ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 8358

back

Distances from reference structure (by RMSD)

15, 13, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 51,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.156, 0.701, 1.247, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.701 std_dev=0.545
N1 A 0, 0.206, 0.860, 1.515, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.860 std_dev=0.654
C2 B 0, 0.281, 0.977, 1.674, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.977 std_dev=0.696
C4 A 0, 0.237, 0.986, 1.735, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.986 std_dev=0.749
C6 B 0, 0.141, 0.909, 1.677, 3.029 max_d=3.029 avg_d=0.909 std_dev=0.768
C2 A 0, 0.268, 1.067, 1.866, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.067 std_dev=0.799
N3 A 0, 0.156, 1.045, 1.933, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.045 std_dev=0.888
C6 A 0, 0.264, 1.186, 2.108, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.186 std_dev=0.922
O2 B 0, 0.279, 1.221, 2.163, 3.874 max_d=3.874 avg_d=1.221 std_dev=0.942
C1' A 0, 0.207, 1.170, 2.132, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.170 std_dev=0.962
C5 A 0, 0.260, 1.257, 2.253, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.257 std_dev=0.997
N4 A 0, 0.258, 1.308, 2.357, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.308 std_dev=1.049
O2 A 0, 0.436, 1.695, 2.954, 4.783 max_d=4.783 avg_d=1.695 std_dev=1.259
O4' A 0, 0.317, 1.650, 2.983, 4.627 max_d=4.627 avg_d=1.650 std_dev=1.333
C1' B 0, 0.586, 1.958, 3.330, 3.837 max_d=3.837 avg_d=1.958 std_dev=1.372
N3 B 0, 0.430, 1.983, 3.535, 3.707 max_d=3.707 avg_d=1.983 std_dev=1.553
C5 B 0, 0.449, 2.037, 3.624, 4.535 max_d=4.535 avg_d=2.037 std_dev=1.588
C2' A 0, 0.338, 2.008, 3.677, 5.013 max_d=5.013 avg_d=2.008 std_dev=1.669
O4' B 0, 0.718, 2.434, 4.149, 4.309 max_d=4.309 avg_d=2.434 std_dev=1.716
C4' A 0, 0.475, 2.341, 4.206, 5.814 max_d=5.814 avg_d=2.341 std_dev=1.865
O2' A 0, 0.621, 2.580, 4.539, 6.720 max_d=6.720 avg_d=2.580 std_dev=1.959
C4 B 0, 0.577, 2.602, 4.626, 5.072 max_d=5.072 avg_d=2.602 std_dev=2.025
C3' A 0, 0.515, 2.595, 4.675, 6.274 max_d=6.274 avg_d=2.595 std_dev=2.080
C2' B 0, 0.857, 2.984, 5.112, 5.533 max_d=5.533 avg_d=2.984 std_dev=2.127
O5' B 0, 0.698, 2.967, 5.236, 6.740 max_d=6.740 avg_d=2.967 std_dev=2.269
OP2 B 0, 0.158, 2.451, 4.743, 8.544 max_d=8.544 avg_d=2.451 std_dev=2.293
C4' B 0, 0.982, 3.552, 6.122, 6.225 max_d=6.225 avg_d=3.552 std_dev=2.570
P B 0, 0.487, 3.076, 5.665, 8.996 max_d=8.996 avg_d=3.076 std_dev=2.589
O3' A 0, 0.908, 3.499, 6.090, 7.540 max_d=7.540 avg_d=3.499 std_dev=2.591
C5' B 0, 0.955, 3.619, 6.284, 6.507 max_d=6.507 avg_d=3.619 std_dev=2.664
C3' B 0, 1.038, 3.732, 6.426, 6.374 max_d=6.374 avg_d=3.732 std_dev=2.694
C5' A 0, 0.418, 3.137, 5.856, 8.334 max_d=8.334 avg_d=3.137 std_dev=2.719
O2' B 0, 1.032, 3.953, 6.873, 7.815 max_d=7.815 avg_d=3.953 std_dev=2.920
N4 B 0, 0.901, 3.951, 7.001, 7.690 max_d=7.690 avg_d=3.951 std_dev=3.050
OP1 B 0, 0.858, 3.973, 7.087, 10.566 max_d=10.566 avg_d=3.973 std_dev=3.114
O5' A 0, 0.780, 3.924, 7.067, 9.114 max_d=9.114 avg_d=3.924 std_dev=3.143
O3' B 0, 1.402, 5.232, 9.062, 9.037 max_d=9.037 avg_d=5.232 std_dev=3.830
P A 0, 0.944, 4.981, 9.019, 11.557 max_d=11.557 avg_d=4.981 std_dev=4.038
OP2 A 0, 0.706, 4.979, 9.252, 13.084 max_d=13.084 avg_d=4.979 std_dev=4.273
OP1 A 0, 1.430, 6.307, 11.183, 13.402 max_d=13.402 avg_d=6.307 std_dev=4.877

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.12 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.35 0.01 0.26 0.41 0.37 0.23
C2 0.03 0.00 0.19 0.20 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.34 0.38 0.11 0.45 0.67 0.57 0.47
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.08 0.02 0.12 0.27 0.15 0.04 0.16 0.09 0.32 0.01 0.04 0.02 0.37 0.62 0.68 0.43
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.30 0.01 0.36 0.03 0.34 0.18 0.24 0.32 0.26 0.03 0.01 0.02 0.37 0.57 0.46 0.33
C4 0.03 0.02 0.08 0.30 0.00 0.11 0.01 0.23 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.35 0.17 0.06 0.65 0.91 0.93 0.71
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.08 0.13 0.05 0.27 0.03 0.01 0.03 0.30 0.31 0.10
C5 0.03 0.01 0.12 0.36 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.29 0.19 0.09 0.74 0.96 1.03 0.77
C5' 0.12 0.15 0.27 0.03 0.23 0.01 0.26 0.00 0.24 0.16 0.19 0.25 0.14 0.09 0.24 0.02 0.01 0.38 0.42 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.34 0.02 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.17 0.12 0.68 0.81 0.84 0.64
N1 0.01 0.01 0.04 0.18 0.03 0.07 0.02 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.20 0.19 0.03 0.46 0.60 0.57 0.43
N3 0.03 0.01 0.16 0.24 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.38 0.31 0.10 0.55 0.81 0.74 0.60
N4 0.04 0.03 0.09 0.32 0.01 0.13 0.02 0.25 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.39 0.19 0.07 0.70 1.01 1.04 0.79
O2 0.05 0.01 0.32 0.26 0.02 0.05 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.42 0.60 0.17 0.38 0.65 0.46 0.43
O2' 0.03 0.34 0.01 0.03 0.35 0.27 0.29 0.09 0.23 0.20 0.38 0.39 0.42 0.00 0.07 0.19 0.21 0.49 0.67 0.32
O3' 0.35 0.38 0.04 0.01 0.17 0.03 0.19 0.24 0.17 0.19 0.31 0.19 0.60 0.07 0.00 0.25 0.29 0.57 0.45 0.26
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.12 0.03 0.10 0.07 0.17 0.19 0.25 0.00 0.33 0.49 0.30 0.36
O5' 0.26 0.45 0.37 0.37 0.65 0.03 0.74 0.01 0.68 0.46 0.55 0.70 0.38 0.21 0.29 0.33 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.41 0.67 0.62 0.57 0.91 0.30 0.96 0.38 0.81 0.60 0.81 1.01 0.65 0.49 0.57 0.49 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.57 0.68 0.46 0.93 0.31 1.03 0.42 0.84 0.57 0.74 1.04 0.46 0.67 0.45 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.47 0.43 0.33 0.71 0.10 0.77 0.02 0.64 0.43 0.60 0.79 0.43 0.32 0.26 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.51 2.04 1.59 1.55 3.13 1.97 2.68 1.82 1.85 1.63 2.75 3.97 1.91 2.21 2.08 1.65 0.82 0.75 0.76 0.41
C2 1.32 1.82 1.32 1.35 2.81 1.83 2.51 1.81 1.76 1.50 2.43 3.45 1.64 1.75 1.79 1.50 0.83 0.74 0.79 0.44
C2' 1.44 2.47 1.33 1.25 3.77 1.63 3.23 1.54 2.28 1.96 3.33 4.70 2.20 1.83 1.79 1.44 0.66 0.86 0.81 0.43
C3' 1.28 2.23 1.24 1.21 3.55 1.67 3.00 1.59 2.03 1.70 3.12 4.52 1.98 1.87 1.79 1.41 0.66 0.95 0.85 0.53
C4 0.94 1.48 1.08 1.04 2.23 1.23 2.05 1.29 1.44 1.21 1.94 2.69 1.33 1.24 1.33 1.05 0.57 0.88 0.75 0.22
C4' 1.60 1.98 1.75 1.66 3.04 2.07 2.54 1.85 1.69 1.55 2.68 3.94 1.94 2.50 2.22 1.77 0.83 0.82 0.76 0.43
C5 1.14 1.69 1.44 1.40 2.46 1.41 2.20 1.35 1.54 1.36 2.17 2.99 1.59 1.64 1.76 1.17 0.66 0.96 0.71 0.28
C5' 1.71 1.83 1.91 1.80 2.77 2.16 2.33 1.89 1.55 1.47 2.42 3.64 1.88 2.66 2.33 1.89 0.89 0.93 0.74 0.46
C6 1.20 1.81 1.40 1.34 2.75 1.57 2.44 1.50 1.67 1.43 2.41 3.42 1.68 1.77 1.76 1.30 0.63 0.88 0.73 0.25
N1 1.29 1.86 1.35 1.33 2.91 1.76 2.56 1.69 1.76 1.49 2.52 3.63 1.69 1.84 1.79 1.46 0.72 0.78 0.76 0.33
N3 1.05 1.57 1.00 1.01 2.43 1.49 2.23 1.59 1.57 1.30 2.08 2.92 1.37 1.29 1.33 1.25 0.69 0.76 0.79 0.34
N4 0.92 1.31 1.16 1.15 1.81 1.05 1.67 1.06 1.22 1.10 1.61 2.13 1.23 1.19 1.36 0.92 0.68 0.99 0.73 0.35
O2 1.65 2.07 1.72 1.80 3.02 2.16 2.62 2.05 1.90 1.74 2.66 3.69 1.94 2.20 2.34 1.76 1.09 0.75 0.79 0.63
O2' 1.83 2.84 1.72 1.59 4.06 1.83 3.47 1.64 2.57 2.32 3.68 5.00 2.61 2.19 2.09 1.70 0.83 0.83 0.82 0.43
O3' 1.34 2.58 1.29 1.21 3.93 1.52 3.30 1.44 2.29 1.97 3.53 4.94 2.31 1.81 1.75 1.30 0.62 1.02 0.80 0.46
O4' 1.80 1.95 1.96 1.84 2.80 2.27 2.35 2.00 1.62 1.58 2.51 3.60 2.00 2.68 2.34 1.96 0.96 0.75 0.75 0.46
O5' 2.06 1.76 2.14 1.93 2.46 2.42 2.16 2.09 1.56 1.58 2.14 3.26 1.95 3.00 2.40 2.27 1.13 1.01 1.09 0.85
OP1 3.03 2.42 2.98 2.67 2.43 3.17 2.24 2.74 2.11 2.40 2.35 2.97 2.78 3.85 3.01 3.18 1.86 1.37 1.43 1.40
OP2 1.82 1.34 1.96 1.80 2.05 2.16 1.84 1.88 1.26 1.25 1.66 2.81 1.58 2.76 2.26 2.03 1.06 1.39 1.13 1.01
P 2.43 1.85 2.45 2.21 2.17 2.71 1.94 2.34 1.61 1.80 1.95 2.85 2.16 3.30 2.61 2.64 1.40 1.13 1.20 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.15 0.01 0.14 0.32 0.32 0.16
C2 0.03 0.00 0.17 0.19 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.12 0.11 0.26 0.67 0.66 0.32
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.07 0.03 0.13 0.09 0.16 0.04 0.14 0.07 0.28 0.01 0.02 0.01 0.24 0.35 0.37 0.25
C3' 0.03 0.19 0.01 0.00 0.25 0.01 0.24 0.02 0.20 0.15 0.23 0.27 0.19 0.02 0.01 0.03 0.24 0.21 0.24 0.14
C4 0.03 0.02 0.07 0.25 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.19 0.04 0.39 1.09 1.00 0.55
C4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.16 0.06 0.05 0.11 0.11 0.19 0.02 0.01 0.03 0.33 0.26 0.10
C5 0.03 0.02 0.13 0.24 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.28 0.21 0.10 0.45 1.15 0.99 0.61
C5' 0.04 0.07 0.09 0.02 0.15 0.01 0.23 0.00 0.22 0.08 0.08 0.17 0.14 0.11 0.12 0.02 0.01 0.41 0.42 0.03
C6 0.02 0.01 0.16 0.20 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.27 0.17 0.13 0.40 0.87 0.75 0.49
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.12 0.09 0.02 0.26 0.59 0.57 0.30
N3 0.03 0.01 0.14 0.23 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.13 0.15 0.08 0.32 0.89 0.85 0.43
N4 0.04 0.02 0.07 0.27 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.22 0.22 0.05 0.43 1.24 1.14 0.62
O2 0.06 0.01 0.28 0.19 0.02 0.11 0.03 0.14 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.25 0.20 0.19 0.23 0.55 0.57 0.27
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.20 0.19 0.28 0.11 0.27 0.12 0.13 0.22 0.25 0.00 0.07 0.14 0.16 0.43 0.27 0.21
O3' 0.15 0.12 0.02 0.01 0.19 0.02 0.21 0.12 0.17 0.09 0.15 0.22 0.20 0.07 0.00 0.10 0.27 0.48 0.24 0.22
O4' 0.01 0.11 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.08 0.05 0.19 0.14 0.10 0.00 0.09 0.24 0.31 0.15
O5' 0.14 0.26 0.24 0.24 0.39 0.03 0.45 0.01 0.40 0.26 0.32 0.43 0.23 0.16 0.27 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.32 0.67 0.35 0.21 1.09 0.33 1.15 0.41 0.87 0.59 0.89 1.24 0.55 0.43 0.48 0.24 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.32 0.66 0.37 0.24 1.00 0.26 0.99 0.42 0.75 0.57 0.85 1.14 0.57 0.27 0.24 0.31 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.16 0.32 0.25 0.14 0.55 0.10 0.61 0.03 0.49 0.30 0.43 0.62 0.27 0.21 0.22 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00