ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 5693

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 7, 11, 4, 9, 54, 6, 6, 8, 56, 1, 16, 27, 22, 58, 45, 4, 4, 12, 122,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.280, 0.544, 0.809, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.544 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.482, 0.928, 1.374, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.928 std_dev=0.446
C6 A 0, 0.558, 1.014, 1.470, 2.127 max_d=2.127 avg_d=1.014 std_dev=0.456
C4 A 0, 0.197, 0.713, 1.229, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.713 std_dev=0.516
N1 A 0, 0.612, 1.179, 1.747, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.179 std_dev=0.567
C2 B 0, 0.645, 1.294, 1.942, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.294 std_dev=0.648
C5 A 0, 0.616, 1.274, 1.931, 2.873 max_d=2.873 avg_d=1.274 std_dev=0.657
N9 A 0, 0.565, 1.255, 1.945, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.255 std_dev=0.690
C1' A 0, 0.576, 1.278, 1.980, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.278 std_dev=0.702
C3' B 0, 0.679, 1.443, 2.208, 4.921 max_d=4.921 avg_d=1.443 std_dev=0.765
O4' B 0, 0.663, 1.432, 2.201, 3.519 max_d=3.519 avg_d=1.432 std_dev=0.769
N6 A 0, 0.872, 1.710, 2.548, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.710 std_dev=0.838
C6 B 0, 0.312, 1.170, 2.027, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.170 std_dev=0.858
N3 A 0, 0.533, 1.403, 2.273, 3.152 max_d=3.152 avg_d=1.403 std_dev=0.870
C2' B 0, 0.320, 1.194, 2.067, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.194 std_dev=0.873
C2 A 0, 0.733, 1.716, 2.699, 3.634 max_d=3.634 avg_d=1.716 std_dev=0.983
N3 B 0, 0.602, 1.596, 2.590, 3.923 max_d=3.923 avg_d=1.596 std_dev=0.994
O2 B 0, 1.046, 2.108, 3.170, 5.125 max_d=5.125 avg_d=2.108 std_dev=1.062
C4' B 0, 0.655, 1.724, 2.793, 4.745 max_d=4.745 avg_d=1.724 std_dev=1.069
O3' B 0, 0.875, 1.975, 3.075, 6.732 max_d=6.732 avg_d=1.975 std_dev=1.100
O4' A 0, 0.868, 1.979, 3.090, 4.813 max_d=4.813 avg_d=1.979 std_dev=1.111
C2' A 0, 0.829, 2.043, 3.258, 4.318 max_d=4.318 avg_d=2.043 std_dev=1.215
C5 B 0, 0.385, 1.710, 3.034, 4.317 max_d=4.317 avg_d=1.710 std_dev=1.324
C4 B 0, 0.343, 1.688, 3.033, 4.098 max_d=4.098 avg_d=1.688 std_dev=1.345
C8 A 0, 0.935, 2.281, 3.626, 4.866 max_d=4.866 avg_d=2.281 std_dev=1.345
O2' B 0, 0.559, 1.909, 3.260, 5.715 max_d=5.715 avg_d=1.909 std_dev=1.350
C4' A 0, 1.229, 2.588, 3.948, 5.344 max_d=5.344 avg_d=2.588 std_dev=1.360
N7 A 0, 1.019, 2.411, 3.802, 5.175 max_d=5.175 avg_d=2.411 std_dev=1.391
O5' B 0, 1.273, 2.714, 4.156, 7.752 max_d=7.752 avg_d=2.714 std_dev=1.442
C5' B 0, 0.972, 2.466, 3.960, 7.471 max_d=7.471 avg_d=2.466 std_dev=1.494
C3' A 0, 1.325, 2.877, 4.430, 5.436 max_d=5.436 avg_d=2.877 std_dev=1.553
O2' A 0, 0.778, 2.355, 3.932, 5.630 max_d=5.630 avg_d=2.355 std_dev=1.577
O4 B 0, 0.639, 2.381, 4.122, 5.567 max_d=5.567 avg_d=2.381 std_dev=1.742
C5' A 0, 1.585, 3.699, 5.812, 8.087 max_d=8.087 avg_d=3.699 std_dev=2.113
P B 0, 1.409, 3.523, 5.637, 9.949 max_d=9.949 avg_d=3.523 std_dev=2.114
O3' A 0, 1.684, 3.803, 5.923, 6.955 max_d=6.955 avg_d=3.803 std_dev=2.120
OP1 B 0, 1.840, 4.091, 6.342, 12.250 max_d=12.250 avg_d=4.091 std_dev=2.251
OP2 B 0, 1.550, 3.894, 6.238, 9.306 max_d=9.306 avg_d=3.894 std_dev=2.344
O5' A 0, 1.637, 4.201, 6.765, 9.123 max_d=9.123 avg_d=4.201 std_dev=2.564
P A 0, 2.051, 5.545, 9.039, 12.066 max_d=12.066 avg_d=5.545 std_dev=3.494
OP2 A 0, 3.075, 6.578, 10.081, 13.354 max_d=13.354 avg_d=6.578 std_dev=3.503
OP1 A 0, 2.029, 5.955, 9.880, 13.136 max_d=13.136 avg_d=5.955 std_dev=3.926

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.25 0.46 0.46 0.25
C2 0.04 0.00 0.43 0.36 0.02 0.24 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.36 0.36 0.46 0.77 0.88 0.59
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.23 0.02 0.12 0.18 0.21 0.22 0.34 0.42 0.16 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.42 0.66 0.59 0.48
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.29 0.01 0.36 0.02 0.39 0.35 0.38 0.32 0.42 0.39 0.23 0.02 0.01 0.02 0.23 0.46 0.30 0.21
C4 0.02 0.02 0.23 0.29 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.18 0.19 0.39 0.65 0.73 0.45
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.13 0.28 0.18 0.24 0.15 0.24 0.10 0.28 0.03 0.01 0.02 0.23 0.31 0.10
C5 0.02 0.01 0.12 0.36 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.18 0.09 0.50 0.79 0.89 0.59
C5' 0.07 0.41 0.18 0.02 0.23 0.01 0.24 0.00 0.28 0.36 0.35 0.38 0.30 0.35 0.15 0.12 0.19 0.02 0.01 0.24 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.39 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.23 0.16 0.50 0.84 0.95 0.63
C8 0.02 0.02 0.22 0.35 0.01 0.28 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.45 0.23 0.21 0.63 0.83 0.85 0.67
N1 0.04 0.01 0.34 0.38 0.02 0.18 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.29 0.28 0.47 0.81 0.92 0.61
N3 0.04 0.01 0.42 0.32 0.01 0.24 0.01 0.38 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.37 0.35 0.36 0.42 0.68 0.78 0.52
N6 0.03 0.02 0.16 0.42 0.02 0.15 0.02 0.30 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.29 0.26 0.11 0.56 0.94 1.06 0.73
N7 0.01 0.01 0.12 0.39 0.01 0.24 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.43 0.25 0.12 0.65 0.93 1.01 0.76
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.09 0.02 0.39 0.59 0.62 0.39
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.18 0.28 0.26 0.12 0.24 0.45 0.27 0.37 0.29 0.43 0.20 0.00 0.07 0.20 0.28 0.62 0.63 0.42
O3' 0.27 0.36 0.03 0.01 0.18 0.03 0.18 0.19 0.23 0.23 0.29 0.35 0.26 0.25 0.09 0.07 0.00 0.18 0.31 0.52 0.46 0.29
O4' 0.01 0.36 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.02 0.16 0.21 0.28 0.36 0.11 0.12 0.02 0.20 0.18 0.00 0.20 0.42 0.43 0.24
O5' 0.25 0.46 0.42 0.23 0.39 0.02 0.50 0.01 0.50 0.63 0.47 0.42 0.56 0.65 0.39 0.28 0.31 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.77 0.66 0.46 0.65 0.23 0.79 0.24 0.84 0.83 0.81 0.68 0.94 0.93 0.59 0.62 0.52 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.88 0.59 0.30 0.73 0.31 0.89 0.35 0.95 0.85 0.92 0.78 1.06 1.01 0.62 0.63 0.46 0.43 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.59 0.48 0.21 0.45 0.10 0.59 0.02 0.63 0.67 0.61 0.52 0.73 0.76 0.39 0.42 0.29 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 1.73 0.56 0.47 2.99 0.89 2.56 1.21 1.78 1.30 2.53 1.58 0.86 0.72 3.69 0.86 1.31 1.69 1.95 1.55
C2 0.90 1.83 0.86 0.73 2.39 1.08 2.03 1.39 1.58 1.40 2.31 1.79 1.19 0.87 2.68 1.10 1.27 1.68 1.60 1.51
C2' 0.64 1.80 0.64 0.53 3.15 0.86 2.70 1.19 1.89 1.38 2.64 1.62 0.90 0.74 3.93 0.83 1.36 1.68 1.98 1.58
C3' 0.61 1.75 0.60 0.48 3.15 0.81 2.74 1.13 1.90 1.36 2.60 1.58 0.82 0.63 3.95 0.79 1.33 1.64 2.03 1.56
C4 0.58 1.59 0.56 0.45 2.65 0.89 2.30 1.20 1.65 1.22 2.27 1.47 0.92 0.68 3.11 0.91 1.25 1.61 1.80 1.47
C4' 0.60 1.83 0.53 0.41 3.18 0.82 2.75 1.15 1.91 1.39 2.68 1.67 0.69 0.67 3.97 0.80 1.33 1.68 2.10 1.59
C5 0.47 1.36 0.52 0.34 2.33 0.81 2.16 1.12 1.56 1.07 1.93 1.33 0.89 0.62 2.67 0.88 1.27 1.58 1.90 1.50
C5' 0.73 1.92 0.66 0.54 3.28 0.85 2.88 1.18 2.03 1.49 2.76 1.77 0.72 0.76 4.07 0.85 1.43 1.75 2.31 1.72
C6 0.48 1.17 0.55 0.36 1.85 0.84 1.76 1.13 1.36 0.96 1.58 1.15 1.00 0.63 2.04 0.97 1.19 1.49 1.68 1.39
C8 0.49 1.52 0.53 0.35 2.71 0.78 2.50 1.12 1.74 1.16 2.20 1.52 0.82 0.64 3.28 0.79 1.39 1.72 2.22 1.69
N1 0.76 1.47 0.74 0.60 1.93 1.01 1.72 1.29 1.39 1.18 1.82 1.40 1.16 0.78 2.10 1.09 1.20 1.53 1.53 1.40
N3 0.80 1.83 0.76 0.64 2.68 1.02 2.25 1.32 1.66 1.39 2.47 1.74 1.07 0.81 3.11 1.02 1.26 1.68 1.67 1.49
N6 0.54 0.96 0.65 0.34 1.35 0.77 1.40 1.08 1.15 0.78 1.15 1.19 1.10 0.65 1.46 0.99 1.22 1.49 1.76 1.43
N7 0.53 1.45 0.59 0.36 2.44 0.76 2.34 1.10 1.66 1.11 2.00 1.55 0.88 0.64 2.86 0.81 1.41 1.72 2.23 1.71
N9 0.52 1.60 0.51 0.39 2.82 0.85 2.48 1.16 1.73 1.22 2.35 1.48 0.84 0.66 3.43 0.84 1.30 1.65 1.97 1.55
O2' 0.82 1.89 0.87 0.82 3.15 1.05 2.68 1.36 1.91 1.47 2.72 1.74 1.15 1.04 3.91 0.97 1.52 1.82 2.05 1.71
O3' 0.65 1.80 0.68 0.57 3.18 0.81 2.76 1.14 1.93 1.40 2.66 1.60 0.91 0.74 3.99 0.78 1.38 1.64 2.04 1.58
O4' 0.69 1.84 0.61 0.53 3.09 0.94 2.66 1.23 1.86 1.39 2.64 1.70 0.79 0.80 3.81 0.93 1.35 1.73 2.07 1.60
O5' 0.90 2.01 0.85 0.69 3.34 0.91 3.01 1.24 2.17 1.62 2.80 1.90 0.83 0.80 4.10 0.96 1.58 1.86 2.54 1.90
OP1 1.22 2.15 1.18 1.10 3.29 1.20 2.97 1.39 2.17 1.73 2.85 2.16 1.26 1.24 4.03 1.21 1.65 1.90 2.66 2.00
OP2 1.42 2.38 1.51 1.41 3.59 1.38 3.38 1.75 2.61 2.05 3.08 2.27 1.37 1.40 4.25 1.37 2.19 2.51 3.29 2.59
P 1.06 2.09 1.03 0.92 3.31 1.05 3.01 1.34 2.20 1.68 2.82 2.04 1.03 1.02 4.04 1.07 1.67 1.98 2.73 2.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.33 0.03 0.01 0.23 0.57 0.38 0.29
C2 0.02 0.00 0.21 0.28 0.02 0.09 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.02 0.14 0.31 0.56 0.42 0.27
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.21 0.20 0.04 0.15 0.36 0.00 0.04 0.08 0.02 0.49 1.03 0.74 0.72
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.39 0.01 0.40 0.03 0.35 0.24 0.35 0.27 0.02 0.01 0.42 0.02 0.24 0.71 0.33 0.35
C4 0.02 0.02 0.07 0.39 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.35 0.23 0.01 0.04 0.43 0.67 0.59 0.41
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.22 0.09 0.10 0.16 0.30 0.04 0.16 0.01 0.02 0.33 0.20 0.11
C5 0.02 0.02 0.16 0.40 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.30 0.02 0.11 0.49 0.68 0.62 0.46
C5' 0.08 0.15 0.21 0.03 0.20 0.01 0.26 0.00 0.24 0.11 0.16 0.23 0.11 0.22 0.22 0.02 0.01 0.19 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.35 0.01 0.22 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.24 0.02 0.15 0.43 0.58 0.49 0.37
N1 0.01 0.01 0.04 0.24 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.14 0.02 0.01 0.30 0.53 0.38 0.26
N3 0.02 0.01 0.15 0.35 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.19 0.01 0.10 0.36 0.60 0.50 0.33
O2 0.04 0.01 0.36 0.27 0.02 0.16 0.02 0.23 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.39 0.03 0.23 0.33 0.60 0.44 0.33
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.35 0.30 0.43 0.11 0.39 0.20 0.23 0.23 0.00 0.06 0.38 0.22 0.34 1.04 0.82 0.67
O3' 0.33 0.22 0.04 0.01 0.23 0.04 0.30 0.22 0.24 0.14 0.19 0.39 0.06 0.00 0.28 0.24 0.29 0.54 0.45 0.30
O4 0.03 0.02 0.08 0.42 0.01 0.16 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.03 0.38 0.28 0.00 0.05 0.46 0.73 0.67 0.47
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.02 0.15 0.01 0.10 0.23 0.22 0.24 0.05 0.00 0.14 0.33 0.41 0.25
O5' 0.23 0.31 0.49 0.24 0.43 0.02 0.49 0.01 0.43 0.30 0.36 0.33 0.34 0.29 0.46 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.57 0.56 1.03 0.71 0.67 0.33 0.68 0.19 0.58 0.53 0.60 0.60 1.04 0.54 0.73 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.42 0.74 0.33 0.59 0.20 0.62 0.20 0.49 0.38 0.50 0.44 0.82 0.45 0.67 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.27 0.72 0.35 0.41 0.11 0.46 0.02 0.37 0.26 0.33 0.33 0.67 0.30 0.47 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00