ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6631

back

Distances from reference structure (by RMSD)

14, 97, 187, 114, 45, 17, 13, 4, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.075, 0.168, 0.261, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.168 std_dev=0.093
N1 A 0, 0.071, 0.190, 0.309, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.190 std_dev=0.119
N3 B 0, 0.085, 0.222, 0.359, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.222 std_dev=0.137
N9 B 0, 0.095, 0.247, 0.398, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.247 std_dev=0.152
C5 B 0, 0.137, 0.290, 0.443, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.290 std_dev=0.153
C6 A 0, 0.059, 0.212, 0.366, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.212 std_dev=0.154
C2 A 0, 0.124, 0.301, 0.479, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.301 std_dev=0.177
C2 B 0, 0.127, 0.315, 0.503, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.315 std_dev=0.188
C6 B 0, 0.135, 0.334, 0.532, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.334 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.123, 0.324, 0.524, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.324 std_dev=0.201
C5 A 0, 0.099, 0.305, 0.511, 2.310 max_d=2.310 avg_d=0.305 std_dev=0.206
C1' B 0, 0.061, 0.272, 0.484, 2.590 max_d=2.590 avg_d=0.272 std_dev=0.212
N3 A 0, 0.111, 0.327, 0.544, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.327 std_dev=0.217
C4 A 0, 0.100, 0.332, 0.563, 2.464 max_d=2.464 avg_d=0.332 std_dev=0.232
C8 B 0, 0.180, 0.417, 0.653, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.417 std_dev=0.237
C1' A 0, 0.100, 0.337, 0.574, 3.015 max_d=3.015 avg_d=0.337 std_dev=0.237
N7 B 0, 0.194, 0.444, 0.693, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.444 std_dev=0.249
O6 B 0, 0.178, 0.465, 0.751, 2.934 max_d=2.934 avg_d=0.465 std_dev=0.287
C2' A 0, 0.164, 0.452, 0.739, 2.477 max_d=2.477 avg_d=0.452 std_dev=0.287
N2 B 0, 0.193, 0.490, 0.787, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.490 std_dev=0.297
O4' B 0, 0.129, 0.429, 0.729, 3.621 max_d=3.621 avg_d=0.429 std_dev=0.300
O2 A 0, 0.175, 0.479, 0.782, 3.175 max_d=3.175 avg_d=0.479 std_dev=0.303
O4' A 0, 0.058, 0.386, 0.714, 4.793 max_d=4.793 avg_d=0.386 std_dev=0.328
O4 A 0, 0.139, 0.487, 0.836, 4.007 max_d=4.007 avg_d=0.487 std_dev=0.349
C2' B 0, -0.033, 0.329, 0.691, 3.240 max_d=3.240 avg_d=0.329 std_dev=0.362
C4' B 0, 0.082, 0.476, 0.871, 4.549 max_d=4.549 avg_d=0.476 std_dev=0.394
C3' B 0, 0.039, 0.434, 0.830, 3.791 max_d=3.791 avg_d=0.434 std_dev=0.396
C4' A 0, 0.064, 0.508, 0.951, 6.271 max_d=6.271 avg_d=0.508 std_dev=0.443
C3' A 0, 0.119, 0.566, 1.014, 5.229 max_d=5.229 avg_d=0.566 std_dev=0.447
O2' B 0, -0.055, 0.469, 0.992, 4.328 max_d=4.328 avg_d=0.469 std_dev=0.523
O2' A 0, 0.198, 0.724, 1.250, 3.255 max_d=3.255 avg_d=0.724 std_dev=0.526
C5' A 0, 0.054, 0.580, 1.106, 7.507 max_d=7.507 avg_d=0.580 std_dev=0.526
O5' A 0, 0.056, 0.585, 1.113, 6.695 max_d=6.695 avg_d=0.585 std_dev=0.528
O3' B 0, -0.013, 0.530, 1.073, 4.912 max_d=4.912 avg_d=0.530 std_dev=0.543
C5' B 0, 0.200, 0.796, 1.393, 5.274 max_d=5.274 avg_d=0.796 std_dev=0.597
O5' B 0, 0.411, 1.054, 1.697, 4.375 max_d=4.375 avg_d=1.054 std_dev=0.643
P A 0, -0.070, 0.609, 1.289, 8.377 max_d=8.377 avg_d=0.609 std_dev=0.679
O3' A 0, 0.165, 0.867, 1.570, 6.633 max_d=6.633 avg_d=0.867 std_dev=0.702
P B 0, 0.720, 1.530, 2.340, 5.607 max_d=5.607 avg_d=1.530 std_dev=0.810
OP1 A 0, -0.070, 0.744, 1.557, 9.917 max_d=9.917 avg_d=0.744 std_dev=0.814
OP2 A 0, -0.120, 0.729, 1.577, 10.082 max_d=10.082 avg_d=0.729 std_dev=0.849
OP2 B 0, 0.800, 1.727, 2.654, 6.787 max_d=6.787 avg_d=1.727 std_dev=0.927
OP1 B 0, 0.786, 1.819, 2.852, 6.810 max_d=6.810 avg_d=1.819 std_dev=1.033

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.17 0.03 0.01 0.15 0.19 0.26 0.16
C2 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.02 0.06 0.26 0.30 0.34 0.27
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.11 0.11 0.03 0.09 0.20 0.00 0.03 0.07 0.01 0.27 0.33 0.40 0.31
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.23 0.01 0.23 0.02 0.20 0.14 0.20 0.17 0.02 0.01 0.24 0.02 0.20 0.27 0.21 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.23 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.16 0.01 0.04 0.37 0.46 0.49 0.41
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.07 0.07 0.18 0.03 0.11 0.00 0.02 0.13 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.23 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.19 0.01 0.06 0.39 0.46 0.48 0.42
C5' 0.05 0.10 0.11 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.13 0.09 0.08 0.12 0.18 0.02 0.01 0.14 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.15 0.01 0.07 0.34 0.36 0.36 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.08 0.02 0.02 0.25 0.27 0.30 0.24
N3 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.14 0.02 0.05 0.32 0.38 0.42 0.34
O2 0.04 0.01 0.20 0.17 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.24 0.02 0.10 0.22 0.27 0.32 0.23
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.21 0.18 0.22 0.08 0.19 0.12 0.17 0.16 0.00 0.06 0.23 0.12 0.18 0.27 0.43 0.25
O3' 0.17 0.15 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.12 0.15 0.08 0.14 0.24 0.06 0.00 0.20 0.12 0.23 0.36 0.27 0.24
O4 0.03 0.02 0.07 0.24 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.20 0.00 0.04 0.40 0.51 0.55 0.45
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.10 0.12 0.12 0.04 0.00 0.11 0.14 0.25 0.14
O5' 0.15 0.26 0.27 0.20 0.37 0.02 0.39 0.01 0.34 0.25 0.32 0.22 0.18 0.23 0.40 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.30 0.33 0.27 0.46 0.13 0.46 0.14 0.36 0.27 0.38 0.27 0.27 0.36 0.51 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.34 0.40 0.21 0.49 0.19 0.48 0.21 0.36 0.30 0.42 0.32 0.43 0.27 0.55 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.27 0.31 0.19 0.41 0.05 0.42 0.02 0.33 0.24 0.34 0.23 0.25 0.24 0.45 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.38 0.46 0.46 0.48 0.43 0.37 0.51 0.41 0.55 0.48 0.52 0.52 0.40 0.53 0.41 0.50 0.53 0.35 0.58 0.61 0.76 0.67 0.61
C2 0.40 0.30 0.37 0.40 0.40 0.38 0.54 0.48 0.54 0.56 0.38 0.43 0.31 0.63 0.45 0.45 0.38 0.41 0.72 0.63 0.94 0.87 0.78
C2' 0.32 0.45 0.42 0.49 0.37 0.37 0.46 0.44 0.52 0.43 0.51 0.53 0.37 0.49 0.36 0.45 0.57 0.30 0.63 0.59 0.87 0.71 0.69
C3' 0.33 0.42 0.51 0.61 0.34 0.45 0.40 0.51 0.45 0.42 0.45 0.51 0.35 0.44 0.34 0.51 0.74 0.32 0.65 0.51 0.87 0.71 0.69
C4 0.42 0.45 0.41 0.45 0.30 0.48 0.31 0.63 0.24 0.52 0.38 0.61 0.38 0.52 0.40 0.52 0.42 0.46 0.85 0.33 1.13 1.05 0.95
C4' 0.36 0.47 0.55 0.61 0.37 0.45 0.41 0.46 0.46 0.41 0.48 0.56 0.40 0.43 0.36 0.56 0.73 0.33 0.57 0.51 0.74 0.59 0.57
C5 0.36 0.47 0.38 0.46 0.24 0.46 0.25 0.61 0.31 0.41 0.43 0.58 0.38 0.40 0.30 0.49 0.44 0.40 0.82 0.37 1.06 0.95 0.89
C5' 0.38 0.46 0.59 0.68 0.36 0.54 0.38 0.56 0.42 0.39 0.45 0.55 0.41 0.40 0.35 0.58 0.83 0.38 0.62 0.46 0.79 0.61 0.63
C6 0.31 0.39 0.36 0.47 0.24 0.41 0.33 0.52 0.35 0.41 0.37 0.51 0.31 0.43 0.30 0.43 0.47 0.34 0.72 0.41 0.92 0.81 0.76
N1 0.34 0.32 0.38 0.43 0.33 0.36 0.45 0.45 0.46 0.48 0.38 0.44 0.27 0.53 0.37 0.43 0.45 0.34 0.66 0.53 0.86 0.77 0.71
N3 0.43 0.35 0.39 0.42 0.37 0.44 0.48 0.57 0.41 0.59 0.27 0.54 0.34 0.64 0.46 0.47 0.38 0.45 0.80 0.53 1.06 0.99 0.89
O2 0.45 0.43 0.40 0.40 0.50 0.39 0.64 0.46 0.69 0.61 0.56 0.45 0.41 0.69 0.51 0.48 0.38 0.44 0.70 0.79 0.92 0.87 0.77
O2' 0.39 0.57 0.46 0.47 0.46 0.37 0.53 0.40 0.61 0.46 0.62 0.66 0.48 0.53 0.41 0.54 0.55 0.34 0.58 0.68 0.83 0.68 0.66
O3' 0.30 0.48 0.50 0.60 0.32 0.44 0.38 0.50 0.45 0.36 0.49 0.62 0.38 0.40 0.30 0.52 0.76 0.29 0.62 0.52 0.87 0.69 0.67
O4 0.50 0.56 0.50 0.51 0.39 0.56 0.35 0.72 0.35 0.57 0.53 0.69 0.46 0.53 0.47 0.59 0.49 0.53 0.93 0.37 1.25 1.17 1.06
O4' 0.39 0.47 0.54 0.56 0.41 0.43 0.46 0.43 0.50 0.46 0.50 0.54 0.41 0.48 0.40 0.56 0.63 0.36 0.55 0.55 0.68 0.59 0.55
O5' 0.34 0.42 0.53 0.68 0.33 0.52 0.36 0.59 0.40 0.41 0.42 0.50 0.37 0.41 0.34 0.48 0.80 0.35 0.72 0.43 0.91 0.73 0.75
OP1 0.28 0.42 0.45 0.71 0.29 0.60 0.35 0.75 0.40 0.42 0.43 0.53 0.33 0.42 0.30 0.38 0.92 0.36 0.81 0.44 1.09 0.89 0.89
OP2 0.40 0.41 0.51 0.77 0.38 0.68 0.45 0.88 0.45 0.56 0.43 0.49 0.37 0.56 0.42 0.45 0.86 0.49 1.03 0.49 1.27 1.11 1.12
P 0.33 0.34 0.50 0.77 0.28 0.65 0.34 0.78 0.35 0.45 0.36 0.43 0.28 0.43 0.33 0.39 0.95 0.43 0.87 0.39 1.07 0.89 0.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.18 0.02 0.28 0.29 0.18
C2 0.04 0.00 0.21 0.22 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.26 0.12 0.40 0.02 0.60 0.50 0.42
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.06 0.06 0.10 0.11 0.16 0.25 0.21 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.23 0.08 0.37 0.30 0.24
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.14 0.01 0.14 0.02 0.17 0.16 0.20 0.26 0.20 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.28 0.17 0.41 0.25 0.26
C4 0.02 0.01 0.11 0.14 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.06 0.39 0.01 0.55 0.46 0.39
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.09 0.11 0.08 0.12 0.06 0.10 0.02 0.00 0.02 0.11 0.20 0.26 0.08
C5 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.04 0.48 0.02 0.67 0.58 0.50
C5' 0.05 0.18 0.06 0.02 0.16 0.01 0.21 0.00 0.23 0.22 0.21 0.19 0.16 0.24 0.14 0.07 0.07 0.02 0.01 0.25 0.23 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.06 0.51 0.01 0.74 0.65 0.54
C8 0.01 0.01 0.11 0.16 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.16 0.07 0.47 0.03 0.54 0.49 0.43
N1 0.03 0.01 0.16 0.20 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.09 0.46 0.01 0.70 0.59 0.50
N2 0.05 0.01 0.25 0.26 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.33 0.14 0.37 0.03 0.59 0.48 0.40
N3 0.04 0.01 0.21 0.20 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.24 0.11 0.34 0.01 0.52 0.43 0.35
N7 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.15 0.05 0.53 0.03 0.69 0.62 0.53
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.35 0.02 0.44 0.38 0.32
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.10 0.10 0.10 0.07 0.12 0.13 0.16 0.25 0.19 0.12 0.06 0.00 0.05 0.08 0.10 0.13 0.30 0.33 0.18
O3' 0.07 0.26 0.02 0.01 0.14 0.02 0.13 0.07 0.17 0.16 0.22 0.33 0.24 0.15 0.07 0.05 0.00 0.06 0.27 0.18 0.50 0.31 0.30
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.14 0.11 0.05 0.02 0.08 0.06 0.00 0.14 0.05 0.22 0.34 0.20
O5' 0.18 0.40 0.23 0.28 0.39 0.02 0.48 0.01 0.51 0.47 0.46 0.37 0.34 0.53 0.35 0.10 0.27 0.14 0.00 0.55 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.17 0.01 0.11 0.02 0.25 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.13 0.18 0.05 0.55 0.00 0.82 0.73 0.61
OP1 0.28 0.60 0.37 0.41 0.55 0.20 0.67 0.23 0.74 0.54 0.70 0.59 0.52 0.69 0.44 0.30 0.50 0.22 0.02 0.82 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.50 0.30 0.25 0.46 0.26 0.58 0.32 0.65 0.49 0.59 0.48 0.43 0.62 0.38 0.33 0.31 0.34 0.02 0.73 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.42 0.24 0.26 0.39 0.08 0.50 0.02 0.54 0.43 0.50 0.40 0.35 0.53 0.32 0.18 0.30 0.20 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00