ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 8978

back

Distances from reference structure (by RMSD)

16, 162, 126, 79, 20, 29, 27, 37, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.035, 0.134, 0.233, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.134 std_dev=0.099
N1 B 0, 0.063, 0.183, 0.303, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.183 std_dev=0.120
C2 A 0, 0.077, 0.204, 0.331, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.204 std_dev=0.127
N3 A 0, 0.046, 0.178, 0.309, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.178 std_dev=0.131
C6 B 0, 0.055, 0.217, 0.379, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.217 std_dev=0.162
N9 A 0, 0.071, 0.242, 0.413, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.242 std_dev=0.171
C2 B 0, 0.114, 0.290, 0.465, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.290 std_dev=0.176
C5 A 0, 0.093, 0.273, 0.454, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.273 std_dev=0.180
N1 A 0, 0.080, 0.276, 0.472, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.276 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.110, 0.348, 0.585, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.348 std_dev=0.238
C8 A 0, 0.094, 0.342, 0.590, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.342 std_dev=0.248
C6 A 0, 0.085, 0.339, 0.592, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.339 std_dev=0.253
C1' A 0, 0.091, 0.364, 0.637, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.364 std_dev=0.273
N7 A 0, 0.125, 0.404, 0.684, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.404 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.013, 0.342, 0.671, 3.928 max_d=3.928 avg_d=0.342 std_dev=0.329
C1' B 0, 0.059, 0.407, 0.755, 3.199 max_d=3.199 avg_d=0.407 std_dev=0.348
C4 B 0, 0.011, 0.364, 0.717, 3.726 max_d=3.726 avg_d=0.364 std_dev=0.353
O2 B 0, 0.147, 0.509, 0.871, 3.099 max_d=3.099 avg_d=0.509 std_dev=0.362
N6 A 0, 0.115, 0.533, 0.951, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.533 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.330, 0.801, 1.272, 3.474 max_d=3.474 avg_d=0.801 std_dev=0.471
C2' B 0, 0.277, 0.774, 1.272, 4.696 max_d=4.696 avg_d=0.774 std_dev=0.498
O4' A 0, 0.622, 1.177, 1.731, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.177 std_dev=0.554
C2' A 0, 0.827, 1.382, 1.937, 2.423 max_d=2.423 avg_d=1.382 std_dev=0.555
C4' B 0, 0.549, 1.118, 1.686, 4.211 max_d=4.211 avg_d=1.118 std_dev=0.569
N4 B 0, 0.012, 0.585, 1.158, 5.920 max_d=5.920 avg_d=0.585 std_dev=0.573
C3' B 0, 0.561, 1.144, 1.727, 5.070 max_d=5.070 avg_d=1.144 std_dev=0.583
O5' B 0, 1.104, 1.719, 2.335, 3.742 max_d=3.742 avg_d=1.719 std_dev=0.615
C5' B 0, 0.805, 1.542, 2.279, 4.444 max_d=4.444 avg_d=1.542 std_dev=0.737
O2' A 0, 1.312, 2.086, 2.860, 3.789 max_d=3.789 avg_d=2.086 std_dev=0.774
C4' A 0, 0.933, 1.742, 2.552, 4.065 max_d=4.065 avg_d=1.742 std_dev=0.809
C3' A 0, 0.931, 1.767, 2.603, 4.026 max_d=4.026 avg_d=1.767 std_dev=0.836
O2' B 0, 0.708, 1.582, 2.457, 6.672 max_d=6.672 avg_d=1.582 std_dev=0.875
O5' A 0, 1.221, 2.180, 3.138, 4.058 max_d=4.058 avg_d=2.180 std_dev=0.959
P B 0, 0.943, 1.956, 2.969, 4.528 max_d=4.528 avg_d=1.956 std_dev=1.013
O3' A 0, 1.327, 2.344, 3.360, 5.219 max_d=5.219 avg_d=2.344 std_dev=1.016
C5' A 0, 1.289, 2.361, 3.432, 5.012 max_d=5.012 avg_d=2.361 std_dev=1.071
OP1 A 0, 1.402, 2.507, 3.613, 5.967 max_d=5.967 avg_d=2.507 std_dev=1.106
O3' B 0, 0.726, 1.838, 2.950, 7.646 max_d=7.646 avg_d=1.838 std_dev=1.112
OP1 B 0, 1.181, 2.295, 3.410, 5.465 max_d=5.465 avg_d=2.295 std_dev=1.115
OP2 B 0, 0.871, 2.006, 3.141, 5.024 max_d=5.024 avg_d=2.006 std_dev=1.135
P A 0, 1.173, 2.393, 3.613, 5.235 max_d=5.235 avg_d=2.393 std_dev=1.220
OP2 A 0, 0.786, 2.501, 4.216, 7.160 max_d=7.160 avg_d=2.501 std_dev=1.715

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.32 0.36 0.38 0.32
C2 0.04 0.00 0.41 0.32 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.39 0.31 0.47 0.50 0.70 0.54
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.22 0.02 0.12 0.21 0.20 0.19 0.32 0.40 0.15 0.11 0.03 0.00 0.04 0.02 0.47 0.67 0.65 0.54
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.27 0.01 0.33 0.04 0.36 0.33 0.35 0.28 0.38 0.36 0.21 0.02 0.01 0.03 0.27 0.53 0.25 0.27
C4 0.02 0.01 0.22 0.27 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.22 0.16 0.50 0.48 0.73 0.57
C4' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.22 0.12 0.16 0.12 0.19 0.08 0.29 0.03 0.01 0.02 0.27 0.31 0.10
C5 0.01 0.01 0.12 0.33 0.00 0.10 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.18 0.08 0.62 0.61 1.02 0.76
C5' 0.11 0.30 0.21 0.04 0.23 0.01 0.27 0.00 0.28 0.31 0.29 0.27 0.31 0.33 0.19 0.12 0.21 0.03 0.01 0.29 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.36 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.14 0.63 0.64 1.07 0.78
C8 0.02 0.01 0.19 0.33 0.01 0.22 0.01 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.20 0.18 0.67 0.58 0.99 0.77
N1 0.04 0.00 0.32 0.35 0.01 0.12 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.32 0.24 0.55 0.57 0.90 0.67
N3 0.04 0.01 0.40 0.28 0.00 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.37 0.39 0.30 0.42 0.45 0.58 0.47
N6 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01 0.12 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.26 0.24 0.10 0.69 0.74 1.26 0.90
N7 0.01 0.01 0.11 0.36 0.01 0.19 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.21 0.10 0.72 0.70 1.20 0.89
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.13 0.02 0.49 0.43 0.66 0.53
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.18 0.29 0.23 0.12 0.22 0.40 0.28 0.37 0.26 0.37 0.18 0.00 0.07 0.19 0.29 0.58 0.72 0.45
O3' 0.31 0.39 0.04 0.01 0.22 0.03 0.18 0.21 0.23 0.20 0.32 0.39 0.24 0.21 0.13 0.07 0.00 0.23 0.31 0.52 0.46 0.31
O4' 0.01 0.31 0.02 0.03 0.16 0.01 0.08 0.03 0.14 0.18 0.24 0.30 0.10 0.10 0.02 0.19 0.23 0.00 0.24 0.32 0.30 0.27
O5' 0.32 0.47 0.47 0.27 0.50 0.02 0.62 0.01 0.63 0.67 0.55 0.42 0.69 0.72 0.49 0.29 0.31 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.50 0.67 0.53 0.48 0.27 0.61 0.29 0.64 0.58 0.57 0.45 0.74 0.70 0.43 0.58 0.52 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.70 0.65 0.25 0.73 0.31 1.02 0.38 1.07 0.99 0.90 0.58 1.26 1.20 0.66 0.72 0.46 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.54 0.54 0.27 0.57 0.10 0.76 0.02 0.78 0.77 0.67 0.47 0.90 0.89 0.53 0.45 0.31 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.43 0.50 0.58 0.34 0.45 0.35 0.55 0.36 0.40 0.39 0.36 0.51 0.61 0.61 0.47 0.66 0.77 1.02 0.78
C2 0.36 0.26 0.46 0.45 0.23 0.48 0.24 0.55 0.24 0.27 0.20 0.33 0.37 0.52 0.65 0.57 0.49 0.57 0.67 0.49
C2' 0.55 0.54 0.62 0.69 0.55 0.57 0.57 0.70 0.55 0.54 0.53 0.60 0.58 0.63 0.65 0.57 0.80 0.95 1.20 0.96
C3' 0.58 0.51 0.62 0.67 0.46 0.55 0.51 0.55 0.52 0.52 0.46 0.49 0.59 0.72 0.62 0.58 0.74 0.86 1.05 0.83
C4 0.37 0.32 0.45 0.48 0.21 0.40 0.22 0.49 0.24 0.30 0.24 0.28 0.44 0.52 0.56 0.46 0.54 0.61 0.82 0.60
C4' 0.55 0.49 0.62 0.70 0.42 0.52 0.48 0.54 0.49 0.49 0.43 0.45 0.57 0.78 0.70 0.52 0.74 0.89 1.08 0.86
C5 0.36 0.31 0.44 0.47 0.21 0.39 0.21 0.47 0.21 0.28 0.22 0.34 0.45 0.51 0.51 0.46 0.52 0.59 0.78 0.57
C5' 0.79 0.71 0.87 0.95 0.63 0.75 0.69 0.77 0.72 0.72 0.65 0.63 0.78 1.03 0.94 0.73 0.92 1.08 1.25 1.05
C6 0.35 0.27 0.44 0.42 0.28 0.43 0.25 0.51 0.22 0.26 0.23 0.42 0.40 0.50 0.53 0.53 0.49 0.56 0.67 0.49
C8 0.46 0.47 0.51 0.59 0.36 0.45 0.34 0.55 0.35 0.42 0.43 0.38 0.56 0.60 0.56 0.45 0.67 0.77 1.00 0.78
N1 0.36 0.29 0.46 0.43 0.30 0.50 0.28 0.57 0.26 0.29 0.26 0.41 0.38 0.53 0.63 0.60 0.50 0.58 0.63 0.48
N3 0.36 0.28 0.45 0.47 0.19 0.44 0.21 0.51 0.23 0.28 0.19 0.27 0.39 0.52 0.61 0.51 0.51 0.59 0.76 0.54
N6 0.38 0.33 0.46 0.41 0.40 0.45 0.34 0.52 0.28 0.31 0.36 0.53 0.45 0.55 0.51 0.57 0.49 0.57 0.64 0.49
N7 0.42 0.42 0.48 0.55 0.28 0.41 0.27 0.50 0.28 0.36 0.35 0.37 0.54 0.56 0.52 0.43 0.61 0.69 0.90 0.69
N9 0.42 0.41 0.48 0.55 0.29 0.42 0.30 0.52 0.32 0.37 0.35 0.33 0.50 0.57 0.57 0.45 0.62 0.71 0.95 0.72
O2' 0.85 0.84 0.85 0.92 0.87 0.89 0.89 1.06 0.87 0.85 0.84 0.89 0.83 0.80 0.88 0.91 1.07 1.21 1.47 1.26
O3' 0.61 0.53 0.66 0.68 0.45 0.59 0.53 0.62 0.54 0.54 0.45 0.49 0.63 0.75 0.62 0.61 0.74 0.89 1.06 0.86
O4' 0.47 0.41 0.52 0.61 0.34 0.44 0.39 0.50 0.39 0.40 0.36 0.40 0.52 0.74 0.66 0.45 0.68 0.81 1.03 0.80
O5' 0.83 0.77 0.92 0.98 0.85 0.79 0.91 0.82 0.88 0.82 0.77 0.91 0.76 1.11 0.99 0.77 0.94 1.15 1.36 1.16
OP1 1.06 0.93 1.14 1.20 1.04 1.08 1.16 1.15 1.14 1.04 0.92 1.08 0.89 1.36 1.22 1.06 1.19 1.42 1.57 1.40
OP2 1.81 1.68 1.91 2.00 1.77 1.83 1.90 1.87 1.88 1.79 1.65 1.77 1.60 1.95 1.93 1.77 2.00 2.22 2.38 2.22
P 1.22 1.12 1.32 1.38 1.20 1.21 1.30 1.24 1.28 1.20 1.10 1.23 1.07 1.49 1.37 1.17 1.33 1.56 1.73 1.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.35 0.01 0.26 0.34 0.32 0.24
C2 0.02 0.00 0.24 0.27 0.01 0.10 0.02 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.24 0.21 0.38 0.41 0.49 0.37
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.25 0.22 0.03 0.19 0.08 0.41 0.00 0.04 0.02 0.47 0.58 0.69 0.54
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.39 0.01 0.39 0.03 0.33 0.24 0.34 0.42 0.22 0.02 0.01 0.03 0.25 0.42 0.28 0.24
C4 0.02 0.01 0.07 0.39 0.00 0.17 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.22 0.04 0.56 0.63 0.82 0.64
C4' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.17 0.00 0.28 0.01 0.29 0.10 0.09 0.18 0.24 0.32 0.03 0.01 0.02 0.26 0.21 0.09
C5 0.02 0.02 0.16 0.39 0.01 0.28 0.00 0.51 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.50 0.25 0.17 0.64 0.71 0.87 0.75
C5' 0.13 0.24 0.25 0.03 0.38 0.01 0.51 0.00 0.48 0.25 0.28 0.41 0.32 0.14 0.24 0.03 0.01 0.25 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.33 0.01 0.29 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.48 0.19 0.23 0.57 0.56 0.66 0.60
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.17 0.02 0.38 0.38 0.46 0.37
N3 0.02 0.01 0.19 0.34 0.01 0.09 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.21 0.16 0.45 0.50 0.65 0.49
N4 0.02 0.02 0.08 0.42 0.01 0.18 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.40 0.26 0.05 0.60 0.73 0.94 0.73
O2 0.04 0.01 0.41 0.22 0.02 0.24 0.02 0.32 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.43 0.38 0.37 0.36 0.42 0.41 0.33
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.36 0.32 0.50 0.14 0.48 0.21 0.26 0.40 0.43 0.00 0.08 0.22 0.37 0.53 0.77 0.48
O3' 0.35 0.24 0.04 0.01 0.22 0.03 0.25 0.24 0.19 0.17 0.21 0.26 0.38 0.08 0.00 0.26 0.32 0.59 0.37 0.37
O4' 0.01 0.21 0.02 0.03 0.04 0.01 0.17 0.03 0.23 0.02 0.16 0.05 0.37 0.22 0.26 0.00 0.24 0.33 0.23 0.24
O5' 0.26 0.38 0.47 0.25 0.56 0.02 0.64 0.01 0.57 0.38 0.45 0.60 0.36 0.37 0.32 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.41 0.58 0.42 0.63 0.26 0.71 0.25 0.56 0.38 0.50 0.73 0.42 0.53 0.59 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.49 0.69 0.28 0.82 0.21 0.87 0.30 0.66 0.46 0.65 0.94 0.41 0.77 0.37 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.37 0.54 0.24 0.64 0.09 0.75 0.02 0.60 0.37 0.49 0.73 0.33 0.48 0.37 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00