ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6435

back

Distances from reference structure (by RMSD)

52, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 5, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, -0.069, 0.098, 0.265, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.098 std_dev=0.167
C2 B 0, -0.048, 0.137, 0.322, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.137 std_dev=0.185
N3 B 0, -0.068, 0.125, 0.318, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.125 std_dev=0.193
C4 B 0, -0.096, 0.116, 0.328, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.116 std_dev=0.212
C5 B 0, -0.092, 0.174, 0.440, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.174 std_dev=0.266
N1 B 0, -0.105, 0.168, 0.441, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.168 std_dev=0.273
C6 B 0, -0.118, 0.193, 0.505, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.193 std_dev=0.311
N3 A 0, -0.190, 0.131, 0.452, 2.435 max_d=2.435 avg_d=0.131 std_dev=0.321
C5 A 0, -0.168, 0.165, 0.498, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.165 std_dev=0.333
N9 A 0, -0.189, 0.200, 0.589, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.200 std_dev=0.389
N9 B 0, -0.186, 0.219, 0.624, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.219 std_dev=0.405
N7 B 0, -0.151, 0.290, 0.732, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.290 std_dev=0.441
C8 B 0, -0.182, 0.300, 0.782, 2.430 max_d=2.430 avg_d=0.300 std_dev=0.482
C6 A 0, -0.235, 0.254, 0.743, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.254 std_dev=0.489
C2 A 0, -0.286, 0.210, 0.706, 3.562 max_d=3.562 avg_d=0.210 std_dev=0.496
N6 B 0, -0.196, 0.317, 0.829, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.317 std_dev=0.512
O4' B 0, -0.247, 0.278, 0.803, 2.600 max_d=2.600 avg_d=0.278 std_dev=0.525
N1 A 0, -0.265, 0.273, 0.811, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.273 std_dev=0.538
C4' B 0, -0.285, 0.263, 0.811, 3.631 max_d=3.631 avg_d=0.263 std_dev=0.548
C1' A 0, -0.287, 0.297, 0.881, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.297 std_dev=0.584
N7 A 0, -0.371, 0.213, 0.797, 4.657 max_d=4.657 avg_d=0.213 std_dev=0.584
C1' B 0, -0.295, 0.297, 0.889, 2.256 max_d=2.256 avg_d=0.297 std_dev=0.592
C8 A 0, -0.365, 0.235, 0.835, 4.690 max_d=4.690 avg_d=0.235 std_dev=0.600
O2' A 0, -0.293, 0.370, 1.033, 3.712 max_d=3.712 avg_d=0.370 std_dev=0.663
O6 A 0, -0.343, 0.377, 1.098, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.377 std_dev=0.721
C3' B 0, -0.390, 0.401, 1.193, 3.615 max_d=3.615 avg_d=0.401 std_dev=0.792
N2 A 0, -0.496, 0.300, 1.096, 6.192 max_d=6.192 avg_d=0.300 std_dev=0.796
C2' A 0, -0.472, 0.454, 1.379, 3.557 max_d=3.557 avg_d=0.454 std_dev=0.926
C2' B 0, -0.499, 0.450, 1.399, 3.664 max_d=3.664 avg_d=0.450 std_dev=0.949
C5' B 0, -0.473, 0.507, 1.488, 4.340 max_d=4.340 avg_d=0.507 std_dev=0.981
O4' A 0, -0.561, 0.502, 1.565, 3.562 max_d=3.562 avg_d=0.502 std_dev=1.063
O3' B 0, -0.538, 0.558, 1.655, 3.788 max_d=3.788 avg_d=0.558 std_dev=1.096
O5' A 0, -0.674, 0.601, 1.877, 7.538 max_d=7.538 avg_d=0.601 std_dev=1.276
O2' B 0, -0.664, 0.642, 1.947, 4.126 max_d=4.126 avg_d=0.642 std_dev=1.306
P A 0, -0.851, 0.579, 2.008, 9.940 max_d=9.940 avg_d=0.579 std_dev=1.429
C4' A 0, -0.837, 0.689, 2.215, 4.849 max_d=4.849 avg_d=0.689 std_dev=1.526
C3' A 0, -0.849, 0.701, 2.251, 4.853 max_d=4.853 avg_d=0.701 std_dev=1.550
O5' B 0, -0.808, 0.785, 2.378, 5.197 max_d=5.197 avg_d=0.785 std_dev=1.593
C5' A 0, -0.987, 0.813, 2.613, 7.615 max_d=7.615 avg_d=0.813 std_dev=1.800
OP1 A 0, -1.006, 0.872, 2.751, 10.869 max_d=10.869 avg_d=0.872 std_dev=1.878
OP2 A 0, -1.063, 0.818, 2.698, 11.999 max_d=11.999 avg_d=0.818 std_dev=1.880
O3' A 0, -1.100, 0.883, 2.866, 6.257 max_d=6.257 avg_d=0.883 std_dev=1.983
P B 0, -1.261, 1.057, 3.376, 7.473 max_d=7.473 avg_d=1.057 std_dev=2.318
OP1 B 0, -1.272, 1.154, 3.579, 8.308 max_d=8.308 avg_d=1.154 std_dev=2.426
OP2 B 0, -1.669, 1.309, 4.286, 9.715 max_d=9.715 avg_d=1.309 std_dev=2.977

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.25 0.00 0.24 0.02 0.59 0.33 0.19
C2 0.03 0.00 0.22 0.24 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.18 0.10 0.31 0.01 0.82 0.57 0.32
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.17 0.09 0.12 0.16 0.28 0.22 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.55 0.06 0.70 0.19 0.49
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.21 0.00 0.25 0.02 0.27 0.21 0.26 0.24 0.20 0.25 0.16 0.01 0.01 0.01 0.28 0.28 0.24 0.11 0.17
C4 0.01 0.01 0.11 0.21 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.11 0.06 0.29 0.01 0.82 0.55 0.27
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.10 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.20 0.03 0.00 0.01 0.12 0.16 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.09 0.04 0.30 0.01 0.93 0.63 0.29
C5' 0.07 0.14 0.17 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.18 0.17 0.17 0.13 0.11 0.19 0.11 0.04 0.14 0.01 0.01 0.20 0.09 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.27 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.11 0.06 0.32 0.00 0.95 0.67 0.32
C8 0.01 0.01 0.12 0.21 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.13 0.05 0.28 0.02 0.93 0.55 0.25
N1 0.03 0.00 0.16 0.26 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.14 0.09 0.32 0.01 0.90 0.64 0.33
N2 0.04 0.00 0.28 0.24 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.24 0.12 0.31 0.01 0.78 0.55 0.32
N3 0.03 0.01 0.22 0.20 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.20 0.10 0.29 0.01 0.76 0.51 0.28
N7 0.01 0.01 0.08 0.25 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.14 0.02 0.28 0.02 0.99 0.64 0.27
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.01 0.27 0.01 0.78 0.48 0.23
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.20 0.20 0.25 0.04 0.26 0.22 0.24 0.21 0.18 0.26 0.16 0.00 0.03 0.15 0.36 0.29 0.55 0.16 0.38
O3' 0.25 0.18 0.02 0.01 0.11 0.03 0.09 0.14 0.11 0.13 0.14 0.24 0.20 0.14 0.09 0.03 0.00 0.19 0.17 0.13 0.21 0.20 0.14
O4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.12 0.10 0.02 0.01 0.15 0.19 0.00 0.12 0.05 0.39 0.39 0.14
O5' 0.24 0.31 0.55 0.28 0.29 0.01 0.30 0.01 0.32 0.28 0.32 0.31 0.29 0.28 0.27 0.36 0.17 0.12 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.28 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.13 0.05 0.32 0.00 0.99 0.71 0.33
OP1 0.59 0.82 0.70 0.24 0.82 0.16 0.93 0.09 0.95 0.93 0.90 0.78 0.76 0.99 0.78 0.55 0.21 0.39 0.02 0.99 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.57 0.19 0.11 0.55 0.15 0.63 0.12 0.67 0.55 0.64 0.55 0.51 0.64 0.48 0.16 0.20 0.39 0.02 0.71 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.32 0.49 0.17 0.27 0.03 0.29 0.01 0.32 0.25 0.33 0.32 0.28 0.27 0.23 0.38 0.14 0.14 0.01 0.33 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.56 0.18 0.86 0.73 0.37 0.59 0.36 0.60 0.22 0.61 0.17 0.27 0.21 0.53 0.52 0.93 0.81 0.48 0.76 1.05 1.77 1.26
C2 0.57 0.39 0.89 0.74 0.46 0.50 0.40 0.43 0.34 0.53 0.34 0.44 0.29 0.45 0.53 0.96 0.86 0.45 0.82 1.11 1.99 1.40
C2' 0.82 0.28 1.14 0.97 0.53 0.79 0.49 0.72 0.29 0.84 0.24 0.42 0.24 0.70 0.74 1.26 1.08 0.67 0.68 0.96 1.70 1.14
C3' 1.09 0.58 1.42 1.21 0.82 1.00 0.78 0.89 0.58 1.10 0.51 0.72 0.49 0.97 1.01 1.57 1.32 0.88 0.66 0.93 1.52 1.03
C4 0.55 0.18 0.83 0.71 0.37 0.56 0.33 0.55 0.17 0.57 0.13 0.29 0.15 0.47 0.50 0.89 0.78 0.47 0.74 0.99 1.76 1.23
C4' 0.69 0.33 1.01 0.86 0.49 0.69 0.49 0.68 0.37 0.75 0.34 0.39 0.37 0.67 0.64 1.12 0.94 0.55 0.70 1.03 1.63 1.16
C5 0.51 0.18 0.74 0.66 0.32 0.57 0.30 0.59 0.22 0.51 0.20 0.26 0.30 0.42 0.45 0.78 0.69 0.47 0.70 0.91 1.62 1.12
C5' 0.71 0.43 0.98 0.84 0.51 0.72 0.51 0.74 0.44 0.75 0.45 0.44 0.46 0.67 0.65 1.11 0.91 0.59 0.73 1.08 1.56 1.14
C6 0.50 0.16 0.73 0.63 0.31 0.53 0.22 0.51 0.13 0.44 0.11 0.27 0.25 0.31 0.43 0.77 0.66 0.45 0.68 0.86 1.63 1.11
C8 0.50 0.29 0.71 0.65 0.34 0.61 0.37 0.68 0.37 0.55 0.37 0.27 0.46 0.50 0.46 0.76 0.68 0.49 0.72 0.98 1.56 1.12
N1 0.54 0.32 0.82 0.68 0.41 0.49 0.32 0.42 0.22 0.47 0.25 0.40 0.19 0.35 0.48 0.87 0.76 0.44 0.77 1.01 1.88 1.30
N2 0.58 0.57 0.93 0.77 0.54 0.48 0.51 0.41 0.54 0.52 0.56 0.56 0.54 0.48 0.55 1.01 0.93 0.44 0.91 1.26 2.15 1.56
N3 0.58 0.30 0.90 0.75 0.43 0.54 0.38 0.48 0.25 0.58 0.24 0.38 0.19 0.48 0.53 0.97 0.86 0.46 0.79 1.07 1.92 1.35
N7 0.47 0.31 0.66 0.62 0.33 0.60 0.37 0.68 0.41 0.50 0.41 0.28 0.53 0.46 0.42 0.69 0.63 0.48 0.71 0.94 1.50 1.07
N9 0.55 0.19 0.81 0.71 0.36 0.59 0.35 0.62 0.23 0.59 0.20 0.27 0.26 0.51 0.50 0.87 0.76 0.48 0.73 1.00 1.70 1.20
O2' 0.58 0.20 0.89 0.74 0.33 0.58 0.30 0.60 0.21 0.60 0.24 0.24 0.27 0.47 0.51 1.00 0.84 0.49 0.90 1.24 2.07 1.47
O3' 1.02 0.57 1.40 1.15 0.76 0.90 0.69 0.77 0.52 1.00 0.50 0.68 0.43 0.86 0.93 1.58 1.29 0.77 0.68 1.04 1.71 1.17
O4' 0.47 0.18 0.75 0.66 0.31 0.53 0.33 0.59 0.24 0.54 0.21 0.21 0.27 0.49 0.44 0.81 0.72 0.41 0.77 1.07 1.72 1.25
O5' 0.52 0.34 0.73 0.65 0.33 0.62 0.34 0.72 0.33 0.54 0.39 0.30 0.40 0.46 0.46 0.84 0.67 0.50 0.87 1.23 1.72 1.29
O6 0.44 0.16 0.63 0.57 0.24 0.52 0.18 0.52 0.24 0.30 0.20 0.23 0.42 0.21 0.34 0.66 0.57 0.44 0.62 0.75 1.44 0.97
OP1 0.51 0.87 0.51 0.68 0.64 0.70 0.69 0.88 0.88 0.54 0.98 0.71 1.00 0.60 0.54 0.42 0.64 0.61 1.24 1.60 2.05 1.66
OP2 1.28 0.90 1.43 1.36 1.09 1.35 1.11 1.37 1.00 1.32 0.90 0.99 1.01 1.25 1.23 1.52 1.37 1.27 1.13 1.36 1.25 1.18
P 0.52 0.33 0.71 0.69 0.32 0.68 0.34 0.79 0.37 0.54 0.42 0.26 0.47 0.47 0.45 0.79 0.68 0.54 0.88 1.26 1.59 1.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.13 0.08 0.24 0.12
C2 0.03 0.00 0.31 0.16 0.01 0.25 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.22 0.38 0.44 0.40 0.36 0.41
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.07 0.15 0.16 0.24 0.30 0.11 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.14 0.34 0.16
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.15 0.00 0.17 0.02 0.19 0.15 0.18 0.14 0.20 0.17 0.12 0.02 0.01 0.01 0.32 0.19 0.38 0.22
C4 0.02 0.01 0.16 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.15 0.19 0.17 0.17 0.37 0.23
C4' 0.01 0.25 0.02 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.22 0.18 0.25 0.06 0.16 0.05 0.13 0.02 0.00 0.01 0.12 0.08 0.08
C5 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.07 0.38 0.42 0.82 0.56
C5' 0.04 0.43 0.07 0.02 0.16 0.01 0.08 0.00 0.13 0.38 0.31 0.40 0.09 0.30 0.09 0.08 0.09 0.01 0.01 0.13 0.14 0.01
C6 0.02 0.00 0.15 0.19 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.21 0.15 0.26 0.32 0.66 0.43
C8 0.01 0.01 0.16 0.15 0.00 0.22 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.13 0.23 0.85 0.80 1.29 1.01
N1 0.03 0.00 0.24 0.18 0.01 0.18 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.23 0.28 0.26 0.23 0.28 0.23
N3 0.03 0.00 0.30 0.14 0.00 0.25 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.19 0.38 0.40 0.37 0.32 0.38
N6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.23 0.09 0.39 0.50 0.95 0.65
N7 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.16 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.15 0.16 0.13 0.78 0.82 1.38 1.04
N9 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.36 0.31 0.61 0.43
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.17 0.13 0.11 0.08 0.17 0.19 0.27 0.33 0.14 0.15 0.07 0.00 0.04 0.10 0.13 0.18 0.13 0.11
O3' 0.07 0.22 0.02 0.01 0.15 0.02 0.17 0.09 0.21 0.13 0.23 0.19 0.23 0.16 0.08 0.04 0.00 0.05 0.30 0.25 0.33 0.19
O4' 0.00 0.38 0.01 0.01 0.19 0.00 0.07 0.01 0.15 0.23 0.28 0.38 0.09 0.13 0.01 0.10 0.05 0.00 0.09 0.12 0.09 0.10
O5' 0.13 0.44 0.23 0.32 0.17 0.01 0.38 0.01 0.26 0.85 0.26 0.40 0.39 0.78 0.36 0.13 0.30 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.40 0.14 0.19 0.17 0.12 0.42 0.13 0.32 0.80 0.23 0.37 0.50 0.82 0.31 0.18 0.25 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.36 0.34 0.38 0.37 0.08 0.82 0.14 0.66 1.29 0.28 0.32 0.95 1.38 0.61 0.13 0.33 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.41 0.16 0.22 0.23 0.08 0.56 0.01 0.43 1.01 0.23 0.38 0.65 1.04 0.43 0.11 0.19 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00