ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 8357

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 43, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 4, 3, 43, 1, 7, 15, 155,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.715, 1.330, 1.944, 2.916 max_d=2.916 avg_d=1.330 std_dev=0.614
N9 B 0, 0.523, 1.200, 1.878, 2.413 max_d=2.413 avg_d=1.200 std_dev=0.678
C4 A 0, 0.631, 1.310, 1.989, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.310 std_dev=0.679
C2 A 0, 0.612, 1.312, 2.011, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.312 std_dev=0.700
C4 B 0, 0.377, 1.077, 1.778, 3.034 max_d=3.034 avg_d=1.077 std_dev=0.700
N1 A 0, 0.353, 1.174, 1.994, 3.775 max_d=3.775 avg_d=1.174 std_dev=0.820
N4 A 0, 0.723, 1.593, 2.464, 3.983 max_d=3.983 avg_d=1.593 std_dev=0.871
C1' A 0, 0.670, 1.556, 2.443, 4.611 max_d=4.611 avg_d=1.556 std_dev=0.887
C5 B 0, 0.871, 1.814, 2.756, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.814 std_dev=0.943
N3 B 0, 0.715, 1.756, 2.797, 4.757 max_d=4.757 avg_d=1.756 std_dev=1.041
C2 B 0, 0.721, 1.804, 2.887, 5.936 max_d=5.936 avg_d=1.804 std_dev=1.083
C2' A 0, 1.050, 2.175, 3.300, 5.052 max_d=5.052 avg_d=2.175 std_dev=1.125
O5' B 0, 1.090, 2.245, 3.399, 5.007 max_d=5.007 avg_d=2.245 std_dev=1.154
C8 B 0, 0.540, 1.721, 2.902, 3.975 max_d=3.975 avg_d=1.721 std_dev=1.181
N1 B 0, 0.522, 1.731, 2.940, 5.550 max_d=5.550 avg_d=1.731 std_dev=1.209
C6 B 0, 1.048, 2.313, 3.579, 4.709 max_d=4.709 avg_d=2.313 std_dev=1.266
O2 A 0, 0.895, 2.195, 3.495, 4.569 max_d=4.569 avg_d=2.195 std_dev=1.300
C6 A 0, 0.670, 1.977, 3.285, 4.605 max_d=4.605 avg_d=1.977 std_dev=1.307
C5 A 0, 0.697, 2.040, 3.384, 4.175 max_d=4.175 avg_d=2.040 std_dev=1.343
O2' A 0, 1.324, 2.719, 4.114, 6.045 max_d=6.045 avg_d=2.719 std_dev=1.395
N7 B 0, 1.002, 2.459, 3.915, 4.872 max_d=4.872 avg_d=2.459 std_dev=1.457
P B 0, 0.961, 2.447, 3.933, 6.635 max_d=6.635 avg_d=2.447 std_dev=1.486
C3' A 0, 1.551, 3.070, 4.590, 7.312 max_d=7.312 avg_d=3.070 std_dev=1.520
C5' B 0, 1.012, 2.606, 4.201, 6.269 max_d=6.269 avg_d=2.606 std_dev=1.594
C1' B 0, -0.010, 1.635, 3.280, 4.942 max_d=4.942 avg_d=1.635 std_dev=1.645
N2 B 0, 1.025, 2.678, 4.330, 7.998 max_d=7.998 avg_d=2.678 std_dev=1.652
OP2 B 0, 1.199, 2.874, 4.548, 7.448 max_d=7.448 avg_d=2.874 std_dev=1.674
O4' A 0, 1.169, 2.877, 4.585, 6.971 max_d=6.971 avg_d=2.877 std_dev=1.708
OP1 B 0, 1.500, 3.211, 4.922, 7.221 max_d=7.221 avg_d=3.211 std_dev=1.711
O4' B 0, -0.021, 1.730, 3.481, 5.503 max_d=5.503 avg_d=1.730 std_dev=1.751
O3' A 0, 1.623, 3.509, 5.395, 9.649 max_d=9.649 avg_d=3.509 std_dev=1.886
C4' A 0, 1.618, 3.543, 5.468, 7.785 max_d=7.785 avg_d=3.543 std_dev=1.925
O6 B 0, 1.457, 3.406, 5.355, 5.854 max_d=5.854 avg_d=3.406 std_dev=1.949
C4' B 0, 0.371, 2.382, 4.392, 6.860 max_d=6.860 avg_d=2.382 std_dev=2.011
C2' B 0, 0.302, 2.411, 4.520, 6.458 max_d=6.458 avg_d=2.411 std_dev=2.109
C3' B 0, 0.513, 2.626, 4.740, 7.014 max_d=7.014 avg_d=2.626 std_dev=2.113
C5' A 0, 2.278, 5.071, 7.864, 10.035 max_d=10.035 avg_d=5.071 std_dev=2.793
O2' B 0, 0.523, 3.461, 6.399, 8.827 max_d=8.827 avg_d=3.461 std_dev=2.938
O3' B 0, 0.554, 3.583, 6.612, 9.583 max_d=9.583 avg_d=3.583 std_dev=3.029
O5' A 0, 2.601, 5.665, 8.729, 10.400 max_d=10.400 avg_d=5.665 std_dev=3.064
P A 0, 3.135, 7.020, 10.904, 12.262 max_d=12.262 avg_d=7.020 std_dev=3.885
OP1 A 0, 2.994, 6.882, 10.770, 12.026 max_d=12.026 avg_d=6.882 std_dev=3.888
OP2 A 0, 3.431, 7.755, 12.080, 13.168 max_d=13.168 avg_d=7.755 std_dev=4.324

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.35 0.00 0.21 0.70 0.26 0.27
C2 0.02 0.00 0.19 0.27 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.21 0.15 0.33 1.08 0.62 0.44
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.05 0.01 0.16 0.22 0.20 0.02 0.15 0.06 0.36 0.00 0.03 0.02 0.46 0.68 0.43 0.48
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.37 0.01 0.37 0.02 0.32 0.23 0.34 0.40 0.27 0.02 0.01 0.02 0.35 0.42 0.27 0.32
C4 0.01 0.01 0.05 0.37 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.12 0.03 0.42 1.43 0.91 0.56
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.21 0.09 0.12 0.15 0.21 0.32 0.03 0.00 0.02 0.15 0.26 0.05
C5 0.01 0.01 0.16 0.37 0.00 0.21 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.21 0.11 0.53 1.55 0.96 0.68
C5' 0.07 0.17 0.22 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.24 0.07 0.17 0.18 0.33 0.10 0.23 0.02 0.01 0.24 0.43 0.02
C6 0.01 0.01 0.20 0.32 0.01 0.21 0.01 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.17 0.16 0.50 1.37 0.73 0.61
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.13 0.02 0.29 1.04 0.50 0.39
N3 0.02 0.01 0.15 0.34 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.33 0.13 0.11 0.37 1.25 0.78 0.50
N4 0.02 0.02 0.06 0.40 0.01 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.43 0.16 0.04 0.45 1.51 1.03 0.61
O2 0.04 0.01 0.36 0.27 0.02 0.21 0.02 0.33 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.31 0.39 0.25 0.45 0.99 0.66 0.55
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.39 0.32 0.43 0.10 0.38 0.23 0.33 0.43 0.31 0.00 0.06 0.23 0.44 0.67 0.40 0.47
O3' 0.35 0.21 0.03 0.01 0.12 0.03 0.21 0.23 0.17 0.13 0.13 0.16 0.39 0.06 0.00 0.25 0.41 0.54 0.59 0.49
O4' 0.00 0.15 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.02 0.16 0.02 0.11 0.04 0.25 0.23 0.25 0.00 0.16 0.53 0.22 0.18
O5' 0.21 0.33 0.46 0.35 0.42 0.02 0.53 0.01 0.50 0.29 0.37 0.45 0.45 0.44 0.41 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.70 1.08 0.68 0.42 1.43 0.15 1.55 0.24 1.37 1.04 1.25 1.51 0.99 0.67 0.54 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.62 0.43 0.27 0.91 0.26 0.96 0.43 0.73 0.50 0.78 1.03 0.66 0.40 0.59 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.44 0.48 0.32 0.56 0.05 0.68 0.02 0.61 0.39 0.50 0.61 0.55 0.47 0.49 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.06 2.31 1.95 1.80 1.98 2.19 2.33 1.89 2.75 1.93 2.60 2.47 2.10 2.38 1.82 2.58 2.11 2.25 0.99 3.30 1.03 0.84 0.50
C2 1.85 1.79 1.65 1.56 1.69 2.06 2.09 1.90 2.31 2.03 2.02 1.91 1.68 2.38 1.70 2.12 1.77 2.15 0.99 2.79 0.99 0.95 0.56
C2' 1.78 2.13 1.66 1.56 1.81 1.96 2.30 1.74 2.79 1.86 2.55 2.25 1.85 2.40 1.61 2.31 1.94 2.00 0.83 3.44 1.16 0.92 0.52
C3' 1.90 2.28 1.95 1.85 1.82 2.10 2.20 1.80 2.76 1.63 2.64 2.47 2.00 2.17 1.58 2.67 2.32 2.03 0.98 3.41 1.44 0.89 0.69
C4 1.36 1.89 1.05 0.95 1.76 1.14 2.25 0.96 2.47 2.04 2.18 1.96 1.70 2.52 1.59 1.29 1.13 1.50 0.52 2.89 1.11 0.86 0.23
C4' 2.35 2.87 2.33 2.08 2.35 2.30 2.59 1.86 3.14 1.94 3.13 3.09 2.60 2.42 2.07 3.06 2.46 2.37 1.04 3.69 1.19 0.82 0.53
C5 1.55 2.46 1.34 1.25 2.15 1.22 2.66 0.92 3.07 2.06 2.83 2.52 2.16 2.70 1.79 1.61 1.53 1.56 0.62 3.56 1.23 0.76 0.29
C5' 2.44 3.27 2.39 2.08 2.63 2.17 2.86 1.68 3.51 2.03 3.57 3.51 2.92 2.55 2.24 3.08 2.46 2.34 1.01 4.06 1.32 0.81 0.56
C6 1.73 2.52 1.52 1.36 2.14 1.52 2.61 1.23 3.08 2.00 2.89 2.60 2.21 2.60 1.81 1.95 1.63 1.81 0.65 3.63 1.16 0.77 0.27
N1 1.86 2.20 1.67 1.52 1.92 1.91 2.33 1.66 2.71 1.97 2.50 2.31 1.98 2.44 1.75 2.19 1.76 2.07 0.84 3.23 1.05 0.85 0.41
N3 1.57 1.58 1.26 1.16 1.56 1.65 2.01 1.56 2.15 2.05 1.81 1.69 1.47 2.39 1.59 1.60 1.29 1.87 0.77 2.59 1.00 0.97 0.44
N4 1.11 1.73 0.87 0.87 1.66 0.75 2.15 0.58 2.26 2.07 1.97 1.82 1.56 2.52 1.51 0.92 1.06 1.12 0.59 2.58 1.17 0.85 0.35
O2 2.09 1.67 2.00 1.98 1.67 2.49 2.00 2.33 2.16 2.10 1.84 1.83 1.66 2.36 1.80 2.51 2.28 2.40 1.32 2.66 1.00 1.00 0.79
O2' 1.85 2.06 1.68 1.58 1.83 2.09 2.33 1.94 2.75 2.02 2.48 2.16 1.82 2.51 1.71 2.30 1.93 2.13 0.98 3.40 0.82 1.13 0.70
O3' 2.18 2.37 2.24 2.11 1.98 2.41 2.29 2.07 2.78 1.83 2.66 2.56 2.16 2.29 1.82 3.00 2.60 2.32 1.13 3.38 1.10 1.03 0.70
O4' 2.44 2.88 2.35 2.08 2.42 2.36 2.64 1.92 3.12 2.08 3.10 3.07 2.65 2.51 2.18 3.03 2.38 2.49 1.10 3.61 1.01 0.84 0.52
O5' 2.42 3.24 2.39 2.10 2.60 2.11 2.84 1.58 3.50 1.98 3.54 3.47 2.90 2.52 2.20 3.07 2.49 2.26 1.05 4.09 1.59 0.82 0.74
OP1 2.27 3.78 2.13 1.79 3.03 1.62 3.47 1.28 4.25 2.41 4.26 3.97 3.26 3.11 2.44 2.67 2.20 1.92 1.30 4.92 2.17 1.70 1.55
OP2 2.73 3.84 2.73 2.62 3.05 2.42 3.25 1.92 4.00 2.25 4.17 4.11 3.40 2.74 2.57 3.22 3.11 2.49 1.73 4.55 2.08 1.00 1.32
P 2.43 3.61 2.39 2.11 2.84 1.95 3.12 1.40 3.88 2.08 3.97 3.86 3.17 2.68 2.33 2.99 2.57 2.14 1.12 4.49 1.79 0.90 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.28 0.02 0.34 0.41 0.28
C2 0.03 0.00 0.27 0.32 0.01 0.58 0.01 1.18 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.32 0.44 0.74 0.02 1.09 1.39 1.03
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.13 0.01 0.07 0.20 0.12 0.14 0.20 0.32 0.26 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.18 0.10 0.24 0.46 0.22
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.15 0.01 0.24 0.02 0.22 0.45 0.22 0.46 0.32 0.42 0.20 0.02 0.01 0.02 0.17 0.26 0.17 0.25 0.12
C4 0.02 0.01 0.13 0.15 0.00 0.23 0.00 0.52 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.17 0.23 0.22 0.01 0.55 0.37 0.22
C4' 0.01 0.58 0.01 0.01 0.23 0.00 0.07 0.01 0.18 0.38 0.41 0.76 0.56 0.27 0.07 0.25 0.03 0.00 0.02 0.12 0.21 0.38 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.13 0.10 0.53 0.02 0.87 0.37 0.52
C5' 0.09 1.18 0.20 0.02 0.52 0.01 0.24 0.00 0.47 0.50 0.89 1.51 1.09 0.33 0.08 0.07 0.20 0.02 0.01 0.34 0.40 0.40 0.02
C6 0.02 0.02 0.12 0.22 0.01 0.18 0.01 0.47 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.21 0.17 0.19 0.34 0.01 0.80 0.27 0.31
C8 0.01 0.02 0.14 0.45 0.01 0.38 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.18 0.25 1.21 0.02 1.42 1.22 1.32
N1 0.03 0.01 0.20 0.22 0.02 0.41 0.01 0.89 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.24 0.34 0.40 0.01 0.84 0.88 0.60
N2 0.04 0.01 0.32 0.46 0.02 0.76 0.02 1.51 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.41 0.53 1.20 0.03 1.66 2.10 1.65
N3 0.03 0.01 0.26 0.32 0.00 0.56 0.01 1.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.32 0.44 0.65 0.02 0.89 1.18 0.86
N7 0.01 0.01 0.09 0.42 0.01 0.27 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.19 0.13 1.11 0.03 1.45 1.16 1.24
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.12 0.01 0.55 0.02 0.69 0.44 0.54
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.15 0.25 0.22 0.07 0.21 0.31 0.19 0.31 0.22 0.31 0.16 0.00 0.07 0.18 0.13 0.25 0.17 0.52 0.19
O3' 0.30 0.32 0.04 0.01 0.17 0.03 0.13 0.20 0.17 0.18 0.24 0.41 0.32 0.19 0.12 0.07 0.00 0.23 0.21 0.19 0.33 0.22 0.19
O4' 0.01 0.44 0.01 0.02 0.23 0.00 0.10 0.02 0.19 0.25 0.34 0.53 0.44 0.13 0.01 0.18 0.23 0.00 0.29 0.15 0.41 0.54 0.35
O5' 0.28 0.74 0.18 0.17 0.22 0.02 0.53 0.01 0.34 1.21 0.40 1.20 0.65 1.11 0.55 0.13 0.21 0.29 0.00 0.51 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.26 0.01 0.12 0.02 0.34 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.25 0.19 0.15 0.51 0.00 0.98 0.38 0.50
OP1 0.34 1.09 0.24 0.17 0.55 0.21 0.87 0.40 0.80 1.42 0.84 1.66 0.89 1.45 0.69 0.17 0.33 0.41 0.02 0.98 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 1.39 0.46 0.25 0.37 0.38 0.37 0.40 0.27 1.22 0.88 2.10 1.18 1.16 0.44 0.52 0.22 0.54 0.02 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.28 1.03 0.22 0.12 0.22 0.09 0.52 0.02 0.31 1.32 0.60 1.65 0.86 1.24 0.54 0.19 0.19 0.35 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00