ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 573

back

Distances from reference structure (by RMSD)

24, 34, 2, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 3, 6, 3, 169,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.360, 1.086, 1.811, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.086 std_dev=0.725
C4 B 0, 0.347, 1.085, 1.824, 3.345 max_d=3.345 avg_d=1.085 std_dev=0.738
C4 A 0, 0.326, 1.082, 1.837, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.082 std_dev=0.755
N9 A 0, 0.502, 1.265, 2.028, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.265 std_dev=0.763
C8 A 0, 0.506, 1.303, 2.101, 2.836 max_d=2.836 avg_d=1.303 std_dev=0.797
C1' B 0, 0.583, 1.401, 2.220, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.401 std_dev=0.819
C5 B 0, 0.276, 1.228, 2.181, 3.987 max_d=3.987 avg_d=1.228 std_dev=0.953
C2' B 0, 0.625, 1.608, 2.592, 3.777 max_d=3.777 avg_d=1.608 std_dev=0.984
N3 A 0, 0.287, 1.303, 2.319, 5.157 max_d=5.157 avg_d=1.303 std_dev=1.016
C5 A 0, 0.630, 1.653, 2.676, 4.027 max_d=4.027 avg_d=1.653 std_dev=1.023
O2' B 0, 0.549, 1.608, 2.667, 4.937 max_d=4.937 avg_d=1.608 std_dev=1.059
C8 B 0, 0.293, 1.357, 2.421, 3.540 max_d=3.540 avg_d=1.357 std_dev=1.064
O4' B 0, 0.715, 1.804, 2.892, 3.567 max_d=3.567 avg_d=1.804 std_dev=1.089
N3 B 0, 0.319, 1.435, 2.550, 3.720 max_d=3.720 avg_d=1.435 std_dev=1.115
N7 A 0, 0.642, 1.759, 2.875, 4.505 max_d=4.505 avg_d=1.759 std_dev=1.117
C6 B 0, 0.490, 1.640, 2.790, 5.006 max_d=5.006 avg_d=1.640 std_dev=1.150
C2 A 0, 0.552, 1.705, 2.858, 5.521 max_d=5.521 avg_d=1.705 std_dev=1.153
N7 B 0, 0.212, 1.455, 2.699, 4.377 max_d=4.377 avg_d=1.455 std_dev=1.243
C3' B 0, 0.846, 2.146, 3.445, 5.025 max_d=5.025 avg_d=2.146 std_dev=1.300
N1 B 0, 0.479, 1.788, 3.097, 5.597 max_d=5.597 avg_d=1.788 std_dev=1.309
O5' B 0, 0.900, 2.235, 3.570, 5.278 max_d=5.278 avg_d=2.235 std_dev=1.335
C4' B 0, 0.815, 2.159, 3.502, 4.717 max_d=4.717 avg_d=2.159 std_dev=1.343
C2 B 0, 0.382, 1.753, 3.124, 4.998 max_d=4.998 avg_d=1.753 std_dev=1.371
O6 B 0, 0.654, 2.105, 3.555, 6.167 max_d=6.167 avg_d=2.105 std_dev=1.450
C5' B 0, 0.955, 2.449, 3.943, 4.965 max_d=4.965 avg_d=2.449 std_dev=1.494
N1 A 0, 0.806, 2.323, 3.839, 4.699 max_d=4.699 avg_d=2.323 std_dev=1.516
P B 0, 0.855, 2.407, 3.959, 6.529 max_d=6.529 avg_d=2.407 std_dev=1.552
C1' A 0, 0.486, 2.058, 3.629, 4.610 max_d=4.610 avg_d=2.058 std_dev=1.571
C6 A 0, 0.763, 2.377, 3.990, 5.676 max_d=5.676 avg_d=2.377 std_dev=1.614
O3' B 0, 0.909, 2.535, 4.162, 7.129 max_d=7.129 avg_d=2.535 std_dev=1.626
OP2 B 0, 0.994, 2.768, 4.542, 7.027 max_d=7.027 avg_d=2.768 std_dev=1.774
OP1 B 0, 0.797, 2.576, 4.355, 8.202 max_d=8.202 avg_d=2.576 std_dev=1.779
N2 B 0, 0.572, 2.401, 4.230, 7.175 max_d=7.175 avg_d=2.401 std_dev=1.829
O4' A 0, 0.594, 2.587, 4.581, 6.532 max_d=6.532 avg_d=2.587 std_dev=1.993
C2' A 0, 0.628, 3.001, 5.374, 6.823 max_d=6.823 avg_d=3.001 std_dev=2.373
N6 A 0, 0.856, 3.280, 5.704, 8.222 max_d=8.222 avg_d=3.280 std_dev=2.424
C4' A 0, 0.853, 3.779, 6.704, 8.416 max_d=8.416 avg_d=3.779 std_dev=2.926
O2' A 0, 0.261, 3.209, 6.158, 8.246 max_d=8.246 avg_d=3.209 std_dev=2.948
C3' A 0, 0.918, 4.034, 7.151, 8.903 max_d=8.903 avg_d=4.034 std_dev=3.117
C5' A 0, 1.127, 4.541, 7.954, 10.378 max_d=10.378 avg_d=4.541 std_dev=3.413
O3' A 0, 1.246, 4.713, 8.180, 10.770 max_d=10.770 avg_d=4.713 std_dev=3.467
O5' A 0, 0.330, 3.853, 7.376, 10.962 max_d=10.962 avg_d=3.853 std_dev=3.523
P A 0, 0.194, 4.803, 9.412, 13.576 max_d=13.576 avg_d=4.803 std_dev=4.609
OP1 A 0, 0.554, 5.364, 10.174, 15.783 max_d=15.783 avg_d=5.364 std_dev=4.810
OP2 A 0, -0.068, 4.974, 10.016, 14.010 max_d=14.010 avg_d=4.974 std_dev=5.042

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.23 0.31 0.37 0.22
C2 0.04 0.00 0.32 0.50 0.02 0.53 0.02 0.85 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.60 0.54 0.47 0.79 1.17 0.97 1.06
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.17 0.02 0.09 0.17 0.15 0.20 0.25 0.32 0.12 0.13 0.04 0.00 0.04 0.03 0.49 0.65 0.60 0.49
C3' 0.02 0.50 0.01 0.00 0.38 0.01 0.51 0.03 0.51 0.69 0.48 0.46 0.59 0.67 0.37 0.02 0.01 0.02 0.40 0.70 0.41 0.36
C4 0.02 0.02 0.17 0.38 0.00 0.28 0.01 0.46 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.39 0.21 0.25 0.45 0.71 0.63 0.65
C4' 0.02 0.53 0.02 0.01 0.28 0.00 0.28 0.01 0.32 0.45 0.42 0.51 0.34 0.41 0.19 0.33 0.04 0.01 0.02 0.27 0.49 0.13
C5 0.02 0.02 0.09 0.51 0.01 0.28 0.00 0.52 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.30 0.11 0.49 0.82 0.82 0.76
C5' 0.06 0.85 0.17 0.03 0.46 0.01 0.52 0.00 0.60 0.67 0.73 0.76 0.64 0.66 0.32 0.17 0.21 0.02 0.01 0.39 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.51 0.01 0.32 0.01 0.60 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.46 0.29 0.21 0.57 1.00 0.97 0.93
C8 0.02 0.03 0.20 0.69 0.01 0.45 0.02 0.67 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.46 0.66 0.24 0.59 0.72 0.75 0.65
N1 0.04 0.01 0.25 0.48 0.02 0.42 0.02 0.73 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.55 0.36 0.36 0.70 1.16 1.02 1.05
N3 0.04 0.01 0.32 0.46 0.01 0.51 0.01 0.76 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.56 0.55 0.48 0.69 0.95 0.77 0.87
N6 0.03 0.02 0.12 0.59 0.02 0.34 0.02 0.64 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.46 0.41 0.15 0.59 1.07 1.12 1.00
N7 0.02 0.02 0.13 0.67 0.01 0.41 0.01 0.66 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.45 0.64 0.13 0.58 0.83 0.90 0.76
N9 0.01 0.03 0.04 0.37 0.01 0.19 0.01 0.32 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.26 0.19 0.01 0.35 0.50 0.47 0.43
O2' 0.02 0.60 0.00 0.02 0.39 0.33 0.40 0.17 0.46 0.46 0.55 0.56 0.46 0.45 0.26 0.00 0.12 0.26 0.40 0.63 0.44 0.39
O3' 0.33 0.54 0.04 0.01 0.21 0.04 0.30 0.21 0.29 0.66 0.36 0.55 0.41 0.64 0.19 0.12 0.00 0.23 0.36 0.67 0.58 0.32
O4' 0.01 0.47 0.03 0.02 0.25 0.01 0.11 0.02 0.21 0.24 0.36 0.48 0.15 0.13 0.01 0.26 0.23 0.00 0.24 0.33 0.41 0.25
O5' 0.23 0.79 0.49 0.40 0.45 0.02 0.49 0.01 0.57 0.59 0.70 0.69 0.59 0.58 0.35 0.40 0.36 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 1.17 0.65 0.70 0.71 0.27 0.82 0.39 1.00 0.72 1.16 0.95 1.07 0.83 0.50 0.63 0.67 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.97 0.60 0.41 0.63 0.49 0.82 0.37 0.97 0.75 1.02 0.77 1.12 0.90 0.47 0.44 0.58 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 1.06 0.49 0.36 0.65 0.13 0.76 0.02 0.93 0.65 1.05 0.87 1.00 0.76 0.43 0.39 0.32 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.20 2.01 0.95 0.93 1.54 1.00 1.60 0.85 1.76 1.43 1.89 2.37 1.85 1.66 1.29 1.15 1.38 1.19 0.96 1.86 0.71 1.16 0.69
C2 2.11 3.71 1.67 1.26 3.02 1.49 3.19 1.39 3.58 2.54 3.78 4.05 3.31 2.95 2.52 1.72 1.21 2.02 0.80 3.72 0.87 0.87 0.29
C2' 1.31 1.89 1.12 1.26 1.41 1.38 1.38 1.25 1.52 1.27 1.70 2.29 1.79 1.44 1.21 1.27 1.67 1.38 1.51 1.61 1.29 1.36 1.28
C3' 1.89 2.46 1.68 1.86 1.91 1.93 1.71 1.72 1.86 1.43 2.18 2.88 2.38 1.54 1.68 1.87 2.36 1.91 2.04 1.85 1.51 2.16 1.95
C4 1.79 2.96 1.41 1.10 2.46 1.32 2.59 1.28 2.83 2.18 2.97 3.24 2.70 2.48 2.11 1.44 1.10 1.77 0.80 2.92 0.80 0.92 0.30
C4' 2.07 2.53 1.97 2.13 2.04 1.94 1.81 1.42 1.93 1.53 2.24 2.91 2.48 1.60 1.83 2.28 2.78 1.92 1.69 1.88 1.05 1.91 1.53
C5 2.20 3.44 1.80 1.44 2.92 1.67 3.01 1.56 3.26 2.53 3.44 3.68 3.17 2.83 2.53 1.78 1.34 2.17 0.87 3.32 0.97 0.81 0.38
C5' 2.79 2.98 2.78 3.00 2.57 2.71 2.20 2.03 2.27 1.94 2.63 3.32 3.01 1.87 2.42 3.07 3.67 2.58 2.13 2.11 1.37 2.15 1.76
C6 2.57 4.15 2.11 1.70 3.47 1.91 3.58 1.72 3.93 2.90 4.18 4.45 3.78 3.27 2.97 2.12 1.61 2.47 0.94 3.99 1.07 0.76 0.47
C8 1.57 2.32 1.31 1.12 1.99 1.31 2.05 1.29 2.18 1.85 2.27 2.52 2.18 2.04 1.76 1.30 1.12 1.61 0.83 2.23 0.81 0.92 0.33
N1 2.47 4.20 2.00 1.57 3.44 1.78 3.58 1.61 4.00 2.85 4.26 4.56 3.77 3.26 2.89 2.02 1.49 2.35 0.87 4.11 1.01 0.79 0.37
N3 1.79 3.13 1.39 1.03 2.55 1.26 2.72 1.21 3.03 2.22 3.18 3.45 2.81 2.58 2.14 1.46 1.08 1.73 0.80 3.17 0.77 0.95 0.33
N6 2.98 4.73 2.49 2.05 3.96 2.24 4.05 1.93 4.45 3.25 4.76 5.03 4.31 3.64 3.39 2.52 2.01 2.83 1.08 4.49 1.22 0.73 0.66
N7 2.13 3.06 1.79 1.48 2.70 1.69 2.74 1.61 2.91 2.40 3.04 3.23 2.89 2.61 2.40 1.76 1.36 2.14 0.92 2.94 1.00 0.80 0.49
N9 1.42 2.33 1.13 0.94 1.91 1.13 2.01 1.09 2.18 1.77 2.28 2.61 2.15 2.01 1.64 1.18 1.10 1.44 0.83 2.26 0.72 1.01 0.39
O2' 1.08 1.54 1.06 1.14 1.16 1.25 1.33 1.47 1.43 1.45 1.45 1.92 1.40 1.61 1.10 1.14 1.33 1.20 1.71 1.64 1.89 1.58 1.64
O3' 2.00 2.52 1.87 2.03 2.02 2.11 1.89 2.16 2.03 1.72 2.29 2.94 2.43 1.80 1.84 2.01 2.40 2.04 2.63 2.06 2.41 2.89 2.86
O4' 1.48 2.08 1.42 1.55 1.62 1.31 1.57 0.83 1.71 1.38 1.90 2.44 1.97 1.54 1.41 1.71 2.12 1.32 1.15 1.75 0.74 1.35 0.89
O5' 2.80 2.72 2.99 3.30 2.42 2.78 2.06 2.00 2.06 1.95 2.37 3.01 2.81 1.83 2.37 3.32 4.01 2.49 2.06 1.91 1.38 1.57 1.45
OP1 3.53 3.28 4.03 4.27 3.06 3.36 2.67 2.59 2.63 2.65 2.93 3.53 3.39 2.45 3.07 4.52 4.93 3.02 2.65 2.43 1.92 1.67 1.79
OP2 2.94 2.86 3.27 3.47 2.47 2.71 1.95 1.93 1.93 1.81 2.37 3.24 2.99 1.60 2.40 3.88 4.48 2.44 1.82 1.66 1.46 1.78 1.39
P 3.34 3.10 3.72 4.01 2.82 3.19 2.35 2.34 2.31 2.28 2.68 3.40 3.24 2.05 2.81 4.20 4.90 2.87 2.29 2.06 1.54 1.62 1.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.51 0.04 0.48 0.65 0.54
C2 0.06 0.00 0.35 0.32 0.01 0.31 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.42 0.46 0.37 0.69 0.02 0.83 1.02 0.81
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.18 0.17 0.17 0.27 0.41 0.34 0.09 0.03 0.00 0.05 0.02 0.56 0.14 0.53 0.66 0.53
C3' 0.03 0.32 0.01 0.00 0.23 0.01 0.28 0.02 0.30 0.29 0.31 0.36 0.29 0.31 0.18 0.02 0.01 0.02 0.30 0.33 0.39 0.27 0.23
C4 0.03 0.01 0.19 0.23 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.28 0.18 0.77 0.02 0.89 1.12 0.93
C4' 0.01 0.31 0.02 0.01 0.13 0.00 0.11 0.01 0.13 0.26 0.22 0.42 0.29 0.23 0.08 0.22 0.04 0.01 0.02 0.14 0.25 0.23 0.11
C5 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.20 0.08 0.98 0.02 1.22 1.49 1.26
C5' 0.06 0.42 0.18 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.22 0.38 0.31 0.58 0.39 0.35 0.12 0.08 0.17 0.02 0.01 0.24 0.33 0.39 0.02
C6 0.04 0.01 0.17 0.30 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.26 0.15 0.96 0.01 1.26 1.50 1.26
C8 0.02 0.02 0.17 0.29 0.01 0.26 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.38 0.16 0.21 1.17 0.03 1.32 1.65 1.45
N1 0.05 0.01 0.27 0.31 0.02 0.22 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.37 0.28 0.81 0.02 1.05 1.25 1.02
N2 0.08 0.01 0.41 0.36 0.02 0.42 0.02 0.58 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.53 0.57 0.46 0.69 0.02 0.81 0.98 0.78
N3 0.06 0.01 0.34 0.29 0.01 0.29 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.40 0.45 0.36 0.63 0.02 0.71 0.90 0.70
N7 0.01 0.02 0.09 0.31 0.01 0.23 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.36 0.17 0.12 1.20 0.03 1.49 1.82 1.57
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.17 0.17 0.01 0.82 0.03 0.87 1.11 0.96
O2' 0.02 0.42 0.00 0.02 0.23 0.22 0.26 0.08 0.29 0.38 0.35 0.53 0.40 0.36 0.17 0.00 0.06 0.16 0.44 0.30 0.43 0.68 0.44
O3' 0.29 0.46 0.05 0.01 0.28 0.04 0.20 0.17 0.26 0.16 0.37 0.57 0.45 0.17 0.17 0.06 0.00 0.20 0.27 0.25 0.53 0.41 0.35
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.18 0.01 0.08 0.02 0.15 0.21 0.28 0.46 0.36 0.12 0.01 0.16 0.20 0.00 0.42 0.10 0.46 0.42 0.43
O5' 0.51 0.69 0.56 0.30 0.77 0.02 0.98 0.01 0.96 1.17 0.81 0.69 0.63 1.20 0.82 0.44 0.27 0.42 0.00 1.07 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.14 0.33 0.02 0.14 0.02 0.24 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.30 0.25 0.10 1.07 0.00 1.47 1.70 1.44
OP1 0.48 0.83 0.53 0.39 0.89 0.25 1.22 0.33 1.26 1.32 1.05 0.81 0.71 1.49 0.87 0.43 0.53 0.46 0.02 1.47 0.00 0.01 0.01
OP2 0.65 1.02 0.66 0.27 1.12 0.23 1.49 0.39 1.50 1.65 1.25 0.98 0.90 1.82 1.11 0.68 0.41 0.42 0.02 1.70 0.01 0.00 0.01
P 0.54 0.81 0.53 0.23 0.93 0.11 1.26 0.02 1.26 1.45 1.02 0.78 0.70 1.57 0.96 0.44 0.35 0.43 0.01 1.44 0.01 0.01 0.00