ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 7827

back

Distances from reference structure (by RMSD)

22, 132, 108, 54, 58, 86, 27, 8, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.044, 0.115, 0.187, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.115 std_dev=0.071
C4 B 0, 0.048, 0.141, 0.235, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.141 std_dev=0.093
C2 B 0, 0.091, 0.205, 0.319, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.205 std_dev=0.114
N1 B 0, 0.099, 0.236, 0.374, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.236 std_dev=0.137
N3 B 0, 0.090, 0.229, 0.367, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.229 std_dev=0.139
N3 A 0, 0.084, 0.223, 0.362, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.223 std_dev=0.139
C5 A 0, 0.102, 0.247, 0.392, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.247 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.082, 0.228, 0.374, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.228 std_dev=0.146
N9 A 0, 0.113, 0.275, 0.436, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.275 std_dev=0.162
N9 B 0, 0.088, 0.258, 0.427, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.258 std_dev=0.170
C8 B 0, 0.122, 0.320, 0.518, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.320 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.103, 0.309, 0.515, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.309 std_dev=0.206
N2 B 0, 0.147, 0.354, 0.560, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.354 std_dev=0.207
N7 B 0, 0.131, 0.364, 0.597, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.364 std_dev=0.233
C1' A 0, 0.159, 0.396, 0.633, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.396 std_dev=0.237
N7 A 0, 0.157, 0.403, 0.649, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.403 std_dev=0.246
C2 A 0, 0.142, 0.394, 0.646, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.394 std_dev=0.252
C6 A 0, 0.104, 0.357, 0.609, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.357 std_dev=0.252
C8 A 0, 0.160, 0.429, 0.698, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.429 std_dev=0.269
N1 A 0, 0.157, 0.451, 0.745, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.451 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.150, 0.461, 0.772, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.461 std_dev=0.311
O6 B 0, 0.155, 0.495, 0.835, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.495 std_dev=0.340
N6 A 0, 0.145, 0.504, 0.863, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.504 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.227, 0.654, 1.081, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.654 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.206, 0.692, 1.179, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.692 std_dev=0.487
C3' B 0, 0.288, 0.809, 1.329, 3.307 max_d=3.307 avg_d=0.809 std_dev=0.520
C2' A 0, 0.171, 0.770, 1.369, 3.426 max_d=3.426 avg_d=0.770 std_dev=0.599
C4' B 0, 0.250, 0.859, 1.468, 2.801 max_d=2.801 avg_d=0.859 std_dev=0.609
O4' A 0, 0.138, 0.795, 1.452, 2.945 max_d=2.945 avg_d=0.795 std_dev=0.657
O2' A 0, 0.214, 0.916, 1.618, 5.259 max_d=5.259 avg_d=0.916 std_dev=0.702
O3' B 0, 0.395, 1.161, 1.927, 4.940 max_d=4.940 avg_d=1.161 std_dev=0.766
C5' B 0, 0.264, 1.110, 1.955, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.110 std_dev=0.846
C3' A 0, 0.212, 1.114, 2.017, 4.354 max_d=4.354 avg_d=1.114 std_dev=0.902
C4' A 0, 0.179, 1.119, 2.060, 4.251 max_d=4.251 avg_d=1.119 std_dev=0.940
O5' B 0, 0.192, 1.165, 2.139, 5.519 max_d=5.519 avg_d=1.165 std_dev=0.974
O2' B 0, 0.105, 1.084, 2.063, 3.925 max_d=3.925 avg_d=1.084 std_dev=0.979
O3' A 0, 0.325, 1.457, 2.588, 5.722 max_d=5.722 avg_d=1.457 std_dev=1.131
O5' A 0, 0.691, 1.901, 3.111, 7.347 max_d=7.347 avg_d=1.901 std_dev=1.210
P B 0, 0.169, 1.483, 2.796, 7.258 max_d=7.258 avg_d=1.483 std_dev=1.313
C5' A 0, 0.352, 1.691, 3.030, 6.494 max_d=6.494 avg_d=1.691 std_dev=1.339
OP2 B 0, 0.147, 1.549, 2.951, 8.770 max_d=8.770 avg_d=1.549 std_dev=1.402
OP1 B 0, 0.191, 1.781, 3.371, 9.126 max_d=9.126 avg_d=1.781 std_dev=1.590
P A 0, 0.685, 2.338, 3.991, 10.096 max_d=10.096 avg_d=2.338 std_dev=1.653
OP2 A 0, 0.685, 2.458, 4.230, 11.260 max_d=11.260 avg_d=2.458 std_dev=1.772
OP1 A 0, 0.809, 2.804, 4.799, 12.044 max_d=12.044 avg_d=2.804 std_dev=1.995

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.23 0.25 0.39 0.24
C2 0.04 0.00 0.29 0.28 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.34 0.22 0.47 0.53 0.80 0.55
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.16 0.01 0.09 0.11 0.15 0.14 0.23 0.29 0.12 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.29 0.32 0.40 0.30
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.20 0.00 0.22 0.02 0.25 0.25 0.27 0.26 0.26 0.25 0.14 0.02 0.01 0.02 0.26 0.32 0.26 0.21
C4 0.02 0.01 0.16 0.20 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.11 0.42 0.41 0.72 0.46
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.19 0.12 0.15 0.12 0.17 0.07 0.16 0.03 0.00 0.02 0.18 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.22 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.06 0.52 0.51 0.94 0.60
C5' 0.05 0.26 0.11 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.22 0.28 0.24 0.24 0.25 0.28 0.13 0.07 0.12 0.02 0.01 0.20 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.25 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.10 0.53 0.55 1.00 0.63
C8 0.02 0.01 0.14 0.25 0.01 0.19 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.21 0.13 0.60 0.55 0.89 0.64
N1 0.03 0.00 0.23 0.27 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.28 0.17 0.50 0.55 0.92 0.60
N3 0.04 0.00 0.29 0.26 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.32 0.21 0.41 0.45 0.68 0.47
N6 0.02 0.01 0.12 0.26 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.21 0.08 0.59 0.63 1.14 0.72
N7 0.01 0.01 0.09 0.25 0.01 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.20 0.07 0.63 0.62 1.07 0.72
N9 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.40 0.35 0.63 0.41
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.14 0.16 0.16 0.07 0.18 0.23 0.22 0.26 0.18 0.21 0.11 0.00 0.06 0.12 0.19 0.32 0.40 0.25
O3' 0.17 0.34 0.03 0.01 0.18 0.03 0.15 0.12 0.21 0.21 0.28 0.32 0.21 0.20 0.09 0.06 0.00 0.12 0.28 0.50 0.37 0.30
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.02 0.10 0.13 0.17 0.21 0.08 0.07 0.01 0.12 0.12 0.00 0.18 0.25 0.36 0.23
O5' 0.23 0.47 0.29 0.26 0.42 0.02 0.52 0.01 0.53 0.60 0.50 0.41 0.59 0.63 0.40 0.19 0.28 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.53 0.32 0.32 0.41 0.18 0.51 0.20 0.55 0.55 0.55 0.45 0.63 0.62 0.35 0.32 0.50 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.80 0.40 0.26 0.72 0.23 0.94 0.25 1.00 0.89 0.92 0.68 1.14 1.07 0.63 0.40 0.37 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.55 0.30 0.21 0.46 0.08 0.60 0.02 0.63 0.64 0.60 0.47 0.72 0.72 0.41 0.25 0.30 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.27 0.39 0.46 0.26 0.67 0.26 0.73 0.29 0.27 0.30 0.29 0.26 0.26 0.28 0.61 0.93 0.67 0.66 0.32 0.82 0.68 0.75
C2 0.46 0.28 0.67 0.68 0.36 0.84 0.36 0.94 0.32 0.43 0.29 0.27 0.32 0.40 0.42 1.10 1.01 0.79 0.91 0.32 1.07 0.93 1.00
C2' 0.31 0.34 0.43 0.44 0.28 0.63 0.32 0.71 0.39 0.29 0.40 0.37 0.27 0.31 0.28 0.71 0.88 0.63 0.67 0.44 0.85 0.70 0.78
C3' 0.37 0.45 0.49 0.41 0.40 0.60 0.44 0.67 0.50 0.40 0.51 0.47 0.39 0.43 0.38 0.68 0.83 0.61 0.63 0.55 0.81 0.71 0.76
C4 0.33 0.20 0.44 0.48 0.24 0.69 0.23 0.76 0.22 0.28 0.22 0.22 0.22 0.25 0.29 0.75 0.90 0.70 0.72 0.23 0.86 0.73 0.80
C4' 0.38 0.46 0.41 0.49 0.40 0.65 0.44 0.70 0.51 0.39 0.52 0.48 0.39 0.43 0.38 0.53 0.97 0.66 0.64 0.56 0.80 0.69 0.74
C5 0.31 0.22 0.42 0.41 0.25 0.64 0.24 0.70 0.23 0.28 0.23 0.24 0.23 0.26 0.28 0.69 0.82 0.68 0.66 0.23 0.78 0.69 0.74
C5' 0.52 0.65 0.53 0.62 0.59 0.74 0.65 0.77 0.73 0.58 0.74 0.67 0.57 0.63 0.55 0.57 1.06 0.74 0.73 0.79 0.86 0.80 0.82
C6 0.38 0.32 0.56 0.50 0.35 0.69 0.35 0.78 0.34 0.38 0.33 0.33 0.34 0.37 0.37 0.92 0.84 0.72 0.75 0.34 0.86 0.78 0.83
C8 0.34 0.27 0.36 0.39 0.29 0.59 0.27 0.63 0.27 0.30 0.27 0.27 0.28 0.28 0.30 0.49 0.84 0.64 0.58 0.28 0.70 0.61 0.66
N1 0.49 0.34 0.71 0.68 0.41 0.82 0.41 0.92 0.38 0.47 0.35 0.33 0.38 0.45 0.46 1.17 0.97 0.79 0.90 0.38 1.03 0.93 0.98
N3 0.39 0.22 0.55 0.59 0.28 0.78 0.27 0.87 0.25 0.34 0.23 0.23 0.25 0.31 0.34 0.92 0.98 0.75 0.83 0.25 0.99 0.84 0.91
N6 0.39 0.43 0.60 0.46 0.44 0.63 0.44 0.71 0.43 0.42 0.43 0.42 0.44 0.43 0.42 0.92 0.74 0.71 0.71 0.43 0.79 0.76 0.78
N7 0.32 0.21 0.35 0.35 0.25 0.57 0.23 0.62 0.21 0.27 0.21 0.21 0.24 0.25 0.28 0.49 0.78 0.63 0.57 0.21 0.68 0.61 0.64
N9 0.32 0.23 0.38 0.43 0.24 0.65 0.24 0.70 0.24 0.27 0.25 0.25 0.24 0.25 0.27 0.60 0.89 0.67 0.65 0.26 0.79 0.66 0.73
O2' 0.39 0.49 0.43 0.53 0.43 0.74 0.49 0.83 0.58 0.43 0.58 0.51 0.41 0.48 0.40 0.72 0.97 0.74 0.80 0.64 0.99 0.82 0.89
O3' 0.36 0.48 0.44 0.41 0.41 0.63 0.47 0.72 0.56 0.41 0.57 0.50 0.39 0.46 0.37 0.66 0.87 0.63 0.68 0.63 0.91 0.76 0.82
O4' 0.39 0.36 0.39 0.53 0.33 0.70 0.34 0.74 0.39 0.33 0.40 0.39 0.33 0.33 0.34 0.53 1.01 0.70 0.66 0.43 0.81 0.66 0.73
O5' 0.77 0.95 0.78 0.82 0.87 0.90 0.93 0.94 1.01 0.85 1.02 0.98 0.86 0.91 0.82 0.78 1.15 0.92 0.93 1.05 1.03 1.03 1.02
OP1 0.93 1.18 0.94 1.03 1.09 1.05 1.22 1.09 1.36 1.09 1.35 1.17 1.04 1.20 1.02 0.91 1.35 1.04 1.09 1.47 1.19 1.22 1.19
OP2 1.43 1.70 1.43 1.43 1.61 1.44 1.71 1.50 1.79 1.60 1.81 1.68 1.58 1.68 1.55 1.34 1.54 1.49 1.57 1.83 1.61 1.74 1.67
P 0.99 1.23 1.00 1.06 1.14 1.09 1.23 1.13 1.34 1.12 1.35 1.24 1.11 1.20 1.07 0.96 1.34 1.11 1.14 1.40 1.22 1.27 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.22 0.03 0.25 0.35 0.25
C2 0.04 0.00 0.31 0.25 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.31 0.23 0.26 0.02 0.33 0.44 0.33
C2' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.17 0.02 0.11 0.19 0.16 0.16 0.25 0.37 0.30 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.42 0.14 0.53 0.58 0.48
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.25 0.01 0.33 0.02 0.35 0.33 0.31 0.24 0.21 0.37 0.22 0.02 0.01 0.02 0.19 0.39 0.36 0.19 0.19
C4 0.02 0.01 0.17 0.25 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.12 0.27 0.02 0.28 0.44 0.31
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.10 0.23 0.08 0.17 0.12 0.21 0.09 0.27 0.03 0.01 0.02 0.13 0.16 0.16 0.05
C5 0.02 0.01 0.11 0.33 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.18 0.05 0.35 0.01 0.34 0.54 0.37
C5' 0.08 0.17 0.19 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.17 0.25 0.15 0.22 0.17 0.26 0.11 0.09 0.19 0.02 0.01 0.21 0.17 0.19 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.35 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.22 0.09 0.35 0.01 0.36 0.57 0.40
C8 0.02 0.02 0.16 0.33 0.01 0.23 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.21 0.15 0.41 0.02 0.35 0.51 0.38
N1 0.04 0.01 0.25 0.31 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.25 0.17 0.30 0.01 0.34 0.51 0.36
N2 0.06 0.01 0.37 0.24 0.02 0.17 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.40 0.28 0.27 0.02 0.37 0.42 0.35
N3 0.04 0.01 0.30 0.21 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.32 0.23 0.25 0.02 0.31 0.40 0.31
N7 0.02 0.01 0.10 0.37 0.01 0.21 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.25 0.09 0.44 0.02 0.40 0.61 0.44
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.11 0.01 0.27 0.02 0.26 0.41 0.28
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.14 0.27 0.26 0.09 0.25 0.38 0.18 0.29 0.20 0.39 0.19 0.00 0.07 0.19 0.29 0.30 0.46 0.64 0.41
O3' 0.28 0.31 0.03 0.01 0.18 0.03 0.18 0.19 0.22 0.21 0.25 0.40 0.32 0.25 0.11 0.07 0.00 0.20 0.28 0.26 0.53 0.35 0.33
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.12 0.01 0.05 0.02 0.09 0.15 0.17 0.28 0.23 0.09 0.01 0.19 0.20 0.00 0.13 0.07 0.15 0.26 0.17
O5' 0.22 0.26 0.42 0.19 0.27 0.02 0.35 0.01 0.35 0.41 0.30 0.27 0.25 0.44 0.27 0.29 0.28 0.13 0.00 0.40 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.39 0.02 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.30 0.26 0.07 0.40 0.00 0.42 0.64 0.45
OP1 0.25 0.33 0.53 0.36 0.28 0.16 0.34 0.17 0.36 0.35 0.34 0.37 0.31 0.40 0.26 0.46 0.53 0.15 0.02 0.42 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.44 0.58 0.19 0.44 0.16 0.54 0.19 0.57 0.51 0.51 0.42 0.40 0.61 0.41 0.64 0.35 0.26 0.02 0.64 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.33 0.48 0.19 0.31 0.05 0.37 0.02 0.40 0.38 0.36 0.35 0.31 0.44 0.28 0.41 0.33 0.17 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00