ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6434

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 112, 176, 99, 30, 48, 16, 10, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.042, 0.113, 0.184, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.113 std_dev=0.071
N1 A 0, 0.059, 0.150, 0.240, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.150 std_dev=0.090
N9 B 0, 0.098, 0.217, 0.335, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.217 std_dev=0.119
N3 B 0, 0.106, 0.239, 0.372, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.239 std_dev=0.133
N1 B 0, 0.158, 0.302, 0.446, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.302 std_dev=0.144
C6 B 0, 0.144, 0.292, 0.439, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.292 std_dev=0.147
C5 B 0, 0.097, 0.253, 0.409, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.253 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.112, 0.277, 0.443, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.277 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.163, 0.329, 0.495, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.329 std_dev=0.166
C4 A 0, 0.115, 0.307, 0.500, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.307 std_dev=0.192
C6 A 0, 0.055, 0.280, 0.505, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.280 std_dev=0.225
C1' A 0, 0.079, 0.304, 0.529, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.304 std_dev=0.225
C5 A 0, 0.086, 0.317, 0.548, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.317 std_dev=0.231
N6 B 0, 0.216, 0.458, 0.699, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.458 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.103, 0.347, 0.592, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.347 std_dev=0.244
C2 A 0, 0.061, 0.310, 0.559, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.310 std_dev=0.249
C8 B 0, 0.138, 0.401, 0.665, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.401 std_dev=0.264
O4 A 0, 0.203, 0.487, 0.771, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.487 std_dev=0.284
O2' A 0, 0.138, 0.424, 0.710, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.424 std_dev=0.286
N3 A 0, 0.080, 0.367, 0.653, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.367 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.136, 0.432, 0.727, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.432 std_dev=0.295
C2' B 0, 0.104, 0.422, 0.739, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.422 std_dev=0.318
O4' B 0, 0.175, 0.569, 0.963, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.569 std_dev=0.394
C3' A 0, 0.170, 0.592, 1.015, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.592 std_dev=0.423
O4' A 0, 0.119, 0.553, 0.988, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.553 std_dev=0.434
O2 A 0, 0.086, 0.533, 0.980, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.533 std_dev=0.447
O3' A 0, 0.275, 0.793, 1.310, 3.271 max_d=3.271 avg_d=0.793 std_dev=0.517
C3' B 0, 0.123, 0.642, 1.161, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.642 std_dev=0.519
C4' A 0, 0.131, 0.676, 1.222, 2.663 max_d=2.663 avg_d=0.676 std_dev=0.546
C4' B 0, 0.149, 0.732, 1.315, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.732 std_dev=0.583
O2' B 0, -0.008, 0.607, 1.222, 3.061 max_d=3.061 avg_d=0.607 std_dev=0.615
O3' B 0, 0.184, 0.882, 1.581, 2.786 max_d=2.786 avg_d=0.882 std_dev=0.699
C5' A 0, 0.166, 0.971, 1.776, 3.427 max_d=3.427 avg_d=0.971 std_dev=0.805
C5' B 0, 0.236, 1.056, 1.877, 3.392 max_d=3.392 avg_d=1.056 std_dev=0.821
O5' B 0, 0.344, 1.179, 2.014, 4.707 max_d=4.707 avg_d=1.179 std_dev=0.835
O5' A 0, 0.214, 1.078, 1.942, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.078 std_dev=0.864
P B 0, 0.693, 1.795, 2.896, 6.846 max_d=6.846 avg_d=1.795 std_dev=1.102
OP2 A 0, 0.172, 1.389, 2.606, 5.841 max_d=5.841 avg_d=1.389 std_dev=1.217
P A 0, 0.198, 1.446, 2.694, 4.636 max_d=4.636 avg_d=1.446 std_dev=1.248
OP1 B 0, 0.820, 2.118, 3.416, 6.573 max_d=6.573 avg_d=2.118 std_dev=1.298
OP2 B 0, 0.670, 2.197, 3.724, 8.991 max_d=8.991 avg_d=2.197 std_dev=1.527
OP1 A 0, 0.115, 1.773, 3.430, 6.300 max_d=6.300 avg_d=1.773 std_dev=1.658

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.20 0.24 0.20
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.05 0.16 0.39 0.31 0.27
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.10 0.03 0.08 0.18 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.17 0.20 0.13
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.12 0.01 0.14 0.02 0.14 0.07 0.12 0.16 0.02 0.01 0.14 0.01 0.18 0.24 0.24 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.03 0.31 0.61 0.58 0.44
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.06 0.07 0.02 0.08 0.00 0.02 0.16 0.19 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.06 0.37 0.62 0.65 0.50
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.07 0.07 0.04 0.15 0.02 0.01 0.24 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.07 0.34 0.48 0.53 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.19 0.35 0.34 0.29
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01 0.04 0.22 0.51 0.42 0.34
O2 0.04 0.01 0.18 0.16 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.19 0.02 0.09 0.13 0.33 0.25 0.23
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.03 0.07 0.16 0.00 0.06 0.07 0.06 0.07 0.17 0.16 0.10
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.15 0.02 0.18 0.04 0.16 0.07 0.14 0.19 0.06 0.00 0.18 0.02 0.20 0.40 0.30 0.22
O4 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.18 0.00 0.04 0.33 0.67 0.64 0.48
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.09 0.06 0.02 0.04 0.00 0.11 0.23 0.31 0.24
O5' 0.09 0.16 0.12 0.18 0.31 0.02 0.37 0.01 0.34 0.19 0.22 0.13 0.07 0.20 0.33 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.39 0.17 0.24 0.61 0.16 0.62 0.24 0.48 0.35 0.51 0.33 0.17 0.40 0.67 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.31 0.20 0.24 0.58 0.19 0.65 0.22 0.53 0.34 0.42 0.25 0.16 0.30 0.64 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.27 0.13 0.15 0.44 0.07 0.50 0.02 0.43 0.29 0.34 0.23 0.10 0.22 0.48 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.28 0.36 0.29 0.23 0.43 0.26 0.44 0.29 0.25 0.30 0.23 0.32 0.27 0.23 0.49 0.56 0.45 0.39 0.64 0.51 0.42
C2 0.22 0.27 0.41 0.34 0.23 0.40 0.28 0.42 0.33 0.24 0.33 0.21 0.38 0.28 0.21 0.50 0.59 0.41 0.35 0.64 0.58 0.41
C2' 0.21 0.21 0.40 0.31 0.14 0.46 0.16 0.50 0.19 0.16 0.22 0.15 0.21 0.15 0.16 0.63 0.57 0.46 0.39 0.65 0.46 0.41
C3' 0.26 0.22 0.41 0.46 0.14 0.59 0.15 0.64 0.19 0.19 0.23 0.15 0.20 0.16 0.18 0.71 0.76 0.52 0.51 0.82 0.55 0.57
C4 0.22 0.34 0.39 0.32 0.26 0.43 0.34 0.46 0.42 0.26 0.43 0.25 0.49 0.33 0.23 0.50 0.59 0.42 0.37 0.68 0.55 0.42
C4' 0.34 0.24 0.40 0.50 0.24 0.58 0.27 0.60 0.27 0.32 0.26 0.21 0.29 0.31 0.29 0.54 0.78 0.54 0.52 0.82 0.58 0.58
C5 0.24 0.33 0.37 0.32 0.24 0.46 0.30 0.49 0.38 0.24 0.40 0.25 0.44 0.29 0.22 0.51 0.61 0.45 0.40 0.71 0.52 0.44
C5' 0.39 0.25 0.44 0.63 0.26 0.66 0.29 0.70 0.29 0.37 0.28 0.22 0.33 0.35 0.33 0.52 0.92 0.58 0.63 0.99 0.72 0.72
C6 0.25 0.30 0.36 0.32 0.23 0.47 0.27 0.49 0.33 0.24 0.35 0.23 0.38 0.27 0.22 0.51 0.61 0.46 0.41 0.70 0.51 0.45
N1 0.23 0.27 0.37 0.30 0.21 0.43 0.26 0.44 0.30 0.23 0.32 0.21 0.34 0.26 0.20 0.49 0.58 0.43 0.37 0.65 0.52 0.42
N3 0.22 0.31 0.42 0.34 0.26 0.41 0.34 0.44 0.41 0.27 0.40 0.24 0.47 0.33 0.23 0.50 0.60 0.41 0.36 0.67 0.59 0.42
O2 0.24 0.25 0.47 0.41 0.24 0.39 0.28 0.42 0.32 0.26 0.31 0.22 0.36 0.29 0.23 0.50 0.62 0.41 0.36 0.65 0.64 0.44
O2' 0.22 0.15 0.45 0.31 0.14 0.41 0.14 0.43 0.14 0.18 0.15 0.13 0.15 0.16 0.18 0.66 0.52 0.44 0.37 0.58 0.47 0.38
O3' 0.37 0.29 0.54 0.64 0.25 0.74 0.26 0.81 0.27 0.31 0.29 0.25 0.28 0.28 0.30 0.91 0.91 0.61 0.68 0.99 0.74 0.75
O4 0.23 0.37 0.40 0.32 0.29 0.43 0.38 0.47 0.47 0.29 0.47 0.27 0.56 0.37 0.24 0.51 0.60 0.42 0.36 0.70 0.56 0.43
O4' 0.36 0.35 0.38 0.40 0.33 0.51 0.38 0.51 0.40 0.38 0.39 0.31 0.44 0.40 0.34 0.47 0.65 0.52 0.50 0.74 0.58 0.53
O5' 0.33 0.25 0.41 0.60 0.18 0.66 0.21 0.72 0.25 0.28 0.29 0.18 0.29 0.25 0.25 0.56 0.92 0.56 0.61 0.99 0.69 0.71
OP1 0.45 0.39 0.57 0.89 0.26 0.89 0.29 0.99 0.36 0.38 0.43 0.27 0.41 0.33 0.34 0.67 1.21 0.67 0.87 1.36 0.99 1.03
OP2 0.34 0.38 0.43 0.65 0.25 0.73 0.30 0.82 0.39 0.31 0.44 0.26 0.45 0.31 0.27 0.58 0.96 0.59 0.70 1.12 0.79 0.82
P 0.37 0.38 0.45 0.69 0.27 0.73 0.32 0.81 0.38 0.34 0.43 0.28 0.43 0.34 0.30 0.55 1.00 0.59 0.70 1.13 0.80 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.24 0.43 0.48 0.29
C2 0.04 0.00 0.27 0.20 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.23 0.41 0.67 0.87 0.52
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.15 0.02 0.10 0.11 0.15 0.14 0.22 0.27 0.13 0.09 0.04 0.01 0.03 0.02 0.34 0.54 0.57 0.42
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.24 0.26 0.22 0.17 0.27 0.27 0.15 0.02 0.01 0.02 0.29 0.45 0.41 0.29
C4 0.02 0.01 0.15 0.18 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.15 0.12 0.44 0.66 0.87 0.54
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.20 0.10 0.15 0.09 0.18 0.07 0.19 0.03 0.01 0.02 0.24 0.30 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.15 0.06 0.55 0.83 1.14 0.71
C5' 0.04 0.19 0.11 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.15 0.27 0.16 0.18 0.19 0.26 0.11 0.09 0.13 0.02 0.01 0.26 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.24 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.11 0.55 0.86 1.21 0.74
C8 0.02 0.01 0.14 0.26 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.31 0.18 0.14 0.61 0.79 1.06 0.71
N1 0.03 0.00 0.22 0.22 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.22 0.18 0.48 0.77 1.07 0.64
N3 0.04 0.00 0.27 0.17 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.27 0.23 0.36 0.60 0.74 0.45
N6 0.03 0.01 0.13 0.27 0.02 0.09 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.18 0.20 0.08 0.61 0.97 1.38 0.84
N7 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.18 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.29 0.20 0.08 0.65 0.93 1.29 0.83
N9 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.10 0.02 0.42 0.60 0.77 0.49
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.10 0.19 0.16 0.09 0.15 0.31 0.17 0.24 0.18 0.29 0.13 0.00 0.06 0.13 0.19 0.51 0.56 0.35
O3' 0.20 0.27 0.03 0.01 0.15 0.03 0.15 0.13 0.18 0.18 0.22 0.27 0.20 0.20 0.10 0.06 0.00 0.13 0.29 0.49 0.46 0.27
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.14 0.18 0.23 0.08 0.08 0.02 0.13 0.13 0.00 0.19 0.37 0.45 0.25
O5' 0.24 0.41 0.34 0.29 0.44 0.02 0.55 0.01 0.55 0.61 0.48 0.36 0.61 0.65 0.42 0.19 0.29 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.67 0.54 0.45 0.66 0.24 0.83 0.26 0.86 0.79 0.77 0.60 0.97 0.93 0.60 0.51 0.49 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.87 0.57 0.41 0.87 0.30 1.14 0.31 1.21 1.06 1.07 0.74 1.38 1.29 0.77 0.56 0.46 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.52 0.42 0.29 0.54 0.08 0.71 0.02 0.74 0.71 0.64 0.45 0.84 0.83 0.49 0.35 0.27 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00