ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6437

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 10, 3, 4, 7, 49, 61, 3, 0, 0, 0, 0, 5, 7, 59, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.189, 0.309, 0.428, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.309 std_dev=0.119
N1 B 0, 0.243, 0.368, 0.493, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.368 std_dev=0.125
N3 A 0, 0.161, 0.324, 0.487, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.324 std_dev=0.163
N9 A 0, 0.417, 0.613, 0.810, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.613 std_dev=0.197
C4 B 0, 0.377, 0.576, 0.775, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.576 std_dev=0.199
C5 A 0, 0.467, 0.678, 0.888, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.678 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.400, 0.661, 0.923, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.661 std_dev=0.262
C1' A 0, 0.589, 0.879, 1.169, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.879 std_dev=0.290
C8 A 0, 0.644, 0.935, 1.226, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.935 std_dev=0.291
N7 A 0, 0.690, 1.005, 1.321, 1.359 max_d=1.359 avg_d=1.005 std_dev=0.315
N4 B 0, 0.563, 0.899, 1.235, 2.235 max_d=2.235 avg_d=0.899 std_dev=0.336
C6 A 0, 0.530, 0.875, 1.221, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.875 std_dev=0.345
C2 A 0, 0.135, 0.496, 0.857, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.496 std_dev=0.361
N1 A 0, 0.334, 0.734, 1.135, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.734 std_dev=0.400
O6 A 0, 0.783, 1.279, 1.775, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.279 std_dev=0.496
N2 A 0, 0.364, 0.861, 1.358, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.861 std_dev=0.497
C2' A 0, 0.595, 1.400, 2.204, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.400 std_dev=0.805
O4' A 0, 0.923, 1.755, 2.587, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.755 std_dev=0.832
C2 B 0, 0.007, 0.884, 1.762, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.884 std_dev=0.878
N3 B 0, 0.149, 1.073, 1.997, 2.551 max_d=2.551 avg_d=1.073 std_dev=0.924
C5 B 0, 0.307, 1.234, 2.161, 2.619 max_d=2.619 avg_d=1.234 std_dev=0.927
O2' A 0, 0.994, 1.929, 2.863, 4.157 max_d=4.157 avg_d=1.929 std_dev=0.935
O4' B 0, 0.552, 1.529, 2.507, 3.180 max_d=3.180 avg_d=1.529 std_dev=0.978
C6 B 0, 0.095, 1.174, 2.252, 2.741 max_d=2.741 avg_d=1.174 std_dev=1.079
C2' B 0, 0.820, 1.983, 3.147, 3.777 max_d=3.777 avg_d=1.983 std_dev=1.163
C4' A 0, 1.028, 2.239, 3.451, 4.194 max_d=4.194 avg_d=2.239 std_dev=1.211
O3' A 0, 0.830, 2.184, 3.539, 4.728 max_d=4.728 avg_d=2.184 std_dev=1.354
C3' A 0, 0.612, 1.970, 3.328, 4.245 max_d=4.245 avg_d=1.970 std_dev=1.358
C4' B 0, 0.731, 2.222, 3.713, 4.788 max_d=4.788 avg_d=2.222 std_dev=1.491
O2' B 0, 1.264, 2.757, 4.250, 4.941 max_d=4.941 avg_d=2.757 std_dev=1.493
C3' B 0, 0.800, 2.448, 4.095, 5.167 max_d=5.167 avg_d=2.448 std_dev=1.647
O3' B 0, 1.236, 2.922, 4.609, 5.563 max_d=5.563 avg_d=2.922 std_dev=1.687
O2 B 0, -0.107, 1.648, 3.402, 4.324 max_d=4.324 avg_d=1.648 std_dev=1.755
C5' A 0, 1.049, 3.279, 5.509, 6.870 max_d=6.870 avg_d=3.279 std_dev=2.230
O5' A 0, 0.930, 3.330, 5.730, 7.699 max_d=7.699 avg_d=3.330 std_dev=2.400
O5' B 0, 2.260, 4.783, 7.305, 8.564 max_d=8.564 avg_d=4.783 std_dev=2.522
OP1 B 0, 4.288, 7.044, 9.800, 10.978 max_d=10.978 avg_d=7.044 std_dev=2.756
C5' B 0, 0.467, 3.283, 6.099, 7.599 max_d=7.599 avg_d=3.283 std_dev=2.816
P B 0, 3.498, 6.583, 9.668, 10.994 max_d=10.994 avg_d=6.583 std_dev=3.085
OP2 A 0, 1.283, 4.530, 7.777, 10.151 max_d=10.151 avg_d=4.530 std_dev=3.247
P A 0, 1.199, 4.545, 7.892, 10.055 max_d=10.055 avg_d=4.545 std_dev=3.347
OP1 A 0, 1.503, 5.342, 9.181, 11.535 max_d=11.535 avg_d=5.342 std_dev=3.839
OP2 B 0, 3.584, 7.482, 11.380, 12.951 max_d=12.951 avg_d=7.482 std_dev=3.898

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.30 0.01 0.16 0.02 0.10 0.32 0.21
C2 0.04 0.00 0.24 0.35 0.01 0.69 0.01 1.42 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.24 0.47 1.11 0.01 1.76 1.27 1.29
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.12 0.01 0.05 0.24 0.10 0.12 0.18 0.29 0.24 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.07 0.28 0.29 0.18
C3' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.10 0.01 0.26 0.03 0.18 0.56 0.18 0.54 0.36 0.52 0.23 0.02 0.01 0.02 0.36 0.27 0.19 0.44 0.26
C4 0.02 0.01 0.12 0.10 0.00 0.28 0.00 0.64 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.10 0.25 0.32 0.01 0.59 0.31 0.30
C4' 0.01 0.69 0.01 0.01 0.28 0.00 0.08 0.01 0.22 0.45 0.49 0.89 0.66 0.31 0.07 0.32 0.03 0.00 0.02 0.13 0.14 0.19 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.26 0.00 0.08 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.12 0.11 0.26 0.01 0.26 0.47 0.35
C5' 0.11 1.42 0.24 0.03 0.64 0.01 0.32 0.00 0.60 0.59 1.09 1.80 1.31 0.37 0.10 0.09 0.21 0.02 0.01 0.44 0.12 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.22 0.01 0.60 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.13 0.20 0.29 0.01 0.57 0.33 0.29
C8 0.01 0.01 0.12 0.56 0.01 0.45 0.01 0.59 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.20 0.27 1.07 0.02 1.03 1.40 1.29
N1 0.03 0.00 0.18 0.18 0.01 0.49 0.01 1.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.13 0.36 0.76 0.01 1.31 0.85 0.87
N2 0.05 0.01 0.29 0.54 0.01 0.89 0.01 1.80 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.34 0.55 1.54 0.01 2.46 1.86 1.87
N3 0.04 0.01 0.24 0.36 0.00 0.66 0.00 1.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.27 0.46 0.98 0.01 1.48 1.02 1.07
N7 0.01 0.01 0.08 0.52 0.01 0.31 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.24 0.14 0.89 0.02 0.88 1.33 1.15
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.06 0.02 0.34 0.02 0.21 0.52 0.43
O2' 0.03 0.16 0.00 0.02 0.19 0.32 0.28 0.09 0.28 0.31 0.21 0.18 0.14 0.35 0.19 0.00 0.05 0.23 0.30 0.32 0.18 0.36 0.26
O3' 0.30 0.24 0.02 0.01 0.10 0.03 0.12 0.21 0.13 0.20 0.13 0.34 0.27 0.24 0.06 0.05 0.00 0.23 0.41 0.19 0.39 0.51 0.35
O4' 0.01 0.47 0.01 0.02 0.25 0.00 0.11 0.02 0.20 0.27 0.36 0.55 0.46 0.14 0.02 0.23 0.23 0.00 0.11 0.15 0.12 0.27 0.17
O5' 0.16 1.11 0.19 0.36 0.32 0.02 0.26 0.01 0.29 1.07 0.76 1.54 0.98 0.89 0.34 0.30 0.41 0.11 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.27 0.01 0.13 0.01 0.44 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.19 0.15 0.26 0.00 0.39 0.44 0.33
OP1 0.10 1.76 0.28 0.19 0.59 0.14 0.26 0.12 0.57 1.03 1.31 2.46 1.48 0.88 0.21 0.18 0.39 0.12 0.02 0.39 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 1.27 0.29 0.44 0.31 0.19 0.47 0.15 0.33 1.40 0.85 1.86 1.02 1.33 0.52 0.36 0.51 0.27 0.02 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.21 1.29 0.18 0.26 0.30 0.06 0.35 0.02 0.29 1.29 0.87 1.87 1.07 1.15 0.43 0.26 0.35 0.17 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.88 0.95 0.80 0.58 0.86 0.71 0.82 0.73 0.83 0.87 0.96 0.86 1.02 1.07 0.58 0.91 0.88 2.21 1.75 1.40
C2 0.63 0.22 0.62 0.97 0.48 1.27 1.26 1.89 1.21 0.60 0.30 0.41 0.63 0.63 0.92 1.12 2.44 3.50 3.89 3.20
C2' 0.86 0.99 0.82 0.47 0.90 0.60 0.79 0.63 0.79 0.87 1.03 0.93 1.09 1.16 0.46 0.81 0.86 2.11 1.84 1.40
C3' 1.45 1.61 1.35 0.96 1.56 1.11 1.38 0.98 1.36 1.48 1.65 1.61 1.67 1.70 0.90 1.36 0.84 2.00 1.33 1.17
C4 0.55 0.56 0.50 0.32 0.41 0.68 0.79 1.06 0.77 0.52 0.58 0.32 0.78 0.79 0.29 0.76 1.51 2.73 2.65 2.15
C4' 1.25 1.40 1.10 0.93 1.37 1.00 1.22 0.94 1.19 1.28 1.45 1.44 1.44 1.37 0.87 1.21 0.84 1.92 1.50 1.20
C5 0.58 0.53 0.56 0.36 0.39 0.75 0.93 1.14 0.87 0.55 0.53 0.25 0.79 0.83 0.33 0.81 1.57 2.81 2.63 2.20
C5' 1.40 1.58 1.24 1.17 1.56 1.20 1.42 1.22 1.37 1.44 1.65 1.65 1.65 1.47 1.08 1.36 1.13 1.93 1.80 1.45
C6 0.59 0.26 0.58 0.74 0.55 1.10 1.33 1.68 1.21 0.58 0.33 0.59 0.69 0.68 0.64 1.03 2.19 3.31 3.40 2.88
C8 1.05 1.06 1.01 0.78 0.99 0.92 1.01 0.92 1.02 1.04 1.05 0.95 1.09 1.25 0.81 1.08 0.92 2.28 1.46 1.37
N1 0.73 0.27 0.72 1.09 0.68 1.40 1.50 2.06 1.41 0.73 0.35 0.66 0.66 0.66 0.99 1.25 2.61 3.65 4.02 3.37
N2 0.82 0.28 0.83 1.31 0.62 1.59 1.45 2.29 1.43 0.78 0.33 0.52 0.62 0.72 1.27 1.37 2.86 3.88 4.43 3.68
N3 0.47 0.37 0.43 0.58 0.30 0.88 0.90 1.39 0.87 0.44 0.42 0.20 0.68 0.64 0.54 0.84 1.91 3.04 3.24 2.61
N7 0.90 0.89 0.88 0.60 0.76 0.82 0.95 0.94 0.94 0.88 0.86 0.63 0.99 1.15 0.64 0.96 1.12 2.47 1.80 1.64
N9 0.81 0.86 0.75 0.48 0.75 0.68 0.79 0.78 0.80 0.79 0.87 0.71 0.96 1.03 0.49 0.86 1.02 2.35 1.93 1.58
O2' 0.59 0.69 0.61 0.47 0.60 0.49 0.55 0.62 0.55 0.59 0.71 0.61 0.79 0.90 0.47 0.61 0.97 2.14 1.98 1.49
O3' 1.40 1.49 1.30 0.93 1.45 1.13 1.34 1.04 1.34 1.41 1.52 1.48 1.53 1.68 0.88 1.36 0.90 1.99 1.28 1.19
O4' 1.06 1.15 0.95 0.85 1.11 0.88 0.99 0.82 0.99 1.07 1.18 1.14 1.19 1.16 0.84 1.07 0.79 2.01 1.55 1.22
O5' 1.81 2.02 1.59 1.40 2.05 1.51 1.88 1.46 1.80 1.87 2.12 2.18 2.07 1.85 1.26 1.75 1.24 1.98 1.60 1.45
O6 0.69 0.31 0.69 0.90 0.84 1.27 1.62 1.89 1.45 0.73 0.43 0.98 0.73 0.69 0.77 1.18 2.41 3.52 3.55 3.10
OP1 2.28 2.51 2.03 1.88 2.43 2.05 2.35 2.13 2.30 2.33 2.59 2.48 2.66 2.28 1.71 2.27 2.00 2.49 2.35 2.24
OP2 2.47 2.76 2.16 1.89 2.80 2.08 2.65 2.03 2.53 2.57 2.89 2.90 2.81 2.41 1.68 2.41 1.78 2.24 1.85 1.86
P 2.35 2.59 2.08 1.88 2.59 2.04 2.45 2.01 2.37 2.42 2.69 2.67 2.67 2.32 1.72 2.31 1.76 2.27 1.86 1.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.31 0.01 0.25 0.70 0.30 0.34
C2 0.02 0.00 0.16 0.24 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.18 0.09 0.38 0.97 0.72 0.49
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.21 0.13 0.03 0.13 0.07 0.26 0.00 0.03 0.02 0.58 0.74 0.49 0.61
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.40 0.01 0.42 0.03 0.36 0.24 0.32 0.43 0.15 0.02 0.01 0.03 0.41 0.57 0.36 0.36
C4 0.01 0.01 0.06 0.40 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.19 0.03 0.58 1.30 1.17 0.77
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.21 0.10 0.10 0.17 0.09 0.32 0.02 0.01 0.02 0.32 0.21 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.42 0.01 0.22 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.27 0.09 0.65 1.40 1.18 0.85
C5' 0.08 0.11 0.21 0.03 0.23 0.01 0.29 0.00 0.25 0.12 0.15 0.25 0.11 0.12 0.22 0.02 0.01 0.33 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.36 0.01 0.21 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.21 0.12 0.57 1.23 0.89 0.73
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.12 0.02 0.39 0.96 0.64 0.51
N3 0.02 0.00 0.13 0.32 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.13 0.07 0.47 1.13 0.97 0.62
N4 0.02 0.01 0.07 0.43 0.00 0.17 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.39 0.24 0.04 0.62 1.39 1.33 0.84
O2 0.03 0.01 0.26 0.15 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.26 0.36 0.16 0.30 0.84 0.56 0.39
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.36 0.32 0.35 0.12 0.30 0.21 0.33 0.39 0.26 0.00 0.07 0.22 0.45 0.54 0.40 0.48
O3' 0.31 0.18 0.03 0.01 0.19 0.02 0.27 0.22 0.21 0.12 0.13 0.24 0.36 0.07 0.00 0.22 0.42 0.85 0.50 0.48
O4' 0.01 0.09 0.02 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.07 0.04 0.16 0.22 0.22 0.00 0.17 0.60 0.19 0.25
O5' 0.25 0.38 0.58 0.41 0.58 0.02 0.65 0.01 0.57 0.39 0.47 0.62 0.30 0.45 0.42 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.70 0.97 0.74 0.57 1.30 0.32 1.40 0.33 1.23 0.96 1.13 1.39 0.84 0.54 0.85 0.60 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.72 0.49 0.36 1.17 0.21 1.18 0.39 0.89 0.64 0.97 1.33 0.56 0.40 0.50 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.49 0.61 0.36 0.77 0.09 0.85 0.02 0.73 0.51 0.62 0.84 0.39 0.48 0.48 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00