ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 8484

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 B 0, 0.016, 0.155, 0.295, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.155 std_dev=0.140
O6 B 0, 0.042, 0.214, 0.387, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.214 std_dev=0.172
N1 B 0, -0.014, 0.165, 0.345, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.165 std_dev=0.180
C4 A 0, -0.069, 0.126, 0.320, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.126 std_dev=0.194
C5 B 0, -0.062, 0.164, 0.389, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.164 std_dev=0.226
C2 B 0, -0.068, 0.207, 0.483, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.207 std_dev=0.275
C4 B 0, -0.147, 0.151, 0.448, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.151 std_dev=0.297
C5 A 0, -0.078, 0.224, 0.526, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.224 std_dev=0.302
N9 A 0, -0.129, 0.193, 0.516, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.193 std_dev=0.322
N3 B 0, -0.131, 0.195, 0.521, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.195 std_dev=0.326
N7 B 0, -0.089, 0.249, 0.587, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.249 std_dev=0.338
N2 B 0, -0.074, 0.298, 0.670, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.298 std_dev=0.372
N9 B 0, -0.192, 0.210, 0.611, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.210 std_dev=0.402
C8 B 0, -0.159, 0.258, 0.674, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.258 std_dev=0.416
C8 A 0, -0.152, 0.312, 0.775, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.312 std_dev=0.463
C2' B 0, -0.121, 0.345, 0.811, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.345 std_dev=0.466
N7 A 0, -0.148, 0.352, 0.852, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.352 std_dev=0.500
O4' A 0, -0.163, 0.337, 0.838, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.337 std_dev=0.500
O3' B 0, 0.010, 0.512, 1.013, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.512 std_dev=0.502
C3' B 0, -0.106, 0.433, 0.972, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.433 std_dev=0.539
O2' B 0, -0.066, 0.476, 1.017, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.476 std_dev=0.541
C1' B 0, -0.286, 0.262, 0.810, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.262 std_dev=0.548
N3 A 0, -0.309, 0.282, 0.874, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.282 std_dev=0.591
C6 A 0, -0.277, 0.365, 1.006, 2.467 max_d=2.467 avg_d=0.365 std_dev=0.641
C1' A 0, -0.364, 0.325, 1.015, 2.605 max_d=2.605 avg_d=0.325 std_dev=0.690
O4' B 0, -0.319, 0.381, 1.080, 2.669 max_d=2.669 avg_d=0.381 std_dev=0.699
C4' B 0, -0.271, 0.482, 1.235, 2.919 max_d=2.919 avg_d=0.482 std_dev=0.753
C2 A 0, -0.434, 0.350, 1.134, 2.935 max_d=2.935 avg_d=0.350 std_dev=0.784
N1 A 0, -0.409, 0.376, 1.162, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.376 std_dev=0.785
O5' B 0, -0.091, 0.699, 1.488, 3.120 max_d=3.120 avg_d=0.699 std_dev=0.790
C5' B 0, -0.218, 0.661, 1.540, 3.463 max_d=3.463 avg_d=0.661 std_dev=0.879
OP1 B 0, -0.231, 0.702, 1.634, 3.640 max_d=3.640 avg_d=0.702 std_dev=0.932
O6 A 0, -0.386, 0.551, 1.487, 3.616 max_d=3.616 avg_d=0.551 std_dev=0.936
P B 0, -0.352, 0.657, 1.667, 3.884 max_d=3.884 avg_d=0.657 std_dev=1.010
C4' A 0, -0.478, 0.557, 1.593, 3.950 max_d=3.950 avg_d=0.557 std_dev=1.035
OP2 B 0, -0.406, 0.660, 1.726, 4.111 max_d=4.111 avg_d=0.660 std_dev=1.066
N2 A 0, -0.621, 0.540, 1.700, 4.370 max_d=4.370 avg_d=0.540 std_dev=1.160
C5' A 0, -0.435, 0.762, 1.960, 4.634 max_d=4.634 avg_d=0.762 std_dev=1.197
O5' A 0, -0.401, 0.853, 2.108, 4.832 max_d=4.832 avg_d=0.853 std_dev=1.255
C2' A 0, -0.706, 0.587, 1.880, 4.856 max_d=4.856 avg_d=0.587 std_dev=1.293
P A 0, -0.563, 0.880, 2.324, 5.569 max_d=5.569 avg_d=0.880 std_dev=1.444
C3' A 0, -0.786, 0.667, 2.119, 5.453 max_d=5.453 avg_d=0.667 std_dev=1.452
O2' A 0, -0.895, 0.758, 2.411, 6.217 max_d=6.217 avg_d=0.758 std_dev=1.653
OP2 A 0, -0.671, 0.998, 2.668, 6.410 max_d=6.410 avg_d=0.998 std_dev=1.670
OP1 A 0, -0.592, 1.124, 2.841, 6.525 max_d=6.525 avg_d=1.124 std_dev=1.717
O3' A 0, -1.082, 0.893, 2.869, 7.408 max_d=7.408 avg_d=0.893 std_dev=1.975

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.04 0.42 0.50 0.34
C2 0.03 0.00 0.18 0.09 0.01 0.13 0.03 0.25 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.20 0.15 0.21 0.29 0.01 0.51 0.68 0.28
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.03 0.08 0.10 0.14 0.22 0.17 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.06 0.36 0.38 0.27
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.22 0.06 0.29 0.31 0.19
C4 0.02 0.01 0.10 0.06 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.11 0.30 0.02 0.45 0.81 0.42
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.11 0.07 0.12 0.14 0.11 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.12 0.25 0.20 0.09
C5 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.44 0.02 0.52 1.06 0.58
C5' 0.04 0.25 0.03 0.03 0.16 0.01 0.19 0.00 0.24 0.14 0.26 0.27 0.21 0.16 0.09 0.03 0.06 0.02 0.01 0.26 0.18 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.06 0.02 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.09 0.13 0.43 0.01 0.49 1.04 0.52
C8 0.01 0.03 0.10 0.08 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.09 0.60 0.03 0.73 1.16 0.80
N1 0.03 0.01 0.14 0.08 0.01 0.12 0.02 0.26 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.16 0.13 0.18 0.36 0.01 0.47 0.86 0.38
N2 0.03 0.01 0.22 0.11 0.01 0.14 0.03 0.27 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.26 0.19 0.24 0.30 0.03 0.62 0.56 0.25
N3 0.03 0.01 0.17 0.09 0.01 0.11 0.02 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.13 0.20 0.23 0.02 0.49 0.61 0.27
N7 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.05 0.60 0.03 0.73 1.28 0.80
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.36 0.03 0.50 0.82 0.52
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.10 0.03 0.06 0.03 0.10 0.09 0.16 0.26 0.19 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.08 0.08 0.36 0.23 0.16
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.08 0.03 0.07 0.06 0.09 0.09 0.13 0.19 0.13 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.16 0.08 0.23 0.36 0.07
O4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.08 0.02 0.13 0.09 0.18 0.24 0.20 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.12 0.12 0.39 0.34 0.27
O5' 0.19 0.29 0.20 0.22 0.30 0.02 0.44 0.01 0.43 0.60 0.36 0.30 0.23 0.60 0.36 0.08 0.16 0.12 0.00 0.49 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.01 0.06 0.06 0.02 0.12 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.08 0.12 0.49 0.00 0.54 1.15 0.59
OP1 0.42 0.51 0.36 0.29 0.45 0.25 0.52 0.18 0.49 0.73 0.47 0.62 0.49 0.73 0.50 0.36 0.23 0.39 0.02 0.54 0.00 0.01 0.00
OP2 0.50 0.68 0.38 0.31 0.81 0.20 1.06 0.28 1.04 1.16 0.86 0.56 0.61 1.28 0.82 0.23 0.36 0.34 0.01 1.15 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.28 0.27 0.19 0.42 0.09 0.58 0.02 0.52 0.80 0.38 0.25 0.27 0.80 0.52 0.16 0.07 0.27 0.01 0.59 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.79 0.54 0.62 0.65 0.67 0.84 0.65 0.88 0.59 0.75 0.53 0.46 0.62 0.70 0.74 0.64 0.57 0.91 0.77 0.57 0.73 0.88 0.84
C2 1.31 0.45 1.19 1.22 0.87 1.42 0.73 1.42 0.48 1.04 0.34 0.22 0.78 0.86 1.09 1.29 1.18 1.43 1.25 0.39 1.23 1.24 1.28
C2' 0.85 0.85 0.66 0.66 0.86 0.81 0.88 0.84 0.88 0.88 0.86 0.83 0.85 0.89 0.86 0.64 0.54 0.91 0.77 0.89 0.70 0.91 0.84
C3' 0.61 0.66 0.46 0.46 0.64 0.58 0.67 0.60 0.69 0.64 0.69 0.67 0.64 0.66 0.63 0.45 0.37 0.66 0.55 0.71 0.48 0.70 0.62
C4 0.79 0.24 0.67 0.73 0.49 0.92 0.42 0.94 0.28 0.62 0.20 0.15 0.41 0.51 0.64 0.77 0.70 0.93 0.79 0.24 0.77 0.83 0.84
C4' 0.56 0.47 0.42 0.45 0.52 0.60 0.52 0.64 0.51 0.56 0.48 0.44 0.49 0.55 0.54 0.43 0.38 0.65 0.56 0.52 0.52 0.69 0.63
C5 0.46 0.27 0.41 0.50 0.13 0.67 0.11 0.70 0.21 0.27 0.31 0.43 0.12 0.15 0.28 0.55 0.53 0.62 0.54 0.25 0.53 0.53 0.57
C5' 0.37 0.34 0.28 0.31 0.34 0.42 0.35 0.46 0.35 0.36 0.35 0.34 0.33 0.36 0.35 0.30 0.28 0.45 0.40 0.36 0.39 0.50 0.44
C6 0.51 0.51 0.51 0.63 0.14 0.80 0.20 0.81 0.40 0.23 0.55 0.74 0.25 0.13 0.25 0.73 0.71 0.69 0.62 0.45 0.63 0.56 0.64
C8 0.29 0.15 0.22 0.28 0.12 0.42 0.11 0.46 0.12 0.20 0.16 0.22 0.10 0.14 0.20 0.30 0.29 0.42 0.35 0.14 0.33 0.39 0.39
N1 1.02 0.22 0.99 1.06 0.43 1.24 0.29 1.23 0.18 0.66 0.30 0.50 0.30 0.45 0.72 1.19 1.09 1.17 1.03 0.22 1.03 0.96 1.04
N2 1.70 0.82 1.53 1.55 1.32 1.74 1.14 1.74 0.83 1.46 0.66 0.48 1.24 1.26 1.53 1.56 1.47 1.79 1.58 0.69 1.57 1.60 1.63
N3 1.17 0.57 1.02 1.06 0.87 1.26 0.77 1.27 0.59 1.00 0.48 0.38 0.80 0.87 1.02 1.09 0.99 1.29 1.12 0.52 1.10 1.17 1.18
N7 0.17 0.39 0.16 0.22 0.20 0.34 0.24 0.37 0.33 0.12 0.41 0.49 0.27 0.17 0.12 0.25 0.27 0.30 0.26 0.36 0.27 0.27 0.29
N9 0.63 0.27 0.50 0.55 0.43 0.73 0.39 0.76 0.30 0.53 0.25 0.19 0.37 0.46 0.53 0.56 0.50 0.76 0.64 0.28 0.61 0.70 0.70
O2' 1.07 1.14 0.84 0.83 1.14 1.00 1.18 1.04 1.20 1.15 1.17 1.11 1.12 1.18 1.12 0.79 0.68 1.14 0.98 1.22 0.91 1.16 1.07
O3' 0.68 0.87 0.52 0.50 0.80 0.59 0.84 0.62 0.91 0.77 0.92 0.90 0.80 0.82 0.74 0.47 0.38 0.70 0.59 0.95 0.50 0.77 0.66
O4' 0.60 0.34 0.46 0.52 0.46 0.70 0.45 0.75 0.39 0.55 0.34 0.29 0.41 0.50 0.54 0.50 0.46 0.73 0.63 0.38 0.61 0.74 0.70
O5' 0.68 0.54 0.62 0.68 0.57 0.79 0.56 0.82 0.54 0.61 0.53 0.53 0.56 0.58 0.61 0.66 0.67 0.77 0.74 0.54 0.72 0.82 0.78
O6 0.20 0.94 0.25 0.41 0.52 0.56 0.59 0.58 0.79 0.24 0.95 1.15 0.70 0.42 0.25 0.49 0.56 0.39 0.39 0.83 0.43 0.30 0.39
OP1 0.64 0.51 0.67 0.74 0.53 0.81 0.52 0.85 0.53 0.57 0.53 0.50 0.51 0.54 0.57 0.75 0.81 0.72 0.73 0.55 0.74 0.76 0.76
OP2 1.05 0.72 1.08 1.17 0.85 1.24 0.80 1.28 0.71 0.93 0.68 0.67 0.81 0.85 0.94 1.14 1.22 1.15 1.19 0.68 1.16 1.24 1.22
P 0.67 0.40 0.68 0.77 0.50 0.86 0.46 0.89 0.41 0.57 0.38 0.38 0.47 0.50 0.58 0.75 0.80 0.78 0.79 0.39 0.78 0.84 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.10 0.14 0.05
C2 0.05 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.16 0.06 0.11 0.02 0.10 0.09 0.05
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04 0.10 0.15 0.12 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.16 0.16 0.09
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.10 0.11 0.14 0.11 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.17 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.03 0.13 0.02 0.10 0.13 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.04 0.07 0.05 0.09 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.09 0.13 0.08 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.03 0.18 0.02 0.12 0.13 0.10
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.10 0.12 0.06 0.05 0.04 0.13 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.13 0.14 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.12 0.04 0.19 0.00 0.13 0.12 0.12
C8 0.03 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.06 0.19 0.04 0.14 0.18 0.11
N1 0.03 0.01 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.15 0.04 0.15 0.02 0.11 0.09 0.09
N2 0.07 0.01 0.15 0.14 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.19 0.20 0.09 0.09 0.02 0.09 0.09 0.04
N3 0.05 0.01 0.12 0.11 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.06 0.10 0.01 0.10 0.12 0.04
N7 0.03 0.01 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.05 0.22 0.04 0.15 0.17 0.14
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.03 0.11 0.15 0.06
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.08 0.07 0.05 0.06 0.08 0.03 0.13 0.19 0.14 0.02 0.02 0.00 0.07 0.06 0.05 0.07 0.15 0.14 0.06
O3' 0.03 0.16 0.03 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.12 0.11 0.15 0.20 0.14 0.10 0.05 0.07 0.00 0.03 0.13 0.13 0.20 0.15 0.13
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.09 0.06 0.05 0.01 0.06 0.03 0.00 0.07 0.05 0.10 0.14 0.07
O5' 0.07 0.11 0.06 0.08 0.13 0.02 0.18 0.01 0.19 0.19 0.15 0.09 0.10 0.22 0.12 0.05 0.13 0.07 0.00 0.23 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.06 0.11 0.02 0.09 0.02 0.13 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.13 0.05 0.23 0.00 0.17 0.16 0.18
OP1 0.10 0.10 0.16 0.17 0.10 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.11 0.09 0.10 0.15 0.11 0.15 0.20 0.10 0.02 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.09 0.16 0.14 0.13 0.08 0.13 0.04 0.12 0.18 0.09 0.09 0.12 0.17 0.15 0.14 0.15 0.14 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.09 0.10 0.06 0.02 0.10 0.01 0.12 0.11 0.09 0.04 0.04 0.14 0.06 0.06 0.13 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00