ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6632

back

Distances from reference structure (by RMSD)

29, 154, 130, 104, 32, 12, 13, 8, 5, 3, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.036, 0.127, 0.217, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.127 std_dev=0.091
N1 A 0, 0.045, 0.165, 0.285, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.165 std_dev=0.120
C6 A 0, 0.079, 0.226, 0.373, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.226 std_dev=0.147
C2 A 0, 0.096, 0.264, 0.432, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.264 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.076, 0.265, 0.453, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.265 std_dev=0.188
N3 A 0, 0.091, 0.283, 0.475, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.283 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.039, 0.240, 0.440, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.240 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.019, 0.230, 0.442, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.230 std_dev=0.212
C5 A 0, 0.089, 0.322, 0.556, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.322 std_dev=0.234
C4 A 0, 0.069, 0.316, 0.562, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.316 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.089, 0.337, 0.584, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.337 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.082, 0.341, 0.600, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.341 std_dev=0.259
C1' A 0, 0.049, 0.310, 0.572, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.310 std_dev=0.262
C5 B 0, 0.060, 0.335, 0.610, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.335 std_dev=0.275
O2 A 0, 0.146, 0.448, 0.750, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.448 std_dev=0.302
C2' A 0, 0.096, 0.415, 0.733, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.415 std_dev=0.319
O4' B 0, 0.029, 0.355, 0.681, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.355 std_dev=0.326
O4' A 0, 0.042, 0.374, 0.706, 2.323 max_d=2.323 avg_d=0.374 std_dev=0.332
O2 B 0, 0.088, 0.432, 0.776, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.432 std_dev=0.344
C2' B 0, -0.067, 0.296, 0.658, 3.039 max_d=3.039 avg_d=0.296 std_dev=0.363
O4 A 0, 0.093, 0.469, 0.845, 2.581 max_d=2.581 avg_d=0.469 std_dev=0.376
N4 B 0, 0.112, 0.503, 0.895, 2.306 max_d=2.306 avg_d=0.503 std_dev=0.391
C4' B 0, -0.004, 0.419, 0.843, 2.762 max_d=2.762 avg_d=0.419 std_dev=0.423
C3' B 0, -0.082, 0.348, 0.778, 3.568 max_d=3.568 avg_d=0.348 std_dev=0.430
C4' A 0, 0.039, 0.475, 0.910, 3.314 max_d=3.314 avg_d=0.475 std_dev=0.436
C3' A 0, 0.038, 0.517, 0.996, 3.416 max_d=3.416 avg_d=0.517 std_dev=0.479
C5' A 0, 0.026, 0.537, 1.047, 3.756 max_d=3.756 avg_d=0.537 std_dev=0.511
O5' A 0, -0.003, 0.513, 1.029, 3.692 max_d=3.692 avg_d=0.513 std_dev=0.516
O2' B 0, -0.047, 0.470, 0.986, 3.848 max_d=3.848 avg_d=0.470 std_dev=0.517
O3' B 0, -0.132, 0.454, 1.040, 5.505 max_d=5.505 avg_d=0.454 std_dev=0.586
C5' B 0, 0.006, 0.606, 1.206, 3.461 max_d=3.461 avg_d=0.606 std_dev=0.600
O2' A 0, 0.058, 0.670, 1.282, 3.042 max_d=3.042 avg_d=0.670 std_dev=0.612
P A 0, -0.125, 0.528, 1.181, 4.802 max_d=4.802 avg_d=0.528 std_dev=0.653
OP2 A 0, -0.100, 0.633, 1.366, 5.328 max_d=5.328 avg_d=0.633 std_dev=0.733
O5' B 0, -0.078, 0.693, 1.465, 5.861 max_d=5.861 avg_d=0.693 std_dev=0.771
O3' A 0, 0.026, 0.802, 1.579, 5.136 max_d=5.136 avg_d=0.802 std_dev=0.777
OP1 A 0, -0.134, 0.685, 1.505, 5.900 max_d=5.900 avg_d=0.685 std_dev=0.820
P B 0, -0.040, 0.952, 1.945, 7.567 max_d=7.567 avg_d=0.952 std_dev=0.992
OP2 B 0, -0.016, 1.119, 2.254, 8.850 max_d=8.850 avg_d=1.119 std_dev=1.135
OP1 B 0, -0.056, 1.163, 2.381, 9.569 max_d=9.569 avg_d=1.163 std_dev=1.219

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.17 0.02 0.01 0.17 0.19 0.28 0.17
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.02 0.06 0.28 0.25 0.34 0.24
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.12 0.11 0.03 0.09 0.21 0.01 0.02 0.07 0.01 0.30 0.37 0.40 0.32
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.24 0.01 0.26 0.02 0.23 0.14 0.20 0.17 0.02 0.01 0.26 0.02 0.21 0.30 0.18 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.24 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.17 0.01 0.04 0.41 0.37 0.47 0.37
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.07 0.18 0.03 0.12 0.01 0.02 0.12 0.21 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.22 0.01 0.06 0.43 0.38 0.46 0.38
C5' 0.05 0.09 0.12 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.13 0.09 0.08 0.12 0.20 0.02 0.01 0.15 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.18 0.01 0.07 0.37 0.30 0.36 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.08 0.02 0.02 0.27 0.23 0.31 0.22
N3 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.14 0.01 0.05 0.34 0.31 0.41 0.30
O2 0.04 0.01 0.21 0.17 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.27 0.02 0.10 0.23 0.22 0.32 0.21
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.21 0.18 0.21 0.08 0.19 0.12 0.18 0.19 0.00 0.06 0.22 0.13 0.19 0.30 0.43 0.26
O3' 0.17 0.16 0.02 0.01 0.17 0.03 0.22 0.12 0.18 0.08 0.14 0.27 0.06 0.00 0.20 0.13 0.24 0.40 0.27 0.26
O4 0.02 0.02 0.07 0.26 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.20 0.00 0.04 0.43 0.41 0.53 0.41
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.10 0.13 0.13 0.04 0.00 0.10 0.15 0.30 0.18
O5' 0.17 0.28 0.30 0.21 0.41 0.02 0.43 0.01 0.37 0.27 0.34 0.23 0.19 0.24 0.43 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.25 0.37 0.30 0.37 0.12 0.38 0.15 0.30 0.23 0.31 0.22 0.30 0.40 0.41 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.34 0.40 0.18 0.47 0.21 0.46 0.23 0.36 0.31 0.41 0.32 0.43 0.27 0.53 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.24 0.32 0.18 0.37 0.06 0.38 0.02 0.30 0.22 0.30 0.21 0.26 0.26 0.41 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.39 0.45 0.49 0.58 0.43 0.57 0.48 0.48 0.39 0.49 0.67 0.44 0.53 0.54 0.38 0.61 0.74 0.72 0.66
C2 0.31 0.31 0.35 0.36 0.51 0.34 0.58 0.44 0.46 0.30 0.35 0.63 0.46 0.47 0.36 0.32 0.63 0.81 0.86 0.73
C2' 0.33 0.36 0.41 0.48 0.52 0.42 0.51 0.49 0.42 0.34 0.45 0.62 0.42 0.49 0.54 0.35 0.62 0.78 0.71 0.68
C3' 0.38 0.34 0.51 0.60 0.44 0.52 0.45 0.58 0.41 0.34 0.40 0.53 0.38 0.55 0.71 0.40 0.68 0.85 0.75 0.73
C4 0.37 0.45 0.42 0.41 0.27 0.42 0.34 0.55 0.35 0.33 0.45 0.34 0.60 0.52 0.40 0.38 0.75 0.97 1.01 0.87
C4' 0.39 0.39 0.53 0.61 0.48 0.52 0.47 0.55 0.43 0.37 0.46 0.56 0.42 0.58 0.71 0.41 0.64 0.79 0.68 0.67
C5 0.39 0.47 0.44 0.45 0.32 0.43 0.27 0.55 0.28 0.34 0.46 0.38 0.60 0.53 0.45 0.37 0.73 0.91 0.90 0.81
C5' 0.44 0.38 0.59 0.67 0.39 0.60 0.40 0.62 0.40 0.37 0.40 0.44 0.45 0.65 0.81 0.47 0.67 0.85 0.70 0.70
C6 0.31 0.35 0.40 0.44 0.32 0.39 0.35 0.48 0.29 0.25 0.35 0.39 0.51 0.48 0.46 0.31 0.66 0.81 0.78 0.72
N1 0.27 0.28 0.36 0.40 0.45 0.35 0.50 0.44 0.40 0.26 0.34 0.54 0.42 0.46 0.43 0.30 0.62 0.77 0.77 0.69
N3 0.32 0.35 0.35 0.35 0.36 0.36 0.50 0.49 0.42 0.29 0.33 0.47 0.53 0.47 0.34 0.34 0.69 0.90 0.96 0.81
O2 0.38 0.40 0.39 0.38 0.66 0.38 0.69 0.45 0.54 0.41 0.49 0.81 0.49 0.52 0.39 0.39 0.63 0.80 0.85 0.72
O2' 0.44 0.49 0.50 0.50 0.63 0.46 0.60 0.50 0.50 0.44 0.58 0.75 0.55 0.61 0.55 0.43 0.61 0.76 0.71 0.67
O3' 0.34 0.34 0.49 0.60 0.46 0.51 0.42 0.57 0.36 0.30 0.44 0.57 0.40 0.55 0.74 0.37 0.66 0.87 0.74 0.71
O4 0.47 0.56 0.51 0.49 0.43 0.51 0.39 0.65 0.43 0.44 0.60 0.48 0.66 0.59 0.48 0.48 0.82 1.08 1.14 0.97
O4' 0.39 0.40 0.51 0.57 0.55 0.49 0.54 0.52 0.48 0.40 0.49 0.62 0.42 0.56 0.64 0.40 0.63 0.75 0.69 0.66
O5' 0.41 0.33 0.56 0.69 0.34 0.60 0.39 0.65 0.40 0.34 0.33 0.38 0.39 0.56 0.82 0.45 0.72 0.90 0.73 0.75
OP1 0.46 0.22 0.58 0.81 0.26 0.80 0.39 0.90 0.43 0.33 0.20 0.29 0.30 0.58 1.02 0.60 0.91 1.19 0.94 0.97
OP2 0.49 0.39 0.55 0.77 0.45 0.76 0.54 0.91 0.55 0.46 0.40 0.46 0.40 0.49 0.86 0.61 0.98 1.21 1.00 1.05
P 0.47 0.26 0.58 0.82 0.27 0.77 0.39 0.85 0.44 0.36 0.23 0.28 0.32 0.54 0.99 0.59 0.87 1.07 0.85 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.15 0.21 0.23 0.13
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.05 0.29 0.35 0.42 0.27
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.09 0.03 0.08 0.06 0.17 0.00 0.02 0.01 0.18 0.25 0.22 0.17
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.15 0.01 0.17 0.02 0.16 0.09 0.13 0.16 0.15 0.02 0.01 0.02 0.21 0.30 0.17 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.04 0.43 0.49 0.66 0.44
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.06 0.10 0.07 0.10 0.02 0.01 0.02 0.16 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.18 0.06 0.47 0.51 0.68 0.47
C5' 0.03 0.09 0.05 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.09 0.13 0.19 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.18 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.07 0.41 0.41 0.52 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.02 0.29 0.31 0.38 0.25
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.04 0.37 0.42 0.55 0.36
N4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.16 0.04 0.47 0.55 0.75 0.50
O2 0.04 0.01 0.17 0.15 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.20 0.08 0.23 0.32 0.34 0.22
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.10 0.14 0.07 0.13 0.07 0.11 0.13 0.17 0.00 0.06 0.07 0.11 0.23 0.23 0.13
O3' 0.08 0.12 0.02 0.01 0.14 0.02 0.18 0.07 0.16 0.07 0.13 0.16 0.20 0.06 0.00 0.05 0.20 0.40 0.24 0.22
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.04 0.08 0.07 0.05 0.00 0.12 0.20 0.24 0.14
O5' 0.15 0.29 0.18 0.21 0.43 0.02 0.47 0.01 0.41 0.29 0.37 0.47 0.23 0.11 0.20 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.21 0.35 0.25 0.30 0.49 0.16 0.51 0.18 0.41 0.31 0.42 0.55 0.32 0.23 0.40 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.42 0.22 0.17 0.66 0.19 0.68 0.24 0.52 0.38 0.55 0.75 0.34 0.23 0.24 0.24 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.27 0.17 0.18 0.44 0.05 0.47 0.02 0.37 0.25 0.36 0.50 0.22 0.13 0.22 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00