ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 7830

back

Distances from reference structure (by RMSD)

46, 48, 20, 15, 22, 46, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 54, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.073, 0.210, 0.347, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.210 std_dev=0.137
N6 A 0, 0.111, 0.267, 0.422, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.267 std_dev=0.156
C4 A 0, 0.015, 0.198, 0.380, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.198 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.144, 0.344, 0.543, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.344 std_dev=0.199
C6 A 0, 0.050, 0.295, 0.540, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.295 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.002, 0.292, 0.582, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.292 std_dev=0.290
C2 B 0, 0.027, 0.336, 0.646, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.336 std_dev=0.310
O2 B 0, 0.110, 0.516, 0.921, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.516 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.144, 0.556, 0.968, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.556 std_dev=0.412
C5 A 0, -0.027, 0.399, 0.826, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.399 std_dev=0.427
C4 B 0, 0.121, 0.573, 1.026, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.573 std_dev=0.453
C2' B 0, 0.213, 0.799, 1.384, 2.610 max_d=2.610 avg_d=0.799 std_dev=0.586
N3 B 0, -0.005, 0.585, 1.176, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.585 std_dev=0.591
N3 A 0, -0.108, 0.558, 1.225, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.558 std_dev=0.666
O2' B 0, 0.333, 1.008, 1.683, 3.012 max_d=3.012 avg_d=1.008 std_dev=0.675
O4' B 0, 0.133, 0.809, 1.485, 3.319 max_d=3.319 avg_d=0.809 std_dev=0.676
N4 B 0, 0.199, 0.925, 1.651, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.925 std_dev=0.726
O2' A 0, 0.046, 0.900, 1.753, 3.737 max_d=3.737 avg_d=0.900 std_dev=0.854
C3' B 0, 0.183, 1.045, 1.907, 4.010 max_d=4.010 avg_d=1.045 std_dev=0.862
C4' B 0, 0.133, 1.075, 2.018, 4.424 max_d=4.424 avg_d=1.075 std_dev=0.942
N9 A 0, -0.181, 0.794, 1.769, 2.728 max_d=2.728 avg_d=0.794 std_dev=0.975
OP2 B 0, 0.197, 1.200, 2.203, 3.815 max_d=3.815 avg_d=1.200 std_dev=1.003
O5' B 0, 0.026, 1.050, 2.075, 4.324 max_d=4.324 avg_d=1.050 std_dev=1.025
C1' A 0, -0.169, 0.864, 1.897, 2.988 max_d=2.988 avg_d=0.864 std_dev=1.033
N1 A 0, -0.234, 0.903, 2.040, 3.307 max_d=3.307 avg_d=0.903 std_dev=1.137
O3' B 0, 0.272, 1.411, 2.549, 5.507 max_d=5.507 avg_d=1.411 std_dev=1.138
C5' B 0, 0.077, 1.230, 2.384, 5.383 max_d=5.383 avg_d=1.230 std_dev=1.153
P B 0, 0.070, 1.245, 2.419, 4.998 max_d=4.998 avg_d=1.245 std_dev=1.175
C2 A 0, -0.284, 1.003, 2.290, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.003 std_dev=1.287
C2' A 0, -0.251, 1.067, 2.385, 4.193 max_d=4.193 avg_d=1.067 std_dev=1.318
N7 A 0, -0.268, 1.116, 2.500, 3.995 max_d=3.995 avg_d=1.116 std_dev=1.384
OP1 B 0, -0.008, 1.536, 3.079, 6.647 max_d=6.647 avg_d=1.536 std_dev=1.544
C8 A 0, -0.351, 1.327, 3.005, 4.751 max_d=4.751 avg_d=1.327 std_dev=1.678
O4' A 0, -0.441, 1.607, 3.656, 5.657 max_d=5.657 avg_d=1.607 std_dev=2.049
C3' A 0, -0.576, 1.811, 4.198, 6.419 max_d=6.419 avg_d=1.811 std_dev=2.387
C4' A 0, -0.575, 1.958, 4.491, 6.926 max_d=6.926 avg_d=1.958 std_dev=2.533
O3' A 0, -0.702, 2.191, 5.083, 7.762 max_d=7.762 avg_d=2.191 std_dev=2.893
C5' A 0, -0.859, 2.787, 6.434, 9.797 max_d=9.797 avg_d=2.787 std_dev=3.647
O5' A 0, -1.004, 2.880, 6.764, 10.268 max_d=10.268 avg_d=2.880 std_dev=3.884
P A 0, -1.291, 3.680, 8.651, 13.126 max_d=13.126 avg_d=3.680 std_dev=4.971
OP2 A 0, -1.330, 3.644, 8.618, 13.106 max_d=13.106 avg_d=3.644 std_dev=4.974
OP1 A 0, -1.325, 4.395, 10.115, 15.284 max_d=15.284 avg_d=4.395 std_dev=5.720

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.30 0.22 0.14
C2 0.03 0.00 0.24 0.25 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.31 0.07 0.18 0.46 0.36 0.23
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.05 0.09 0.15 0.17 0.25 0.07 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01 0.13 0.41 0.27 0.21
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.12 0.23 0.19 0.24 0.12 0.19 0.08 0.02 0.01 0.01 0.13 0.41 0.24 0.20
C4 0.02 0.01 0.11 0.12 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.04 0.17 0.42 0.33 0.22
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.11 0.06 0.08 0.06 0.10 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.20 0.15 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.21 0.47 0.39 0.28
C5' 0.03 0.08 0.05 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.15 0.08 0.08 0.11 0.14 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.14 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.21 0.49 0.41 0.28
C8 0.01 0.01 0.15 0.23 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.25 0.05 0.28 0.45 0.40 0.31
N1 0.03 0.00 0.17 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.06 0.20 0.48 0.39 0.26
N3 0.03 0.01 0.25 0.24 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.30 0.07 0.16 0.43 0.32 0.21
N6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.13 0.03 0.24 0.51 0.45 0.32
N7 0.01 0.01 0.11 0.19 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.22 0.04 0.27 0.50 0.45 0.34
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.16 0.38 0.30 0.21
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.10 0.08 0.08 0.05 0.10 0.12 0.16 0.20 0.10 0.11 0.05 0.00 0.05 0.06 0.07 0.36 0.24 0.16
O3' 0.06 0.31 0.02 0.01 0.13 0.02 0.10 0.05 0.13 0.25 0.23 0.30 0.13 0.22 0.07 0.05 0.00 0.05 0.15 0.46 0.26 0.22
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.00 0.08 0.17 0.17 0.09
O5' 0.09 0.18 0.13 0.13 0.17 0.02 0.21 0.01 0.21 0.28 0.20 0.16 0.24 0.27 0.16 0.07 0.15 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.46 0.41 0.41 0.42 0.20 0.47 0.14 0.49 0.45 0.48 0.43 0.51 0.50 0.38 0.36 0.46 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.36 0.27 0.24 0.33 0.15 0.39 0.16 0.41 0.40 0.39 0.32 0.45 0.45 0.30 0.24 0.26 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.23 0.21 0.20 0.22 0.07 0.28 0.02 0.28 0.31 0.26 0.21 0.32 0.34 0.21 0.16 0.22 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.58 0.25 0.34 0.80 0.40 0.58 0.40 0.38 0.36 0.82 0.98 0.57 0.46 0.55 0.28 0.25 0.35 0.22 0.23
C2 0.17 0.46 0.25 0.28 0.54 0.30 0.39 0.32 0.28 0.28 0.59 0.64 0.50 0.33 0.46 0.28 0.21 0.29 0.21 0.21
C2' 0.17 0.51 0.27 0.35 0.70 0.30 0.53 0.29 0.36 0.33 0.70 0.85 0.49 0.44 0.60 0.21 0.20 0.28 0.23 0.19
C3' 0.23 0.80 0.31 0.42 1.08 0.34 0.84 0.32 0.59 0.53 1.09 1.31 0.75 0.56 0.78 0.22 0.20 0.30 0.30 0.18
C4 0.18 0.33 0.21 0.25 0.43 0.28 0.32 0.28 0.22 0.21 0.45 0.52 0.34 0.33 0.38 0.26 0.21 0.25 0.20 0.19
C4' 0.24 0.90 0.33 0.47 1.26 0.50 0.95 0.49 0.63 0.57 1.27 1.55 0.86 0.63 0.83 0.26 0.27 0.43 0.30 0.23
C5 0.18 0.43 0.23 0.28 0.52 0.32 0.39 0.31 0.27 0.26 0.56 0.62 0.45 0.41 0.44 0.26 0.22 0.27 0.20 0.20
C5' 0.31 1.16 0.43 0.60 1.63 0.62 1.23 0.61 0.83 0.74 1.63 2.01 1.10 0.78 1.06 0.29 0.33 0.54 0.38 0.28
C6 0.16 0.20 0.22 0.21 0.22 0.22 0.16 0.23 0.14 0.15 0.24 0.25 0.23 0.27 0.30 0.26 0.18 0.21 0.19 0.18
C8 0.22 0.89 0.34 0.47 1.14 0.55 0.83 0.54 0.55 0.52 1.21 1.37 0.90 0.66 0.78 0.31 0.30 0.46 0.25 0.27
N1 0.17 0.51 0.28 0.29 0.57 0.30 0.42 0.33 0.30 0.31 0.64 0.66 0.58 0.38 0.46 0.29 0.21 0.29 0.21 0.21
N3 0.17 0.25 0.20 0.22 0.30 0.24 0.22 0.25 0.17 0.17 0.32 0.36 0.27 0.25 0.33 0.27 0.20 0.24 0.19 0.19
N6 0.16 0.17 0.25 0.22 0.18 0.20 0.14 0.22 0.13 0.14 0.20 0.20 0.21 0.32 0.30 0.26 0.18 0.20 0.18 0.17
N7 0.22 0.86 0.33 0.46 1.06 0.52 0.77 0.50 0.52 0.50 1.14 1.24 0.91 0.68 0.76 0.30 0.29 0.42 0.24 0.26
N9 0.20 0.60 0.26 0.34 0.79 0.40 0.58 0.40 0.38 0.36 0.82 0.95 0.60 0.48 0.56 0.28 0.25 0.34 0.22 0.23
O2' 0.19 0.38 0.29 0.36 0.54 0.32 0.41 0.32 0.29 0.26 0.54 0.66 0.36 0.41 0.54 0.25 0.26 0.32 0.26 0.24
O3' 0.24 0.78 0.31 0.41 1.07 0.28 0.85 0.26 0.60 0.54 1.06 1.30 0.72 0.54 0.79 0.23 0.18 0.25 0.34 0.20
O4' 0.24 0.82 0.31 0.43 1.14 0.54 0.84 0.54 0.55 0.50 1.17 1.41 0.80 0.59 0.72 0.33 0.30 0.46 0.26 0.27
O5' 0.42 1.31 0.53 0.70 1.79 0.69 1.37 0.67 0.95 0.86 1.80 2.19 1.24 0.90 1.21 0.37 0.42 0.61 0.47 0.37
OP1 0.70 1.68 0.76 0.95 2.31 0.91 1.82 0.91 1.32 1.20 2.28 2.81 1.56 1.10 1.54 0.65 0.71 0.88 0.81 0.68
OP2 0.64 1.78 0.65 0.85 2.38 0.80 1.86 0.78 1.33 1.23 2.40 2.86 1.68 1.06 1.51 0.53 0.54 0.71 0.66 0.49
P 0.54 1.62 0.62 0.82 2.22 0.79 1.72 0.78 1.20 1.09 2.22 2.70 1.52 1.02 1.42 0.45 0.51 0.72 0.61 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.09 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.05 0.20 0.19 0.26 0.20
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.19 0.00 0.02 0.01 0.11 0.14 0.15 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.12 0.04 0.09 0.07 0.16 0.02 0.01 0.01 0.15 0.18 0.16 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.30 0.31 0.38 0.32
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.05 0.32 0.33 0.37 0.34
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.13 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.06 0.27 0.25 0.27 0.26
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.20 0.18 0.22 0.18
N3 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.25 0.25 0.33 0.27
N4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.32 0.36 0.43 0.37
O2 0.03 0.01 0.19 0.16 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.21 0.07 0.15 0.14 0.22 0.15
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.09 0.06 0.18 0.00 0.04 0.04 0.05 0.12 0.12 0.06
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.12 0.03 0.13 0.04 0.11 0.09 0.21 0.04 0.00 0.02 0.14 0.22 0.19 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.17 0.10
O5' 0.09 0.20 0.11 0.15 0.30 0.01 0.32 0.01 0.27 0.20 0.25 0.32 0.15 0.05 0.14 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.19 0.14 0.18 0.31 0.09 0.33 0.10 0.25 0.18 0.25 0.36 0.14 0.12 0.22 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.26 0.15 0.16 0.38 0.12 0.37 0.14 0.27 0.22 0.33 0.43 0.22 0.12 0.19 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.20 0.10 0.14 0.32 0.03 0.34 0.01 0.26 0.18 0.27 0.37 0.15 0.06 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00