ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 7831

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 9, 3, 10, 7, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.000, 0.110, 0.219, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C4 A 0, -0.024, 0.087, 0.199, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.087 std_dev=0.111
N3 A 0, 0.011, 0.134, 0.257, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.134 std_dev=0.123
C6 B 0, -0.011, 0.168, 0.347, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.168 std_dev=0.179
N3 B 0, -0.004, 0.178, 0.359, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.178 std_dev=0.181
C2 A 0, -0.017, 0.180, 0.377, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.180 std_dev=0.197
C5 A 0, -0.046, 0.154, 0.355, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.154 std_dev=0.201
C4 B 0, -0.020, 0.187, 0.395, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.187 std_dev=0.207
C2 B 0, -0.021, 0.190, 0.400, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.190 std_dev=0.211
C1' B 0, -0.004, 0.213, 0.430, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.213 std_dev=0.217
N9 A 0, -0.078, 0.159, 0.396, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.159 std_dev=0.237
C6 A 0, -0.058, 0.180, 0.417, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.180 std_dev=0.237
N1 A 0, -0.050, 0.189, 0.428, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.189 std_dev=0.239
C5 B 0, -0.042, 0.229, 0.499, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.229 std_dev=0.271
C2' B 0, -0.025, 0.263, 0.551, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.263 std_dev=0.288
O4 B 0, -0.023, 0.281, 0.586, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.281 std_dev=0.304
C1' A 0, -0.108, 0.211, 0.529, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.211 std_dev=0.319
O4' B 0, -0.079, 0.263, 0.604, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.263 std_dev=0.342
N7 A 0, -0.082, 0.260, 0.602, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.260 std_dev=0.342
C8 A 0, -0.091, 0.255, 0.600, 2.343 max_d=2.343 avg_d=0.255 std_dev=0.346
N6 A 0, -0.103, 0.268, 0.638, 2.831 max_d=2.831 avg_d=0.268 std_dev=0.371
C3' B 0, -0.061, 0.332, 0.726, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.332 std_dev=0.394
O2 B 0, -0.062, 0.334, 0.729, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.334 std_dev=0.396
O4' A 0, -0.067, 0.364, 0.795, 2.530 max_d=2.530 avg_d=0.364 std_dev=0.431
C4' B 0, -0.096, 0.359, 0.813, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.359 std_dev=0.454
C4' A 0, -0.050, 0.467, 0.985, 2.607 max_d=2.607 avg_d=0.467 std_dev=0.518
C2' A 0, -0.166, 0.379, 0.924, 3.248 max_d=3.248 avg_d=0.379 std_dev=0.545
O2' B 0, -0.102, 0.447, 0.997, 2.623 max_d=2.623 avg_d=0.447 std_dev=0.549
O3' B 0, -0.104, 0.472, 1.049, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.472 std_dev=0.576
C5' B 0, -0.128, 0.486, 1.100, 2.951 max_d=2.951 avg_d=0.486 std_dev=0.614
C3' A 0, -0.117, 0.500, 1.116, 3.377 max_d=3.377 avg_d=0.500 std_dev=0.616
O5' B 0, -0.131, 0.561, 1.254, 2.852 max_d=2.852 avg_d=0.561 std_dev=0.693
O2' A 0, -0.306, 0.498, 1.302, 5.424 max_d=5.424 avg_d=0.498 std_dev=0.804
O3' A 0, -0.168, 0.681, 1.530, 4.180 max_d=4.180 avg_d=0.681 std_dev=0.849
C5' A 0, -0.198, 0.711, 1.620, 5.584 max_d=5.584 avg_d=0.711 std_dev=0.909
P B 0, -0.172, 0.801, 1.775, 3.946 max_d=3.946 avg_d=0.801 std_dev=0.973
O5' A 0, -0.322, 0.704, 1.729, 6.871 max_d=6.871 avg_d=0.704 std_dev=1.025
OP2 B 0, -0.214, 0.878, 1.971, 6.407 max_d=6.407 avg_d=0.878 std_dev=1.092
OP1 B 0, -0.190, 0.983, 2.156, 4.197 max_d=4.197 avg_d=0.983 std_dev=1.173
P A 0, -0.631, 0.852, 2.335, 9.957 max_d=9.957 avg_d=0.852 std_dev=1.483
OP1 A 0, -0.709, 0.940, 2.590, 11.367 max_d=11.367 avg_d=0.940 std_dev=1.649
OP2 A 0, -0.728, 1.180, 3.089, 10.894 max_d=10.894 avg_d=1.180 std_dev=1.909

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.12 0.32 0.27 0.08
C2 0.03 0.00 0.21 0.29 0.01 0.25 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.33 0.19 0.54 0.72 0.85 0.63
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.05 0.06 0.09 0.10 0.16 0.21 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.20 0.35 0.18
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.13 0.00 0.10 0.02 0.14 0.24 0.22 0.28 0.13 0.20 0.08 0.02 0.01 0.01 0.28 0.29 0.35 0.21
C4 0.02 0.01 0.11 0.13 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.10 0.29 0.47 0.56 0.22
C4' 0.01 0.25 0.02 0.00 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.17 0.19 0.24 0.09 0.13 0.04 0.11 0.02 0.00 0.02 0.12 0.17 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.05 0.30 0.51 0.68 0.16
C5' 0.03 0.44 0.06 0.02 0.20 0.01 0.13 0.00 0.20 0.26 0.34 0.41 0.18 0.21 0.07 0.07 0.06 0.02 0.01 0.21 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.09 0.32 0.54 0.72 0.22
C8 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.21 0.11 0.48 0.63 0.78 0.43
N1 0.03 0.00 0.16 0.22 0.01 0.19 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.25 0.14 0.43 0.63 0.79 0.46
N3 0.03 0.00 0.21 0.28 0.00 0.24 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.30 0.19 0.51 0.64 0.73 0.55
N6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.14 0.07 0.32 0.56 0.79 0.19
N7 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.13 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.18 0.07 0.45 0.65 0.87 0.39
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.24 0.42 0.48 0.13
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.10 0.11 0.11 0.07 0.12 0.14 0.15 0.18 0.13 0.13 0.07 0.00 0.04 0.08 0.13 0.18 0.27 0.13
O3' 0.08 0.33 0.01 0.01 0.14 0.02 0.10 0.06 0.15 0.21 0.25 0.30 0.14 0.18 0.06 0.04 0.00 0.05 0.26 0.50 0.39 0.26
O4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.02 0.09 0.11 0.14 0.19 0.07 0.07 0.02 0.08 0.05 0.00 0.09 0.34 0.19 0.14
O5' 0.12 0.54 0.23 0.28 0.29 0.02 0.30 0.01 0.32 0.48 0.43 0.51 0.32 0.45 0.24 0.13 0.26 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.72 0.20 0.29 0.47 0.12 0.51 0.21 0.54 0.63 0.63 0.64 0.56 0.65 0.42 0.18 0.50 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.85 0.35 0.35 0.56 0.17 0.68 0.25 0.72 0.78 0.79 0.73 0.79 0.87 0.48 0.27 0.39 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.63 0.18 0.21 0.22 0.04 0.16 0.02 0.22 0.43 0.46 0.55 0.19 0.39 0.13 0.13 0.26 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.39 0.36 0.37 0.48 0.48 0.41 0.51 0.36 0.35 0.47 0.38 0.47 0.50 0.55 0.45 0.40 0.57 0.42 0.52
C2 0.34 0.20 0.41 0.53 0.21 0.63 0.23 0.69 0.27 0.25 0.21 0.21 0.57 0.72 0.22 0.52 0.59 0.77 0.65 0.74
C2' 0.29 0.37 0.35 0.40 0.50 0.52 0.41 0.57 0.34 0.31 0.49 0.37 0.49 0.57 0.59 0.43 0.44 0.66 0.48 0.60
C3' 0.27 0.39 0.33 0.33 0.56 0.47 0.46 0.52 0.36 0.32 0.53 0.38 0.48 0.48 0.67 0.40 0.41 0.66 0.50 0.60
C4 0.26 0.23 0.31 0.35 0.28 0.47 0.23 0.51 0.22 0.22 0.29 0.24 0.46 0.51 0.32 0.42 0.41 0.59 0.46 0.56
C4' 0.30 0.39 0.33 0.31 0.56 0.45 0.48 0.48 0.39 0.35 0.52 0.36 0.44 0.43 0.66 0.41 0.37 0.60 0.46 0.55
C5 0.24 0.22 0.29 0.30 0.25 0.42 0.21 0.44 0.20 0.20 0.26 0.24 0.43 0.44 0.28 0.39 0.37 0.53 0.43 0.51
C5' 0.32 0.43 0.32 0.30 0.65 0.43 0.57 0.47 0.46 0.39 0.58 0.37 0.41 0.37 0.77 0.43 0.40 0.64 0.55 0.60
C6 0.28 0.24 0.32 0.36 0.24 0.47 0.24 0.50 0.25 0.25 0.25 0.26 0.47 0.50 0.25 0.44 0.43 0.58 0.52 0.58
C8 0.36 0.39 0.40 0.37 0.45 0.45 0.41 0.46 0.38 0.37 0.44 0.37 0.47 0.44 0.49 0.44 0.38 0.50 0.38 0.46
N1 0.37 0.26 0.43 0.53 0.26 0.62 0.29 0.66 0.32 0.31 0.25 0.26 0.58 0.69 0.25 0.54 0.58 0.73 0.65 0.72
N3 0.28 0.20 0.34 0.44 0.23 0.56 0.20 0.61 0.21 0.21 0.24 0.21 0.51 0.63 0.27 0.47 0.50 0.69 0.56 0.66
N6 0.32 0.34 0.32 0.31 0.33 0.39 0.33 0.42 0.32 0.32 0.34 0.35 0.42 0.41 0.33 0.42 0.39 0.52 0.50 0.53
N7 0.31 0.30 0.36 0.33 0.34 0.41 0.31 0.42 0.29 0.29 0.35 0.30 0.45 0.41 0.37 0.40 0.36 0.48 0.37 0.44
N9 0.31 0.34 0.34 0.34 0.40 0.46 0.35 0.48 0.31 0.30 0.40 0.33 0.46 0.47 0.46 0.42 0.38 0.54 0.41 0.50
O2' 0.38 0.49 0.43 0.49 0.62 0.59 0.53 0.65 0.46 0.43 0.61 0.47 0.52 0.66 0.72 0.50 0.52 0.72 0.53 0.65
O3' 0.24 0.40 0.32 0.32 0.59 0.46 0.47 0.53 0.35 0.30 0.56 0.39 0.48 0.50 0.71 0.37 0.40 0.68 0.49 0.60
O4' 0.33 0.38 0.35 0.32 0.50 0.44 0.43 0.47 0.38 0.35 0.47 0.35 0.44 0.43 0.58 0.43 0.36 0.53 0.39 0.49
O5' 0.44 0.64 0.48 0.47 0.86 0.45 0.77 0.50 0.65 0.58 0.80 0.56 0.39 0.47 0.97 0.47 0.53 0.46 0.56 0.49
OP1 0.62 0.74 0.57 0.59 0.96 0.68 0.90 0.69 0.78 0.70 0.87 0.68 0.65 0.66 1.09 0.69 0.67 0.80 0.85 0.84
OP2 1.04 1.30 1.12 1.09 1.54 0.90 1.44 0.94 1.30 1.22 1.49 1.21 0.94 1.00 1.66 0.93 1.10 0.84 1.08 0.92
P 0.40 0.65 0.42 0.42 0.96 0.40 0.86 0.46 0.69 0.58 0.86 0.54 0.32 0.40 1.11 0.43 0.52 0.49 0.65 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.04 0.01 0.15 0.19 0.29 0.24
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02 0.05 0.26 0.24 0.40 0.30
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.07 0.03 0.08 0.15 0.00 0.03 0.07 0.01 0.16 0.21 0.25 0.19
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.20 0.00 0.21 0.02 0.19 0.12 0.16 0.13 0.01 0.01 0.21 0.01 0.13 0.21 0.17 0.12
C4 0.03 0.01 0.07 0.20 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.20 0.01 0.05 0.38 0.33 0.57 0.40
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.06 0.06 0.12 0.03 0.11 0.00 0.02 0.11 0.14 0.10
C5 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.23 0.01 0.06 0.41 0.35 0.59 0.42
C5' 0.03 0.08 0.06 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.09 0.12 0.07 0.08 0.08 0.19 0.02 0.01 0.10 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.02 0.07 0.37 0.29 0.49 0.36
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.03 0.02 0.27 0.23 0.39 0.29
N3 0.03 0.01 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.16 0.01 0.04 0.32 0.28 0.48 0.35
O2 0.05 0.01 0.15 0.13 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.16 0.16 0.03 0.08 0.21 0.24 0.34 0.28
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.12 0.12 0.12 0.08 0.10 0.06 0.12 0.16 0.00 0.05 0.13 0.09 0.10 0.19 0.23 0.15
O3' 0.08 0.13 0.03 0.01 0.20 0.03 0.23 0.08 0.19 0.10 0.16 0.16 0.05 0.00 0.22 0.06 0.18 0.30 0.27 0.20
O4 0.04 0.02 0.07 0.21 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.03 0.01 0.03 0.13 0.22 0.00 0.05 0.40 0.37 0.62 0.43
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.08 0.09 0.06 0.05 0.00 0.14 0.24 0.31 0.28
O5' 0.15 0.26 0.16 0.13 0.38 0.02 0.41 0.01 0.37 0.27 0.32 0.21 0.10 0.18 0.40 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.24 0.21 0.21 0.33 0.11 0.35 0.10 0.29 0.23 0.28 0.24 0.19 0.30 0.37 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.40 0.25 0.17 0.57 0.14 0.59 0.12 0.49 0.39 0.48 0.34 0.23 0.27 0.62 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.30 0.19 0.12 0.40 0.10 0.42 0.02 0.36 0.29 0.35 0.28 0.15 0.20 0.43 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00