ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 8980

back

Distances from reference structure (by RMSD)

50, 178, 98, 63, 17, 5, 7, 35, 29, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 11, 2, 0, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.150, 0.294, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.150 std_dev=0.145
C4 B 0, -0.004, 0.148, 0.300, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.148 std_dev=0.152
N9 A 0, 0.063, 0.257, 0.452, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.257 std_dev=0.194
N1 A 0, 0.097, 0.300, 0.504, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.300 std_dev=0.203
N3 A 0, 0.013, 0.223, 0.434, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.223 std_dev=0.210
C2 A 0, 0.083, 0.305, 0.528, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.305 std_dev=0.222
C5 A 0, 0.034, 0.275, 0.515, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.275 std_dev=0.240
C1' A 0, 0.041, 0.283, 0.525, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.283 std_dev=0.242
C6 A 0, 0.037, 0.300, 0.562, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.300 std_dev=0.262
C2' A 0, 0.054, 0.357, 0.660, 2.666 max_d=2.666 avg_d=0.357 std_dev=0.303
N9 B 0, -0.036, 0.287, 0.610, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.287 std_dev=0.323
O4' A 0, 0.014, 0.345, 0.676, 2.915 max_d=2.915 avg_d=0.345 std_dev=0.331
C8 A 0, 0.080, 0.421, 0.762, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.421 std_dev=0.341
O2' A 0, 0.144, 0.500, 0.856, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.500 std_dev=0.356
N7 A 0, 0.058, 0.446, 0.835, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.446 std_dev=0.389
N3 B 0, -0.096, 0.293, 0.682, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.293 std_dev=0.389
C2 B 0, -0.107, 0.301, 0.709, 3.314 max_d=3.314 avg_d=0.301 std_dev=0.408
C3' A 0, -0.015, 0.400, 0.815, 3.715 max_d=3.715 avg_d=0.400 std_dev=0.415
N6 A 0, 0.045, 0.461, 0.876, 2.477 max_d=2.477 avg_d=0.461 std_dev=0.415
N1 B 0, -0.093, 0.340, 0.773, 3.495 max_d=3.495 avg_d=0.340 std_dev=0.433
C4' A 0, -0.045, 0.398, 0.842, 3.799 max_d=3.799 avg_d=0.398 std_dev=0.444
C5 B 0, -0.204, 0.259, 0.721, 3.059 max_d=3.059 avg_d=0.259 std_dev=0.463
O5' A 0, -0.046, 0.465, 0.975, 4.280 max_d=4.280 avg_d=0.465 std_dev=0.510
O3' A 0, 0.047, 0.565, 1.084, 4.438 max_d=4.438 avg_d=0.565 std_dev=0.519
C8 B 0, -0.139, 0.412, 0.962, 3.001 max_d=3.001 avg_d=0.412 std_dev=0.550
C5' A 0, -0.045, 0.522, 1.090, 4.521 max_d=4.521 avg_d=0.522 std_dev=0.567
OP2 A 0, 0.023, 0.625, 1.227, 4.425 max_d=4.425 avg_d=0.625 std_dev=0.602
C1' B 0, -0.080, 0.525, 1.130, 3.636 max_d=3.636 avg_d=0.525 std_dev=0.605
P A 0, -0.036, 0.581, 1.198, 4.567 max_d=4.567 avg_d=0.581 std_dev=0.617
C6 B 0, -0.229, 0.391, 1.012, 3.868 max_d=3.868 avg_d=0.391 std_dev=0.620
N2 B 0, -0.212, 0.511, 1.235, 5.159 max_d=5.159 avg_d=0.511 std_dev=0.723
N7 B 0, -0.289, 0.445, 1.179, 4.660 max_d=4.660 avg_d=0.445 std_dev=0.734
O4' B 0, -0.141, 0.680, 1.500, 5.229 max_d=5.229 avg_d=0.680 std_dev=0.821
C2' B 0, -0.111, 0.729, 1.569, 3.582 max_d=3.582 avg_d=0.729 std_dev=0.840
OP1 A 0, -0.031, 0.901, 1.834, 5.279 max_d=5.279 avg_d=0.901 std_dev=0.932
O6 B 0, -0.360, 0.634, 1.627, 6.160 max_d=6.160 avg_d=0.634 std_dev=0.994
C3' B 0, -0.198, 0.846, 1.890, 4.670 max_d=4.670 avg_d=0.846 std_dev=1.044
O2' B 0, -0.139, 0.965, 2.070, 5.634 max_d=5.634 avg_d=0.965 std_dev=1.105
C4' B 0, -0.319, 0.902, 2.124, 5.728 max_d=5.728 avg_d=0.902 std_dev=1.221
O3' B 0, -0.213, 1.113, 2.440, 5.673 max_d=5.673 avg_d=1.113 std_dev=1.327
O5' B 0, -0.393, 1.080, 2.554, 7.195 max_d=7.195 avg_d=1.080 std_dev=1.474
C5' B 0, -0.456, 1.106, 2.668, 7.331 max_d=7.331 avg_d=1.106 std_dev=1.562
OP2 B 0, -0.482, 1.310, 3.103, 9.403 max_d=9.403 avg_d=1.310 std_dev=1.792
P B 0, -0.541, 1.318, 3.176, 9.257 max_d=9.257 avg_d=1.318 std_dev=1.859
OP1 B 0, -0.659, 1.582, 3.823, 10.902 max_d=10.902 avg_d=1.582 std_dev=2.241

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.12 0.22 0.12
C2 0.04 0.00 0.23 0.23 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.13 0.20 0.35 0.35 0.22
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.02 0.11 0.13 0.18 0.24 0.09 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.13 0.17 0.08
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.13 0.01 0.11 0.02 0.15 0.15 0.20 0.21 0.14 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.14 0.17 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.12 0.13 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.15 0.07 0.20 0.31 0.33 0.20
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.12 0.16 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.04 0.24 0.40 0.39 0.26
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.12 0.08 0.17 0.17 0.09 0.06 0.05 0.02 0.01 0.18 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.06 0.25 0.45 0.42 0.28
C8 0.02 0.01 0.13 0.15 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.17 0.09 0.24 0.32 0.33 0.25
N1 0.03 0.00 0.18 0.20 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.10 0.23 0.41 0.40 0.25
N3 0.04 0.00 0.24 0.21 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.26 0.12 0.18 0.29 0.32 0.19
N6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.18 0.05 0.28 0.52 0.45 0.32
N7 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.15 0.06 0.27 0.42 0.40 0.30
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.17 0.24 0.28 0.18
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.09 0.06 0.06 0.06 0.10 0.10 0.16 0.20 0.08 0.07 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.12 0.15 0.07
O3' 0.02 0.29 0.03 0.01 0.15 0.02 0.13 0.05 0.18 0.17 0.25 0.26 0.18 0.15 0.06 0.05 0.00 0.02 0.15 0.24 0.16 0.14
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.12 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.13 0.22 0.14
O5' 0.10 0.20 0.11 0.14 0.20 0.02 0.24 0.01 0.25 0.24 0.23 0.18 0.28 0.27 0.17 0.06 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.35 0.13 0.17 0.31 0.12 0.40 0.18 0.45 0.32 0.41 0.29 0.52 0.42 0.24 0.12 0.24 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.35 0.17 0.14 0.33 0.16 0.39 0.17 0.42 0.33 0.40 0.32 0.45 0.40 0.28 0.15 0.16 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.22 0.08 0.09 0.20 0.05 0.26 0.02 0.28 0.25 0.25 0.19 0.32 0.30 0.18 0.07 0.14 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.67 0.43 0.87 0.80 0.36 0.70 0.31 0.62 0.42 0.34 0.30 0.67 0.55 0.39 0.42 1.12 0.99 0.58 0.48 0.71 0.73 0.64 0.53
C2 0.79 0.23 1.02 1.03 0.37 1.00 0.55 0.92 0.70 0.60 0.43 0.44 0.41 0.73 0.52 1.30 1.25 0.80 0.77 1.08 0.91 0.73 0.73
C2' 0.62 0.46 0.82 0.72 0.38 0.63 0.35 0.61 0.44 0.37 0.33 0.69 0.55 0.43 0.42 1.04 0.89 0.53 0.51 0.71 0.82 0.76 0.62
C3' 0.57 0.55 0.76 0.64 0.40 0.54 0.33 0.58 0.39 0.31 0.39 0.79 0.59 0.36 0.40 0.97 0.80 0.46 0.52 0.59 0.89 0.83 0.69
C4 0.73 0.29 0.93 0.89 0.34 0.84 0.41 0.74 0.56 0.45 0.32 0.53 0.48 0.55 0.46 1.19 1.08 0.69 0.59 0.92 0.74 0.62 0.57
C4' 0.55 0.54 0.77 0.66 0.38 0.53 0.29 0.55 0.38 0.27 0.39 0.78 0.57 0.31 0.37 0.99 0.84 0.43 0.45 0.57 0.84 0.75 0.62
C5 0.74 0.28 0.91 0.87 0.34 0.85 0.43 0.75 0.59 0.47 0.35 0.53 0.47 0.57 0.47 1.15 1.03 0.72 0.61 0.96 0.72 0.59 0.57
C5' 0.48 0.58 0.69 0.57 0.39 0.44 0.33 0.55 0.41 0.27 0.47 0.81 0.57 0.33 0.35 0.88 0.74 0.35 0.48 0.55 0.90 0.80 0.69
C6 0.78 0.26 0.95 0.95 0.37 0.97 0.55 0.88 0.71 0.59 0.46 0.49 0.41 0.72 0.52 1.21 1.12 0.81 0.74 1.08 0.83 0.67 0.69
C8 0.66 0.44 0.81 0.72 0.36 0.67 0.28 0.58 0.40 0.32 0.28 0.71 0.57 0.36 0.42 1.02 0.87 0.58 0.44 0.69 0.63 0.54 0.45
N1 0.80 0.25 1.00 1.03 0.39 1.04 0.60 0.97 0.75 0.64 0.49 0.47 0.39 0.78 0.54 1.28 1.24 0.84 0.81 1.12 0.93 0.74 0.77
N3 0.76 0.25 0.99 0.97 0.35 0.92 0.47 0.82 0.62 0.51 0.36 0.48 0.45 0.63 0.49 1.26 1.19 0.73 0.67 0.99 0.83 0.68 0.64
N6 0.80 0.32 0.93 0.95 0.40 1.01 0.61 0.94 0.76 0.64 0.54 0.54 0.40 0.78 0.55 1.17 1.09 0.87 0.80 1.10 0.87 0.70 0.75
N7 0.69 0.37 0.82 0.75 0.34 0.73 0.32 0.62 0.47 0.37 0.30 0.64 0.53 0.43 0.44 1.02 0.88 0.64 0.49 0.80 0.62 0.52 0.46
N9 0.69 0.39 0.88 0.80 0.35 0.73 0.32 0.64 0.45 0.36 0.28 0.64 0.53 0.43 0.43 1.12 0.98 0.62 0.50 0.78 0.69 0.59 0.51
O2' 0.63 0.44 0.84 0.75 0.37 0.66 0.35 0.62 0.44 0.36 0.31 0.66 0.54 0.44 0.42 1.08 0.93 0.55 0.52 0.72 0.83 0.78 0.63
O3' 0.55 0.58 0.73 0.61 0.43 0.53 0.36 0.63 0.41 0.34 0.43 0.80 0.60 0.38 0.41 0.93 0.75 0.46 0.61 0.57 1.01 0.95 0.81
O4' 0.65 0.50 0.87 0.78 0.39 0.66 0.29 0.60 0.38 0.31 0.35 0.74 0.58 0.33 0.43 1.11 0.98 0.54 0.45 0.62 0.74 0.63 0.52
O5' 0.47 0.63 0.68 0.55 0.39 0.42 0.27 0.52 0.36 0.20 0.48 0.87 0.59 0.23 0.34 0.86 0.70 0.34 0.47 0.46 0.88 0.75 0.66
OP1 0.52 0.75 0.65 0.62 0.59 0.68 0.60 0.99 0.66 0.55 0.72 0.91 0.67 0.60 0.54 0.70 0.63 0.64 0.94 0.73 1.34 1.20 1.16
OP2 0.48 0.72 0.53 0.41 0.52 0.26 0.47 0.35 0.54 0.41 0.68 0.87 0.64 0.42 0.45 0.62 0.52 0.33 0.33 0.52 0.68 0.56 0.49
P 0.39 0.64 0.58 0.47 0.40 0.35 0.36 0.57 0.46 0.26 0.57 0.84 0.56 0.31 0.32 0.71 0.58 0.29 0.52 0.53 0.94 0.79 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.15 0.02 0.16 0.23 0.15
C2 0.04 0.00 0.21 0.22 0.01 0.24 0.01 0.51 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.23 0.17 0.45 0.02 0.73 0.60 0.56
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.02 0.09 0.11 0.13 0.09 0.18 0.24 0.20 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.19 0.13 0.22 0.25 0.19
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.02 0.18 0.24 0.19 0.28 0.20 0.23 0.12 0.02 0.01 0.02 0.19 0.20 0.21 0.19 0.15
C4 0.02 0.01 0.12 0.13 0.00 0.11 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.09 0.25 0.01 0.36 0.36 0.29
C4' 0.01 0.24 0.02 0.00 0.11 0.00 0.07 0.01 0.10 0.18 0.18 0.31 0.23 0.14 0.05 0.15 0.02 0.00 0.02 0.09 0.11 0.17 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.17 0.00 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.05 0.27 0.01 0.31 0.36 0.29
C5' 0.07 0.51 0.11 0.02 0.27 0.01 0.22 0.00 0.29 0.25 0.42 0.63 0.47 0.23 0.13 0.07 0.11 0.02 0.01 0.27 0.14 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.18 0.01 0.10 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.08 0.28 0.01 0.42 0.41 0.34
C8 0.02 0.01 0.09 0.24 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.10 0.43 0.02 0.35 0.45 0.42
N1 0.04 0.01 0.18 0.19 0.01 0.18 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.21 0.13 0.37 0.01 0.62 0.52 0.47
N2 0.05 0.01 0.24 0.28 0.01 0.31 0.01 0.63 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.28 0.20 0.57 0.02 0.94 0.75 0.73
N3 0.04 0.01 0.20 0.20 0.00 0.23 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.21 0.17 0.40 0.01 0.61 0.52 0.48
N7 0.01 0.01 0.07 0.23 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.18 0.06 0.39 0.03 0.34 0.47 0.41
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.23 0.02 0.21 0.28 0.22
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.12 0.15 0.15 0.07 0.17 0.15 0.19 0.23 0.17 0.16 0.09 0.00 0.05 0.10 0.14 0.18 0.16 0.24 0.14
O3' 0.12 0.23 0.03 0.01 0.13 0.02 0.15 0.11 0.19 0.15 0.21 0.28 0.21 0.18 0.07 0.05 0.00 0.09 0.22 0.21 0.33 0.28 0.24
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.10 0.13 0.20 0.17 0.06 0.01 0.10 0.09 0.00 0.11 0.07 0.14 0.22 0.12
O5' 0.15 0.45 0.19 0.19 0.25 0.02 0.27 0.01 0.28 0.43 0.37 0.57 0.40 0.39 0.23 0.14 0.22 0.11 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.13 0.20 0.01 0.09 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.18 0.21 0.07 0.29 0.00 0.40 0.42 0.35
OP1 0.16 0.73 0.22 0.21 0.36 0.11 0.31 0.14 0.42 0.35 0.62 0.94 0.61 0.34 0.21 0.16 0.33 0.14 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.60 0.25 0.19 0.36 0.17 0.36 0.17 0.41 0.45 0.52 0.75 0.52 0.47 0.28 0.24 0.28 0.22 0.02 0.42 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.56 0.19 0.15 0.29 0.05 0.29 0.02 0.34 0.42 0.47 0.73 0.48 0.41 0.22 0.14 0.24 0.12 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00