ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6411

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.069, 0.190, 0.310, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.190 std_dev=0.121
C1' A 0, 0.084, 0.221, 0.357, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.221 std_dev=0.137
N1 A 0, 0.024, 0.188, 0.352, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.188 std_dev=0.164
C6 A 0, 0.102, 0.284, 0.466, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.284 std_dev=0.182
C2 A 0, 0.121, 0.309, 0.498, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.309 std_dev=0.188
C5 A 0, 0.148, 0.360, 0.571, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.360 std_dev=0.212
N3 A 0, 0.167, 0.379, 0.592, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.379 std_dev=0.212
O2' A 0, 0.120, 0.339, 0.558, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.339 std_dev=0.219
C4 A 0, 0.129, 0.363, 0.598, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.363 std_dev=0.235
O4' A 0, 0.082, 0.334, 0.586, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.334 std_dev=0.252
C2' A 0, 0.097, 0.350, 0.604, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.350 std_dev=0.253
O2 A 0, 0.171, 0.435, 0.698, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.435 std_dev=0.263
O4 A 0, 0.154, 0.474, 0.794, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.474 std_dev=0.320
C4' A 0, 0.112, 0.452, 0.792, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.452 std_dev=0.340
N9 B 0, 0.185, 0.559, 0.933, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.559 std_dev=0.374
C3' A 0, 0.122, 0.506, 0.889, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.506 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.130, 0.567, 1.004, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.567 std_dev=0.437
N3 B 0, 0.213, 0.671, 1.128, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.671 std_dev=0.457
O3' A 0, 0.163, 0.673, 1.182, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.673 std_dev=0.509
C5' A 0, 0.225, 0.744, 1.264, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.744 std_dev=0.519
C1' B 0, 0.210, 0.747, 1.283, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.747 std_dev=0.537
C6 B 0, 0.075, 0.628, 1.182, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.628 std_dev=0.554
N1 B 0, 0.228, 0.803, 1.379, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.803 std_dev=0.575
C2 B 0, 0.298, 0.926, 1.554, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.926 std_dev=0.628
O5' A 0, 0.293, 0.945, 1.597, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.945 std_dev=0.652
O4' B 0, 0.299, 1.021, 1.742, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.021 std_dev=0.721
C8 B 0, 0.334, 1.104, 1.875, 1.940 max_d=1.940 avg_d=1.104 std_dev=0.770
N7 B 0, 0.330, 1.160, 1.990, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.160 std_dev=0.830
P A 0, 0.116, 0.981, 1.846, 2.322 max_d=2.322 avg_d=0.981 std_dev=0.865
OP1 A 0, 0.361, 1.233, 2.105, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.233 std_dev=0.872
N6 B 0, 0.164, 1.044, 1.924, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.044 std_dev=0.880
C4' B 0, 0.371, 1.549, 2.728, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.549 std_dev=1.178
OP2 A 0, 0.298, 1.485, 2.672, 3.501 max_d=3.501 avg_d=1.485 std_dev=1.187
C3' B 0, 0.347, 1.717, 3.087, 3.446 max_d=3.446 avg_d=1.717 std_dev=1.370
C2' B 0, -0.110, 1.292, 2.694, 3.425 max_d=3.425 avg_d=1.292 std_dev=1.402
O3' B 0, 0.704, 2.115, 3.527, 3.492 max_d=3.492 avg_d=2.115 std_dev=1.411
O5' B 0, 0.687, 2.335, 3.983, 4.575 max_d=4.575 avg_d=2.335 std_dev=1.648
C5' B 0, 0.388, 2.044, 3.700, 4.437 max_d=4.437 avg_d=2.044 std_dev=1.656
O2' B 0, 0.381, 2.072, 3.764, 4.499 max_d=4.499 avg_d=2.072 std_dev=1.692
P B 0, 0.780, 2.544, 4.308, 4.725 max_d=4.725 avg_d=2.544 std_dev=1.764
OP2 B 0, 0.632, 2.598, 4.564, 5.190 max_d=5.190 avg_d=2.598 std_dev=1.966
OP1 B 0, 0.718, 3.186, 5.653, 7.012 max_d=7.012 avg_d=3.186 std_dev=2.467

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.08 0.19 0.07
C2 0.03 0.00 0.12 0.13 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.02 0.03 0.06 0.06 0.13 0.09
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.20 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.13 0.38 0.10
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.14 0.07 0.13 0.19 0.01 0.01 0.13 0.01 0.12 0.15 0.48 0.15
C4 0.03 0.02 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.15 0.00 0.02 0.13 0.09 0.16 0.10
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.12 0.28 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.05 0.16 0.11 0.17 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.11 0.01 0.01 0.12 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.16 0.01 0.06 0.14 0.10 0.15 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.06 0.15 0.08
N3 0.03 0.01 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.16 0.02 0.02 0.09 0.08 0.14 0.09
O2 0.04 0.00 0.20 0.19 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.24 0.03 0.05 0.07 0.07 0.15 0.10
O2' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.09 0.18 0.00 0.05 0.06 0.03 0.06 0.14 0.42 0.11
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.15 0.03 0.17 0.02 0.16 0.07 0.16 0.24 0.05 0.00 0.17 0.03 0.18 0.20 0.68 0.23
O4 0.03 0.02 0.07 0.13 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.17 0.00 0.03 0.14 0.11 0.19 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.10 0.09 0.15 0.10
O5' 0.05 0.06 0.06 0.12 0.13 0.01 0.16 0.01 0.14 0.07 0.09 0.07 0.06 0.18 0.14 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.06 0.13 0.15 0.09 0.12 0.11 0.12 0.10 0.06 0.08 0.07 0.14 0.20 0.11 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.13 0.38 0.48 0.16 0.28 0.17 0.18 0.15 0.15 0.14 0.15 0.42 0.68 0.19 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.10 0.15 0.10 0.05 0.10 0.01 0.10 0.08 0.09 0.10 0.11 0.23 0.11 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.80 0.34 0.41 0.26 0.30 0.26 0.27 0.25 0.38 0.48 0.65 0.77 0.57 0.18 0.47 0.75 0.29 0.51 0.87 0.78 0.61
C2 0.72 0.66 0.84 0.95 0.42 0.76 0.23 0.53 0.38 0.28 0.24 0.74 0.89 0.36 0.45 0.98 1.27 0.64 0.52 0.97 0.68 0.78
C2' 0.52 0.90 0.44 0.52 0.48 0.44 0.22 0.25 0.26 0.20 0.70 0.78 0.28 0.22 0.38 0.62 0.84 0.47 0.46 1.12 0.74 0.79
C3' 0.44 0.90 0.35 0.41 0.43 0.31 0.19 0.23 0.27 0.19 0.72 0.75 0.14 0.25 0.30 0.61 0.77 0.37 0.51 1.13 0.81 0.78
C4 0.88 0.59 1.08 1.24 0.48 0.97 0.29 0.74 0.40 0.40 0.25 0.75 0.86 0.41 0.57 1.28 1.61 0.78 0.66 1.05 0.81 0.91
C4' 0.13 0.82 0.12 0.10 0.17 0.18 0.17 0.51 0.11 0.48 0.64 0.59 0.38 0.60 0.10 0.35 0.52 0.21 0.77 1.10 0.96 0.76
C5 0.72 0.67 0.86 1.00 0.42 0.77 0.28 0.53 0.36 0.34 0.27 0.74 0.84 0.46 0.44 1.07 1.40 0.63 0.55 0.89 0.85 0.77
C5' 0.09 0.81 0.12 0.06 0.13 0.24 0.21 0.63 0.09 0.56 0.61 0.57 0.37 0.67 0.15 0.35 0.51 0.26 0.90 1.19 1.10 0.86
C6 0.57 0.72 0.65 0.77 0.36 0.57 0.28 0.37 0.33 0.34 0.33 0.71 0.81 0.51 0.33 0.84 1.16 0.49 0.52 0.85 0.85 0.69
N1 0.54 0.73 0.61 0.71 0.34 0.54 0.26 0.33 0.33 0.30 0.33 0.71 0.85 0.48 0.31 0.77 1.07 0.47 0.47 0.85 0.76 0.66
N3 0.89 0.57 1.07 1.22 0.48 0.98 0.27 0.75 0.41 0.39 0.26 0.75 0.88 0.37 0.58 1.25 1.56 0.80 0.67 1.10 0.75 0.93
O2 0.73 0.65 0.83 0.93 0.44 0.77 0.20 0.56 0.38 0.26 0.23 0.74 0.88 0.28 0.48 0.93 1.21 0.66 0.53 1.05 0.61 0.83
O2' 0.35 0.88 0.21 0.26 0.41 0.25 0.21 0.20 0.37 0.14 0.82 0.69 0.19 0.20 0.26 0.45 0.57 0.34 0.45 1.18 0.71 0.77
O3' 0.48 0.92 0.35 0.36 0.53 0.30 0.37 0.22 0.50 0.25 0.84 0.77 0.30 0.22 0.39 0.67 0.70 0.40 0.53 1.31 0.87 0.91
O4 1.01 0.52 1.26 1.44 0.52 1.14 0.32 0.92 0.42 0.49 0.28 0.74 0.86 0.43 0.66 1.48 1.82 0.91 0.80 1.20 0.88 1.05
O4' 0.16 0.76 0.21 0.20 0.14 0.20 0.37 0.49 0.27 0.61 0.49 0.55 0.74 0.78 0.21 0.32 0.57 0.24 0.76 0.94 0.99 0.70
O5' 0.21 0.79 0.24 0.26 0.20 0.14 0.16 0.44 0.07 0.44 0.54 0.62 0.42 0.57 0.07 0.54 0.70 0.20 0.75 1.04 1.00 0.75
OP1 0.09 0.77 0.17 0.13 0.15 0.19 0.21 0.63 0.14 0.53 0.56 0.57 0.38 0.63 0.12 0.46 0.56 0.21 0.94 1.24 1.13 0.91
OP2 0.37 0.83 0.49 0.56 0.34 0.25 0.24 0.18 0.32 0.31 0.58 0.72 0.58 0.49 0.19 0.73 0.92 0.19 0.51 0.83 0.82 0.57
P 0.23 0.82 0.26 0.30 0.21 0.15 0.15 0.44 0.12 0.43 0.56 0.66 0.43 0.57 0.06 0.57 0.74 0.20 0.76 1.06 1.03 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.00 0.27 0.82 0.46 0.38
C2 0.04 0.00 0.31 0.17 0.01 0.15 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.36 0.21 0.25 0.16 0.92 0.35 0.48
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.14 0.02 0.05 0.19 0.11 0.20 0.23 0.31 0.07 0.13 0.03 0.00 0.02 0.03 0.57 0.96 0.56 0.59
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.02 0.15 0.06 0.17 0.14 0.15 0.10 0.07 0.01 0.01 0.01 0.39 0.93 0.47 0.30
C4 0.02 0.01 0.14 0.13 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.12 0.24 0.97 0.48 0.54
C4' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.12 0.11 0.15 0.05 0.10 0.04 0.17 0.02 0.01 0.02 0.70 0.48 0.19
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.16 0.05 0.34 1.14 0.66 0.71
C5' 0.06 0.13 0.19 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.16 0.09 0.13 0.09 0.14 0.06 0.04 0.15 0.01 0.00 0.43 0.26 0.02
C6 0.02 0.00 0.11 0.15 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.17 0.10 0.28 1.12 0.60 0.67
C8 0.01 0.02 0.20 0.06 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.37 0.13 0.16 0.56 1.28 0.88 0.91
N1 0.03 0.00 0.23 0.17 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.19 0.19 0.18 0.99 0.44 0.54
N3 0.05 0.00 0.31 0.14 0.01 0.15 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.22 0.25 0.17 0.89 0.34 0.44
N6 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.16 0.06 0.35 1.23 0.72 0.77
N7 0.01 0.02 0.13 0.10 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.35 0.13 0.09 0.52 1.35 0.90 0.93
N9 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.18 0.01 0.34 0.98 0.58 0.60
O2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.17 0.23 0.04 0.24 0.37 0.28 0.35 0.27 0.35 0.16 0.00 0.05 0.11 0.56 1.17 0.47 0.64
O3' 0.25 0.21 0.02 0.01 0.19 0.02 0.16 0.15 0.17 0.13 0.19 0.22 0.16 0.13 0.18 0.05 0.00 0.15 0.24 1.13 0.56 0.33
O4' 0.00 0.25 0.03 0.01 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.16 0.19 0.25 0.06 0.09 0.01 0.11 0.15 0.00 0.20 0.63 0.51 0.27
O5' 0.27 0.16 0.57 0.39 0.24 0.02 0.34 0.00 0.28 0.56 0.18 0.17 0.35 0.52 0.34 0.56 0.24 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.82 0.92 0.96 0.93 0.97 0.70 1.14 0.43 1.12 1.28 0.99 0.89 1.23 1.35 0.98 1.17 1.13 0.63 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.35 0.56 0.47 0.48 0.48 0.66 0.26 0.60 0.88 0.44 0.34 0.72 0.90 0.58 0.47 0.56 0.51 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.48 0.59 0.30 0.54 0.19 0.71 0.02 0.67 0.91 0.54 0.44 0.77 0.93 0.60 0.64 0.33 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00