ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6636

back

Distances from reference structure (by RMSD)

16, 123, 185, 80, 38, 21, 18, 7, 1, 3, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.041, 0.130, 0.219, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.130 std_dev=0.089
N1 A 0, 0.061, 0.168, 0.274, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.168 std_dev=0.107
C6 A 0, 0.066, 0.210, 0.355, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.210 std_dev=0.144
C2 A 0, 0.091, 0.263, 0.434, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.263 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.043, 0.233, 0.424, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.233 std_dev=0.190
N3 A 0, 0.108, 0.310, 0.512, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.310 std_dev=0.202
C2 B 0, 0.074, 0.278, 0.482, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.278 std_dev=0.204
C1' B 0, 0.046, 0.251, 0.457, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.251 std_dev=0.205
C5 A 0, 0.082, 0.307, 0.533, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.307 std_dev=0.226
C1' A 0, 0.086, 0.322, 0.558, 2.618 max_d=2.618 avg_d=0.322 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.109, 0.347, 0.585, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.347 std_dev=0.238
C4 A 0, 0.092, 0.337, 0.583, 2.507 max_d=2.507 avg_d=0.337 std_dev=0.246
C4 B 0, 0.118, 0.381, 0.643, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.381 std_dev=0.263
C5 B 0, 0.088, 0.359, 0.630, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.359 std_dev=0.271
O4' A 0, 0.090, 0.391, 0.692, 3.837 max_d=3.837 avg_d=0.391 std_dev=0.301
O2 A 0, 0.111, 0.421, 0.731, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.421 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.056, 0.383, 0.709, 4.472 max_d=4.472 avg_d=0.383 std_dev=0.326
C2' A 0, 0.090, 0.424, 0.759, 2.848 max_d=2.848 avg_d=0.424 std_dev=0.334
C2' B 0, -0.003, 0.335, 0.672, 3.246 max_d=3.246 avg_d=0.335 std_dev=0.338
C3' A 0, 0.185, 0.559, 0.932, 4.692 max_d=4.692 avg_d=0.559 std_dev=0.373
O2 B 0, 0.076, 0.453, 0.830, 3.105 max_d=3.105 avg_d=0.453 std_dev=0.377
C4' A 0, 0.178, 0.557, 0.937, 5.151 max_d=5.151 avg_d=0.557 std_dev=0.380
O4 B 0, 0.167, 0.560, 0.953, 3.178 max_d=3.178 avg_d=0.560 std_dev=0.393
O4 A 0, 0.107, 0.507, 0.908, 3.927 max_d=3.927 avg_d=0.507 std_dev=0.401
C3' B 0, -0.066, 0.337, 0.740, 4.676 max_d=4.676 avg_d=0.337 std_dev=0.403
C4' B 0, -0.009, 0.433, 0.874, 5.772 max_d=5.772 avg_d=0.433 std_dev=0.442
O5' A 0, 0.155, 0.599, 1.044, 5.538 max_d=5.538 avg_d=0.599 std_dev=0.444
O2' B 0, 0.060, 0.516, 0.972, 4.499 max_d=4.499 avg_d=0.516 std_dev=0.456
O3' B 0, -0.002, 0.467, 0.936, 5.384 max_d=5.384 avg_d=0.467 std_dev=0.469
C5' A 0, 0.183, 0.679, 1.175, 6.002 max_d=6.002 avg_d=0.679 std_dev=0.496
O2' A 0, 0.123, 0.660, 1.197, 5.177 max_d=5.177 avg_d=0.660 std_dev=0.537
O3' A 0, 0.301, 0.858, 1.415, 6.448 max_d=6.448 avg_d=0.858 std_dev=0.557
P A 0, 0.055, 0.625, 1.195, 7.161 max_d=7.161 avg_d=0.625 std_dev=0.570
C5' B 0, 0.076, 0.700, 1.324, 8.540 max_d=8.540 avg_d=0.700 std_dev=0.624
OP2 A 0, 0.102, 0.767, 1.432, 8.484 max_d=8.484 avg_d=0.767 std_dev=0.665
OP1 A 0, 0.173, 0.879, 1.586, 8.644 max_d=8.644 avg_d=0.879 std_dev=0.707
O5' B 0, 0.137, 0.856, 1.575, 9.657 max_d=9.657 avg_d=0.856 std_dev=0.719
P B 0, 0.266, 1.205, 2.144, 12.503 max_d=12.503 avg_d=1.205 std_dev=0.939
OP2 B 0, 0.353, 1.426, 2.500, 13.527 max_d=13.527 avg_d=1.426 std_dev=1.073
OP1 B 0, 0.396, 1.507, 2.618, 13.530 max_d=13.530 avg_d=1.507 std_dev=1.111

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.12 0.03 0.01 0.15 0.17 0.26 0.14
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.02 0.07 0.29 0.31 0.33 0.26
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.09 0.03 0.08 0.17 0.01 0.03 0.07 0.01 0.24 0.30 0.29 0.23
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.18 0.01 0.20 0.03 0.18 0.11 0.16 0.15 0.02 0.01 0.20 0.02 0.24 0.30 0.18 0.19
C4 0.03 0.01 0.06 0.18 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.16 0.01 0.04 0.40 0.40 0.48 0.39
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.07 0.10 0.13 0.02 0.10 0.01 0.02 0.13 0.23 0.05
C5 0.02 0.02 0.08 0.20 0.01 0.13 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.18 0.01 0.07 0.43 0.40 0.50 0.41
C5' 0.04 0.12 0.08 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.19 0.10 0.14 0.15 0.08 0.09 0.19 0.02 0.01 0.17 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.02 0.08 0.38 0.32 0.40 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.07 0.02 0.02 0.28 0.25 0.30 0.23
N3 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.14 0.01 0.05 0.35 0.36 0.40 0.33
O2 0.05 0.01 0.17 0.15 0.02 0.10 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.21 0.02 0.12 0.28 0.34 0.33 0.27
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.15 0.13 0.16 0.08 0.15 0.09 0.13 0.17 0.00 0.07 0.16 0.10 0.13 0.25 0.31 0.18
O3' 0.12 0.13 0.03 0.01 0.16 0.02 0.18 0.09 0.15 0.07 0.14 0.21 0.07 0.00 0.18 0.08 0.23 0.36 0.24 0.23
O4 0.03 0.02 0.07 0.20 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.16 0.18 0.00 0.05 0.43 0.45 0.53 0.43
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.12 0.10 0.08 0.05 0.00 0.11 0.13 0.29 0.14
O5' 0.15 0.29 0.24 0.24 0.40 0.02 0.43 0.01 0.38 0.28 0.35 0.28 0.13 0.23 0.43 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.31 0.30 0.30 0.40 0.13 0.40 0.17 0.32 0.25 0.36 0.34 0.25 0.36 0.45 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.33 0.29 0.18 0.48 0.23 0.50 0.26 0.40 0.30 0.40 0.33 0.31 0.24 0.53 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.23 0.19 0.39 0.05 0.41 0.02 0.33 0.23 0.33 0.27 0.18 0.23 0.43 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.37 0.39 0.38 0.61 0.35 0.59 0.40 0.46 0.34 0.50 0.44 0.53 0.41 0.73 0.33 0.54 0.73 0.72 0.61
C2 0.32 0.30 0.35 0.34 0.53 0.36 0.60 0.49 0.45 0.28 0.32 0.52 0.49 0.34 0.68 0.35 0.66 0.93 0.92 0.79
C2' 0.29 0.34 0.33 0.35 0.57 0.33 0.55 0.41 0.43 0.30 0.46 0.41 0.48 0.40 0.69 0.30 0.56 0.79 0.76 0.66
C3' 0.30 0.33 0.40 0.45 0.48 0.40 0.46 0.46 0.37 0.29 0.41 0.39 0.50 0.53 0.58 0.32 0.57 0.79 0.70 0.64
C4 0.41 0.51 0.45 0.40 0.27 0.43 0.36 0.59 0.35 0.37 0.47 0.68 0.54 0.39 0.33 0.40 0.77 1.09 1.05 0.93
C4' 0.35 0.40 0.46 0.49 0.53 0.42 0.48 0.43 0.41 0.35 0.49 0.44 0.56 0.56 0.62 0.35 0.50 0.66 0.59 0.53
C5 0.39 0.48 0.46 0.42 0.30 0.42 0.28 0.56 0.26 0.34 0.44 0.63 0.54 0.42 0.38 0.37 0.72 1.00 0.92 0.84
C5' 0.38 0.38 0.50 0.54 0.44 0.48 0.41 0.49 0.37 0.34 0.43 0.44 0.58 0.63 0.51 0.39 0.50 0.67 0.54 0.52
C6 0.31 0.35 0.42 0.39 0.34 0.35 0.37 0.46 0.27 0.23 0.33 0.53 0.52 0.41 0.44 0.29 0.61 0.84 0.78 0.70
N1 0.27 0.27 0.35 0.34 0.48 0.32 0.52 0.42 0.38 0.22 0.33 0.46 0.49 0.36 0.61 0.28 0.59 0.82 0.79 0.69
N3 0.37 0.40 0.40 0.36 0.38 0.40 0.53 0.55 0.42 0.32 0.33 0.62 0.51 0.35 0.50 0.39 0.74 1.04 1.02 0.89
O2 0.37 0.35 0.37 0.37 0.69 0.42 0.71 0.53 0.53 0.36 0.45 0.50 0.50 0.37 0.86 0.41 0.69 0.95 0.95 0.82
O2' 0.36 0.45 0.37 0.36 0.69 0.35 0.65 0.41 0.51 0.40 0.59 0.49 0.53 0.39 0.83 0.37 0.56 0.76 0.78 0.66
O3' 0.30 0.33 0.40 0.46 0.48 0.42 0.45 0.48 0.36 0.28 0.42 0.40 0.50 0.56 0.59 0.33 0.57 0.82 0.72 0.66
O4 0.50 0.63 0.53 0.48 0.43 0.52 0.41 0.68 0.44 0.48 0.64 0.75 0.60 0.46 0.45 0.50 0.86 1.22 1.18 1.04
O4' 0.37 0.41 0.46 0.47 0.58 0.41 0.55 0.42 0.46 0.38 0.52 0.43 0.58 0.51 0.67 0.36 0.51 0.64 0.62 0.54
O5' 0.35 0.32 0.46 0.53 0.35 0.46 0.36 0.51 0.35 0.31 0.34 0.38 0.51 0.59 0.40 0.36 0.57 0.75 0.60 0.60
OP1 0.33 0.24 0.44 0.58 0.24 0.57 0.29 0.68 0.31 0.25 0.24 0.32 0.47 0.69 0.28 0.42 0.66 0.92 0.71 0.72
OP2 0.32 0.31 0.36 0.52 0.37 0.53 0.42 0.69 0.41 0.32 0.33 0.34 0.34 0.54 0.39 0.41 0.77 1.01 0.85 0.85
P 0.32 0.22 0.42 0.59 0.23 0.56 0.29 0.65 0.32 0.25 0.22 0.29 0.41 0.68 0.26 0.40 0.68 0.87 0.70 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.16 0.23 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02 0.05 0.29 0.40 0.42 0.28
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.09 0.03 0.08 0.16 0.01 0.02 0.08 0.01 0.18 0.25 0.21 0.15
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.14 0.08 0.12 0.15 0.02 0.01 0.14 0.02 0.22 0.29 0.18 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.14 0.01 0.04 0.42 0.59 0.68 0.47
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.06 0.08 0.09 0.02 0.09 0.01 0.02 0.17 0.22 0.07
C5 0.02 0.02 0.08 0.14 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.01 0.05 0.45 0.60 0.70 0.51
C5' 0.04 0.11 0.04 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.19 0.10 0.14 0.13 0.07 0.06 0.20 0.02 0.01 0.20 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.01 0.06 0.40 0.46 0.54 0.41
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02 0.02 0.29 0.35 0.39 0.27
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.01 0.04 0.36 0.50 0.55 0.38
O2 0.04 0.01 0.16 0.15 0.02 0.08 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.18 0.03 0.08 0.25 0.37 0.35 0.23
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.10 0.09 0.11 0.07 0.10 0.06 0.09 0.14 0.00 0.05 0.11 0.06 0.09 0.26 0.23 0.13
O3' 0.06 0.12 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.06 0.14 0.06 0.13 0.18 0.05 0.00 0.16 0.04 0.21 0.37 0.27 0.22
O4 0.03 0.02 0.08 0.14 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.16 0.00 0.05 0.44 0.66 0.76 0.52
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05 0.00 0.14 0.20 0.27 0.16
O5' 0.16 0.29 0.18 0.22 0.42 0.02 0.45 0.01 0.40 0.29 0.36 0.25 0.09 0.21 0.44 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.40 0.25 0.29 0.59 0.17 0.60 0.20 0.46 0.35 0.50 0.37 0.26 0.37 0.66 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.42 0.21 0.18 0.68 0.22 0.70 0.27 0.54 0.39 0.55 0.35 0.23 0.27 0.76 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.28 0.15 0.18 0.47 0.07 0.51 0.02 0.41 0.27 0.38 0.23 0.13 0.22 0.52 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00