ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6633

back

Distances from reference structure (by RMSD)

22, 104, 114, 77, 75, 36, 20, 13, 15, 7, 7, 5, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.055, 0.171, 0.288, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.171 std_dev=0.117
N1 A 0, 0.089, 0.228, 0.368, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.228 std_dev=0.140
N3 B 0, 0.096, 0.289, 0.482, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.289 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.095, 0.306, 0.517, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.306 std_dev=0.211
N9 B 0, 0.026, 0.243, 0.460, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.243 std_dev=0.217
C6 A 0, 0.038, 0.260, 0.482, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.260 std_dev=0.222
C2 A 0, 0.106, 0.330, 0.554, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.330 std_dev=0.224
C2 B 0, 0.124, 0.384, 0.644, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.384 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.118, 0.392, 0.666, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.392 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.125, 0.408, 0.690, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.408 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.014, 0.326, 0.638, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.326 std_dev=0.312
N3 A 0, 0.101, 0.415, 0.729, 2.793 max_d=2.793 avg_d=0.415 std_dev=0.314
C8 B 0, 0.086, 0.420, 0.753, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.420 std_dev=0.334
C5 A 0, 0.049, 0.389, 0.728, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.389 std_dev=0.339
C1' A 0, 0.118, 0.465, 0.812, 2.951 max_d=2.951 avg_d=0.465 std_dev=0.347
N7 B 0, 0.116, 0.466, 0.816, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.466 std_dev=0.350
C4 A 0, 0.077, 0.462, 0.848, 2.843 max_d=2.843 avg_d=0.462 std_dev=0.386
O2 A 0, 0.139, 0.537, 0.935, 3.620 max_d=3.620 avg_d=0.537 std_dev=0.398
N6 B 0, 0.166, 0.582, 0.998, 2.598 max_d=2.598 avg_d=0.582 std_dev=0.416
C2' A 0, 0.193, 0.620, 1.047, 2.850 max_d=2.850 avg_d=0.620 std_dev=0.427
O4' A 0, 0.063, 0.546, 1.029, 4.447 max_d=4.447 avg_d=0.546 std_dev=0.483
O4 A 0, 0.122, 0.708, 1.294, 4.482 max_d=4.482 avg_d=0.708 std_dev=0.586
O4' B 0, -0.036, 0.557, 1.150, 3.471 max_d=3.471 avg_d=0.557 std_dev=0.593
C2' B 0, -0.159, 0.443, 1.045, 4.172 max_d=4.172 avg_d=0.443 std_dev=0.602
C3' A 0, 0.122, 0.766, 1.410, 5.232 max_d=5.232 avg_d=0.766 std_dev=0.644
C4' A 0, 0.077, 0.725, 1.372, 6.010 max_d=6.010 avg_d=0.725 std_dev=0.647
O2' A 0, 0.272, 0.933, 1.593, 4.471 max_d=4.471 avg_d=0.933 std_dev=0.660
O5' A 0, 0.051, 0.750, 1.449, 7.455 max_d=7.455 avg_d=0.750 std_dev=0.699
C5' A 0, 0.054, 0.787, 1.520, 7.216 max_d=7.216 avg_d=0.787 std_dev=0.733
O2' B 0, -0.129, 0.630, 1.389, 4.845 max_d=4.845 avg_d=0.630 std_dev=0.759
C4' B 0, -0.176, 0.641, 1.459, 4.677 max_d=4.677 avg_d=0.641 std_dev=0.817
C3' B 0, -0.277, 0.572, 1.420, 5.452 max_d=5.452 avg_d=0.572 std_dev=0.849
P A 0, -0.141, 0.827, 1.795, 9.036 max_d=9.036 avg_d=0.827 std_dev=0.968
O3' A 0, 0.126, 1.155, 2.184, 6.998 max_d=6.998 avg_d=1.155 std_dev=1.029
O3' B 0, -0.319, 0.738, 1.795, 7.379 max_d=7.379 avg_d=0.738 std_dev=1.057
OP2 A 0, -0.202, 0.950, 2.101, 11.237 max_d=11.237 avg_d=0.950 std_dev=1.151
OP1 A 0, -0.140, 1.061, 2.262, 9.500 max_d=9.500 avg_d=1.061 std_dev=1.201
C5' B 0, -0.178, 1.025, 2.228, 7.566 max_d=7.566 avg_d=1.025 std_dev=1.203
O5' B 0, -0.216, 1.154, 2.524, 8.330 max_d=8.330 avg_d=1.154 std_dev=1.370
P B 0, -0.242, 1.570, 3.381, 11.223 max_d=11.223 avg_d=1.570 std_dev=1.811
OP2 B 0, -0.291, 1.727, 3.745, 11.447 max_d=11.447 avg_d=1.727 std_dev=2.018
OP1 B 0, -0.194, 1.938, 4.069, 13.079 max_d=13.079 avg_d=1.938 std_dev=2.131

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.21 0.03 0.01 0.17 0.21 0.25 0.17
C2 0.02 0.00 0.13 0.20 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.02 0.07 0.28 0.32 0.36 0.27
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.14 0.12 0.03 0.10 0.23 0.00 0.03 0.08 0.02 0.35 0.42 0.43 0.37
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.30 0.01 0.31 0.03 0.27 0.18 0.25 0.18 0.02 0.01 0.32 0.02 0.24 0.33 0.19 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.20 0.01 0.04 0.44 0.49 0.58 0.45
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.09 0.07 0.22 0.03 0.14 0.01 0.02 0.15 0.20 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.31 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.24 0.01 0.07 0.47 0.50 0.60 0.48
C5' 0.06 0.12 0.14 0.03 0.21 0.01 0.24 0.00 0.20 0.12 0.16 0.11 0.10 0.15 0.23 0.02 0.01 0.17 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01 0.15 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.19 0.02 0.08 0.40 0.39 0.45 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.09 0.02 0.02 0.28 0.29 0.33 0.26
N3 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.15 0.01 0.05 0.36 0.40 0.47 0.36
O2 0.04 0.01 0.23 0.18 0.02 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.28 0.02 0.11 0.23 0.28 0.31 0.22
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.26 0.22 0.27 0.10 0.23 0.15 0.23 0.20 0.00 0.06 0.29 0.15 0.23 0.35 0.46 0.30
O3' 0.21 0.16 0.03 0.01 0.20 0.03 0.24 0.15 0.19 0.09 0.15 0.28 0.06 0.00 0.24 0.15 0.25 0.46 0.33 0.30
O4 0.03 0.02 0.08 0.32 0.01 0.14 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.24 0.00 0.04 0.47 0.55 0.66 0.50
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.11 0.15 0.15 0.04 0.00 0.10 0.13 0.26 0.15
O5' 0.17 0.28 0.35 0.24 0.44 0.02 0.47 0.01 0.40 0.28 0.36 0.23 0.23 0.25 0.47 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.32 0.42 0.33 0.49 0.15 0.50 0.17 0.39 0.29 0.40 0.28 0.35 0.46 0.55 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.36 0.43 0.19 0.58 0.20 0.60 0.26 0.45 0.33 0.47 0.31 0.46 0.33 0.66 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.27 0.37 0.20 0.45 0.05 0.48 0.02 0.37 0.26 0.36 0.22 0.30 0.30 0.50 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.54 0.51 0.53 0.46 0.55 0.60 0.69 0.68 0.57 0.65 0.43 0.79 0.64 0.46 0.61 0.59 0.61 0.77 0.96 0.90 0.87
C2 0.39 0.42 0.41 0.44 0.34 0.42 0.48 0.61 0.49 0.55 0.38 0.40 0.66 0.64 0.40 0.55 0.46 0.46 0.79 1.07 1.08 0.95
C2' 0.44 0.55 0.48 0.56 0.42 0.60 0.54 0.78 0.64 0.52 0.65 0.43 0.75 0.58 0.42 0.59 0.65 0.63 0.85 1.10 1.01 1.01
C3' 0.47 0.53 0.56 0.69 0.38 0.72 0.48 0.88 0.58 0.50 0.61 0.40 0.67 0.52 0.42 0.63 0.85 0.70 0.93 1.17 1.02 1.06
C4 0.51 0.65 0.62 0.71 0.44 0.60 0.37 0.75 0.39 0.56 0.59 0.57 0.39 0.50 0.48 0.69 0.72 0.51 0.99 1.32 1.34 1.14
C4' 0.49 0.62 0.62 0.71 0.46 0.69 0.56 0.78 0.65 0.59 0.69 0.47 0.74 0.61 0.48 0.70 0.86 0.68 0.82 0.99 0.83 0.88
C5 0.52 0.57 0.69 0.82 0.42 0.65 0.32 0.76 0.39 0.45 0.52 0.54 0.43 0.38 0.45 0.75 0.84 0.50 0.99 1.25 1.24 1.08
C5' 0.46 0.59 0.76 0.89 0.39 0.74 0.48 0.79 0.57 0.53 0.62 0.47 0.65 0.55 0.40 0.85 1.13 0.59 0.82 1.02 0.79 0.84
C6 0.40 0.46 0.62 0.72 0.29 0.51 0.31 0.60 0.38 0.38 0.43 0.43 0.46 0.40 0.32 0.68 0.76 0.38 0.80 1.01 0.97 0.86
N1 0.35 0.39 0.47 0.52 0.29 0.41 0.44 0.55 0.49 0.48 0.43 0.33 0.61 0.55 0.34 0.58 0.57 0.42 0.72 0.95 0.92 0.82
N3 0.42 0.57 0.47 0.52 0.36 0.46 0.39 0.64 0.34 0.57 0.45 0.50 0.46 0.61 0.42 0.59 0.53 0.44 0.87 1.19 1.22 1.03
O2 0.48 0.49 0.43 0.44 0.47 0.54 0.62 0.75 0.68 0.62 0.53 0.48 0.89 0.74 0.49 0.57 0.43 0.60 0.90 1.16 1.19 1.08
O2' 0.54 0.70 0.56 0.57 0.55 0.68 0.66 0.88 0.78 0.59 0.79 0.59 0.91 0.68 0.52 0.71 0.63 0.72 0.94 1.20 1.15 1.13
O3' 0.59 0.67 0.57 0.74 0.51 0.90 0.58 1.11 0.70 0.58 0.76 0.54 0.80 0.59 0.53 0.60 0.88 0.87 1.12 1.34 1.22 1.28
O4 0.63 0.78 0.71 0.82 0.57 0.75 0.54 0.91 0.63 0.68 0.79 0.66 0.62 0.61 0.60 0.78 0.83 0.64 1.15 1.54 1.57 1.34
O4' 0.47 0.59 0.61 0.64 0.47 0.59 0.60 0.66 0.68 0.60 0.69 0.45 0.76 0.65 0.48 0.70 0.73 0.60 0.72 0.85 0.76 0.76
O5' 0.50 0.51 0.87 1.06 0.34 0.82 0.36 0.86 0.44 0.45 0.51 0.43 0.51 0.43 0.38 0.90 1.30 0.57 0.93 1.13 0.94 0.95
OP1 0.60 0.51 0.91 1.28 0.32 1.15 0.37 1.28 0.46 0.54 0.53 0.42 0.57 0.50 0.44 0.95 1.64 0.80 1.27 1.62 1.25 1.33
OP2 0.80 0.51 1.07 1.47 0.57 1.30 0.57 1.50 0.51 0.79 0.49 0.54 0.55 0.70 0.71 1.00 1.63 0.97 1.61 1.87 1.67 1.67
P 0.70 0.44 1.04 1.41 0.39 1.21 0.37 1.30 0.37 0.59 0.41 0.43 0.44 0.50 0.54 1.01 1.71 0.85 1.33 1.56 1.29 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.19 0.27 0.32 0.19
C2 0.04 0.00 0.24 0.25 0.01 0.21 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.29 0.20 0.54 0.71 0.84 0.64
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.02 0.07 0.10 0.11 0.13 0.18 0.24 0.09 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.29 0.40 0.38 0.29
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.16 0.01 0.19 0.03 0.20 0.27 0.22 0.24 0.22 0.26 0.13 0.02 0.01 0.02 0.29 0.40 0.26 0.23
C4 0.02 0.01 0.12 0.16 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.14 0.10 0.40 0.50 0.63 0.42
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.11 0.20 0.16 0.20 0.12 0.17 0.07 0.15 0.03 0.00 0.02 0.24 0.23 0.09
C5 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.05 0.46 0.61 0.80 0.51
C5' 0.05 0.39 0.10 0.03 0.21 0.01 0.21 0.00 0.25 0.30 0.33 0.36 0.25 0.28 0.13 0.07 0.11 0.02 0.01 0.26 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.17 0.10 0.48 0.67 0.86 0.56
C8 0.02 0.02 0.13 0.27 0.01 0.20 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.20 0.22 0.12 0.57 0.62 0.83 0.60
N1 0.04 0.01 0.18 0.22 0.01 0.16 0.01 0.33 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.23 0.16 0.51 0.70 0.85 0.60
N3 0.04 0.01 0.24 0.24 0.01 0.20 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.27 0.19 0.49 0.62 0.71 0.56
N6 0.02 0.01 0.09 0.22 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.19 0.07 0.52 0.75 0.97 0.62
N7 0.02 0.02 0.09 0.26 0.01 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.21 0.07 0.58 0.72 0.96 0.66
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.35 0.40 0.54 0.34
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.14 0.15 0.15 0.07 0.17 0.20 0.21 0.23 0.18 0.19 0.10 0.00 0.06 0.11 0.18 0.39 0.36 0.25
O3' 0.15 0.29 0.02 0.01 0.14 0.03 0.14 0.11 0.17 0.22 0.23 0.27 0.19 0.21 0.08 0.06 0.00 0.11 0.28 0.51 0.31 0.27
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.02 0.10 0.12 0.16 0.19 0.07 0.07 0.02 0.11 0.11 0.00 0.13 0.23 0.29 0.19
O5' 0.19 0.54 0.29 0.29 0.40 0.02 0.46 0.01 0.48 0.57 0.51 0.49 0.52 0.58 0.35 0.18 0.28 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.71 0.40 0.40 0.50 0.24 0.61 0.26 0.67 0.62 0.70 0.62 0.75 0.72 0.40 0.39 0.51 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.84 0.38 0.26 0.63 0.23 0.80 0.31 0.86 0.83 0.85 0.71 0.97 0.96 0.54 0.36 0.31 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.64 0.29 0.23 0.42 0.09 0.51 0.02 0.56 0.60 0.60 0.56 0.62 0.66 0.34 0.25 0.27 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00