ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 7290

back

Distances from reference structure (by RMSD)

20, 23, 12, 1, 5, 5, 3, 1, 12, 43, 2, 3, 55, 6, 6, 9, 9, 5, 2, 78,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.352, 0.953, 1.554, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.953 std_dev=0.601
C1' B 0, 0.283, 0.904, 1.525, 4.643 max_d=4.643 avg_d=0.904 std_dev=0.621
C4 B 0, 0.188, 0.939, 1.690, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.939 std_dev=0.751
C2 A 0, 0.465, 1.271, 2.077, 2.679 max_d=2.679 avg_d=1.271 std_dev=0.806
N3 B 0, 0.387, 1.194, 2.001, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.194 std_dev=0.807
N3 A 0, 0.420, 1.301, 2.181, 2.581 max_d=2.581 avg_d=1.301 std_dev=0.881
C2' B 0, 0.415, 1.307, 2.199, 6.293 max_d=6.293 avg_d=1.307 std_dev=0.892
C4 A 0, 0.277, 1.203, 2.130, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.203 std_dev=0.927
N1 A 0, 0.167, 1.109, 2.052, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.109 std_dev=0.942
C6 A 0, 0.398, 1.366, 2.335, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.366 std_dev=0.969
C5 A 0, 0.381, 1.374, 2.367, 3.324 max_d=3.324 avg_d=1.374 std_dev=0.993
C8 B 0, 0.440, 1.473, 2.506, 4.403 max_d=4.403 avg_d=1.473 std_dev=1.033
O4' B 0, 0.065, 1.151, 2.237, 5.013 max_d=5.013 avg_d=1.151 std_dev=1.086
C5 B 0, 0.287, 1.383, 2.479, 3.242 max_d=3.242 avg_d=1.383 std_dev=1.096
O2 A 0, 0.653, 1.789, 2.925, 4.824 max_d=4.824 avg_d=1.789 std_dev=1.136
O2' B 0, 0.235, 1.371, 2.507, 8.104 max_d=8.104 avg_d=1.371 std_dev=1.136
N7 B 0, 0.512, 1.743, 2.974, 4.803 max_d=4.803 avg_d=1.743 std_dev=1.231
C2 B 0, 0.333, 1.580, 2.827, 3.773 max_d=3.773 avg_d=1.580 std_dev=1.247
C3' B 0, 0.551, 1.800, 3.050, 6.708 max_d=6.708 avg_d=1.800 std_dev=1.249
N4 A 0, 0.343, 1.622, 2.902, 3.858 max_d=3.858 avg_d=1.622 std_dev=1.280
C1' A 0, 0.227, 1.557, 2.887, 3.802 max_d=3.802 avg_d=1.557 std_dev=1.330
C4' B 0, 0.326, 1.671, 3.015, 6.242 max_d=6.242 avg_d=1.671 std_dev=1.345
C2' A 0, 0.952, 2.383, 3.814, 5.066 max_d=5.066 avg_d=2.383 std_dev=1.431
C6 B 0, 0.120, 1.640, 3.161, 4.328 max_d=4.328 avg_d=1.640 std_dev=1.520
O3' B 0, 0.738, 2.332, 3.926, 8.837 max_d=8.837 avg_d=2.332 std_dev=1.594
O2' A 0, 1.523, 3.129, 4.734, 7.072 max_d=7.072 avg_d=3.129 std_dev=1.606
N1 B 0, 0.030, 1.656, 3.281, 4.562 max_d=4.562 avg_d=1.656 std_dev=1.626
C5' B 0, 0.435, 2.215, 3.996, 5.476 max_d=5.476 avg_d=2.215 std_dev=1.781
O4' A 0, 0.465, 2.275, 4.085, 5.266 max_d=5.266 avg_d=2.275 std_dev=1.810
N6 B 0, 0.379, 2.221, 4.063, 5.696 max_d=5.696 avg_d=2.221 std_dev=1.842
O5' B 0, 0.487, 2.341, 4.195, 5.248 max_d=5.248 avg_d=2.341 std_dev=1.854
C3' A 0, 0.705, 2.766, 4.828, 5.813 max_d=5.813 avg_d=2.766 std_dev=2.062
OP1 B 0, 1.713, 3.802, 5.891, 7.013 max_d=7.013 avg_d=3.802 std_dev=2.089
P B 0, 0.813, 2.969, 5.124, 6.572 max_d=6.572 avg_d=2.969 std_dev=2.156
C4' A 0, 0.498, 2.750, 5.002, 6.281 max_d=6.281 avg_d=2.750 std_dev=2.252
O3' A 0, 0.478, 2.759, 5.040, 7.086 max_d=7.086 avg_d=2.759 std_dev=2.281
O5' A 0, 1.602, 3.924, 6.246, 7.522 max_d=7.522 avg_d=3.924 std_dev=2.322
OP2 B 0, 1.496, 4.065, 6.634, 8.497 max_d=8.497 avg_d=4.065 std_dev=2.569
C5' A 0, 0.944, 3.557, 6.170, 7.087 max_d=7.087 avg_d=3.557 std_dev=2.613
P A 0, 1.399, 4.158, 6.917, 8.820 max_d=8.820 avg_d=4.158 std_dev=2.759
OP1 A 0, 2.099, 4.894, 7.690, 9.347 max_d=9.347 avg_d=4.894 std_dev=2.795
OP2 A 0, 0.945, 3.790, 6.635, 9.448 max_d=9.448 avg_d=3.790 std_dev=2.845

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.36 0.01 0.31 0.33 0.57 0.23
C2 0.03 0.00 0.15 0.20 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.27 0.11 0.50 0.59 0.61 0.32
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.01 0.17 0.28 0.20 0.04 0.10 0.09 0.30 0.00 0.04 0.02 0.41 0.84 1.02 0.66
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.30 0.01 0.32 0.02 0.28 0.19 0.26 0.32 0.17 0.02 0.01 0.02 0.13 0.55 0.46 0.29
C4 0.02 0.01 0.08 0.30 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.12 0.04 0.68 0.96 0.71 0.50
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.06 0.11 0.08 0.32 0.03 0.01 0.02 0.30 0.37 0.09
C5 0.02 0.01 0.17 0.32 0.00 0.14 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.16 0.09 0.72 0.97 0.70 0.51
C5' 0.14 0.18 0.28 0.02 0.22 0.01 0.23 0.00 0.22 0.17 0.20 0.23 0.18 0.20 0.28 0.02 0.01 0.39 0.46 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.28 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.14 0.11 0.65 0.70 0.61 0.38
N1 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.18 0.02 0.50 0.49 0.58 0.28
N3 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.19 0.09 0.59 0.80 0.66 0.42
N4 0.03 0.02 0.09 0.32 0.01 0.11 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.46 0.14 0.04 0.72 1.11 0.77 0.57
O2 0.05 0.01 0.30 0.17 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.24 0.44 0.19 0.40 0.51 0.60 0.29
O2' 0.03 0.24 0.00 0.02 0.41 0.32 0.44 0.20 0.37 0.23 0.33 0.46 0.24 0.00 0.05 0.22 0.43 0.93 1.10 0.71
O3' 0.36 0.27 0.04 0.01 0.12 0.03 0.16 0.28 0.14 0.18 0.19 0.14 0.44 0.05 0.00 0.26 0.25 0.40 0.35 0.25
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.09 0.04 0.19 0.22 0.26 0.00 0.33 0.28 0.32 0.25
O5' 0.31 0.50 0.41 0.13 0.68 0.02 0.72 0.01 0.65 0.50 0.59 0.72 0.40 0.43 0.25 0.33 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.33 0.59 0.84 0.55 0.96 0.30 0.97 0.39 0.70 0.49 0.80 1.11 0.51 0.93 0.40 0.28 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.61 1.02 0.46 0.71 0.37 0.70 0.46 0.61 0.58 0.66 0.77 0.60 1.10 0.35 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.32 0.66 0.29 0.50 0.09 0.51 0.02 0.38 0.28 0.42 0.57 0.29 0.71 0.25 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.51 3.34 1.69 1.39 2.63 1.08 3.11 1.01 3.70 2.18 3.76 2.78 4.19 2.86 2.04 1.60 1.55 1.08 0.68 1.04 1.18 0.29
C2 1.25 2.85 1.34 1.07 2.29 0.86 2.76 0.90 3.21 2.05 3.18 2.38 3.63 2.68 1.80 1.19 1.14 0.90 0.57 1.10 1.19 0.29
C2' 1.15 3.05 1.28 1.12 2.34 0.99 2.91 1.07 3.54 1.98 3.55 2.44 4.13 2.73 1.73 1.22 1.41 0.89 0.58 0.97 1.29 0.29
C3' 1.36 3.28 1.58 1.36 2.55 0.99 3.08 0.94 3.72 2.15 3.76 2.67 4.27 2.87 1.94 1.48 1.64 0.96 0.66 0.71 1.47 0.35
C4 1.26 2.24 1.55 1.50 1.89 1.09 2.22 0.98 2.45 1.88 2.42 1.95 2.72 2.28 1.61 1.48 1.75 0.89 0.80 0.90 1.12 0.23
C4' 1.69 3.60 1.99 1.71 2.81 1.24 3.24 1.05 3.90 2.25 4.02 3.01 4.37 2.93 2.18 1.95 1.98 1.17 0.81 0.90 1.20 0.28
C5 1.54 2.52 1.97 1.91 2.13 1.39 2.40 1.16 2.68 1.96 2.69 2.23 2.93 2.36 1.82 1.95 2.27 1.12 0.95 0.79 1.09 0.28
C5' 1.85 3.61 2.30 2.08 2.82 1.51 3.17 1.25 3.78 2.22 3.95 3.07 4.19 2.84 2.22 2.33 2.47 1.32 1.03 0.91 1.12 0.39
C6 1.55 2.86 1.92 1.78 2.34 1.29 2.69 1.10 3.09 2.05 3.12 2.47 3.42 2.56 1.91 1.89 2.11 1.10 0.86 0.86 1.14 0.25
N1 1.42 3.01 1.63 1.41 2.42 1.06 2.86 0.98 3.34 2.09 3.36 2.53 3.76 2.72 1.91 1.54 1.60 1.00 0.69 1.00 1.18 0.26
N3 1.10 2.43 1.21 1.03 1.98 0.78 2.41 0.83 2.73 1.92 2.68 2.04 3.07 2.46 1.60 1.07 1.13 0.75 0.55 1.08 1.19 0.25
N4 1.22 1.81 1.54 1.60 1.57 1.20 1.81 1.05 1.92 1.73 1.88 1.63 2.11 1.96 1.45 1.49 1.87 0.93 0.93 0.80 1.03 0.29
O2 1.33 3.08 1.30 0.93 2.45 0.87 2.94 0.94 3.46 2.10 3.46 2.56 3.94 2.80 1.89 1.14 0.85 1.02 0.53 1.19 1.19 0.38
O2' 1.04 2.94 1.13 1.02 2.14 1.21 2.70 1.40 3.41 1.69 3.45 2.29 4.04 2.46 1.50 1.20 1.35 1.02 0.72 1.42 1.00 0.62
O3' 1.19 3.23 1.42 1.25 2.42 0.99 2.94 1.06 3.64 1.92 3.73 2.58 4.22 2.67 1.76 1.35 1.56 0.87 0.63 1.02 1.15 0.28
O4' 1.84 3.68 2.10 1.76 2.92 1.29 3.31 1.06 3.92 2.34 4.06 3.12 4.34 2.98 2.30 2.05 1.95 1.29 0.83 1.03 1.08 0.31
O5' 1.67 3.09 2.13 1.96 2.41 1.51 2.75 1.28 3.28 2.01 3.40 2.61 3.68 2.55 1.94 2.24 2.42 1.27 0.89 0.74 1.61 0.68
OP1 2.28 3.38 2.85 2.73 2.78 2.13 3.00 1.76 3.44 2.43 3.59 2.99 3.77 2.82 2.42 2.99 3.26 1.84 1.62 1.23 2.05 1.31
OP2 1.57 2.66 2.21 2.16 1.98 1.74 2.18 1.53 2.64 1.52 2.82 2.28 2.97 1.97 1.57 2.47 2.80 1.31 1.06 0.96 1.24 0.73
P 1.82 3.07 2.39 2.24 2.41 1.71 2.66 1.37 3.14 1.98 3.30 2.66 3.48 2.45 1.97 2.57 2.79 1.40 1.03 0.67 1.54 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.12 0.37 0.62 0.32
C2 0.03 0.00 0.27 0.36 0.01 0.34 0.01 0.60 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.27 0.43 0.31 0.67 1.33 1.09 0.95
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.09 0.12 0.14 0.21 0.28 0.10 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.18 0.31 0.36 0.22
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.21 0.00 0.20 0.02 0.24 0.29 0.31 0.35 0.24 0.26 0.13 0.02 0.01 0.02 0.15 0.28 0.18 0.16
C4 0.02 0.01 0.14 0.21 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.16 0.29 0.91 0.72 0.56
C4' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.14 0.00 0.09 0.01 0.13 0.26 0.25 0.34 0.12 0.21 0.07 0.14 0.03 0.01 0.02 0.21 0.43 0.10
C5 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.19 0.06 0.35 1.12 0.75 0.64
C5' 0.04 0.60 0.09 0.02 0.24 0.01 0.17 0.00 0.24 0.43 0.44 0.57 0.21 0.37 0.12 0.06 0.09 0.01 0.01 0.37 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.26 0.12 0.35 1.24 0.76 0.65
C8 0.02 0.02 0.14 0.29 0.01 0.26 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.24 0.19 0.68 1.10 0.99 0.90
N1 0.03 0.01 0.21 0.31 0.01 0.25 0.01 0.44 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.37 0.23 0.49 1.31 0.91 0.79
N3 0.03 0.01 0.28 0.35 0.01 0.34 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.39 0.32 0.62 1.12 1.00 0.85
N6 0.02 0.02 0.10 0.24 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.18 0.26 0.08 0.39 1.37 0.80 0.70
N7 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.21 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.22 0.12 0.63 1.30 0.99 0.91
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.02 0.28 0.71 0.68 0.51
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.14 0.14 0.15 0.06 0.16 0.23 0.21 0.26 0.18 0.21 0.10 0.00 0.06 0.11 0.14 0.30 0.44 0.20
O3' 0.14 0.43 0.02 0.01 0.21 0.03 0.19 0.09 0.26 0.24 0.37 0.39 0.26 0.22 0.09 0.06 0.00 0.09 0.16 0.50 0.24 0.26
O4' 0.01 0.31 0.01 0.02 0.16 0.01 0.06 0.01 0.12 0.19 0.23 0.32 0.08 0.12 0.02 0.11 0.09 0.00 0.13 0.32 0.71 0.34
O5' 0.12 0.67 0.18 0.15 0.29 0.02 0.35 0.01 0.35 0.68 0.49 0.62 0.39 0.63 0.28 0.14 0.16 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 1.33 0.31 0.28 0.91 0.21 1.12 0.37 1.24 1.10 1.31 1.12 1.37 1.30 0.71 0.30 0.50 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.62 1.09 0.36 0.18 0.72 0.43 0.75 0.37 0.76 0.99 0.91 1.00 0.80 0.99 0.68 0.44 0.24 0.71 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.95 0.22 0.16 0.56 0.10 0.64 0.02 0.65 0.90 0.79 0.85 0.70 0.91 0.51 0.20 0.26 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00