ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 729

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 39, 3, 8, 6, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 8, 18, 18, 59, 53, 43, 5, 26, 137,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.252, 0.720, 1.187, 2.411 max_d=2.411 avg_d=0.720 std_dev=0.467
N1 A 0, 0.379, 0.900, 1.421, 2.853 max_d=2.853 avg_d=0.900 std_dev=0.521
C5 A 0, 0.298, 0.902, 1.505, 2.428 max_d=2.428 avg_d=0.902 std_dev=0.603
C5 B 0, 0.748, 1.381, 2.013, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.381 std_dev=0.632
C6 A 0, 0.462, 1.106, 1.750, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.106 std_dev=0.644
N9 B 0, 0.235, 0.946, 1.657, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.946 std_dev=0.711
C1' A 0, 0.696, 1.466, 2.236, 3.622 max_d=3.622 avg_d=1.466 std_dev=0.770
N3 B 0, 0.797, 1.586, 2.376, 3.947 max_d=3.947 avg_d=1.586 std_dev=0.789
C1' B 0, 0.393, 1.214, 2.036, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.214 std_dev=0.821
C3' B 0, 0.556, 1.384, 2.212, 5.455 max_d=5.455 avg_d=1.384 std_dev=0.828
C4 A 0, 0.503, 1.410, 2.318, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.410 std_dev=0.908
C6 B 0, 0.698, 1.620, 2.543, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.620 std_dev=0.923
C2 A 0, 0.541, 1.476, 2.411, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.476 std_dev=0.935
C2' B 0, 0.708, 1.675, 2.642, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.675 std_dev=0.967
O4' B 0, 0.674, 1.650, 2.626, 4.100 max_d=4.100 avg_d=1.650 std_dev=0.976
N1 B 0, 0.864, 1.846, 2.827, 4.652 max_d=4.652 avg_d=1.846 std_dev=0.982
O3' B 0, 0.460, 1.486, 2.513, 5.862 max_d=5.862 avg_d=1.486 std_dev=1.027
C4' B 0, 0.700, 1.759, 2.818, 5.009 max_d=5.009 avg_d=1.759 std_dev=1.059
C2 B 0, 0.949, 2.074, 3.198, 5.306 max_d=5.306 avg_d=2.074 std_dev=1.125
N3 A 0, 0.732, 1.937, 3.143, 4.278 max_d=4.278 avg_d=1.937 std_dev=1.206
C2' A 0, 1.056, 2.262, 3.469, 5.107 max_d=5.107 avg_d=2.262 std_dev=1.206
O6 B 0, 1.152, 2.374, 3.595, 5.406 max_d=5.406 avg_d=2.374 std_dev=1.222
O4' A 0, 0.965, 2.294, 3.623, 5.732 max_d=5.732 avg_d=2.294 std_dev=1.329
N4 A 0, 0.664, 2.018, 3.373, 4.690 max_d=4.690 avg_d=2.018 std_dev=1.355
O2 A 0, 0.683, 2.058, 3.434, 4.179 max_d=4.179 avg_d=2.058 std_dev=1.375
O2' A 0, 1.246, 2.623, 3.999, 5.488 max_d=5.488 avg_d=2.623 std_dev=1.376
O2' B 0, 1.534, 2.937, 4.339, 5.165 max_d=5.165 avg_d=2.937 std_dev=1.403
C8 B 0, 0.324, 1.815, 3.307, 4.922 max_d=4.922 avg_d=1.815 std_dev=1.492
N7 B 0, 0.594, 2.098, 3.602, 5.215 max_d=5.215 avg_d=2.098 std_dev=1.504
C5' B 0, 0.765, 2.380, 3.995, 7.635 max_d=7.635 avg_d=2.380 std_dev=1.615
O5' B 0, 0.631, 2.312, 3.993, 8.930 max_d=8.930 avg_d=2.312 std_dev=1.681
C3' A 0, 1.545, 3.246, 4.947, 6.867 max_d=6.867 avg_d=3.246 std_dev=1.701
C4' A 0, 1.472, 3.263, 5.053, 7.586 max_d=7.586 avg_d=3.263 std_dev=1.791
N2 B 0, 1.281, 3.173, 5.065, 7.726 max_d=7.726 avg_d=3.173 std_dev=1.892
OP1 B 0, 1.106, 3.427, 5.748, 11.426 max_d=11.426 avg_d=3.427 std_dev=2.321
O3' A 0, 2.072, 4.395, 6.719, 9.394 max_d=9.394 avg_d=4.395 std_dev=2.323
O5' A 0, 1.636, 3.980, 6.324, 9.649 max_d=9.649 avg_d=3.980 std_dev=2.344
C5' A 0, 1.823, 4.194, 6.565, 9.385 max_d=9.385 avg_d=4.194 std_dev=2.371
P B 0, 0.214, 2.880, 5.545, 10.971 max_d=10.971 avg_d=2.880 std_dev=2.666
P A 0, 1.889, 4.894, 7.899, 12.106 max_d=12.106 avg_d=4.894 std_dev=3.005
OP2 B 0, 1.344, 4.487, 7.631, 11.043 max_d=11.043 avg_d=4.487 std_dev=3.143
OP2 A 0, 1.607, 4.921, 8.236, 12.713 max_d=12.713 avg_d=4.921 std_dev=3.314
OP1 A 0, 2.164, 5.675, 9.186, 14.117 max_d=14.117 avg_d=5.675 std_dev=3.511

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.26 0.33 0.35 0.24
C2 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.12 0.07 0.47 0.54 0.81 0.51
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.07 0.10 0.03 0.08 0.08 0.16 0.01 0.03 0.01 0.25 0.41 0.34 0.28
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.03 0.20 0.11 0.16 0.20 0.19 0.03 0.01 0.02 0.24 0.48 0.28 0.25
C4 0.02 0.01 0.07 0.18 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.17 0.04 0.64 0.76 1.26 0.76
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.10 0.13 0.15 0.12 0.03 0.01 0.02 0.24 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.16 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.21 0.07 0.69 0.80 1.29 0.81
C5' 0.04 0.17 0.07 0.03 0.24 0.01 0.29 0.00 0.26 0.14 0.21 0.27 0.24 0.08 0.08 0.02 0.02 0.26 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.20 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.18 0.08 0.61 0.66 1.00 0.66
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.08 0.02 0.46 0.50 0.72 0.47
N3 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.06 0.56 0.66 1.05 0.64
N4 0.02 0.02 0.08 0.20 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.18 0.21 0.04 0.68 0.85 1.42 0.85
O2 0.04 0.01 0.16 0.19 0.02 0.15 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.21 0.12 0.41 0.49 0.66 0.44
O2' 0.02 0.14 0.01 0.03 0.16 0.12 0.16 0.08 0.14 0.09 0.16 0.18 0.19 0.00 0.06 0.10 0.14 0.36 0.35 0.22
O3' 0.09 0.12 0.03 0.01 0.17 0.03 0.21 0.08 0.18 0.08 0.14 0.21 0.21 0.06 0.00 0.07 0.25 0.62 0.48 0.32
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.12 0.10 0.07 0.00 0.22 0.31 0.24 0.19
O5' 0.26 0.47 0.25 0.24 0.64 0.02 0.69 0.02 0.61 0.46 0.56 0.68 0.41 0.14 0.25 0.22 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.33 0.54 0.41 0.48 0.76 0.24 0.80 0.26 0.66 0.50 0.66 0.85 0.49 0.36 0.62 0.31 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.81 0.34 0.28 1.26 0.23 1.29 0.33 1.00 0.72 1.05 1.42 0.66 0.35 0.48 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.51 0.28 0.25 0.76 0.07 0.81 0.02 0.66 0.47 0.64 0.85 0.44 0.22 0.32 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.75 2.76 0.48 0.42 1.73 0.88 2.01 1.09 2.54 1.55 2.88 3.31 2.10 1.87 1.22 1.04 0.64 0.99 1.05 2.73 1.06 1.59 1.19
C2 0.54 2.60 0.52 0.50 1.65 0.96 1.98 1.25 2.49 1.48 2.77 3.01 1.96 1.84 1.12 1.28 0.76 0.94 1.20 2.68 1.35 1.81 1.41
C2' 0.75 2.79 0.44 0.42 1.73 0.90 2.06 1.12 2.61 1.67 2.95 3.38 2.10 1.98 1.25 0.90 0.63 1.00 1.04 2.84 1.12 1.55 1.17
C3' 0.95 2.74 0.56 0.68 1.76 1.01 2.09 1.15 2.60 1.78 2.91 3.31 2.09 2.05 1.36 0.76 0.96 1.15 1.09 2.85 1.15 1.54 1.17
C4 0.52 1.99 0.53 0.45 1.43 0.94 1.69 1.18 2.00 1.35 2.12 2.15 1.61 1.62 1.04 1.36 0.73 1.03 1.18 2.11 1.25 1.78 1.37
C4' 0.98 2.71 0.60 0.76 1.77 1.03 2.07 1.13 2.58 1.70 2.87 3.25 2.09 1.98 1.36 0.77 1.06 1.16 1.09 2.83 1.12 1.56 1.19
C5 0.72 1.98 0.47 0.38 1.43 0.94 1.62 1.11 1.87 1.37 2.02 2.19 1.65 1.55 1.11 1.14 0.57 1.13 1.11 1.95 1.06 1.59 1.22
C5' 1.15 2.61 0.80 1.09 1.80 1.26 2.12 1.32 2.59 1.79 2.80 3.07 2.05 2.06 1.46 0.75 1.47 1.33 1.29 2.87 1.41 1.72 1.40
C6 0.78 2.33 0.49 0.47 1.57 0.94 1.79 1.09 2.15 1.47 2.38 2.69 1.87 1.69 1.18 1.03 0.67 1.10 1.08 2.26 1.03 1.56 1.19
N1 0.68 2.59 0.47 0.37 1.65 0.89 1.92 1.11 2.38 1.50 2.68 3.05 2.00 1.79 1.17 1.12 0.59 0.99 1.08 2.54 1.09 1.63 1.22
N3 0.47 2.35 0.59 0.63 1.57 1.04 1.91 1.33 2.36 1.43 2.55 2.61 1.80 1.80 1.07 1.39 0.95 0.96 1.28 2.54 1.47 1.92 1.51
N4 0.46 1.58 0.66 0.66 1.27 1.02 1.57 1.25 1.78 1.25 1.76 1.63 1.30 1.53 0.95 1.51 1.02 1.06 1.27 1.90 1.39 1.90 1.49
O2 0.51 2.74 0.55 0.61 1.70 1.02 2.08 1.36 2.68 1.52 2.98 3.21 2.03 1.93 1.13 1.30 0.89 0.91 1.28 2.94 1.55 1.91 1.53
O2' 0.74 2.92 0.49 0.44 1.79 0.90 2.13 1.16 2.73 1.66 3.11 3.55 2.19 2.01 1.26 0.97 0.62 0.96 1.07 2.99 1.18 1.59 1.21
O3' 1.02 2.84 0.64 0.75 1.83 1.05 2.18 1.20 2.72 1.88 3.03 3.44 2.15 2.16 1.44 0.75 1.04 1.18 1.12 3.00 1.22 1.55 1.20
O4' 0.90 2.70 0.57 0.61 1.75 0.96 2.01 1.08 2.50 1.57 2.81 3.23 2.10 1.86 1.29 0.94 0.86 1.09 1.06 2.69 1.03 1.54 1.16
O5' 1.30 2.24 0.98 1.40 1.57 1.55 1.84 1.55 2.26 1.69 2.42 2.64 1.78 1.86 1.38 1.01 1.88 1.55 1.43 2.55 1.60 1.80 1.53
OP1 1.38 1.98 1.23 1.69 1.39 1.73 1.65 1.74 2.04 1.59 2.17 2.37 1.58 1.71 1.31 1.30 2.26 1.61 1.55 2.37 1.92 1.81 1.67
OP2 2.31 2.34 2.19 2.62 2.11 2.58 2.25 2.53 2.47 2.32 2.52 2.52 2.15 2.32 2.18 2.16 3.12 2.47 2.41 2.72 2.67 2.64 2.50
P 1.52 2.00 1.34 1.85 1.48 1.90 1.72 1.88 2.10 1.66 2.21 2.34 1.63 1.77 1.42 1.35 2.41 1.76 1.72 2.42 2.02 1.99 1.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.29 0.03 0.54 0.48 0.37
C2 0.05 0.00 0.48 0.54 0.01 0.58 0.01 1.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.46 0.39 1.17 0.02 1.71 1.54 1.41
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.24 0.02 0.11 0.23 0.21 0.25 0.36 0.58 0.47 0.15 0.03 0.01 0.04 0.02 0.43 0.16 0.70 0.62 0.51
C3' 0.02 0.54 0.01 0.00 0.31 0.01 0.36 0.04 0.39 0.51 0.45 0.68 0.51 0.49 0.25 0.03 0.01 0.02 0.32 0.42 0.48 0.59 0.38
C4 0.02 0.01 0.24 0.31 0.00 0.25 0.01 0.54 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.23 0.21 0.67 0.02 1.07 0.99 0.84
C4' 0.01 0.58 0.02 0.01 0.25 0.00 0.15 0.01 0.24 0.38 0.43 0.73 0.55 0.28 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.20 0.35 0.37 0.12
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.15 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.16 0.10 0.73 0.02 1.25 1.25 1.02
C5' 0.10 1.15 0.23 0.04 0.54 0.01 0.35 0.00 0.55 0.51 0.91 1.44 1.05 0.39 0.17 0.12 0.23 0.02 0.01 0.46 0.34 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.39 0.01 0.24 0.01 0.55 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.36 0.20 0.18 0.82 0.01 1.39 1.40 1.13
C8 0.02 0.02 0.25 0.51 0.01 0.38 0.01 0.51 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.42 0.26 0.22 1.00 0.03 1.44 1.41 1.27
N1 0.04 0.01 0.36 0.45 0.02 0.43 0.01 0.91 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.34 0.32 0.31 1.02 0.02 1.57 1.51 1.29
N2 0.06 0.01 0.58 0.68 0.02 0.73 0.01 1.44 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.44 0.62 0.46 1.46 0.03 2.17 1.90 1.79
N3 0.04 0.01 0.47 0.51 0.01 0.55 0.01 1.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.47 0.38 1.03 0.02 1.44 1.25 1.17
N7 0.02 0.01 0.15 0.49 0.01 0.28 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.27 0.11 0.95 0.03 1.55 1.57 1.33
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.54 0.03 0.88 0.83 0.71
O2' 0.02 0.36 0.01 0.03 0.26 0.33 0.34 0.12 0.36 0.42 0.34 0.44 0.33 0.44 0.23 0.00 0.07 0.23 0.40 0.40 0.66 0.74 0.50
O3' 0.34 0.46 0.04 0.01 0.23 0.03 0.16 0.23 0.20 0.26 0.32 0.62 0.47 0.27 0.12 0.07 0.00 0.24 0.35 0.23 0.67 0.67 0.45
O4' 0.01 0.39 0.02 0.02 0.21 0.01 0.10 0.02 0.18 0.22 0.31 0.46 0.38 0.11 0.02 0.23 0.24 0.00 0.27 0.14 0.29 0.53 0.29
O5' 0.29 1.17 0.43 0.32 0.67 0.02 0.73 0.01 0.82 1.00 1.02 1.46 1.03 0.95 0.54 0.40 0.35 0.27 0.00 0.85 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.42 0.02 0.20 0.02 0.46 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.40 0.23 0.14 0.85 0.00 1.50 1.56 1.23
OP1 0.54 1.71 0.70 0.48 1.07 0.35 1.25 0.34 1.39 1.44 1.57 2.17 1.44 1.55 0.88 0.66 0.67 0.29 0.03 1.50 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 1.54 0.62 0.59 0.99 0.37 1.25 0.36 1.40 1.41 1.51 1.90 1.25 1.57 0.83 0.74 0.67 0.53 0.02 1.56 0.02 0.00 0.01
P 0.37 1.41 0.51 0.38 0.84 0.12 1.02 0.02 1.13 1.27 1.29 1.79 1.17 1.33 0.71 0.50 0.45 0.29 0.01 1.23 0.01 0.01 0.00