ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 6650

back

Distances from reference structure (by RMSD)

53, 1, 0, 1, 16, 6, 7, 17, 2, 6, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.022, 0.174, 0.326, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.174 std_dev=0.152
C4 A 0, 0.022, 0.201, 0.381, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.201 std_dev=0.179
N3 A 0, 0.023, 0.220, 0.418, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.220 std_dev=0.197
C5 B 0, 0.019, 0.250, 0.481, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.250 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.038, 0.286, 0.535, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.286 std_dev=0.248
C2 A 0, 0.016, 0.300, 0.583, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.300 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.037, 0.330, 0.622, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.330 std_dev=0.292
N9 B 0, -0.002, 0.312, 0.626, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.312 std_dev=0.314
C5 A 0, 0.004, 0.321, 0.637, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.321 std_dev=0.317
N1 B 0, -0.014, 0.309, 0.633, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.309 std_dev=0.324
C6 B 0, -0.002, 0.324, 0.650, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.324 std_dev=0.326
N1 A 0, -0.029, 0.327, 0.684, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.327 std_dev=0.356
N7 B 0, 0.056, 0.442, 0.828, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.442 std_dev=0.386
C8 B 0, 0.051, 0.439, 0.827, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.439 std_dev=0.388
N9 A 0, -0.007, 0.392, 0.791, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.392 std_dev=0.399
C6 A 0, -0.055, 0.349, 0.754, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.349 std_dev=0.405
N2 B 0, 0.066, 0.543, 1.020, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.543 std_dev=0.477
N2 A 0, 0.020, 0.525, 1.031, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.525 std_dev=0.505
O6 B 0, 0.011, 0.517, 1.023, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.517 std_dev=0.506
C1' B 0, -0.048, 0.459, 0.965, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.459 std_dev=0.506
N7 A 0, 0.009, 0.545, 1.082, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.545 std_dev=0.536
C8 A 0, 0.021, 0.570, 1.119, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.570 std_dev=0.549
C1' A 0, -0.063, 0.510, 1.083, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.510 std_dev=0.573
O6 A 0, -0.111, 0.526, 1.163, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.526 std_dev=0.637
O4' B 0, -0.030, 0.638, 1.306, 2.522 max_d=2.522 avg_d=0.638 std_dev=0.668
C2' B 0, 0.000, 0.668, 1.337, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.668 std_dev=0.668
C2' A 0, -0.089, 0.824, 1.737, 3.604 max_d=3.604 avg_d=0.824 std_dev=0.913
C4' B 0, -0.049, 0.883, 1.814, 3.486 max_d=3.486 avg_d=0.883 std_dev=0.931
O4' A 0, -0.062, 0.871, 1.803, 3.271 max_d=3.271 avg_d=0.871 std_dev=0.933
O2' A 0, -0.142, 0.982, 2.107, 5.441 max_d=5.441 avg_d=0.982 std_dev=1.124
C3' B 0, -0.037, 1.090, 2.217, 4.071 max_d=4.071 avg_d=1.090 std_dev=1.127
O2' B 0, 0.084, 1.241, 2.398, 4.101 max_d=4.101 avg_d=1.241 std_dev=1.157
C3' A 0, -0.076, 1.082, 2.239, 4.516 max_d=4.516 avg_d=1.082 std_dev=1.157
C5' B 0, 0.039, 1.202, 2.365, 3.964 max_d=3.964 avg_d=1.202 std_dev=1.163
C4' A 0, -0.101, 1.115, 2.332, 4.569 max_d=4.569 avg_d=1.115 std_dev=1.216
O5' B 0, 0.024, 1.442, 2.860, 4.555 max_d=4.555 avg_d=1.442 std_dev=1.418
O3' A 0, -0.055, 1.408, 2.871, 4.900 max_d=4.900 avg_d=1.408 std_dev=1.463
O3' B 0, -0.116, 1.574, 3.264, 5.582 max_d=5.582 avg_d=1.574 std_dev=1.690
C5' A 0, -0.234, 1.537, 3.309, 7.350 max_d=7.350 avg_d=1.537 std_dev=1.772
P B 0, 0.003, 1.879, 3.754, 5.719 max_d=5.719 avg_d=1.879 std_dev=1.876
O5' A 0, -0.420, 1.507, 3.433, 8.444 max_d=8.444 avg_d=1.507 std_dev=1.926
OP2 B 0, -0.061, 2.203, 4.466, 6.570 max_d=6.570 avg_d=2.203 std_dev=2.263
OP1 B 0, -0.077, 2.271, 4.618, 6.707 max_d=6.707 avg_d=2.271 std_dev=2.348
P A 0, -0.782, 1.802, 4.385, 11.593 max_d=11.593 avg_d=1.802 std_dev=2.583
OP1 A 0, -0.712, 2.093, 4.898, 12.725 max_d=12.725 avg_d=2.093 std_dev=2.805
OP2 A 0, -0.820, 2.031, 4.882, 12.611 max_d=12.611 avg_d=2.031 std_dev=2.851

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.24 0.01 0.25 0.02 0.38 0.40 0.26
C2 0.04 0.00 0.38 0.43 0.01 0.41 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.29 0.39 0.92 0.02 1.16 1.16 1.04
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.16 0.18 0.18 0.30 0.46 0.37 0.11 0.03 0.01 0.04 0.01 0.24 0.14 0.50 0.60 0.37
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.32 0.01 0.37 0.04 0.41 0.32 0.43 0.48 0.39 0.37 0.23 0.03 0.02 0.03 0.22 0.43 0.49 0.49 0.29
C4 0.02 0.01 0.20 0.32 0.00 0.18 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.16 0.20 0.58 0.01 0.73 0.68 0.63
C4' 0.01 0.41 0.02 0.01 0.18 0.00 0.12 0.01 0.18 0.27 0.31 0.53 0.40 0.21 0.08 0.28 0.03 0.01 0.03 0.16 0.28 0.24 0.10
C5 0.01 0.01 0.10 0.37 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.23 0.08 0.67 0.01 0.85 0.75 0.76
C5' 0.09 0.77 0.16 0.04 0.36 0.01 0.25 0.00 0.37 0.36 0.60 0.97 0.70 0.29 0.14 0.14 0.18 0.03 0.01 0.31 0.22 0.28 0.03
C6 0.02 0.01 0.18 0.41 0.01 0.18 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.22 0.29 0.16 0.72 0.01 0.95 0.87 0.84
C8 0.02 0.01 0.18 0.32 0.01 0.27 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.23 0.22 0.84 0.02 0.95 0.85 0.90
N1 0.03 0.01 0.30 0.43 0.01 0.31 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.28 0.29 0.81 0.02 1.07 1.05 0.95
N2 0.05 0.01 0.46 0.48 0.01 0.53 0.01 0.97 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.36 0.46 1.14 0.03 1.48 1.51 1.34
N3 0.04 0.01 0.37 0.39 0.00 0.40 0.01 0.70 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.25 0.39 0.81 0.02 0.97 0.95 0.87
N7 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.21 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.28 0.12 0.84 0.02 1.03 0.90 0.96
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.51 0.02 0.60 0.55 0.52
O2' 0.03 0.29 0.01 0.03 0.16 0.28 0.24 0.14 0.22 0.38 0.22 0.41 0.28 0.37 0.19 0.00 0.07 0.19 0.20 0.26 0.49 0.64 0.35
O3' 0.24 0.29 0.04 0.02 0.16 0.03 0.23 0.18 0.29 0.23 0.28 0.36 0.25 0.28 0.11 0.07 0.00 0.17 0.25 0.34 0.48 0.56 0.27
O4' 0.01 0.39 0.01 0.03 0.20 0.01 0.08 0.03 0.16 0.22 0.29 0.46 0.39 0.12 0.02 0.19 0.17 0.00 0.28 0.11 0.39 0.35 0.28
O5' 0.25 0.92 0.24 0.22 0.58 0.03 0.67 0.01 0.72 0.84 0.81 1.14 0.81 0.84 0.51 0.20 0.25 0.28 0.00 0.76 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.14 0.43 0.01 0.16 0.01 0.31 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.26 0.34 0.11 0.76 0.00 1.02 0.92 0.92
OP1 0.38 1.16 0.50 0.49 0.73 0.28 0.85 0.22 0.95 0.95 1.07 1.48 0.97 1.03 0.60 0.49 0.48 0.39 0.03 1.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 1.16 0.60 0.49 0.68 0.24 0.75 0.28 0.87 0.85 1.05 1.51 0.95 0.90 0.55 0.64 0.56 0.35 0.02 0.92 0.02 0.00 0.01
P 0.26 1.04 0.37 0.29 0.63 0.10 0.76 0.03 0.84 0.90 0.95 1.34 0.87 0.96 0.52 0.35 0.27 0.28 0.01 0.92 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.93 0.68 0.77 1.34 0.77 1.31 0.77 1.34 0.74 0.88 0.70 0.67 0.71 0.83 0.86 0.73 1.92 1.25 1.39 0.75 2.42 1.67 1.79
C2 0.54 0.22 0.77 0.97 0.29 0.79 0.24 0.79 0.27 0.36 0.29 0.25 0.27 0.27 0.40 1.05 1.62 0.69 0.66 0.34 1.71 0.78 0.96
C2' 1.24 0.77 1.07 1.67 0.99 1.61 0.96 1.65 0.86 1.15 0.78 0.70 0.88 1.06 1.13 0.94 2.20 1.53 1.70 0.86 2.71 2.00 2.10
C3' 1.41 0.71 1.23 1.94 1.02 1.88 0.99 1.94 0.83 1.28 0.71 0.62 0.87 1.15 1.24 1.06 2.40 1.73 2.01 0.82 2.94 2.38 2.42
C4 0.60 0.34 0.70 1.03 0.39 0.89 0.37 0.90 0.38 0.47 0.39 0.40 0.35 0.41 0.48 0.91 1.68 0.82 0.81 0.41 1.75 0.96 1.08
C4' 1.45 0.87 1.17 1.90 1.14 1.96 1.13 2.04 1.00 1.37 0.89 0.77 0.99 1.27 1.32 0.85 2.32 1.86 2.16 1.00 3.11 2.53 2.59
C5 0.56 0.27 0.77 0.94 0.31 0.74 0.27 0.72 0.30 0.39 0.34 0.36 0.27 0.31 0.42 1.02 1.55 0.65 0.62 0.35 1.31 0.76 0.70
C5' 1.78 1.03 1.46 2.22 1.38 2.34 1.37 2.42 1.21 1.68 1.06 0.90 1.19 1.55 1.61 1.08 2.54 2.21 2.52 1.20 3.29 2.80 2.88
C6 0.60 0.29 0.89 0.91 0.39 0.65 0.33 0.60 0.32 0.43 0.33 0.29 0.39 0.35 0.48 1.16 1.46 0.54 0.55 0.36 1.09 0.71 0.48
C8 0.69 0.67 0.64 1.06 0.61 0.95 0.62 0.95 0.65 0.64 0.68 0.75 0.61 0.62 0.63 0.74 1.70 0.91 0.90 0.67 1.57 1.04 1.06
N1 0.56 0.31 0.85 0.90 0.36 0.67 0.32 0.63 0.34 0.39 0.36 0.32 0.37 0.33 0.44 1.15 1.50 0.55 0.52 0.40 1.33 0.61 0.61
N2 0.53 0.25 0.77 0.97 0.30 0.81 0.26 0.81 0.31 0.35 0.33 0.28 0.29 0.28 0.39 1.07 1.63 0.70 0.69 0.38 1.83 0.82 1.05
N3 0.60 0.26 0.72 1.05 0.35 0.93 0.32 0.95 0.32 0.45 0.33 0.30 0.31 0.37 0.47 0.94 1.71 0.84 0.86 0.36 1.94 1.04 1.22
N7 0.59 0.47 0.74 0.96 0.39 0.78 0.39 0.75 0.45 0.45 0.51 0.62 0.37 0.40 0.46 0.94 1.55 0.70 0.69 0.49 1.16 0.88 0.70
N9 0.73 0.57 0.68 1.14 0.60 1.05 0.59 1.07 0.59 0.67 0.60 0.61 0.56 0.63 0.66 0.78 1.78 1.01 1.03 0.61 1.94 1.21 1.33
O2' 1.20 0.91 1.10 1.64 1.04 1.53 1.04 1.56 1.00 1.16 0.94 0.86 0.96 1.11 1.13 1.01 2.15 1.43 1.65 1.01 2.66 1.96 2.05
O3' 1.42 0.68 1.30 2.01 1.01 1.92 0.98 2.03 0.81 1.30 0.68 0.58 0.85 1.16 1.25 1.18 2.40 1.74 2.10 0.80 3.08 2.56 2.55
O4' 1.14 0.84 0.85 1.50 0.98 1.56 0.99 1.62 0.93 1.11 0.88 0.80 0.89 1.06 1.08 0.67 2.01 1.53 1.70 0.94 2.66 2.00 2.10
O5' 1.98 1.10 1.72 2.45 1.48 2.49 1.44 2.54 1.24 1.81 1.09 0.98 1.29 1.64 1.76 1.42 2.81 2.33 2.56 1.20 3.06 2.74 2.77
O6 0.73 0.52 1.02 0.94 0.60 0.67 0.54 0.59 0.51 0.61 0.51 0.48 0.62 0.56 0.65 1.26 1.36 0.56 0.69 0.53 0.76 0.94 0.43
OP1 2.07 1.23 1.90 2.58 1.57 2.76 1.55 2.93 1.35 1.96 1.21 1.15 1.39 1.77 1.86 1.73 2.68 2.47 3.03 1.32 3.21 3.15 3.14
OP2 2.34 1.30 2.28 2.98 1.77 2.90 1.75 3.09 1.51 2.23 1.32 1.14 1.51 2.01 2.11 2.03 2.99 2.63 2.95 1.49 3.08 3.07 3.02
P 2.26 1.25 2.10 2.86 1.69 2.87 1.66 2.97 1.42 2.11 1.25 1.12 1.46 1.90 2.02 1.80 3.09 2.61 2.94 1.40 3.12 3.04 3.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.36 0.00 0.27 0.02 0.41 0.70 0.16
C2 0.03 0.00 0.28 0.23 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.44 0.22 0.40 0.01 0.60 0.89 0.25
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.16 0.01 0.10 0.24 0.15 0.13 0.23 0.34 0.27 0.07 0.03 0.00 0.08 0.02 0.23 0.13 0.43 0.55 0.16
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.26 0.01 0.35 0.02 0.36 0.37 0.30 0.21 0.19 0.40 0.24 0.03 0.01 0.02 0.42 0.40 0.69 0.19 0.41
C4 0.02 0.01 0.16 0.26 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.27 0.13 0.49 0.01 0.39 1.03 0.38
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.18 0.12 0.15 0.10 0.18 0.09 0.32 0.04 0.01 0.02 0.16 0.57 0.32 0.22
C5 0.01 0.01 0.10 0.35 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.21 0.09 0.64 0.01 0.41 1.30 0.61
C5' 0.09 0.21 0.24 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.22 0.16 0.22 0.22 0.18 0.20 0.11 0.09 0.23 0.02 0.01 0.24 0.15 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.36 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.42 0.25 0.13 0.64 0.01 0.45 1.31 0.60
C8 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.18 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.21 0.11 0.73 0.02 0.45 1.37 0.74
N1 0.03 0.00 0.23 0.30 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.33 0.19 0.52 0.01 0.50 1.10 0.41
N2 0.04 0.00 0.34 0.21 0.01 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.55 0.26 0.33 0.02 0.75 0.75 0.18
N3 0.03 0.00 0.27 0.19 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.45 0.21 0.36 0.01 0.58 0.82 0.19
N7 0.02 0.01 0.07 0.40 0.01 0.18 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.25 0.06 0.77 0.02 0.54 1.51 0.83
N9 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.17 0.03 0.51 0.02 0.29 1.03 0.42
O2' 0.02 0.38 0.00 0.03 0.31 0.32 0.38 0.09 0.42 0.34 0.41 0.41 0.33 0.39 0.23 0.00 0.10 0.22 0.34 0.45 0.51 0.48 0.20
O3' 0.36 0.44 0.08 0.01 0.27 0.04 0.21 0.23 0.25 0.21 0.33 0.55 0.45 0.25 0.17 0.10 0.00 0.26 0.49 0.26 1.12 0.47 0.68
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.13 0.01 0.09 0.02 0.13 0.11 0.19 0.26 0.21 0.06 0.03 0.22 0.26 0.00 0.28 0.12 0.44 0.69 0.20
O5' 0.27 0.40 0.23 0.42 0.49 0.02 0.64 0.01 0.64 0.73 0.52 0.33 0.36 0.77 0.51 0.34 0.49 0.28 0.00 0.72 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.40 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.26 0.12 0.72 0.00 0.52 1.46 0.72
OP1 0.41 0.60 0.43 0.69 0.39 0.57 0.41 0.15 0.45 0.45 0.50 0.75 0.58 0.54 0.29 0.51 1.12 0.44 0.02 0.52 0.00 0.02 0.01
OP2 0.70 0.89 0.55 0.19 1.03 0.32 1.30 0.37 1.31 1.37 1.10 0.75 0.82 1.51 1.03 0.48 0.47 0.69 0.02 1.46 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.25 0.16 0.41 0.38 0.22 0.61 0.02 0.60 0.74 0.41 0.18 0.19 0.83 0.42 0.20 0.68 0.20 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00