ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 578

back

Distances from reference structure (by RMSD)

16, 35, 0, 0, 0, 0, 0, 6, 7, 0, 1, 1, 51, 26, 9, 6, 0, 1, 1, 29,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.299, 0.846, 1.394, 3.053 max_d=3.053 avg_d=0.846 std_dev=0.547
C4 A 0, 0.092, 0.688, 1.284, 3.140 max_d=3.140 avg_d=0.688 std_dev=0.596
N1 B 0, 0.178, 0.833, 1.487, 3.204 max_d=3.204 avg_d=0.833 std_dev=0.655
C1' A 0, 0.412, 1.103, 1.794, 3.102 max_d=3.102 avg_d=1.103 std_dev=0.691
C6 B 0, 0.205, 0.910, 1.615, 3.828 max_d=3.828 avg_d=0.910 std_dev=0.705
C5 A 0, 0.167, 0.913, 1.659, 4.166 max_d=4.166 avg_d=0.913 std_dev=0.746
N3 A 0, 0.161, 0.909, 1.657, 4.898 max_d=4.898 avg_d=0.909 std_dev=0.748
C8 A 0, 0.339, 1.112, 1.885, 3.841 max_d=3.841 avg_d=1.112 std_dev=0.773
C2 B 0, 0.266, 1.096, 1.927, 4.519 max_d=4.519 avg_d=1.096 std_dev=0.830
N7 A 0, 0.281, 1.192, 2.102, 4.767 max_d=4.767 avg_d=1.192 std_dev=0.911
N3 B 0, 0.209, 1.176, 2.143, 6.347 max_d=6.347 avg_d=1.176 std_dev=0.967
C6 A 0, 0.115, 1.111, 2.107, 5.521 max_d=5.521 avg_d=1.111 std_dev=0.996
C2 A 0, 0.023, 1.041, 2.058, 6.351 max_d=6.351 avg_d=1.041 std_dev=1.017
C1' B 0, 0.392, 1.411, 2.431, 3.946 max_d=3.946 avg_d=1.411 std_dev=1.019
C5 B 0, 0.085, 1.165, 2.244, 4.856 max_d=4.856 avg_d=1.165 std_dev=1.079
C4 B 0, 0.164, 1.296, 2.427, 6.643 max_d=6.643 avg_d=1.296 std_dev=1.131
N1 A 0, -0.082, 1.071, 2.224, 6.254 max_d=6.254 avg_d=1.071 std_dev=1.153
C2' A 0, 0.228, 1.433, 2.638, 5.697 max_d=5.697 avg_d=1.433 std_dev=1.205
O4' A 0, 0.310, 1.554, 2.797, 4.626 max_d=4.626 avg_d=1.554 std_dev=1.243
O2 B 0, 0.389, 1.656, 2.922, 5.025 max_d=5.025 avg_d=1.656 std_dev=1.267
N6 A 0, 0.195, 1.508, 2.821, 6.897 max_d=6.897 avg_d=1.508 std_dev=1.313
O4' B 0, 0.234, 1.547, 2.860, 5.253 max_d=5.253 avg_d=1.547 std_dev=1.313
C2' B 0, 0.586, 2.030, 3.475, 4.876 max_d=4.876 avg_d=2.030 std_dev=1.445
C3' B 0, 0.608, 2.177, 3.747, 5.409 max_d=5.409 avg_d=2.177 std_dev=1.570
O4 B 0, 0.221, 1.841, 3.460, 8.744 max_d=8.744 avg_d=1.841 std_dev=1.620
C3' A 0, -0.009, 1.630, 3.269, 6.863 max_d=6.863 avg_d=1.630 std_dev=1.639
C4' B 0, 0.397, 2.053, 3.710, 6.132 max_d=6.132 avg_d=2.053 std_dev=1.656
O2' A 0, 0.411, 2.071, 3.732, 6.608 max_d=6.608 avg_d=2.071 std_dev=1.661
C4' A 0, 0.022, 1.718, 3.414, 6.186 max_d=6.186 avg_d=1.718 std_dev=1.696
O5' B 0, 0.630, 2.475, 4.320, 9.024 max_d=9.024 avg_d=2.475 std_dev=1.845
O2' B 0, 0.574, 2.478, 4.383, 6.656 max_d=6.656 avg_d=2.478 std_dev=1.904
C5' B 0, 0.401, 2.306, 4.211, 7.562 max_d=7.562 avg_d=2.306 std_dev=1.905
O3' B 0, 0.475, 2.449, 4.424, 7.633 max_d=7.633 avg_d=2.449 std_dev=1.975
O3' A 0, -0.117, 2.004, 4.124, 8.379 max_d=8.379 avg_d=2.004 std_dev=2.120
P B 0, 0.864, 3.194, 5.523, 11.047 max_d=11.047 avg_d=3.194 std_dev=2.330
C5' A 0, -0.126, 2.417, 4.960, 8.630 max_d=8.630 avg_d=2.417 std_dev=2.543
OP2 B 0, 0.995, 3.727, 6.459, 11.108 max_d=11.108 avg_d=3.727 std_dev=2.732
O5' A 0, 0.400, 3.221, 6.042, 9.946 max_d=9.946 avg_d=3.221 std_dev=2.821
OP1 B 0, 0.632, 3.636, 6.641, 13.626 max_d=13.626 avg_d=3.636 std_dev=3.004
P A 0, 0.888, 4.609, 8.330, 12.946 max_d=12.946 avg_d=4.609 std_dev=3.721
OP2 A 0, 1.531, 5.599, 9.668, 14.133 max_d=14.133 avg_d=5.599 std_dev=4.069
OP1 A 0, 1.477, 5.566, 9.656, 14.529 max_d=14.529 avg_d=5.566 std_dev=4.089

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.25 0.38 0.36 0.26
C2 0.05 0.00 0.51 0.51 0.01 0.46 0.01 0.77 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.47 0.45 0.50 0.89 1.26 1.17 1.20
C2' 0.01 0.51 0.00 0.01 0.27 0.02 0.14 0.18 0.25 0.25 0.41 0.50 0.19 0.13 0.03 0.01 0.03 0.03 0.38 0.50 0.44 0.32
C3' 0.01 0.51 0.01 0.00 0.33 0.01 0.36 0.02 0.40 0.42 0.46 0.48 0.43 0.43 0.24 0.02 0.01 0.02 0.41 0.62 0.41 0.30
C4 0.03 0.01 0.27 0.33 0.00 0.19 0.01 0.33 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.17 0.27 0.58 0.77 0.92 0.77
C4' 0.01 0.46 0.02 0.01 0.19 0.00 0.10 0.01 0.17 0.36 0.34 0.45 0.13 0.27 0.09 0.30 0.03 0.01 0.02 0.31 0.55 0.16
C5 0.02 0.01 0.14 0.36 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.12 0.13 0.67 0.85 1.31 0.91
C5' 0.07 0.77 0.18 0.02 0.33 0.01 0.20 0.00 0.33 0.51 0.59 0.72 0.26 0.41 0.13 0.13 0.20 0.02 0.01 0.37 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.25 0.40 0.01 0.17 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.18 0.24 0.72 1.04 1.42 1.05
C8 0.02 0.02 0.25 0.42 0.01 0.36 0.01 0.51 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.50 0.31 0.27 0.85 0.79 1.32 0.93
N1 0.05 0.01 0.41 0.46 0.02 0.34 0.01 0.59 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.32 0.40 0.81 1.21 1.33 1.17
N3 0.05 0.01 0.50 0.48 0.01 0.45 0.01 0.72 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.46 0.44 0.50 0.80 1.06 0.94 1.01
N6 0.03 0.02 0.19 0.43 0.02 0.13 0.02 0.26 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.24 0.21 0.18 0.77 1.11 1.67 1.15
N7 0.01 0.02 0.13 0.43 0.01 0.27 0.00 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.44 0.29 0.14 0.85 0.89 1.58 1.04
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.02 0.50 0.54 0.78 0.57
O2' 0.02 0.47 0.01 0.02 0.19 0.30 0.22 0.13 0.21 0.50 0.33 0.46 0.24 0.44 0.20 0.00 0.07 0.20 0.29 0.59 0.81 0.41
O3' 0.31 0.45 0.03 0.01 0.17 0.03 0.12 0.20 0.18 0.31 0.32 0.44 0.21 0.29 0.11 0.07 0.00 0.21 0.36 0.79 0.84 0.43
O4' 0.01 0.50 0.03 0.02 0.27 0.01 0.13 0.02 0.24 0.27 0.40 0.50 0.18 0.14 0.02 0.20 0.21 0.00 0.17 0.37 0.32 0.22
O5' 0.25 0.89 0.38 0.41 0.58 0.02 0.67 0.01 0.72 0.85 0.81 0.80 0.77 0.85 0.50 0.29 0.36 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 1.26 0.50 0.62 0.77 0.31 0.85 0.37 1.04 0.79 1.21 1.06 1.11 0.89 0.54 0.59 0.79 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 1.17 0.44 0.41 0.92 0.55 1.31 0.40 1.42 1.32 1.33 0.94 1.67 1.58 0.78 0.81 0.84 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 1.20 0.32 0.30 0.77 0.16 0.91 0.02 1.05 0.93 1.17 1.01 1.15 1.04 0.57 0.41 0.43 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.32 1.40 1.68 1.38 1.47 0.98 1.38 0.84 1.23 1.27 1.45 1.52 2.02 1.39 1.61 1.09 0.65 1.42 0.92 0.65
C2 1.97 2.29 2.09 1.70 2.40 1.43 2.18 1.17 1.97 2.05 2.42 2.40 2.34 1.55 2.58 1.69 0.92 0.83 0.89 0.46
C2' 1.25 1.42 1.41 1.20 1.66 1.13 1.63 1.28 1.43 1.32 1.54 1.46 1.71 1.29 1.81 1.28 1.16 2.09 1.11 1.38
C3' 1.40 1.38 1.79 1.66 1.33 1.32 1.25 1.20 1.13 1.24 1.36 1.58 2.18 1.98 1.45 1.22 1.20 1.74 1.23 1.23
C4 1.66 1.83 1.85 1.54 1.93 1.26 1.80 1.04 1.63 1.68 1.92 1.92 2.07 1.39 2.07 1.45 0.82 0.91 0.83 0.36
C4' 1.76 1.67 2.28 2.10 1.43 1.52 1.28 1.12 1.27 1.53 1.57 1.91 2.75 2.44 1.51 1.34 1.19 1.40 1.36 1.02
C5 1.73 1.93 1.86 1.59 2.05 1.34 1.92 1.14 1.74 1.77 2.03 2.00 2.01 1.41 2.19 1.52 1.00 0.73 1.04 0.61
C5' 2.39 2.19 2.90 2.80 1.73 2.21 1.58 1.71 1.72 2.07 1.99 2.47 3.34 3.23 1.71 1.96 1.80 1.48 1.73 1.41
C6 1.94 2.26 2.02 1.70 2.40 1.47 2.22 1.24 2.00 2.04 2.39 2.33 2.16 1.51 2.57 1.70 1.11 0.71 1.20 0.79
C8 1.36 1.41 1.65 1.46 1.47 1.10 1.40 0.93 1.27 1.30 1.44 1.51 1.78 1.31 1.57 1.16 0.80 0.90 0.88 0.32
N1 2.05 2.42 2.12 1.74 2.55 1.50 2.32 1.23 2.08 2.16 2.56 2.52 2.32 1.55 2.74 1.76 1.04 0.72 1.08 0.67
N3 1.79 2.02 1.96 1.60 2.11 1.32 1.93 1.08 1.75 1.83 2.12 2.12 2.23 1.49 2.27 1.55 0.81 0.97 0.79 0.36
N6 2.00 2.36 2.05 1.76 2.55 1.54 2.35 1.32 2.09 2.13 2.52 2.44 2.16 1.59 2.75 1.75 1.25 0.81 1.45 1.06
N7 1.53 1.65 1.73 1.55 1.75 1.28 1.67 1.12 1.52 1.53 1.72 1.73 1.81 1.38 1.87 1.36 1.06 0.73 1.09 0.69
N9 1.42 1.51 1.70 1.43 1.59 1.08 1.49 0.90 1.35 1.39 1.57 1.61 1.94 1.32 1.71 1.22 0.69 1.08 0.81 0.33
O2' 1.32 1.57 1.30 1.09 1.94 1.27 1.94 1.54 1.70 1.50 1.75 1.54 1.60 1.15 2.11 1.50 1.45 2.43 1.46 1.78
O3' 1.51 1.53 1.85 1.72 1.50 1.48 1.42 1.39 1.28 1.37 1.52 1.74 2.30 2.12 1.63 1.40 1.45 2.05 1.46 1.63
O4' 1.73 1.66 2.24 1.97 1.49 1.38 1.36 0.97 1.35 1.54 1.60 1.84 2.61 2.09 1.56 1.31 0.96 1.06 1.28 0.67
O5' 2.56 2.26 3.03 3.09 1.83 2.46 1.74 1.88 1.91 2.21 2.04 2.52 3.33 3.55 1.79 2.18 1.92 1.01 1.59 1.28
OP1 3.24 3.03 3.67 3.58 2.54 2.87 2.47 2.19 2.65 2.95 2.79 3.33 3.94 4.06 2.45 2.74 2.06 1.23 1.55 1.43
OP2 3.04 2.65 3.44 3.48 1.97 3.00 1.84 2.33 2.12 2.57 2.32 3.00 3.80 4.12 1.86 2.72 2.28 1.48 1.82 1.62
P 3.21 2.87 3.64 3.67 2.25 3.00 2.14 2.24 2.40 2.81 2.58 3.19 3.93 4.30 2.14 2.79 2.14 1.05 1.52 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.32 0.03 0.01 0.38 0.43 0.73 0.42
C2 0.03 0.00 0.19 0.21 0.02 0.11 0.02 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.34 0.02 0.13 0.69 0.72 1.30 0.81
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.11 0.20 0.14 0.05 0.16 0.29 0.00 0.03 0.13 0.03 0.33 0.52 0.61 0.40
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.37 0.01 0.43 0.02 0.40 0.22 0.29 0.23 0.02 0.01 0.41 0.02 0.29 0.41 0.31 0.25
C4 0.02 0.02 0.10 0.37 0.00 0.17 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.03 0.39 0.23 0.01 0.05 0.96 0.86 1.87 1.16
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.17 0.00 0.25 0.01 0.25 0.10 0.11 0.22 0.30 0.03 0.18 0.01 0.02 0.24 0.34 0.10
C5 0.02 0.02 0.11 0.43 0.01 0.25 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.28 0.02 0.12 1.05 0.89 1.95 1.24
C5' 0.07 0.24 0.20 0.02 0.31 0.01 0.40 0.00 0.37 0.17 0.26 0.39 0.12 0.18 0.34 0.03 0.01 0.29 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.40 0.02 0.25 0.01 0.37 0.00 0.01 0.02 0.01 0.35 0.22 0.02 0.16 0.95 0.75 1.61 1.05
N1 0.01 0.01 0.05 0.22 0.02 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.17 0.02 0.02 0.67 0.59 1.20 0.74
N3 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.11 0.01 0.26 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.28 0.02 0.10 0.82 0.80 1.59 0.99
O2 0.04 0.01 0.29 0.23 0.03 0.22 0.02 0.39 0.01 0.02 0.02 0.00 0.32 0.56 0.04 0.23 0.68 0.83 1.20 0.83
O2' 0.03 0.28 0.00 0.02 0.39 0.30 0.41 0.12 0.35 0.22 0.34 0.32 0.00 0.08 0.42 0.23 0.30 0.54 0.52 0.36
O3' 0.32 0.34 0.03 0.01 0.23 0.03 0.28 0.18 0.22 0.17 0.28 0.56 0.08 0.00 0.29 0.21 0.43 0.48 0.50 0.39
O4 0.03 0.02 0.13 0.41 0.01 0.18 0.02 0.34 0.02 0.02 0.02 0.04 0.42 0.29 0.00 0.06 1.02 0.93 2.04 1.26
O4' 0.01 0.13 0.03 0.02 0.05 0.01 0.12 0.03 0.16 0.02 0.10 0.23 0.23 0.21 0.06 0.00 0.41 0.38 0.68 0.42
O5' 0.38 0.69 0.33 0.29 0.96 0.02 1.05 0.01 0.95 0.67 0.82 0.68 0.30 0.43 1.02 0.41 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.72 0.52 0.41 0.86 0.24 0.89 0.29 0.75 0.59 0.80 0.83 0.54 0.48 0.93 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.73 1.30 0.61 0.31 1.87 0.34 1.95 0.33 1.61 1.20 1.59 1.20 0.52 0.50 2.04 0.68 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.42 0.81 0.40 0.25 1.16 0.10 1.24 0.02 1.05 0.74 0.99 0.83 0.36 0.39 1.26 0.42 0.01 0.01 0.01 0.00