ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 8485

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 5, 6, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.162, 0.260, 0.357, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.260 std_dev=0.098
C4 A 0, 0.124, 0.242, 0.360, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.242 std_dev=0.118
C2 B 0, 0.281, 0.437, 0.594, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.437 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.286, 0.471, 0.657, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.471 std_dev=0.185
C1' B 0, 0.176, 0.376, 0.576, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.376 std_dev=0.200
C4 B 0, 0.192, 0.394, 0.596, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.394 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.249, 0.453, 0.657, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.453 std_dev=0.204
C5 A 0, 0.336, 0.554, 0.772, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.554 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.314, 0.536, 0.759, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.536 std_dev=0.222
N9 A 0, 0.214, 0.454, 0.694, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.454 std_dev=0.240
N3 A 0, 0.163, 0.434, 0.706, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.434 std_dev=0.271
C6 A 0, 0.420, 0.697, 0.975, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.697 std_dev=0.278
N1 A 0, 0.426, 0.706, 0.986, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.706 std_dev=0.280
C1' A 0, 0.320, 0.607, 0.895, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.607 std_dev=0.288
O2 B 0, 0.417, 0.731, 1.046, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.731 std_dev=0.315
N4 B 0, 0.212, 0.536, 0.861, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.536 std_dev=0.325
C2 A 0, 0.281, 0.646, 1.010, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.646 std_dev=0.364
C2' B 0, 0.409, 0.777, 1.146, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.777 std_dev=0.369
C8 A 0, 0.385, 0.819, 1.253, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.819 std_dev=0.434
N7 A 0, 0.454, 0.892, 1.331, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.892 std_dev=0.438
O6 A 0, 0.543, 0.999, 1.454, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.999 std_dev=0.456
O4' B 0, 0.410, 0.913, 1.416, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.913 std_dev=0.503
O2' B 0, 0.372, 0.897, 1.422, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.897 std_dev=0.525
C3' B 0, 0.678, 1.275, 1.872, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.275 std_dev=0.597
N2 A 0, 0.379, 1.008, 1.638, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.008 std_dev=0.630
C4' B 0, 0.618, 1.255, 1.892, 2.849 max_d=2.849 avg_d=1.255 std_dev=0.637
C2' A 0, 0.666, 1.341, 2.016, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.341 std_dev=0.675
C3' A 0, 0.969, 1.773, 2.578, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.773 std_dev=0.804
O3' B 0, 0.980, 1.847, 2.715, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.847 std_dev=0.868
O4' A 0, 0.375, 1.261, 2.148, 3.228 max_d=3.228 avg_d=1.261 std_dev=0.887
C4' A 0, 0.750, 1.677, 2.604, 3.509 max_d=3.509 avg_d=1.677 std_dev=0.927
O2' A 0, 1.000, 2.009, 3.018, 3.725 max_d=3.725 avg_d=2.009 std_dev=1.009
O3' A 0, 1.011, 2.028, 3.045, 3.801 max_d=3.801 avg_d=2.028 std_dev=1.017
C5' B 0, 0.984, 2.041, 3.099, 4.006 max_d=4.006 avg_d=2.041 std_dev=1.057
O5' B 0, 1.137, 2.338, 3.539, 4.152 max_d=4.152 avg_d=2.338 std_dev=1.201
P B 0, 1.396, 3.067, 4.737, 5.265 max_d=5.265 avg_d=3.067 std_dev=1.671
C5' A 0, 1.244, 2.954, 4.664, 6.493 max_d=6.493 avg_d=2.954 std_dev=1.710
OP2 B 0, 1.297, 3.115, 4.932, 7.142 max_d=7.142 avg_d=3.115 std_dev=1.818
OP1 B 0, 1.962, 3.870, 5.778, 6.846 max_d=6.846 avg_d=3.870 std_dev=1.908
O5' A 0, 0.763, 3.037, 5.311, 7.894 max_d=7.894 avg_d=3.037 std_dev=2.274
P A 0, 0.491, 3.659, 6.827, 10.326 max_d=10.326 avg_d=3.659 std_dev=3.168
OP1 A 0, 0.421, 3.819, 7.217, 10.964 max_d=10.964 avg_d=3.819 std_dev=3.398
OP2 A 0, 1.868, 5.295, 8.721, 11.890 max_d=11.890 avg_d=5.295 std_dev=3.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.08 0.03 0.03 0.05 0.10 0.08 0.02 0.01 0.02 0.23 0.01 0.33 0.03 0.32 0.61 0.35
C2 0.08 0.00 0.35 0.57 0.02 0.53 0.02 0.87 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.40 0.47 0.44 1.10 0.04 1.15 1.59 1.27
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.03 0.10 0.18 0.16 0.20 0.27 0.41 0.34 0.14 0.05 0.01 0.03 0.01 0.46 0.14 0.48 0.57 0.44
C3' 0.02 0.57 0.01 0.00 0.32 0.01 0.32 0.03 0.37 0.43 0.46 0.71 0.55 0.41 0.22 0.03 0.02 0.02 0.36 0.39 0.43 0.32 0.26
C4 0.04 0.02 0.18 0.32 0.00 0.23 0.01 0.39 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.20 0.18 0.23 0.72 0.03 0.75 1.15 0.81
C4' 0.03 0.53 0.03 0.01 0.23 0.00 0.13 0.01 0.21 0.36 0.39 0.68 0.51 0.28 0.08 0.26 0.03 0.01 0.02 0.18 0.22 0.40 0.08
C5 0.02 0.02 0.10 0.32 0.01 0.13 0.00 0.30 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.23 0.16 0.11 0.75 0.03 0.86 1.39 0.90
C5' 0.08 0.87 0.18 0.03 0.39 0.01 0.30 0.00 0.40 0.61 0.66 1.13 0.79 0.52 0.21 0.16 0.18 0.02 0.01 0.37 0.38 0.42 0.02
C6 0.03 0.02 0.16 0.37 0.02 0.21 0.01 0.40 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.24 0.21 0.20 0.83 0.01 0.96 1.52 1.01
C8 0.03 0.03 0.20 0.43 0.01 0.36 0.02 0.61 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.36 0.33 0.25 0.90 0.06 0.94 1.46 1.02
N1 0.05 0.01 0.27 0.46 0.02 0.39 0.02 0.66 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.31 0.33 0.34 0.99 0.03 1.07 1.57 1.17
N2 0.10 0.01 0.41 0.71 0.03 0.68 0.03 1.13 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.52 0.65 0.53 1.33 0.05 1.41 1.91 1.56
N3 0.08 0.01 0.34 0.55 0.01 0.51 0.02 0.79 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.38 0.44 0.43 0.99 0.04 0.99 1.36 1.09
N7 0.02 0.03 0.14 0.41 0.01 0.28 0.01 0.52 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.34 0.32 0.13 0.89 0.06 1.03 1.65 1.09
N9 0.01 0.03 0.05 0.22 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.16 0.10 0.01 0.56 0.04 0.58 0.96 0.62
O2' 0.02 0.40 0.01 0.03 0.20 0.26 0.23 0.16 0.24 0.36 0.31 0.52 0.38 0.34 0.16 0.00 0.09 0.19 0.36 0.25 0.36 0.57 0.35
O3' 0.23 0.47 0.03 0.02 0.18 0.03 0.16 0.18 0.21 0.33 0.33 0.65 0.44 0.32 0.10 0.09 0.00 0.18 0.38 0.25 0.49 0.54 0.33
O4' 0.01 0.44 0.01 0.02 0.23 0.01 0.11 0.02 0.20 0.25 0.34 0.53 0.43 0.13 0.01 0.19 0.18 0.00 0.23 0.16 0.21 0.55 0.22
O5' 0.33 1.10 0.46 0.36 0.72 0.02 0.75 0.01 0.83 0.90 0.99 1.33 0.99 0.89 0.56 0.36 0.38 0.23 0.00 0.85 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.04 0.14 0.39 0.03 0.18 0.03 0.37 0.01 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.25 0.25 0.16 0.85 0.00 1.03 1.67 1.07
OP1 0.32 1.15 0.48 0.43 0.75 0.22 0.86 0.38 0.96 0.94 1.07 1.41 0.99 1.03 0.58 0.36 0.49 0.21 0.02 1.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.61 1.59 0.57 0.32 1.15 0.40 1.39 0.42 1.52 1.46 1.57 1.91 1.36 1.65 0.96 0.57 0.54 0.55 0.03 1.67 0.01 0.00 0.01
P 0.35 1.27 0.44 0.26 0.81 0.08 0.90 0.02 1.01 1.02 1.17 1.56 1.09 1.09 0.62 0.35 0.33 0.22 0.01 1.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.30 0.40 0.39 0.38 0.36 0.31 0.41 0.29 0.27 0.40 0.47 0.31 0.42 0.59 0.50 0.38 0.49 0.28 0.40
C2 0.42 0.24 0.62 0.61 0.37 0.57 0.24 0.52 0.22 0.21 0.41 0.49 0.24 0.84 0.78 0.50 0.48 0.53 0.31 0.40
C2' 0.35 0.35 0.35 0.37 0.44 0.38 0.35 0.42 0.31 0.31 0.45 0.53 0.36 0.32 0.49 0.50 0.38 0.46 0.34 0.39
C3' 0.36 0.58 0.42 0.45 0.78 0.41 0.61 0.45 0.46 0.43 0.79 0.95 0.53 0.31 0.51 0.46 0.31 0.40 0.47 0.36
C4 0.27 0.35 0.35 0.35 0.42 0.29 0.33 0.33 0.29 0.28 0.45 0.49 0.36 0.43 0.57 0.44 0.30 0.41 0.28 0.33
C4' 0.30 0.69 0.54 0.55 0.91 0.29 0.73 0.34 0.54 0.49 0.92 1.09 0.64 0.38 0.70 0.34 0.32 0.39 0.53 0.35
C5 0.48 0.61 0.34 0.31 0.64 0.36 0.58 0.43 0.55 0.55 0.66 0.67 0.63 0.31 0.50 0.61 0.41 0.48 0.50 0.49
C5' 0.60 1.12 0.79 0.82 1.45 0.53 1.22 0.60 0.97 0.89 1.42 1.68 1.03 0.51 0.90 0.55 0.64 0.64 1.00 0.71
C6 0.59 0.81 0.35 0.29 0.81 0.34 0.74 0.40 0.69 0.71 0.85 0.84 0.84 0.35 0.47 0.65 0.43 0.46 0.56 0.50
C8 0.47 0.50 0.38 0.37 0.54 0.45 0.50 0.54 0.49 0.48 0.55 0.58 0.51 0.31 0.55 0.66 0.47 0.58 0.53 0.57
N1 0.25 0.62 0.39 0.39 0.68 0.32 0.53 0.29 0.42 0.42 0.74 0.75 0.68 0.67 0.65 0.34 0.27 0.36 0.29 0.25
N2 0.81 0.27 0.93 0.90 0.28 0.92 0.28 0.85 0.43 0.49 0.29 0.41 0.30 1.12 0.99 0.84 0.81 0.81 0.58 0.70
N3 0.40 0.22 0.55 0.54 0.31 0.50 0.24 0.48 0.25 0.24 0.33 0.41 0.23 0.69 0.71 0.50 0.46 0.52 0.32 0.41
N7 0.65 0.68 0.46 0.44 0.69 0.57 0.67 0.66 0.67 0.66 0.69 0.70 0.68 0.38 0.55 0.81 0.60 0.68 0.69 0.70
N9 0.29 0.33 0.33 0.33 0.40 0.30 0.33 0.38 0.30 0.28 0.42 0.48 0.34 0.34 0.55 0.49 0.32 0.45 0.31 0.38
O2' 0.69 0.79 0.75 0.77 0.89 0.67 0.84 0.69 0.78 0.75 0.87 0.95 0.77 0.68 0.86 0.73 0.79 0.83 0.77 0.77
O3' 0.41 0.71 0.49 0.50 0.95 0.39 0.78 0.40 0.61 0.56 0.94 1.12 0.64 0.34 0.54 0.42 0.39 0.42 0.55 0.40
O4' 0.27 0.59 0.55 0.54 0.75 0.26 0.58 0.31 0.44 0.41 0.78 0.89 0.59 0.47 0.75 0.36 0.34 0.42 0.44 0.35
O5' 0.90 1.42 1.17 1.19 1.75 0.80 1.54 0.81 1.28 1.20 1.71 1.97 1.32 0.95 1.31 0.75 0.99 0.91 1.34 1.01
O6 0.98 1.08 0.61 0.47 1.06 0.65 1.03 0.69 1.01 1.05 1.08 1.06 1.08 0.48 0.44 1.02 0.73 0.69 0.86 0.80
OP1 1.02 1.56 1.35 1.38 1.96 0.93 1.73 0.93 1.43 1.33 1.89 2.25 1.45 1.14 1.55 0.85 1.19 1.08 1.62 1.23
OP2 1.59 2.09 1.77 1.79 2.54 1.51 2.30 1.52 2.00 1.88 2.45 2.85 1.94 1.62 1.86 1.46 1.77 1.70 2.12 1.80
P 1.17 1.73 1.41 1.42 2.14 1.05 1.91 1.06 1.61 1.50 2.07 2.42 1.60 1.18 1.52 1.01 1.33 1.23 1.74 1.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.02 0.02 0.01 0.16 0.12 0.33 0.14
C2 0.03 0.00 0.12 0.14 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.15 0.05 0.32 0.19 0.42 0.28
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.03 0.11 0.11 0.23 0.01 0.02 0.01 0.19 0.19 0.29 0.13
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.02 0.16 0.08 0.14 0.18 0.21 0.03 0.01 0.01 0.27 0.27 0.30 0.20
C4 0.04 0.02 0.09 0.15 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.20 0.06 0.51 0.29 0.73 0.53
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.08 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.15 0.26 0.06
C5 0.03 0.02 0.11 0.18 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.23 0.05 0.57 0.31 0.84 0.60
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.09 0.07 0.04 0.02 0.01 0.17 0.23 0.02
C6 0.03 0.02 0.12 0.16 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.19 0.06 0.51 0.25 0.69 0.49
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.08 0.02 0.34 0.18 0.46 0.30
N3 0.04 0.01 0.11 0.14 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.17 0.05 0.41 0.24 0.54 0.39
N4 0.04 0.03 0.11 0.18 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.09 0.24 0.06 0.54 0.33 0.83 0.59
O2 0.07 0.01 0.23 0.21 0.03 0.09 0.02 0.09 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.22 0.25 0.07 0.23 0.18 0.31 0.18
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.02 0.10 0.09 0.22 0.00 0.05 0.06 0.08 0.14 0.28 0.12
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.20 0.03 0.23 0.04 0.19 0.08 0.17 0.24 0.25 0.05 0.00 0.03 0.23 0.32 0.27 0.19
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.07 0.06 0.03 0.00 0.12 0.13 0.39 0.15
O5' 0.16 0.32 0.19 0.27 0.51 0.02 0.57 0.01 0.51 0.34 0.41 0.54 0.23 0.08 0.23 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.19 0.19 0.27 0.29 0.15 0.31 0.17 0.25 0.18 0.24 0.33 0.18 0.14 0.32 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.42 0.29 0.30 0.73 0.26 0.84 0.23 0.69 0.46 0.54 0.83 0.31 0.28 0.27 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.28 0.13 0.20 0.53 0.06 0.60 0.02 0.49 0.30 0.39 0.59 0.18 0.12 0.19 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00