ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 570

back

Distances from reference structure (by RMSD)

38, 21, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 4, 8, 0, 3, 176,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.511, 1.755, 2.999, 4.213 max_d=4.213 avg_d=1.755 std_dev=1.244
N9 A 0, 0.236, 1.646, 3.056, 3.659 max_d=3.659 avg_d=1.646 std_dev=1.410
C8 A 0, 0.987, 2.430, 3.872, 5.278 max_d=5.278 avg_d=2.430 std_dev=1.442
C1' B 0, 0.558, 2.032, 3.506, 4.266 max_d=4.266 avg_d=2.032 std_dev=1.474
O4' B 0, 1.010, 2.556, 4.102, 4.466 max_d=4.466 avg_d=2.556 std_dev=1.546
N3 B 0, 0.417, 1.994, 3.571, 4.213 max_d=4.213 avg_d=1.994 std_dev=1.577
N3 A 0, 0.675, 2.329, 3.983, 4.546 max_d=4.546 avg_d=2.329 std_dev=1.654
N9 B 0, 0.120, 1.800, 3.479, 4.398 max_d=4.398 avg_d=1.800 std_dev=1.680
C4 A 0, 0.248, 1.929, 3.609, 4.238 max_d=4.238 avg_d=1.929 std_dev=1.681
O4' A 0, 0.914, 2.639, 4.364, 5.936 max_d=5.936 avg_d=2.639 std_dev=1.725
C4 B 0, 0.217, 1.944, 3.672, 4.349 max_d=4.349 avg_d=1.944 std_dev=1.728
N7 A 0, 1.344, 3.162, 4.979, 6.462 max_d=6.462 avg_d=3.162 std_dev=1.817
C2' B 0, 0.938, 2.770, 4.603, 5.162 max_d=5.162 avg_d=2.770 std_dev=1.833
C5 A 0, 0.948, 2.797, 4.646, 5.079 max_d=5.079 avg_d=2.797 std_dev=1.849
C3' B 0, 1.117, 2.966, 4.816, 5.553 max_d=5.553 avg_d=2.966 std_dev=1.850
C4' B 0, 1.259, 3.135, 5.010, 5.548 max_d=5.548 avg_d=3.135 std_dev=1.876
C8 B 0, 0.833, 2.717, 4.601, 6.288 max_d=6.288 avg_d=2.717 std_dev=1.884
C2' A 0, 0.319, 2.319, 4.318, 6.007 max_d=6.007 avg_d=2.319 std_dev=1.999
C2 B 0, 0.541, 2.608, 4.675, 5.392 max_d=5.392 avg_d=2.608 std_dev=2.067
C5 B 0, 0.889, 2.974, 5.060, 6.149 max_d=6.149 avg_d=2.974 std_dev=2.086
C2 A 0, 0.583, 2.741, 4.898, 5.607 max_d=5.607 avg_d=2.741 std_dev=2.158
N7 B 0, 1.219, 3.409, 5.599, 7.171 max_d=7.171 avg_d=3.409 std_dev=2.190
O2' A 0, 0.897, 3.087, 5.278, 6.640 max_d=6.640 avg_d=3.087 std_dev=2.190
O5' B 0, 1.622, 3.816, 6.010, 7.722 max_d=7.722 avg_d=3.816 std_dev=2.194
C4' A 0, 0.964, 3.161, 5.358, 6.941 max_d=6.941 avg_d=3.161 std_dev=2.197
O3' B 0, 1.380, 3.674, 5.969, 6.671 max_d=6.671 avg_d=3.674 std_dev=2.295
O2' B 0, 1.143, 3.440, 5.737, 6.589 max_d=6.589 avg_d=3.440 std_dev=2.297
C5' B 0, 1.635, 3.971, 6.307, 8.007 max_d=8.007 avg_d=3.971 std_dev=2.336
C6 A 0, 1.034, 3.383, 5.732, 6.503 max_d=6.503 avg_d=3.383 std_dev=2.349
C3' A 0, 0.449, 2.860, 5.271, 7.370 max_d=7.370 avg_d=2.860 std_dev=2.411
O3' A 0, 1.181, 3.731, 6.281, 7.737 max_d=7.737 avg_d=3.731 std_dev=2.550
C6 B 0, 1.097, 3.654, 6.211, 7.169 max_d=7.169 avg_d=3.654 std_dev=2.557
N1 B 0, 0.794, 3.357, 5.921, 6.793 max_d=6.793 avg_d=3.357 std_dev=2.563
N1 A 0, 0.508, 3.093, 5.677, 6.724 max_d=6.724 avg_d=3.093 std_dev=2.584
N6 A 0, 1.644, 4.417, 7.191, 8.298 max_d=8.298 avg_d=4.417 std_dev=2.774
P B 0, 1.913, 4.746, 7.578, 9.597 max_d=9.597 avg_d=4.746 std_dev=2.832
OP2 B 0, 1.587, 4.450, 7.314, 10.530 max_d=10.530 avg_d=4.450 std_dev=2.863
C5' A 0, 1.446, 4.369, 7.292, 8.937 max_d=8.937 avg_d=4.369 std_dev=2.923
O5' A 0, 1.719, 4.747, 7.774, 10.182 max_d=10.182 avg_d=4.747 std_dev=3.027
N6 B 0, 1.668, 4.815, 7.961, 8.958 max_d=8.958 avg_d=4.815 std_dev=3.146
OP1 B 0, 2.221, 5.520, 8.818, 10.640 max_d=10.640 avg_d=5.520 std_dev=3.299
P A 0, 2.249, 6.149, 10.048, 12.515 max_d=12.515 avg_d=6.149 std_dev=3.900
OP1 A 0, 2.728, 6.915, 11.101, 13.482 max_d=13.482 avg_d=6.915 std_dev=4.186
OP2 A 0, 2.178, 6.461, 10.744, 14.341 max_d=14.341 avg_d=6.461 std_dev=4.283

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.26 0.36 0.30 0.22
C2 0.06 0.00 0.43 0.88 0.02 0.63 0.02 1.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.55 0.86 0.40 1.08 1.39 1.45 1.37
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.22 0.03 0.10 0.19 0.19 0.26 0.33 0.43 0.14 0.16 0.04 0.01 0.04 0.03 0.38 0.50 0.46 0.37
C3' 0.03 0.88 0.01 0.00 0.49 0.01 0.42 0.02 0.54 0.52 0.73 0.84 0.51 0.46 0.25 0.03 0.01 0.04 0.43 0.57 0.40 0.38
C4 0.03 0.02 0.22 0.49 0.00 0.31 0.01 0.47 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.39 0.42 0.21 0.64 0.87 0.76 0.75
C4' 0.03 0.63 0.03 0.01 0.31 0.00 0.21 0.01 0.31 0.37 0.49 0.61 0.28 0.29 0.12 0.31 0.03 0.01 0.03 0.31 0.32 0.12
C5 0.02 0.02 0.10 0.42 0.01 0.21 0.00 0.38 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.40 0.33 0.09 0.66 0.91 0.84 0.76
C5' 0.07 1.04 0.19 0.02 0.47 0.01 0.38 0.00 0.54 0.63 0.84 0.95 0.50 0.53 0.22 0.17 0.22 0.02 0.01 0.43 0.36 0.03
C6 0.03 0.01 0.19 0.54 0.01 0.31 0.01 0.54 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.47 0.45 0.17 0.77 1.10 1.05 0.96
C8 0.03 0.04 0.26 0.52 0.01 0.37 0.02 0.63 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.28 0.52 0.23 0.76 0.79 0.92 0.73
N1 0.05 0.01 0.33 0.73 0.02 0.49 0.02 0.84 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.53 0.69 0.31 0.95 1.31 1.32 1.23
N3 0.07 0.01 0.43 0.84 0.01 0.61 0.01 0.95 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.50 0.80 0.40 0.97 1.20 1.20 1.18
N6 0.03 0.02 0.14 0.51 0.02 0.28 0.03 0.50 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.47 0.42 0.12 0.78 1.14 1.11 0.98
N7 0.02 0.02 0.16 0.46 0.02 0.29 0.01 0.53 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.34 0.45 0.14 0.77 0.91 0.97 0.79
N9 0.01 0.04 0.04 0.25 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.22 0.24 0.03 0.46 0.58 0.50 0.44
O2' 0.02 0.55 0.01 0.03 0.39 0.31 0.40 0.17 0.47 0.28 0.53 0.50 0.47 0.34 0.22 0.00 0.08 0.21 0.37 0.64 0.53 0.43
O3' 0.33 0.86 0.04 0.01 0.42 0.03 0.33 0.22 0.45 0.52 0.69 0.80 0.42 0.45 0.24 0.08 0.00 0.21 0.45 0.70 0.58 0.49
O4' 0.01 0.40 0.03 0.04 0.21 0.01 0.09 0.02 0.17 0.23 0.31 0.40 0.12 0.14 0.03 0.21 0.21 0.00 0.21 0.28 0.22 0.18
O5' 0.26 1.08 0.38 0.43 0.64 0.03 0.66 0.01 0.77 0.76 0.95 0.97 0.78 0.77 0.46 0.37 0.45 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 1.39 0.50 0.57 0.87 0.31 0.91 0.43 1.10 0.79 1.31 1.20 1.14 0.91 0.58 0.64 0.70 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 1.45 0.46 0.40 0.76 0.32 0.84 0.36 1.05 0.92 1.32 1.20 1.11 0.97 0.50 0.53 0.58 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 1.37 0.37 0.38 0.75 0.12 0.76 0.03 0.96 0.73 1.23 1.18 0.98 0.79 0.44 0.43 0.49 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.05 3.27 2.02 1.68 2.98 1.37 3.46 0.99 3.77 2.92 3.63 2.92 4.11 3.47 2.59 1.88 1.64 1.68 0.96 1.09 0.67 0.53
C2 3.03 5.49 2.84 2.13 4.58 1.73 5.10 1.11 5.84 3.86 5.99 4.78 6.26 4.68 3.77 2.66 1.81 2.39 1.17 0.92 0.77 0.40
C2' 2.03 3.01 2.03 1.81 2.79 1.53 3.22 1.24 3.44 2.79 3.29 2.74 3.75 3.31 2.47 1.93 1.89 1.72 1.28 0.98 1.16 0.91
C3' 2.15 2.82 2.37 2.24 2.56 1.90 2.84 1.52 3.06 2.49 3.00 2.62 3.35 2.88 2.32 2.39 2.47 1.84 1.60 0.90 1.47 1.21
C4 2.74 4.65 2.56 1.97 4.09 1.60 4.56 1.03 5.04 3.59 5.04 4.15 5.30 4.28 3.45 2.33 1.64 2.21 1.14 0.91 0.77 0.36
C4' 2.40 2.88 2.75 2.59 2.62 2.14 2.85 1.61 3.09 2.56 3.04 2.70 3.37 2.85 2.45 2.83 2.85 2.03 1.54 0.79 1.10 0.96
C5 2.93 4.97 2.76 2.13 4.34 1.70 4.69 1.06 5.17 3.63 5.27 4.49 5.32 4.28 3.63 2.52 1.78 2.37 1.22 0.87 0.93 0.45
C5' 3.13 3.18 3.58 3.51 2.96 3.00 2.91 2.40 3.07 2.75 3.17 3.14 3.20 2.79 2.90 3.74 3.82 2.78 2.32 1.37 1.73 1.67
C6 3.14 5.61 3.00 2.28 4.69 1.79 5.05 1.11 5.70 3.78 5.93 4.98 5.92 4.51 3.85 2.81 1.97 2.50 1.25 0.89 0.98 0.51
C8 2.46 3.74 2.27 1.84 3.46 1.51 3.74 0.97 3.95 3.13 3.95 3.46 4.04 3.55 3.04 1.99 1.48 2.06 1.17 0.86 0.89 0.37
N1 3.16 5.81 3.00 2.24 4.79 1.78 5.24 1.12 6.00 3.90 6.24 5.08 6.35 4.71 3.91 2.82 1.92 2.49 1.22 0.90 0.89 0.46
N3 2.81 4.92 2.64 2.00 4.22 1.65 4.75 1.08 5.38 3.69 5.40 4.32 5.78 4.45 3.52 2.45 1.73 2.25 1.12 0.94 0.72 0.39
N6 3.26 5.82 3.19 2.44 4.77 1.89 5.04 1.16 5.72 3.71 6.05 5.19 5.91 4.41 3.89 3.07 2.23 2.59 1.30 0.91 1.11 0.64
N7 2.80 4.41 2.63 2.11 3.97 1.69 4.18 1.06 4.49 3.34 4.59 4.08 4.54 3.81 3.40 2.36 1.75 2.32 1.25 0.85 1.04 0.51
N9 2.42 3.88 2.27 1.80 3.53 1.47 3.96 0.97 4.28 3.27 4.21 3.51 4.50 3.84 3.05 2.03 1.53 1.98 1.08 0.94 0.73 0.35
O2' 1.72 2.83 1.58 1.38 2.63 1.26 3.20 1.22 3.45 2.74 3.20 2.51 3.87 3.39 2.29 1.50 1.56 1.51 1.06 1.45 1.00 1.08
O3' 2.08 2.61 2.34 2.26 2.37 2.01 2.65 1.77 2.87 2.35 2.78 2.45 3.21 2.75 2.16 2.41 2.58 1.84 1.74 1.43 1.44 1.56
O4' 2.49 3.22 2.64 2.35 2.99 1.93 3.30 1.39 3.54 2.99 3.47 2.98 3.81 3.32 2.77 2.57 2.33 2.09 1.33 0.71 0.85 0.64
O5' 3.43 3.23 3.92 3.74 3.07 3.17 2.87 2.42 2.92 2.84 3.08 3.29 2.88 2.73 3.09 4.15 4.10 3.01 2.22 1.16 1.58 1.50
OP1 4.06 3.59 4.67 4.22 3.44 3.64 3.02 2.74 2.99 3.06 3.27 3.75 2.80 2.77 3.53 5.29 4.71 3.49 2.24 1.28 1.36 1.48
OP2 3.97 3.84 4.44 4.24 3.54 3.73 3.14 3.00 3.17 3.03 3.51 3.92 2.95 2.83 3.51 4.90 4.88 3.54 2.78 2.25 2.35 2.29
P 4.00 3.66 4.54 4.32 3.47 3.73 3.09 2.88 3.10 3.06 3.37 3.78 2.92 2.83 3.51 4.97 4.92 3.54 2.53 1.61 1.77 1.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.30 0.29 0.41 0.28
C2 0.06 0.00 0.52 0.39 0.01 0.26 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.54 0.54 0.43 0.64 0.64 1.08 0.73
C2' 0.01 0.52 0.00 0.01 0.27 0.02 0.14 0.14 0.24 0.26 0.41 0.51 0.18 0.14 0.04 0.01 0.03 0.02 0.27 0.42 0.43 0.31
C3' 0.02 0.39 0.01 0.00 0.26 0.01 0.28 0.03 0.32 0.29 0.36 0.36 0.33 0.30 0.17 0.03 0.01 0.03 0.29 0.48 0.44 0.32
C4 0.03 0.01 0.27 0.26 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.28 0.23 0.60 0.50 1.00 0.66
C4' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.11 0.24 0.19 0.25 0.11 0.19 0.07 0.24 0.03 0.01 0.02 0.24 0.18 0.08
C5 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.21 0.11 0.77 0.65 1.33 0.88
C5' 0.07 0.45 0.14 0.03 0.21 0.01 0.21 0.00 0.24 0.42 0.35 0.41 0.25 0.36 0.16 0.12 0.16 0.02 0.01 0.24 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.24 0.32 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.30 0.20 0.77 0.68 1.42 0.91
C8 0.02 0.01 0.26 0.29 0.01 0.24 0.01 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.25 0.24 0.89 0.73 1.28 0.96
N1 0.05 0.01 0.41 0.36 0.02 0.19 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.44 0.34 0.70 0.66 1.28 0.82
N3 0.06 0.01 0.51 0.36 0.01 0.25 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.52 0.50 0.43 0.56 0.56 0.90 0.62
N6 0.03 0.01 0.18 0.33 0.02 0.11 0.02 0.25 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.30 0.28 0.14 0.86 0.78 1.63 1.05
N7 0.01 0.02 0.14 0.30 0.01 0.19 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.34 0.22 0.13 0.93 0.81 1.53 1.08
N9 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.17 0.13 0.02 0.59 0.45 0.87 0.61
O2' 0.02 0.54 0.01 0.03 0.27 0.24 0.25 0.12 0.31 0.38 0.43 0.52 0.30 0.34 0.17 0.00 0.07 0.17 0.21 0.48 0.39 0.27
O3' 0.23 0.54 0.03 0.01 0.28 0.03 0.21 0.16 0.30 0.25 0.44 0.50 0.28 0.22 0.13 0.07 0.00 0.15 0.34 0.76 0.63 0.49
O4' 0.01 0.43 0.02 0.03 0.23 0.01 0.11 0.02 0.20 0.24 0.34 0.43 0.14 0.13 0.02 0.17 0.15 0.00 0.28 0.25 0.33 0.27
O5' 0.30 0.64 0.27 0.29 0.60 0.02 0.77 0.01 0.77 0.89 0.70 0.56 0.86 0.93 0.59 0.21 0.34 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.64 0.42 0.48 0.50 0.24 0.65 0.24 0.68 0.73 0.66 0.56 0.78 0.81 0.45 0.48 0.76 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 1.08 0.43 0.44 1.00 0.18 1.33 0.23 1.42 1.28 1.28 0.90 1.63 1.53 0.87 0.39 0.63 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.73 0.31 0.32 0.66 0.08 0.88 0.02 0.91 0.96 0.82 0.62 1.05 1.08 0.61 0.27 0.49 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00