ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 8977

back

Distances from reference structure (by RMSD)

20, 104, 99, 96, 113, 29, 13, 3, 1, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 10, 3, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.031, 0.116, 0.201, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.116 std_dev=0.085
C4 A 0, 0.024, 0.121, 0.218, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.121 std_dev=0.097
N3 A 0, 0.060, 0.172, 0.285, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.172 std_dev=0.112
N9 A 0, 0.056, 0.198, 0.339, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.198 std_dev=0.141
C2 A 0, 0.069, 0.217, 0.365, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.217 std_dev=0.148
C5 A 0, 0.076, 0.239, 0.403, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.239 std_dev=0.163
C1' A 0, 0.136, 0.309, 0.482, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.309 std_dev=0.173
N1 A 0, 0.085, 0.269, 0.453, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.269 std_dev=0.184
C6 A 0, 0.100, 0.303, 0.505, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.303 std_dev=0.203
C8 A 0, 0.108, 0.315, 0.521, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.315 std_dev=0.207
N7 A 0, 0.131, 0.363, 0.594, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.363 std_dev=0.232
C6 B 0, 0.181, 0.432, 0.683, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.432 std_dev=0.251
N6 A 0, 0.162, 0.464, 0.765, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.464 std_dev=0.302
C5 B 0, 0.108, 0.454, 0.800, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.454 std_dev=0.346
C1' B 0, -0.002, 0.395, 0.793, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.395 std_dev=0.397
N9 B 0, -0.031, 0.378, 0.787, 2.548 max_d=2.548 avg_d=0.378 std_dev=0.409
N6 B 0, 0.306, 0.747, 1.188, 2.413 max_d=2.413 avg_d=0.747 std_dev=0.441
N3 B 0, -0.004, 0.442, 0.887, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.442 std_dev=0.446
N1 B 0, -0.035, 0.463, 0.960, 3.227 max_d=3.227 avg_d=0.463 std_dev=0.498
O4' A 0, 0.137, 0.660, 1.183, 2.645 max_d=2.645 avg_d=0.660 std_dev=0.523
C2' B 0, 0.249, 0.851, 1.453, 3.056 max_d=3.056 avg_d=0.851 std_dev=0.602
C2' A 0, 0.140, 0.774, 1.408, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.774 std_dev=0.634
C2 B 0, -0.071, 0.593, 1.257, 3.810 max_d=3.810 avg_d=0.593 std_dev=0.664
C4' A 0, 0.134, 0.958, 1.782, 3.852 max_d=3.852 avg_d=0.958 std_dev=0.824
N7 B 0, 0.026, 0.877, 1.728, 4.509 max_d=4.509 avg_d=0.877 std_dev=0.851
O2' B 0, 0.337, 1.204, 2.071, 3.826 max_d=3.826 avg_d=1.204 std_dev=0.867
C8 B 0, -0.067, 0.802, 1.672, 4.744 max_d=4.744 avg_d=0.802 std_dev=0.869
O2' A 0, 0.119, 0.999, 1.878, 4.588 max_d=4.588 avg_d=0.999 std_dev=0.879
C3' A 0, 0.129, 1.080, 2.031, 4.550 max_d=4.550 avg_d=1.080 std_dev=0.951
C3' B 0, 0.254, 1.261, 2.268, 5.273 max_d=5.273 avg_d=1.261 std_dev=1.007
O4' B 0, 0.046, 1.062, 2.078, 5.248 max_d=5.248 avg_d=1.062 std_dev=1.016
O3' B 0, 0.454, 1.550, 2.646, 6.172 max_d=6.172 avg_d=1.550 std_dev=1.096
C4' B 0, 0.093, 1.338, 2.583, 5.856 max_d=5.856 avg_d=1.338 std_dev=1.245
C5' A 0, 0.040, 1.336, 2.632, 6.728 max_d=6.728 avg_d=1.336 std_dev=1.296
O3' A 0, 0.206, 1.541, 2.877, 6.246 max_d=6.246 avg_d=1.541 std_dev=1.335
O5' A 0, 0.165, 1.730, 3.295, 7.784 max_d=7.784 avg_d=1.730 std_dev=1.565
C5' B 0, 0.205, 2.134, 4.062, 8.852 max_d=8.852 avg_d=2.134 std_dev=1.929
O5' B 0, 0.312, 2.454, 4.596, 9.740 max_d=9.740 avg_d=2.454 std_dev=2.142
P A 0, 0.034, 2.202, 4.370, 10.564 max_d=10.564 avg_d=2.202 std_dev=2.168
OP2 A 0, 0.303, 2.777, 5.251, 12.128 max_d=12.128 avg_d=2.777 std_dev=2.474
OP1 A 0, 0.160, 2.680, 5.200, 12.414 max_d=12.414 avg_d=2.680 std_dev=2.520
P B 0, 0.471, 3.233, 5.996, 12.596 max_d=12.596 avg_d=3.233 std_dev=2.762
OP2 B 0, 0.690, 3.633, 6.575, 13.909 max_d=13.909 avg_d=3.633 std_dev=2.942
OP1 B 0, 0.824, 3.903, 6.983, 14.046 max_d=14.046 avg_d=3.903 std_dev=3.079

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.31 0.49 0.41 0.27
C2 0.04 0.00 0.34 0.33 0.01 0.25 0.01 0.51 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.32 0.26 0.68 0.86 0.89 0.67
C2' 0.00 0.34 0.00 0.01 0.18 0.02 0.11 0.20 0.17 0.17 0.28 0.34 0.14 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.54 0.76 0.60 0.54
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.27 0.01 0.35 0.03 0.37 0.39 0.35 0.29 0.41 0.41 0.23 0.02 0.01 0.03 0.34 0.55 0.32 0.29
C4 0.02 0.01 0.18 0.27 0.00 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.18 0.14 0.53 0.74 0.73 0.48
C4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.12 0.26 0.18 0.25 0.13 0.23 0.09 0.29 0.03 0.01 0.02 0.23 0.34 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.18 0.07 0.68 0.94 1.03 0.69
C5' 0.08 0.51 0.20 0.03 0.24 0.01 0.21 0.00 0.26 0.39 0.39 0.48 0.26 0.35 0.14 0.12 0.20 0.02 0.01 0.37 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.22 0.13 0.68 0.95 1.06 0.69
C8 0.02 0.02 0.17 0.39 0.01 0.26 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.22 0.16 0.87 1.11 1.15 0.93
N1 0.04 0.01 0.28 0.35 0.01 0.18 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.26 0.21 0.66 0.88 0.95 0.64
N3 0.04 0.01 0.34 0.29 0.01 0.25 0.01 0.48 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.33 0.26 0.61 0.77 0.76 0.59
N6 0.03 0.01 0.14 0.41 0.02 0.13 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.32 0.26 0.10 0.77 1.09 1.26 0.83
N7 0.02 0.01 0.10 0.41 0.01 0.23 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.25 0.09 0.89 1.20 1.32 0.99
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.02 0.53 0.73 0.69 0.49
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.21 0.29 0.28 0.12 0.28 0.35 0.26 0.25 0.32 0.36 0.20 0.00 0.06 0.20 0.33 0.62 0.56 0.41
O3' 0.30 0.32 0.03 0.01 0.18 0.03 0.18 0.20 0.22 0.22 0.26 0.33 0.26 0.25 0.11 0.06 0.00 0.21 0.28 0.62 0.39 0.31
O4' 0.01 0.26 0.02 0.03 0.14 0.01 0.07 0.02 0.13 0.16 0.21 0.26 0.10 0.09 0.02 0.20 0.21 0.00 0.18 0.31 0.40 0.23
O5' 0.31 0.68 0.54 0.34 0.53 0.02 0.68 0.01 0.68 0.87 0.66 0.61 0.77 0.89 0.53 0.33 0.28 0.18 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.49 0.86 0.76 0.55 0.74 0.23 0.94 0.37 0.95 1.11 0.88 0.77 1.09 1.20 0.73 0.62 0.62 0.31 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.89 0.60 0.32 0.73 0.34 1.03 0.40 1.06 1.15 0.95 0.76 1.26 1.32 0.69 0.56 0.39 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.67 0.54 0.29 0.48 0.09 0.69 0.02 0.69 0.93 0.64 0.59 0.83 0.99 0.49 0.41 0.31 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.30 0.46 0.53 0.31 0.46 0.37 0.62 0.30 0.49 0.26 0.29 0.40 0.52 0.38 0.47 0.43 0.48 0.79 1.65 1.39 1.17
C2 0.31 0.61 0.49 0.48 0.22 0.60 0.21 0.88 0.26 0.48 0.52 0.46 0.36 0.49 0.28 0.52 0.59 0.65 0.99 1.78 1.48 1.39
C2' 0.41 0.33 0.52 0.59 0.36 0.50 0.45 0.70 0.37 0.59 0.29 0.32 0.50 0.62 0.44 0.49 0.46 0.50 0.90 1.74 1.56 1.32
C3' 0.67 0.57 0.64 0.67 0.61 0.68 0.62 0.78 0.55 0.72 0.53 0.59 0.58 0.71 0.66 0.70 0.55 0.75 0.90 1.76 1.46 1.24
C4 0.29 0.42 0.44 0.45 0.21 0.46 0.26 0.68 0.23 0.45 0.36 0.32 0.36 0.48 0.29 0.45 0.43 0.51 0.82 1.63 1.35 1.20
C4' 0.53 0.42 0.56 0.66 0.48 0.60 0.52 0.72 0.46 0.61 0.41 0.44 0.50 0.62 0.54 0.60 0.57 0.61 0.86 1.74 1.45 1.21
C5 0.28 0.48 0.44 0.45 0.21 0.46 0.24 0.67 0.24 0.45 0.43 0.35 0.36 0.47 0.28 0.45 0.42 0.51 0.81 1.58 1.31 1.17
C5' 0.73 0.62 0.76 0.88 0.68 0.83 0.72 0.95 0.67 0.82 0.63 0.63 0.71 0.82 0.74 0.80 0.83 0.81 1.07 1.88 1.62 1.39
C6 0.29 0.64 0.48 0.46 0.23 0.55 0.21 0.82 0.29 0.47 0.59 0.47 0.37 0.48 0.27 0.49 0.53 0.61 0.94 1.68 1.39 1.31
C8 0.37 0.33 0.46 0.55 0.33 0.45 0.37 0.58 0.31 0.48 0.29 0.31 0.40 0.50 0.39 0.47 0.42 0.46 0.74 1.55 1.31 1.09
N1 0.34 0.70 0.52 0.50 0.26 0.64 0.22 0.93 0.30 0.50 0.61 0.52 0.37 0.50 0.30 0.54 0.63 0.69 1.04 1.80 1.50 1.44
N3 0.28 0.49 0.46 0.45 0.20 0.51 0.24 0.76 0.23 0.46 0.41 0.37 0.36 0.48 0.28 0.48 0.49 0.57 0.89 1.71 1.41 1.29
N6 0.32 0.76 0.51 0.49 0.28 0.60 0.24 0.87 0.38 0.50 0.71 0.55 0.40 0.50 0.29 0.52 0.57 0.65 1.00 1.68 1.40 1.34
N7 0.33 0.38 0.45 0.50 0.28 0.42 0.31 0.57 0.27 0.45 0.34 0.31 0.37 0.48 0.34 0.45 0.40 0.45 0.73 1.50 1.25 1.06
N9 0.33 0.33 0.45 0.50 0.28 0.44 0.34 0.61 0.27 0.47 0.28 0.29 0.39 0.50 0.35 0.46 0.41 0.47 0.77 1.60 1.34 1.14
O2' 0.61 0.51 0.71 0.79 0.57 0.70 0.65 0.87 0.58 0.77 0.50 0.52 0.68 0.80 0.64 0.65 0.69 0.67 1.06 1.82 1.71 1.47
O3' 0.67 0.51 0.64 0.67 0.57 0.67 0.57 0.76 0.49 0.70 0.46 0.55 0.50 0.67 0.64 0.69 0.54 0.74 0.88 1.74 1.44 1.22
O4' 0.45 0.38 0.52 0.62 0.41 0.53 0.44 0.64 0.38 0.54 0.34 0.38 0.44 0.55 0.46 0.56 0.52 0.53 0.80 1.68 1.38 1.16
O5' 1.24 1.17 1.23 1.28 1.21 1.29 1.23 1.37 1.21 1.28 1.18 1.19 1.22 1.28 1.24 1.31 1.27 1.30 1.47 2.02 1.92 1.68
OP1 1.95 1.75 1.98 2.07 1.88 2.07 1.90 2.17 1.83 2.01 1.75 1.81 1.83 2.00 1.95 2.02 2.07 2.01 2.28 2.69 2.68 2.47
OP2 2.07 1.93 2.06 2.13 2.04 2.14 2.07 2.20 2.02 2.14 1.95 1.97 2.03 2.14 2.08 2.09 2.13 2.13 2.29 2.65 2.61 2.41
P 1.63 1.49 1.64 1.73 1.59 1.74 1.62 1.83 1.57 1.70 1.50 1.53 1.58 1.70 1.64 1.70 1.73 1.70 1.94 2.42 2.36 2.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.20 0.43 0.41 0.23
C2 0.04 0.00 0.42 0.30 0.01 0.19 0.02 0.35 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.39 0.35 0.35 0.46 0.86 0.80 0.61
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.22 0.02 0.11 0.18 0.20 0.21 0.33 0.42 0.15 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.44 0.70 0.64 0.55
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.26 0.01 0.31 0.02 0.34 0.32 0.32 0.26 0.37 0.35 0.21 0.02 0.01 0.02 0.28 0.55 0.30 0.28
C4 0.02 0.01 0.22 0.26 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.20 0.19 0.34 0.69 0.70 0.44
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.25 0.13 0.19 0.12 0.22 0.09 0.27 0.03 0.01 0.02 0.34 0.30 0.09
C5 0.02 0.02 0.11 0.31 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.17 0.09 0.42 0.87 0.90 0.56
C5' 0.07 0.35 0.18 0.02 0.19 0.01 0.20 0.00 0.22 0.33 0.28 0.33 0.24 0.31 0.13 0.11 0.19 0.02 0.01 0.35 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.34 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.22 0.16 0.43 0.95 0.97 0.61
C8 0.02 0.02 0.21 0.32 0.01 0.25 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.44 0.22 0.21 0.55 0.83 0.85 0.61
N1 0.03 0.01 0.33 0.32 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.28 0.28 0.43 0.92 0.90 0.61
N3 0.04 0.01 0.42 0.26 0.01 0.19 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.38 0.34 0.35 0.42 0.75 0.70 0.54
N6 0.03 0.01 0.15 0.37 0.01 0.12 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.29 0.23 0.11 0.48 1.08 1.10 0.69
N7 0.01 0.02 0.12 0.35 0.01 0.22 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.22 0.12 0.56 1.00 1.03 0.70
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.31 0.58 0.61 0.36
O2' 0.02 0.39 0.01 0.02 0.20 0.27 0.26 0.11 0.25 0.44 0.30 0.38 0.29 0.41 0.19 0.00 0.07 0.19 0.31 0.69 0.69 0.49
O3' 0.28 0.35 0.04 0.01 0.20 0.03 0.17 0.19 0.22 0.22 0.28 0.34 0.23 0.22 0.13 0.07 0.00 0.19 0.29 0.63 0.31 0.29
O4' 0.01 0.35 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.02 0.16 0.21 0.28 0.35 0.11 0.12 0.02 0.19 0.19 0.00 0.14 0.34 0.46 0.22
O5' 0.20 0.46 0.44 0.28 0.34 0.02 0.42 0.01 0.43 0.55 0.43 0.42 0.48 0.56 0.31 0.31 0.29 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.43 0.86 0.70 0.55 0.69 0.34 0.87 0.35 0.95 0.83 0.92 0.75 1.08 1.00 0.58 0.69 0.63 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.80 0.64 0.30 0.70 0.30 0.90 0.36 0.97 0.85 0.90 0.70 1.10 1.03 0.61 0.69 0.31 0.46 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.61 0.55 0.28 0.44 0.09 0.56 0.02 0.61 0.61 0.61 0.54 0.69 0.70 0.36 0.49 0.29 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00