ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 572

back

Distances from reference structure (by RMSD)

39, 16, 0, 1, 0, 0, 0, 14, 23, 11, 7, 2, 3, 4, 55, 14, 5, 5, 3, 18,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.025, 0.457, 0.889, 3.820 max_d=3.820 avg_d=0.457 std_dev=0.432
C6 B 0, 0.212, 0.682, 1.153, 3.487 max_d=3.487 avg_d=0.682 std_dev=0.470
N1 B 0, -0.004, 0.501, 1.006, 3.498 max_d=3.498 avg_d=0.501 std_dev=0.505
N9 A 0, 0.313, 0.864, 1.415, 3.077 max_d=3.077 avg_d=0.864 std_dev=0.551
N3 A 0, 0.129, 0.795, 1.461, 4.305 max_d=4.305 avg_d=0.795 std_dev=0.666
C5 A 0, 0.363, 1.128, 1.893, 4.281 max_d=4.281 avg_d=1.128 std_dev=0.765
C2 B 0, 0.059, 0.839, 1.619, 5.494 max_d=5.494 avg_d=0.839 std_dev=0.780
C4 B 0, 0.382, 1.168, 1.954, 5.835 max_d=5.835 avg_d=1.168 std_dev=0.786
C2 A 0, 0.115, 0.916, 1.717, 5.259 max_d=5.259 avg_d=0.916 std_dev=0.801
C5 B 0, 0.076, 0.880, 1.685, 4.654 max_d=4.654 avg_d=0.880 std_dev=0.805
C1' B 0, 0.227, 1.107, 1.987, 3.972 max_d=3.972 avg_d=1.107 std_dev=0.880
N3 B 0, 0.248, 1.133, 2.017, 6.468 max_d=6.468 avg_d=1.133 std_dev=0.885
C8 A 0, 0.579, 1.483, 2.386, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.483 std_dev=0.904
N1 A 0, 0.160, 1.071, 1.981, 5.659 max_d=5.659 avg_d=1.071 std_dev=0.910
C1' A 0, 0.276, 1.218, 2.161, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.218 std_dev=0.943
C6 A 0, 0.385, 1.380, 2.375, 5.164 max_d=5.164 avg_d=1.380 std_dev=0.995
C2' B 0, 0.427, 1.526, 2.624, 4.028 max_d=4.028 avg_d=1.526 std_dev=1.098
N7 A 0, 0.646, 1.767, 2.888, 4.273 max_d=4.273 avg_d=1.767 std_dev=1.121
O4' B 0, 0.347, 1.498, 2.649, 4.576 max_d=4.576 avg_d=1.498 std_dev=1.151
C3' B 0, 0.538, 1.691, 2.843, 3.608 max_d=3.608 avg_d=1.691 std_dev=1.152
N4 B 0, 0.643, 1.813, 2.984, 7.052 max_d=7.052 avg_d=1.813 std_dev=1.170
O2 B 0, 0.064, 1.312, 2.560, 6.682 max_d=6.682 avg_d=1.312 std_dev=1.248
C2' A 0, 0.207, 1.467, 2.727, 4.694 max_d=4.694 avg_d=1.467 std_dev=1.260
C4' B 0, 0.562, 1.866, 3.171, 4.165 max_d=4.165 avg_d=1.866 std_dev=1.305
C3' A 0, 0.456, 1.787, 3.118, 5.561 max_d=5.561 avg_d=1.787 std_dev=1.331
O3' A 0, 0.707, 2.190, 3.673, 7.185 max_d=7.185 avg_d=2.190 std_dev=1.483
O5' B 0, 0.634, 2.156, 3.677, 5.967 max_d=5.967 avg_d=2.156 std_dev=1.522
C5' B 0, 0.772, 2.295, 3.819, 5.502 max_d=5.502 avg_d=2.295 std_dev=1.523
O4' A 0, 0.479, 2.013, 3.546, 4.271 max_d=4.271 avg_d=2.013 std_dev=1.534
O2' B 0, 0.558, 2.094, 3.631, 6.435 max_d=6.435 avg_d=2.094 std_dev=1.537
N6 A 0, 0.653, 2.206, 3.759, 5.824 max_d=5.824 avg_d=2.206 std_dev=1.553
O3' B 0, 0.702, 2.277, 3.851, 4.970 max_d=4.970 avg_d=2.277 std_dev=1.575
O2' A 0, 0.241, 1.878, 3.516, 6.771 max_d=6.771 avg_d=1.878 std_dev=1.637
C4' A 0, 0.697, 2.409, 4.121, 5.372 max_d=5.372 avg_d=2.409 std_dev=1.712
C5' A 0, 0.831, 3.223, 5.616, 7.864 max_d=7.864 avg_d=3.223 std_dev=2.393
P B 0, 0.608, 3.006, 5.403, 8.817 max_d=8.817 avg_d=3.006 std_dev=2.398
O5' A 0, 0.654, 3.195, 5.736, 8.935 max_d=8.935 avg_d=3.195 std_dev=2.541
OP2 B 0, 1.346, 4.100, 6.854, 9.670 max_d=9.670 avg_d=4.100 std_dev=2.754
OP1 B 0, 0.787, 3.661, 6.534, 10.476 max_d=10.476 avg_d=3.661 std_dev=2.873
P A 0, 0.354, 3.719, 7.083, 11.209 max_d=11.209 avg_d=3.719 std_dev=3.364
OP1 A 0, 0.477, 4.112, 7.748, 13.072 max_d=13.072 avg_d=4.112 std_dev=3.635
OP2 A 0, 0.295, 4.123, 7.951, 11.793 max_d=11.793 avg_d=4.123 std_dev=3.828

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.00 0.42 0.62 0.66 0.40
C2 0.04 0.00 0.59 0.57 0.01 0.37 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.59 0.69 0.40 1.19 1.83 1.68 1.46
C2' 0.00 0.59 0.00 0.01 0.31 0.02 0.15 0.21 0.27 0.28 0.46 0.59 0.19 0.15 0.03 0.00 0.05 0.02 0.33 0.48 0.78 0.39
C3' 0.02 0.57 0.01 0.00 0.34 0.01 0.36 0.02 0.40 0.51 0.49 0.55 0.42 0.47 0.25 0.02 0.01 0.02 0.35 0.49 0.70 0.37
C4 0.02 0.01 0.31 0.34 0.00 0.20 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.32 0.21 1.01 1.53 1.36 1.15
C4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.20 0.00 0.19 0.01 0.24 0.27 0.31 0.35 0.24 0.25 0.12 0.32 0.03 0.00 0.02 0.37 0.39 0.13
C5 0.02 0.01 0.15 0.36 0.00 0.19 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.16 0.12 1.16 1.88 1.59 1.37
C5' 0.07 0.67 0.21 0.02 0.35 0.01 0.34 0.00 0.44 0.41 0.59 0.60 0.44 0.38 0.17 0.12 0.23 0.02 0.01 0.32 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.27 0.40 0.01 0.24 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.46 0.27 0.20 1.28 2.15 1.84 1.59
C8 0.02 0.01 0.28 0.51 0.01 0.27 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.37 0.40 0.21 0.95 1.37 1.17 0.95
N1 0.04 0.00 0.46 0.49 0.01 0.31 0.01 0.59 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.53 0.51 0.33 1.28 2.09 1.87 1.62
N3 0.04 0.00 0.59 0.55 0.00 0.35 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.54 0.67 0.39 1.03 1.52 1.39 1.22
N6 0.02 0.01 0.19 0.42 0.01 0.24 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.47 0.21 0.15 1.35 2.37 1.98 1.72
N7 0.01 0.01 0.15 0.47 0.01 0.25 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.32 0.10 1.13 1.82 1.47 1.26
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.80 1.15 1.04 0.82
O2' 0.02 0.59 0.00 0.02 0.37 0.32 0.39 0.12 0.46 0.37 0.53 0.54 0.47 0.40 0.23 0.00 0.08 0.24 0.28 0.50 0.79 0.31
O3' 0.35 0.69 0.05 0.01 0.32 0.03 0.16 0.23 0.27 0.40 0.51 0.67 0.21 0.32 0.16 0.08 0.00 0.23 0.42 0.57 0.79 0.44
O4' 0.00 0.40 0.02 0.02 0.21 0.00 0.12 0.02 0.20 0.21 0.33 0.39 0.15 0.10 0.02 0.24 0.23 0.00 0.40 0.61 0.65 0.43
O5' 0.42 1.19 0.33 0.35 1.01 0.02 1.16 0.01 1.28 0.95 1.28 1.03 1.35 1.13 0.80 0.28 0.42 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 1.83 0.48 0.49 1.53 0.37 1.88 0.32 2.15 1.37 2.09 1.52 2.37 1.82 1.15 0.50 0.57 0.61 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.66 1.68 0.78 0.70 1.36 0.39 1.59 0.32 1.84 1.17 1.87 1.39 1.98 1.47 1.04 0.79 0.79 0.65 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.40 1.46 0.39 0.37 1.15 0.13 1.37 0.02 1.59 0.95 1.62 1.22 1.72 1.26 0.82 0.31 0.44 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.27 1.41 1.60 1.56 1.45 1.14 1.36 0.85 1.21 1.27 1.46 1.57 1.52 1.65 1.85 1.03 0.84 1.04 0.78 0.34
C2 1.35 1.45 1.48 1.26 1.31 1.14 1.10 0.75 0.97 1.21 1.45 1.44 1.69 1.79 1.53 1.20 0.59 1.02 0.94 0.39
C2' 1.29 1.34 1.62 1.55 1.21 1.15 1.10 0.79 1.03 1.19 1.31 1.27 1.55 1.76 1.92 1.07 1.04 0.89 1.40 0.77
C3' 1.55 1.65 1.87 1.77 1.44 1.32 1.29 0.90 1.26 1.47 1.60 1.46 1.86 1.98 2.11 1.26 1.07 1.09 1.33 0.75
C4 1.18 1.25 1.34 1.19 1.20 1.04 1.06 0.70 0.91 1.07 1.26 1.32 1.43 1.55 1.44 1.06 0.61 0.98 0.94 0.33
C4' 1.94 2.16 2.32 2.27 2.09 1.67 1.94 1.22 1.85 1.98 2.18 2.14 2.27 2.29 2.54 1.57 1.32 1.08 0.88 0.65
C5 1.23 1.29 1.29 1.09 1.26 1.09 1.12 0.75 0.95 1.11 1.30 1.39 1.46 1.54 1.31 1.15 0.53 0.93 1.04 0.45
C5' 2.63 2.80 2.97 2.94 2.64 2.37 2.48 1.90 2.47 2.65 2.78 2.62 2.91 2.89 3.16 2.27 2.03 1.42 1.28 1.28
C6 1.41 1.50 1.43 1.17 1.44 1.21 1.26 0.83 1.09 1.29 1.51 1.59 1.70 1.75 1.39 1.31 0.53 0.93 1.06 0.52
C8 0.98 1.06 1.11 1.02 1.16 0.91 1.09 0.64 0.90 0.93 1.12 1.30 1.15 1.22 1.23 0.90 0.58 0.88 1.00 0.33
N1 1.42 1.53 1.48 1.21 1.42 1.19 1.20 0.79 1.05 1.29 1.54 1.56 1.77 1.83 1.45 1.30 0.55 0.98 1.01 0.47
N3 1.27 1.37 1.47 1.31 1.26 1.10 1.09 0.74 0.96 1.16 1.37 1.38 1.58 1.71 1.59 1.11 0.65 1.03 0.90 0.33
N6 1.58 1.71 1.58 1.29 1.71 1.35 1.54 0.95 1.33 1.49 1.75 1.89 1.89 1.92 1.49 1.47 0.56 0.89 1.12 0.62
N7 1.13 1.18 1.17 1.02 1.24 1.05 1.15 0.76 0.96 1.04 1.22 1.38 1.29 1.36 1.21 1.09 0.51 0.86 1.09 0.50
N9 1.10 1.19 1.32 1.23 1.21 0.99 1.12 0.69 0.96 1.04 1.22 1.33 1.31 1.44 1.48 0.95 0.68 0.96 0.89 0.27
O2' 1.27 1.37 1.60 1.54 1.37 1.15 1.28 0.89 1.15 1.22 1.39 1.48 1.53 1.74 1.93 1.07 0.99 1.01 1.39 0.84
O3' 1.54 1.64 1.78 1.63 1.41 1.32 1.26 1.00 1.24 1.45 1.58 1.43 1.87 1.93 1.96 1.33 1.04 1.39 1.39 0.94
O4' 1.81 2.03 2.14 2.11 2.08 1.59 1.97 1.26 1.83 1.88 2.10 2.17 2.10 2.08 2.31 1.50 1.32 1.22 0.71 0.69
O5' 2.59 2.83 3.01 2.88 2.58 2.14 2.34 1.52 2.34 2.61 2.79 2.54 3.00 2.97 3.14 2.10 1.61 1.20 1.31 0.97
OP1 2.92 3.26 3.44 2.95 2.75 2.15 2.34 1.36 2.39 2.90 3.15 2.66 3.57 3.49 3.08 2.24 1.30 1.01 1.42 0.89
OP2 3.05 3.17 3.54 3.19 2.60 2.52 2.27 1.72 2.38 2.88 3.00 2.49 3.52 3.80 3.59 2.49 1.86 1.40 1.40 1.19
P 3.01 3.18 3.52 3.25 2.70 2.45 2.38 1.63 2.46 2.91 3.05 2.60 3.45 3.60 3.60 2.43 1.70 1.14 1.28 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.13 0.01 0.38 0.44 0.44 0.30
C2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.15 0.05 0.68 0.51 1.08 0.70
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.08 0.10 0.03 0.10 0.07 0.20 0.00 0.03 0.01 0.28 0.58 0.29 0.30
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.23 0.01 0.26 0.02 0.23 0.14 0.19 0.25 0.15 0.02 0.01 0.02 0.34 0.65 0.21 0.32
C4 0.02 0.01 0.06 0.23 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.20 0.04 1.00 0.84 1.78 1.16
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.07 0.07 0.12 0.06 0.16 0.03 0.01 0.02 0.46 0.24 0.14
C5 0.02 0.01 0.09 0.26 0.00 0.14 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.24 0.06 1.07 0.94 1.86 1.25
C5' 0.04 0.10 0.08 0.02 0.19 0.01 0.23 0.00 0.20 0.11 0.14 0.21 0.08 0.10 0.11 0.02 0.01 0.41 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.21 0.07 0.96 0.77 1.45 1.02
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.10 0.02 0.70 0.53 1.01 0.68
N3 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.17 0.05 0.84 0.65 1.44 0.93
N4 0.02 0.02 0.07 0.25 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.19 0.23 0.04 1.06 0.96 2.02 1.30
O2 0.04 0.01 0.20 0.15 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.25 0.09 0.52 0.42 0.78 0.49
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.17 0.16 0.18 0.10 0.16 0.10 0.17 0.19 0.23 0.00 0.06 0.12 0.16 0.64 0.42 0.32
O3' 0.13 0.15 0.03 0.01 0.20 0.03 0.24 0.11 0.21 0.10 0.17 0.23 0.25 0.06 0.00 0.08 0.50 0.79 0.61 0.51
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.09 0.12 0.08 0.00 0.37 0.45 0.37 0.27
O5' 0.38 0.68 0.28 0.34 1.00 0.02 1.07 0.01 0.96 0.70 0.84 1.06 0.52 0.16 0.50 0.37 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.51 0.58 0.65 0.84 0.46 0.94 0.41 0.77 0.53 0.65 0.96 0.42 0.64 0.79 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 1.08 0.29 0.21 1.78 0.24 1.86 0.40 1.45 1.01 1.44 2.02 0.78 0.42 0.61 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.70 0.30 0.32 1.16 0.14 1.25 0.02 1.02 0.68 0.93 1.30 0.49 0.32 0.51 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00