ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 726

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 35, 18, 2, 0, 0, 22, 40, 8, 5, 0, 2, 1, 5, 1, 4, 10, 4, 0, 140,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, 0.313, 0.748, 1.183, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.748 std_dev=0.435
N9 B 0, 0.180, 0.632, 1.084, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.632 std_dev=0.452
C4 A 0, 0.713, 1.227, 1.741, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.227 std_dev=0.514
C5 A 0, 0.499, 1.083, 1.668, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.083 std_dev=0.585
C4 B 0, 0.142, 0.739, 1.336, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.739 std_dev=0.597
N3 B 0, 0.500, 1.133, 1.766, 3.052 max_d=3.052 avg_d=1.133 std_dev=0.633
N4 A 0, 1.076, 1.822, 2.567, 3.978 max_d=3.978 avg_d=1.822 std_dev=0.745
N1 A 0, 0.181, 0.976, 1.771, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.976 std_dev=0.795
C2 A 0, 0.367, 1.162, 1.958, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.162 std_dev=0.796
N3 A 0, 0.725, 1.586, 2.447, 3.988 max_d=3.988 avg_d=1.586 std_dev=0.861
O4' B 0, 0.829, 1.724, 2.619, 3.787 max_d=3.787 avg_d=1.724 std_dev=0.895
C2 B 0, 0.547, 1.465, 2.383, 3.990 max_d=3.990 avg_d=1.465 std_dev=0.918
C2' B 0, 0.314, 1.307, 2.299, 4.145 max_d=4.145 avg_d=1.307 std_dev=0.993
C1' A 0, 0.626, 1.628, 2.631, 3.361 max_d=3.361 avg_d=1.628 std_dev=1.003
C6 A 0, 0.203, 1.235, 2.267, 2.741 max_d=2.741 avg_d=1.235 std_dev=1.032
C4' B 0, 0.736, 1.910, 3.084, 5.825 max_d=5.825 avg_d=1.910 std_dev=1.174
O2 A 0, 0.396, 1.594, 2.793, 4.710 max_d=4.710 avg_d=1.594 std_dev=1.199
C8 B 0, 0.538, 1.756, 2.975, 4.545 max_d=4.545 avg_d=1.756 std_dev=1.218
C3' B 0, 0.249, 1.557, 2.864, 5.975 max_d=5.975 avg_d=1.557 std_dev=1.308
N1 B 0, 0.393, 1.729, 3.064, 3.596 max_d=3.596 avg_d=1.729 std_dev=1.336
C5 B 0, 0.355, 1.706, 3.057, 3.906 max_d=3.906 avg_d=1.706 std_dev=1.351
C2' A 0, 0.776, 2.212, 3.648, 4.719 max_d=4.719 avg_d=2.212 std_dev=1.436
O2' B 0, 0.848, 2.321, 3.794, 5.059 max_d=5.059 avg_d=2.321 std_dev=1.473
O2' A 0, 0.866, 2.359, 3.852, 5.453 max_d=5.453 avg_d=2.359 std_dev=1.493
C5' B 0, 0.994, 2.596, 4.198, 7.520 max_d=7.520 avg_d=2.596 std_dev=1.602
O4' A 0, 1.007, 2.703, 4.399, 5.629 max_d=5.629 avg_d=2.703 std_dev=1.696
N7 B 0, 0.718, 2.430, 4.142, 5.615 max_d=5.615 avg_d=2.430 std_dev=1.712
O5' B 0, 1.492, 3.205, 4.918, 6.388 max_d=6.388 avg_d=3.205 std_dev=1.713
C6 B 0, 0.345, 2.060, 3.775, 4.364 max_d=4.364 avg_d=2.060 std_dev=1.715
O3' B 0, 0.867, 2.770, 4.674, 6.672 max_d=6.672 avg_d=2.770 std_dev=1.904
C3' A 0, 1.256, 3.213, 5.170, 6.552 max_d=6.552 avg_d=3.213 std_dev=1.957
C4' A 0, 1.371, 3.538, 5.705, 6.961 max_d=6.961 avg_d=3.538 std_dev=2.167
O3' A 0, 1.683, 3.896, 6.110, 8.316 max_d=8.316 avg_d=3.896 std_dev=2.213
N6 B 0, 0.684, 3.101, 5.519, 6.499 max_d=6.499 avg_d=3.101 std_dev=2.417
P B 0, 2.321, 4.851, 7.382, 8.488 max_d=8.488 avg_d=4.851 std_dev=2.531
OP2 B 0, 2.738, 5.561, 8.384, 9.198 max_d=9.198 avg_d=5.561 std_dev=2.823
OP1 B 0, 2.323, 5.158, 7.992, 9.196 max_d=9.196 avg_d=5.158 std_dev=2.834
C5' A 0, 1.637, 4.612, 7.588, 9.310 max_d=9.310 avg_d=4.612 std_dev=2.975
O5' A 0, 1.297, 4.328, 7.360, 10.165 max_d=10.165 avg_d=4.328 std_dev=3.031
P A 0, 1.580, 5.274, 8.968, 12.354 max_d=12.354 avg_d=5.274 std_dev=3.694
OP2 A 0, 1.455, 5.333, 9.212, 12.478 max_d=12.478 avg_d=5.333 std_dev=3.878
OP1 A 0, 2.086, 6.269, 10.453, 14.825 max_d=14.825 avg_d=6.269 std_dev=4.184

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.28 0.01 0.16 0.53 0.29 0.21
C2 0.03 0.00 0.26 0.29 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.20 0.37 0.82 0.62 0.43
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.15 0.22 0.03 0.20 0.07 0.44 0.00 0.04 0.03 0.37 0.58 0.50 0.43
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.37 0.01 0.37 0.04 0.32 0.22 0.35 0.40 0.32 0.02 0.01 0.03 0.23 0.50 0.31 0.28
C4 0.02 0.01 0.06 0.37 0.00 0.17 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.19 0.03 0.59 1.09 1.05 0.76
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.31 0.10 0.11 0.18 0.28 0.27 0.03 0.01 0.02 0.23 0.31 0.08
C5 0.02 0.01 0.15 0.37 0.01 0.30 0.00 0.46 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.49 0.22 0.17 0.73 1.14 1.14 0.89
C5' 0.05 0.21 0.15 0.04 0.30 0.01 0.46 0.00 0.45 0.16 0.21 0.33 0.40 0.13 0.19 0.02 0.01 0.27 0.39 0.02
C6 0.02 0.02 0.22 0.32 0.01 0.31 0.00 0.45 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.48 0.18 0.23 0.64 0.94 0.85 0.72
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.11 0.02 0.35 0.73 0.51 0.40
N3 0.02 0.01 0.20 0.35 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.20 0.15 0.46 0.97 0.83 0.58
N4 0.02 0.01 0.07 0.40 0.01 0.18 0.01 0.33 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.23 0.04 0.65 1.21 1.21 0.87
O2 0.05 0.01 0.44 0.32 0.01 0.28 0.02 0.40 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.40 0.36 0.36 0.42 0.83 0.61 0.48
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.33 0.27 0.49 0.13 0.48 0.19 0.18 0.36 0.40 0.00 0.09 0.19 0.26 0.53 0.55 0.38
O3' 0.28 0.21 0.04 0.01 0.19 0.03 0.22 0.19 0.18 0.11 0.20 0.23 0.36 0.09 0.00 0.17 0.29 0.60 0.45 0.34
O4' 0.01 0.20 0.03 0.03 0.03 0.01 0.17 0.02 0.23 0.02 0.15 0.04 0.36 0.19 0.17 0.00 0.17 0.55 0.43 0.32
O5' 0.16 0.37 0.37 0.23 0.59 0.02 0.73 0.01 0.64 0.35 0.46 0.65 0.42 0.26 0.29 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.82 0.58 0.50 1.09 0.23 1.14 0.27 0.94 0.73 0.97 1.21 0.83 0.53 0.60 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.62 0.50 0.31 1.05 0.31 1.14 0.39 0.85 0.51 0.83 1.21 0.61 0.55 0.45 0.43 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.43 0.43 0.28 0.76 0.08 0.89 0.02 0.72 0.40 0.58 0.87 0.48 0.38 0.34 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 2.45 0.54 0.68 1.87 0.92 2.61 1.17 3.28 1.79 3.21 1.75 3.87 2.49 1.32 1.17 1.50 0.89 1.30 2.34 1.96 1.80
C2 0.55 2.04 0.44 0.42 1.64 0.86 2.29 1.07 2.75 1.68 2.58 1.55 3.20 2.28 1.21 1.09 1.17 0.95 1.08 2.06 1.61 1.49
C2' 0.63 2.36 0.51 0.71 1.83 1.04 2.59 1.32 3.25 1.85 3.12 1.70 3.91 2.55 1.33 1.08 1.46 1.07 1.47 2.43 2.31 2.02
C3' 0.57 2.30 0.77 1.10 1.61 1.17 2.34 1.29 3.05 1.52 3.02 1.59 3.72 2.23 1.06 1.38 1.99 0.97 1.37 2.44 2.19 1.94
C4 0.51 1.54 0.43 0.40 1.37 0.96 1.82 1.16 2.02 1.44 1.85 1.25 2.23 1.84 1.06 1.20 1.06 1.10 1.10 1.96 1.44 1.43
C4' 0.51 2.62 0.69 1.04 1.84 1.06 2.60 1.21 3.39 1.65 3.40 1.80 4.07 2.42 1.20 1.31 1.97 0.79 1.36 2.48 2.08 1.92
C5 0.48 1.77 0.55 0.65 1.53 1.06 2.05 1.31 2.35 1.50 2.20 1.36 2.59 1.98 1.12 1.33 1.36 1.06 1.37 2.23 1.79 1.76
C5' 0.64 2.66 0.92 1.32 1.83 1.21 2.59 1.28 3.42 1.60 3.44 1.83 4.15 2.39 1.18 1.53 2.28 0.78 1.42 2.54 2.11 1.97
C6 0.53 2.18 0.59 0.73 1.74 1.03 2.38 1.29 2.87 1.66 2.76 1.60 3.24 2.27 1.24 1.29 1.51 0.98 1.41 2.35 1.97 1.87
N1 0.53 2.25 0.51 0.61 1.77 0.93 2.45 1.17 3.02 1.71 2.91 1.64 3.47 2.35 1.26 1.18 1.39 0.93 1.25 2.25 1.82 1.71
N3 0.56 1.76 0.43 0.35 1.47 0.88 2.02 1.06 2.30 1.59 2.10 1.42 2.63 2.09 1.13 1.09 1.01 1.02 1.01 1.92 1.47 1.36
N4 0.56 1.19 0.43 0.36 1.07 1.01 1.35 1.17 1.41 1.25 1.29 1.07 1.55 1.48 0.92 1.18 0.84 1.24 1.00 1.73 1.21 1.23
O2 0.58 2.10 0.45 0.38 1.65 0.81 2.32 1.01 2.82 1.75 2.63 1.59 3.39 2.37 1.23 1.03 1.12 0.92 1.03 2.03 1.63 1.45
O2' 0.84 2.45 0.61 0.71 1.99 1.13 2.77 1.51 3.40 2.09 3.22 1.81 4.10 2.78 1.55 0.99 1.27 1.24 1.70 2.55 2.55 2.23
O3' 0.61 2.35 0.73 1.10 1.63 1.16 2.33 1.31 3.04 1.53 3.04 1.64 3.70 2.22 1.09 1.29 1.98 1.02 1.40 2.44 2.25 1.98
O4' 0.57 2.76 0.60 0.83 1.99 0.94 2.73 1.16 3.50 1.77 3.54 1.95 4.09 2.52 1.35 1.24 1.72 0.78 1.33 2.46 1.96 1.86
O5' 0.78 2.37 1.16 1.57 1.61 1.41 2.36 1.41 3.14 1.46 3.09 1.63 3.91 2.22 1.04 1.79 2.52 0.92 1.50 2.58 2.17 2.05
OP1 1.35 2.72 1.61 2.01 1.95 1.89 2.49 1.98 3.20 1.63 3.22 2.13 3.89 2.31 1.45 2.07 2.89 1.54 2.11 3.29 2.76 2.73
OP2 1.64 1.61 2.18 2.59 1.18 2.26 1.79 2.07 2.39 1.39 2.20 1.19 3.23 1.87 1.15 2.75 3.52 1.64 2.02 2.79 2.32 2.32
P 1.09 2.16 1.56 2.03 1.41 1.79 2.09 1.72 2.84 1.24 2.78 1.52 3.64 1.97 0.93 2.17 3.00 1.19 1.75 2.81 2.26 2.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.30 0.01 0.45 0.67 0.47 0.46
C2 0.05 0.00 0.33 0.46 0.01 0.39 0.01 0.54 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.56 0.34 0.80 1.57 1.30 1.12
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.11 0.22 0.16 0.20 0.26 0.33 0.14 0.14 0.05 0.00 0.06 0.03 0.54 0.70 0.61 0.54
C3' 0.02 0.46 0.01 0.00 0.28 0.01 0.28 0.04 0.32 0.31 0.40 0.44 0.32 0.30 0.18 0.02 0.01 0.03 0.25 0.56 0.35 0.26
C4 0.03 0.01 0.18 0.28 0.00 0.17 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.31 0.18 0.74 1.21 1.03 0.90
C4' 0.03 0.39 0.02 0.01 0.17 0.00 0.12 0.01 0.16 0.30 0.29 0.38 0.15 0.24 0.08 0.25 0.03 0.01 0.03 0.32 0.40 0.13
C5 0.02 0.01 0.11 0.28 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.21 0.08 0.93 1.34 1.37 1.12
C5' 0.09 0.54 0.22 0.04 0.22 0.01 0.27 0.00 0.27 0.60 0.40 0.50 0.31 0.53 0.23 0.11 0.22 0.02 0.02 0.35 0.42 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.32 0.01 0.16 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.30 0.15 0.92 1.50 1.43 1.18
C8 0.02 0.02 0.20 0.31 0.01 0.30 0.01 0.60 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.22 0.18 1.17 1.25 1.50 1.29
N1 0.04 0.01 0.26 0.40 0.02 0.29 0.01 0.40 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.46 0.26 0.86 1.60 1.36 1.16
N3 0.05 0.01 0.33 0.44 0.01 0.38 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.54 0.34 0.71 1.38 1.11 0.98
N6 0.03 0.01 0.14 0.32 0.01 0.15 0.01 0.31 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.38 0.26 0.11 1.02 1.59 1.64 1.31
N7 0.01 0.01 0.14 0.30 0.01 0.24 0.00 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.19 0.10 1.17 1.40 1.71 1.39
N9 0.01 0.02 0.05 0.18 0.01 0.08 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.17 0.02 0.77 0.97 0.92 0.82
O2' 0.03 0.38 0.00 0.02 0.25 0.25 0.32 0.11 0.34 0.41 0.36 0.35 0.38 0.41 0.20 0.00 0.11 0.19 0.42 0.64 0.66 0.49
O3' 0.30 0.56 0.06 0.01 0.31 0.03 0.21 0.22 0.30 0.22 0.46 0.54 0.26 0.19 0.17 0.11 0.00 0.21 0.28 0.68 0.48 0.36
O4' 0.01 0.34 0.03 0.03 0.18 0.01 0.08 0.02 0.15 0.18 0.26 0.34 0.11 0.10 0.02 0.19 0.21 0.00 0.35 0.69 0.47 0.43
O5' 0.45 0.80 0.54 0.25 0.74 0.03 0.93 0.02 0.92 1.17 0.86 0.71 1.02 1.17 0.77 0.42 0.28 0.35 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.67 1.57 0.70 0.56 1.21 0.32 1.34 0.35 1.50 1.25 1.60 1.38 1.59 1.40 0.97 0.64 0.68 0.69 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.30 0.61 0.35 1.03 0.40 1.37 0.42 1.43 1.50 1.36 1.11 1.64 1.71 0.92 0.66 0.48 0.47 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.46 1.12 0.54 0.26 0.90 0.13 1.12 0.02 1.18 1.29 1.16 0.98 1.31 1.39 0.82 0.49 0.36 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00