ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 7359

back

Distances from reference structure (by RMSD)

35, 8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.106 std_dev=0.107
N1 B 0, -0.053, 0.063, 0.179, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.063 std_dev=0.116
N1 A 0, -0.065, 0.054, 0.173, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.054 std_dev=0.119
N3 B 0, -0.095, 0.114, 0.323, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.114 std_dev=0.209
C2 B 0, -0.150, 0.118, 0.385, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.118 std_dev=0.267
C4 B 0, -0.163, 0.109, 0.381, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.109 std_dev=0.272
C6 A 0, -0.156, 0.127, 0.409, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.127 std_dev=0.282
C2 A 0, -0.176, 0.121, 0.418, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.121 std_dev=0.297
C1' B 0, -0.182, 0.119, 0.421, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.119 std_dev=0.301
C4 A 0, -0.172, 0.130, 0.431, 1.901 max_d=1.901 avg_d=0.130 std_dev=0.302
C1' A 0, -0.193, 0.113, 0.419, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.113 std_dev=0.306
C6 B 0, -0.160, 0.147, 0.453, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.147 std_dev=0.306
O4' B 0, -0.223, 0.143, 0.510, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.143 std_dev=0.366
C5 B 0, -0.255, 0.176, 0.608, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.176 std_dev=0.432
N4 B 0, -0.272, 0.180, 0.632, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.180 std_dev=0.452
O2 A 0, -0.256, 0.196, 0.648, 2.809 max_d=2.809 avg_d=0.196 std_dev=0.452
O2' A 0, -0.267, 0.210, 0.687, 3.152 max_d=3.152 avg_d=0.210 std_dev=0.477
N3 A 0, -0.317, 0.168, 0.653, 3.022 max_d=3.022 avg_d=0.168 std_dev=0.485
N4 A 0, -0.297, 0.201, 0.699, 3.156 max_d=3.156 avg_d=0.201 std_dev=0.498
C2' A 0, -0.324, 0.175, 0.675, 3.336 max_d=3.336 avg_d=0.175 std_dev=0.500
C4' B 0, -0.323, 0.181, 0.686, 2.974 max_d=2.974 avg_d=0.181 std_dev=0.505
O2 B 0, -0.341, 0.233, 0.807, 3.303 max_d=3.303 avg_d=0.233 std_dev=0.574
C2' B 0, -0.394, 0.187, 0.769, 3.688 max_d=3.688 avg_d=0.187 std_dev=0.581
O4' A 0, -0.413, 0.194, 0.802, 3.940 max_d=3.940 avg_d=0.194 std_dev=0.608
C3' B 0, -0.453, 0.204, 0.860, 4.319 max_d=4.319 avg_d=0.204 std_dev=0.656
C5' B 0, -0.457, 0.242, 0.941, 4.488 max_d=4.488 avg_d=0.242 std_dev=0.699
O2' B 0, -0.493, 0.288, 1.070, 4.696 max_d=4.696 avg_d=0.288 std_dev=0.781
C3' A 0, -0.558, 0.242, 1.043, 5.306 max_d=5.306 avg_d=0.242 std_dev=0.800
O5' B 0, -0.552, 0.274, 1.099, 5.344 max_d=5.344 avg_d=0.274 std_dev=0.826
C4' A 0, -0.576, 0.254, 1.085, 5.433 max_d=5.433 avg_d=0.254 std_dev=0.831
O3' B 0, -0.672, 0.305, 1.282, 6.142 max_d=6.142 avg_d=0.305 std_dev=0.977
O3' A 0, -0.691, 0.314, 1.320, 6.653 max_d=6.653 avg_d=0.314 std_dev=1.005
O5' A 0, -0.697, 0.317, 1.331, 6.756 max_d=6.756 avg_d=0.317 std_dev=1.014
P B 0, -0.756, 0.359, 1.474, 7.245 max_d=7.245 avg_d=0.359 std_dev=1.115
C5' A 0, -0.787, 0.336, 1.459, 7.428 max_d=7.428 avg_d=0.336 std_dev=1.123
P A 0, -0.913, 0.381, 1.675, 8.478 max_d=8.478 avg_d=0.381 std_dev=1.294
OP2 B 0, -0.911, 0.431, 1.772, 8.569 max_d=8.569 avg_d=0.431 std_dev=1.342
OP1 A 0, -0.896, 0.464, 1.823, 8.287 max_d=8.287 avg_d=0.464 std_dev=1.359
OP1 B 0, -0.968, 0.435, 1.837, 9.375 max_d=9.375 avg_d=0.435 std_dev=1.403
OP2 A 0, -1.021, 0.411, 1.843, 9.670 max_d=9.670 avg_d=0.411 std_dev=1.432

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.14 0.11 0.28 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.09 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 0.05 0.09 0.09 0.10 0.01 0.00 0.01 0.13 0.23 0.06 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.24 0.21 0.48 0.29
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02
C5 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.28 0.25 0.49 0.31
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.06 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.25 0.21 0.37 0.25
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.15 0.12 0.25 0.16
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.19 0.15 0.39 0.23
N4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.10 0.02 0.27 0.24 0.54 0.32
O2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.11 0.04 0.09 0.09 0.21 0.13
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.09 0.00 0.03 0.04 0.05 0.12 0.04 0.06
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.09 0.02 0.09 0.02 0.08 0.04 0.08 0.10 0.11 0.03 0.00 0.02 0.10 0.29 0.05 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.08 0.03 0.06
O5' 0.06 0.14 0.10 0.13 0.24 0.01 0.28 0.01 0.25 0.15 0.19 0.27 0.09 0.05 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.11 0.15 0.23 0.21 0.07 0.25 0.12 0.21 0.12 0.15 0.24 0.09 0.12 0.29 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.28 0.09 0.06 0.48 0.08 0.49 0.14 0.37 0.25 0.39 0.54 0.21 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.17 0.09 0.12 0.29 0.02 0.31 0.01 0.25 0.16 0.23 0.32 0.13 0.06 0.12 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.09 0.27 0.19 0.27 0.17 0.43 0.34 0.40 0.17 0.11 0.32 0.30 0.50 0.45 0.34 0.40 0.43 0.66 0.46
C2 0.11 0.22 0.13 0.10 0.19 0.21 0.22 0.33 0.23 0.11 0.25 0.23 0.36 0.28 0.25 0.30 0.32 0.32 0.50 0.36
C2' 0.16 0.10 0.21 0.08 0.25 0.27 0.45 0.50 0.42 0.18 0.11 0.29 0.34 0.43 0.30 0.41 0.54 0.60 0.89 0.65
C3' 0.23 0.11 0.19 0.05 0.39 0.33 0.61 0.61 0.56 0.28 0.14 0.44 0.29 0.44 0.28 0.49 0.69 0.82 1.07 0.82
C4 0.12 0.25 0.10 0.08 0.19 0.24 0.16 0.34 0.18 0.12 0.28 0.22 0.39 0.23 0.16 0.31 0.30 0.32 0.39 0.33
C4' 0.23 0.16 0.29 0.15 0.47 0.20 0.67 0.46 0.59 0.30 0.22 0.55 0.31 0.56 0.45 0.42 0.58 0.73 0.91 0.70
C5 0.14 0.11 0.20 0.13 0.20 0.21 0.32 0.34 0.33 0.15 0.13 0.21 0.28 0.41 0.34 0.37 0.35 0.34 0.47 0.37
C5' 0.28 0.29 0.31 0.15 0.63 0.20 0.82 0.49 0.70 0.39 0.37 0.72 0.36 0.60 0.48 0.45 0.65 0.88 0.97 0.80
C6 0.16 0.08 0.26 0.18 0.27 0.18 0.42 0.35 0.40 0.18 0.11 0.30 0.28 0.50 0.43 0.37 0.39 0.41 0.58 0.44
N1 0.13 0.12 0.22 0.15 0.22 0.19 0.35 0.34 0.34 0.14 0.14 0.25 0.30 0.43 0.38 0.34 0.37 0.37 0.58 0.41
N3 0.12 0.29 0.09 0.08 0.24 0.23 0.15 0.34 0.16 0.13 0.34 0.28 0.42 0.19 0.15 0.28 0.30 0.35 0.42 0.34
N4 0.16 0.36 0.15 0.12 0.29 0.26 0.16 0.37 0.12 0.17 0.40 0.33 0.49 0.24 0.09 0.27 0.30 0.39 0.34 0.36
O2 0.11 0.25 0.12 0.10 0.22 0.21 0.20 0.33 0.20 0.12 0.30 0.27 0.38 0.24 0.23 0.29 0.32 0.33 0.51 0.36
O2' 0.13 0.13 0.24 0.12 0.23 0.23 0.42 0.46 0.39 0.14 0.13 0.28 0.37 0.47 0.34 0.37 0.51 0.56 0.87 0.62
O3' 0.26 0.13 0.16 0.09 0.41 0.40 0.65 0.71 0.60 0.31 0.16 0.46 0.31 0.41 0.22 0.53 0.79 0.96 1.23 0.96
O4' 0.18 0.12 0.34 0.25 0.40 0.12 0.57 0.29 0.49 0.24 0.18 0.48 0.28 0.60 0.56 0.34 0.41 0.49 0.67 0.49
O5' 0.45 0.47 0.27 0.12 0.80 0.37 0.98 0.65 0.88 0.59 0.57 0.88 0.40 0.47 0.26 0.62 0.82 1.02 1.09 0.95
OP1 0.48 0.62 0.44 0.17 0.89 0.27 1.04 0.59 0.88 0.62 0.71 1.00 0.70 0.66 0.34 0.51 0.82 1.21 1.18 1.05
OP2 0.80 0.88 0.51 0.45 1.24 0.71 1.42 0.98 1.30 0.99 1.01 1.32 0.73 0.48 0.12 0.95 1.20 1.49 1.37 1.34
P 0.54 0.64 0.40 0.18 0.97 0.37 1.14 0.63 0.99 0.70 0.75 1.07 0.61 0.59 0.29 0.63 0.85 1.17 1.10 1.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.07 0.02 0.12 0.28 0.18 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.06 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.09 0.12 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.02 0.23 0.47 0.34 0.26
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.11 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.26 0.48 0.35 0.27
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.15 0.07 0.09 0.15 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.16 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.21 0.35 0.25 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.12 0.24 0.15 0.12
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.01 0.17 0.39 0.27 0.20
N4 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.25 0.54 0.40 0.30
O2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.13 0.03 0.07 0.21 0.14 0.10
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.11 0.09 0.16 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04
O3' 0.04 0.07 0.02 0.00 0.08 0.03 0.11 0.02 0.10 0.03 0.07 0.09 0.13 0.04 0.00 0.03 0.05 0.13 0.11 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.04 0.11 0.04 0.06
O5' 0.03 0.12 0.04 0.04 0.23 0.01 0.26 0.01 0.21 0.12 0.17 0.25 0.07 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.28 0.07 0.06 0.47 0.11 0.48 0.16 0.35 0.24 0.39 0.54 0.21 0.05 0.13 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.18 0.06 0.07 0.34 0.08 0.35 0.14 0.25 0.15 0.27 0.40 0.14 0.06 0.11 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.14 0.05 0.06 0.26 0.02 0.27 0.01 0.20 0.12 0.20 0.30 0.10 0.04 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00