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.40 0.45 0.19 0.69 0.07 0.74 0.02 0.54 0.30 0.54 0.46 0.42 0.24 0.78 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.17 0.80 0.13 0.83 0.13 0.88 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.74 1.47 0.53 0.77 1.02 0.72 0.80
C2 0.13 0.13 0.26 0.53 0.10 0.64 0.10 0.65 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.65 1.23 0.51 0.55 0.69 0.48 0.55
C2' 0.64 0.33 0.54 1.44 0.49 1.55 0.49 1.66 0.42 0.61 0.35 0.40 0.42 0.56 0.58 0.30 2.02 1.14 1.50 1.86 1.41 1.55
C3' 0.47 0.52 0.32 1.11 0.53 1.25 0.58 1.41 0.59 0.56 0.57 0.49 0.63 0.59 0.52 0.65 1.60 0.96 1.30 1.66 1.25 1.38
C4 0.17 0.12 0.44 0.32 0.13 0.54 0.12 0.59 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.14 0.60 0.95 0.53 0.47 0.58 0.47 0.50
C4' 0.28 0.20 0.42 0.74 0.22 0.84 0.24 0.97 0.25 0.27 0.23 0.19 0.27 0.27 0.26 1.10 1.22 0.60 0.88 1.19 0.88 0.95
C5 0.15 0.14 0.38 0.42 0.13 0.65 0.13 0.71 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.68 1.10 0.57 0.59 0.76 0.57 0.63
C5' 0.47 0.31 0.62 0.80 0.38 0.94 0.41 1.08 0.40 0.47 0.36 0.31 0.43 0.45 0.44 1.22 1.22 0.76 1.00 1.27 1.00 1.07
C6 0.14 0.13 0.30 0.55 0.12 0.73 0.12 0.80 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.13 0.12 0.72 1.25 0.58 0.67 0.88 0.63 0.71
N1 0.14 0.13 0.24 0.63 0.11 0.75 0.11 0.78 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.12 0.12 0.71 1.33 0.55 0.67 0.87 0.61 0.69
N3 0.16 0.12 0.39 0.34 0.10 0.52 0.10 0.54 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.13 0.58 0.99 0.50 0.44 0.54 0.40 0.45
O2 0.13 0.16 0.20 0.62 0.13 0.63 0.13 0.61 0.14 0.12 0.15 0.15 0.14 0.12 0.12 0.63 1.33 0.45 0.54 0.66 0.48 0.53
O2' 0.42 0.30 0.55 1.53 0.20 1.51 0.21 1.62 0.27 0.30 0.32 0.21 0.30 0.23 0.28 0.25 2.14 0.87 1.42 1.88 1.31 1.45
O3' 0.31 0.30 0.37 0.90 0.30 1.03 0.35 1.24 0.38 0.35 0.36 0.26 0.42 0.37 0.30 1.01 1.28 0.70 1.13 1.59 1.11 1.25
O4 0.20 0.14 0.51 0.29 0.16 0.46 0.15 0.51 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14 0.15 0.17 0.54 0.80 0.50 0.40 0.48 0.47 0.43
O4' 0.32 0.18 0.55 0.50 0.24 0.58 0.22 0.66 0.19 0.28 0.17 0.21 0.18 0.25 0.28 1.20 1.06 0.40 0.57 0.80 0.58 0.62
O5' 0.67 0.64 0.62 1.02 0.66 1.17 0.72 1.29 0.74 0.72 0.71 0.60 0.78 0.74 0.68 1.00 1.47 1.03 1.22 1.47 1.21 1.30
OP1 0.73 0.89 0.80 1.05 0.82 1.16 0.91 1.31 0.99 0.85 0.99 0.78 1.08 0.91 0.78 1.25 1.43 1.02 1.29 1.58 1.30 1.38
OP2 1.00 1.17 0.90 1.31 1.13 1.44 1.24 1.58 1.31 1.16 1.28 1.07 1.39 1.24 1.09 1.05 1.75 1.36 1.55 1.79 1.55 1.64
P 0.80 0.85 0.81 1.14 0.84 1.24 0.92 1.37 0.97 0.90 0.95 0.78 1.04 0.94 0.84 1.13 1.56 1.12 1.33 1.57 1.34 1.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.01 0.21 0.19 0.21 0.19
C2 0.05 0.00 0.33 0.22 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.38 0.28 0.14 0.14 0.32 0.11
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.18 0.01 0.11 0.22 0.18 0.14 0.27 0.32 0.14 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.45 0.40 0.65 0.51
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.27 0.01 0.38 0.02 0.38 0.41 0.31 0.17 0.44 0.45 0.26 0.02 0.01 0.02 0.09 0.13 0.12 0.10
C4 0.02 0.01 0.18 0.27 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.15 0.16 0.11 0.24 0.10
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.08 0.28 0.09 0.16 0.12 0.24 0.10 0.33 0.02 0.00 0.02 0.10 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.11 0.38 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.10 0.07 0.26 0.21 0.45 0.23
C5' 0.08 0.20 0.22 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.14 0.27 0.16 0.20 0.18 0.27 0.09 0.11 0.25 0.01 0.01 0.13 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.38 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.12 0.13 0.25 0.21 0.53 0.23
C8 0.01 0.01 0.14 0.41 0.01 0.28 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.42 0.18 0.17 0.36 0.28 0.37 0.31
N1 0.04 0.00 0.27 0.31 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.24 0.22 0.17 0.14 0.45 0.15
N3 0.05 0.01 0.32 0.17 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.43 0.28 0.15 0.15 0.22 0.11
N6 0.02 0.01 0.14 0.44 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.14 0.09 0.32 0.31 0.67 0.34
N7 0.01 0.01 0.06 0.45 0.01 0.24 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.43 0.21 0.09 0.39 0.34 0.56 0.38
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.12 0.01 0.19 0.13 0.16 0.14
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.14 0.33 0.28 0.11 0.24 0.42 0.14 0.15 0.32 0.43 0.22 0.00 0.08 0.24 0.32 0.24 0.76 0.42
O3' 0.37 0.38 0.04 0.01 0.21 0.02 0.10 0.25 0.12 0.18 0.24 0.43 0.14 0.21 0.12 0.08 0.00 0.25 0.33 0.56 0.32 0.40
O4' 0.01 0.28 0.02 0.02 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.17 0.22 0.28 0.09 0.09 0.01 0.24 0.25 0.00 0.12 0.15 0.11 0.09
O5' 0.21 0.14 0.45 0.09 0.16 0.02 0.26 0.01 0.25 0.36 0.17 0.15 0.32 0.39 0.19 0.32 0.33 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.14 0.40 0.13 0.11 0.10 0.21 0.13 0.21 0.28 0.14 0.15 0.31 0.34 0.13 0.24 0.56 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.32 0.65 0.12 0.24 0.09 0.45 0.10 0.53 0.37 0.45 0.22 0.67 0.56 0.16 0.76 0.32 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.11 0.51 0.10 0.10 0.02 0.23 0.02 0.23 0.31 0.15 0.11 0.34 0.38 0.14 0.42 0.40 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00