ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 8988

back

Distances from reference structure (by RMSD)

22, 202, 171, 58, 12, 14, 4, 10, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.044, 0.114, 0.184, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.114 std_dev=0.070
N3 A 0, 0.067, 0.156, 0.245, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.156 std_dev=0.089
C4 A 0, 0.026, 0.115, 0.205, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.115 std_dev=0.090
C6 B 0, 0.076, 0.195, 0.313, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.195 std_dev=0.119
C2 B 0, 0.084, 0.208, 0.331, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.208 std_dev=0.124
C2 A 0, 0.060, 0.198, 0.337, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.198 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.100, 0.256, 0.412, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.256 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.101, 0.257, 0.414, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.257 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.103, 0.265, 0.427, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.265 std_dev=0.162
C4 B 0, 0.097, 0.259, 0.422, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.259 std_dev=0.163
C5 A 0, 0.048, 0.224, 0.399, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.224 std_dev=0.175
N1 A 0, 0.024, 0.219, 0.413, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.219 std_dev=0.194
N9 A 0, 0.006, 0.208, 0.410, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.208 std_dev=0.202
C6 A 0, 0.045, 0.256, 0.468, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.256 std_dev=0.212
O2 B 0, 0.123, 0.349, 0.575, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.349 std_dev=0.226
O4 B 0, 0.152, 0.390, 0.627, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.390 std_dev=0.237
C1' A 0, 0.030, 0.308, 0.585, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.308 std_dev=0.278
C8 A 0, 0.052, 0.339, 0.626, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.339 std_dev=0.287
N7 A 0, 0.079, 0.367, 0.655, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.367 std_dev=0.288
N6 A 0, 0.086, 0.418, 0.750, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.418 std_dev=0.332
C2' A 0, 0.548, 0.883, 1.218, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.883 std_dev=0.335
O4' A 0, 0.549, 1.030, 1.510, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.030 std_dev=0.481
O4' B 0, 0.696, 1.178, 1.660, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.178 std_dev=0.482
C2' B 0, 0.709, 1.204, 1.699, 3.175 max_d=3.175 avg_d=1.204 std_dev=0.495
O2' A 0, 0.901, 1.457, 2.012, 3.109 max_d=3.109 avg_d=1.457 std_dev=0.555
C3' B 0, 0.932, 1.595, 2.257, 3.580 max_d=3.580 avg_d=1.595 std_dev=0.662
C4' B 0, 1.054, 1.747, 2.441, 3.295 max_d=3.295 avg_d=1.747 std_dev=0.693
C4' A 0, 0.757, 1.459, 2.162, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.459 std_dev=0.703
C3' A 0, 0.603, 1.368, 2.133, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.368 std_dev=0.765
O2' B 0, 1.334, 2.130, 2.926, 4.773 max_d=4.773 avg_d=2.130 std_dev=0.796
O3' B 0, 1.197, 2.037, 2.876, 3.798 max_d=3.798 avg_d=2.037 std_dev=0.839
C5' A 0, 1.125, 2.063, 3.001, 4.453 max_d=4.453 avg_d=2.063 std_dev=0.938
C5' B 0, 1.447, 2.521, 3.594, 5.711 max_d=5.711 avg_d=2.521 std_dev=1.074
O5' B 0, 1.165, 2.258, 3.352, 7.209 max_d=7.209 avg_d=2.258 std_dev=1.093
O3' A 0, 0.921, 2.033, 3.145, 4.003 max_d=4.003 avg_d=2.033 std_dev=1.112
O5' A 0, 0.716, 2.021, 3.326, 6.480 max_d=6.480 avg_d=2.021 std_dev=1.305
P B 0, 1.380, 2.755, 4.131, 10.324 max_d=10.324 avg_d=2.755 std_dev=1.375
OP1 B 0, 1.640, 3.107, 4.574, 11.312 max_d=11.312 avg_d=3.107 std_dev=1.467
OP2 B 0, 1.231, 2.808, 4.386, 11.491 max_d=11.491 avg_d=2.808 std_dev=1.577
P A 0, 0.769, 2.665, 4.562, 8.688 max_d=8.688 avg_d=2.665 std_dev=1.896
OP1 A 0, 0.868, 2.797, 4.727, 10.588 max_d=10.588 avg_d=2.797 std_dev=1.930
OP2 A 0, 1.458, 3.629, 5.799, 9.796 max_d=9.796 avg_d=3.629 std_dev=2.170

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.34 0.01 0.28 0.52 0.54 0.30
C2 0.04 0.00 0.50 0.43 0.01 0.19 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.41 0.35 0.48 0.77 0.95 0.64
C2' 0.01 0.50 0.00 0.01 0.26 0.02 0.14 0.22 0.24 0.24 0.39 0.49 0.18 0.13 0.04 0.00 0.05 0.02 0.58 0.68 0.90 0.57
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.36 0.01 0.42 0.03 0.46 0.34 0.47 0.37 0.49 0.40 0.26 0.02 0.01 0.03 0.40 0.54 0.60 0.36
C4 0.02 0.01 0.26 0.36 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.25 0.18 0.40 0.65 0.84 0.50
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.16 0.28 0.16 0.18 0.20 0.27 0.13 0.33 0.04 0.01 0.02 0.50 0.28 0.23
C5 0.01 0.01 0.14 0.42 0.00 0.17 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.24 0.08 0.44 0.72 0.93 0.58
C5' 0.10 0.31 0.22 0.03 0.24 0.01 0.35 0.00 0.35 0.46 0.32 0.27 0.41 0.47 0.24 0.13 0.24 0.02 0.01 0.29 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.46 0.01 0.16 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.30 0.16 0.46 0.78 1.01 0.64
C8 0.02 0.01 0.24 0.34 0.01 0.28 0.01 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.48 0.22 0.21 0.49 0.70 0.83 0.53
N1 0.03 0.01 0.39 0.47 0.01 0.16 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.36 0.27 0.47 0.79 1.01 0.67
N3 0.04 0.00 0.49 0.37 0.01 0.18 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.40 0.35 0.44 0.69 0.86 0.56
N6 0.02 0.01 0.18 0.49 0.01 0.20 0.01 0.41 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.36 0.32 0.11 0.48 0.83 1.06 0.69
N7 0.01 0.01 0.13 0.40 0.01 0.27 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.47 0.25 0.12 0.49 0.77 0.94 0.60
N9 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.36 0.58 0.72 0.41
O2' 0.03 0.42 0.00 0.02 0.24 0.33 0.32 0.13 0.32 0.48 0.34 0.41 0.36 0.47 0.23 0.00 0.08 0.23 0.41 0.74 0.81 0.50
O3' 0.34 0.41 0.05 0.01 0.25 0.04 0.24 0.24 0.30 0.22 0.36 0.40 0.32 0.25 0.16 0.08 0.00 0.24 0.35 0.72 0.55 0.38
O4' 0.01 0.35 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.02 0.16 0.21 0.27 0.35 0.11 0.12 0.02 0.23 0.24 0.00 0.22 0.54 0.42 0.35
O5' 0.28 0.48 0.58 0.40 0.40 0.02 0.44 0.01 0.46 0.49 0.47 0.44 0.48 0.49 0.36 0.41 0.35 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 0.77 0.68 0.54 0.65 0.50 0.72 0.29 0.78 0.70 0.79 0.69 0.83 0.77 0.58 0.74 0.72 0.54 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.95 0.90 0.60 0.84 0.28 0.93 0.30 1.01 0.83 1.01 0.86 1.06 0.94 0.72 0.81 0.55 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.64 0.57 0.36 0.50 0.23 0.58 0.02 0.64 0.53 0.67 0.56 0.69 0.60 0.41 0.50 0.38 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.36 0.46 0.57 0.45 0.39 0.45 0.46 0.41 0.37 0.39 0.35 0.46 0.53 0.50 0.36 0.67 0.82 0.99 0.83
C2 0.26 0.20 0.50 0.47 0.21 0.33 0.20 0.35 0.19 0.21 0.18 0.25 0.44 0.56 0.26 0.37 0.50 0.57 0.72 0.58
C2' 0.42 0.41 0.45 0.51 0.53 0.42 0.55 0.48 0.50 0.44 0.44 0.39 0.46 0.46 0.61 0.48 0.66 0.78 0.96 0.77
C3' 0.60 0.60 0.64 0.72 0.62 0.61 0.63 0.64 0.61 0.60 0.60 0.62 0.63 0.65 0.64 0.61 0.74 0.85 0.97 0.85
C4 0.24 0.22 0.44 0.47 0.24 0.28 0.23 0.32 0.21 0.21 0.21 0.26 0.38 0.49 0.29 0.29 0.52 0.61 0.77 0.62
C4' 0.58 0.58 0.57 0.70 0.74 0.65 0.77 0.75 0.71 0.63 0.63 0.51 0.60 0.63 0.81 0.64 0.85 1.04 1.15 1.05
C5 0.24 0.21 0.45 0.45 0.20 0.28 0.19 0.30 0.18 0.20 0.18 0.27 0.39 0.47 0.25 0.30 0.48 0.54 0.68 0.55
C5' 0.83 0.80 0.73 0.84 0.98 0.88 1.04 0.99 0.97 0.87 0.84 0.70 0.78 0.76 1.05 0.93 1.03 1.23 1.30 1.24
C6 0.25 0.20 0.49 0.43 0.26 0.31 0.23 0.33 0.21 0.21 0.23 0.23 0.42 0.50 0.31 0.36 0.46 0.51 0.62 0.52
C8 0.41 0.42 0.50 0.57 0.41 0.43 0.40 0.47 0.40 0.41 0.41 0.43 0.52 0.53 0.41 0.41 0.62 0.74 0.85 0.74
N1 0.31 0.25 0.53 0.47 0.26 0.37 0.26 0.40 0.25 0.26 0.25 0.28 0.48 0.57 0.30 0.42 0.51 0.56 0.68 0.56
N3 0.21 0.18 0.45 0.46 0.22 0.27 0.20 0.31 0.17 0.17 0.17 0.23 0.38 0.51 0.28 0.30 0.51 0.60 0.78 0.62
N6 0.30 0.30 0.53 0.43 0.39 0.36 0.36 0.39 0.32 0.30 0.37 0.27 0.48 0.52 0.43 0.42 0.48 0.52 0.58 0.51
N7 0.36 0.35 0.48 0.52 0.26 0.37 0.26 0.38 0.29 0.33 0.30 0.41 0.48 0.50 0.27 0.37 0.53 0.61 0.71 0.61
N9 0.32 0.33 0.46 0.53 0.37 0.36 0.36 0.41 0.34 0.33 0.34 0.34 0.44 0.51 0.40 0.34 0.60 0.72 0.87 0.73
O2' 0.77 0.72 0.66 0.69 0.82 0.76 0.86 0.82 0.83 0.77 0.74 0.68 0.67 0.63 0.85 0.87 0.95 1.04 1.22 1.05
O3' 0.55 0.54 0.57 0.65 0.63 0.58 0.66 0.63 0.62 0.57 0.56 0.53 0.55 0.58 0.67 0.59 0.75 0.88 1.01 0.88
O4' 0.50 0.50 0.53 0.68 0.72 0.59 0.75 0.71 0.67 0.56 0.58 0.42 0.56 0.62 0.82 0.55 0.87 1.07 1.22 1.09
O5' 0.86 0.83 0.80 0.91 1.05 0.93 1.11 1.06 1.03 0.91 0.88 0.74 0.88 0.86 1.14 0.96 1.10 1.30 1.41 1.33
OP1 0.94 0.92 0.96 1.00 1.05 0.98 1.11 1.09 1.05 0.96 0.94 0.89 1.11 1.03 1.11 0.99 1.14 1.30 1.44 1.28
OP2 1.09 1.08 1.14 1.15 1.23 1.12 1.30 1.21 1.22 1.12 1.11 1.06 1.29 1.20 1.31 1.14 1.26 1.42 1.55 1.42
P 0.81 0.79 0.81 0.83 0.97 0.84 1.05 0.95 0.96 0.84 0.82 0.75 1.02 0.86 1.07 0.88 1.00 1.19 1.33 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.27 0.02 0.01 0.21 0.25 0.30 0.22
C2 0.02 0.00 0.19 0.25 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.02 0.13 0.33 0.37 0.44 0.36
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.17 0.18 0.03 0.14 0.34 0.00 0.03 0.08 0.02 0.43 0.50 0.51 0.43
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.35 0.01 0.35 0.02 0.30 0.21 0.31 0.24 0.02 0.01 0.37 0.02 0.29 0.37 0.26 0.24
C4 0.02 0.01 0.07 0.35 0.00 0.15 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.21 0.01 0.04 0.48 0.60 0.68 0.58
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.21 0.09 0.09 0.14 0.27 0.03 0.16 0.01 0.02 0.18 0.24 0.09
C5 0.02 0.01 0.15 0.35 0.01 0.21 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.26 0.01 0.12 0.52 0.64 0.69 0.62
C5' 0.06 0.12 0.17 0.02 0.21 0.01 0.28 0.00 0.25 0.11 0.15 0.18 0.11 0.19 0.24 0.02 0.01 0.21 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.30 0.01 0.21 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.21 0.01 0.15 0.46 0.50 0.54 0.49
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.11 0.02 0.02 0.32 0.34 0.39 0.33
N3 0.02 0.01 0.14 0.31 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.01 0.09 0.40 0.48 0.57 0.47
O2 0.04 0.01 0.34 0.24 0.02 0.14 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.33 0.02 0.22 0.31 0.34 0.41 0.34
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.33 0.27 0.39 0.11 0.36 0.19 0.23 0.25 0.00 0.06 0.35 0.18 0.27 0.40 0.52 0.33
O3' 0.27 0.19 0.03 0.01 0.21 0.03 0.26 0.19 0.21 0.11 0.17 0.33 0.06 0.00 0.25 0.18 0.33 0.48 0.42 0.34
O4 0.02 0.02 0.08 0.37 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.35 0.25 0.00 0.05 0.52 0.68 0.77 0.64
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.15 0.02 0.09 0.22 0.18 0.18 0.05 0.00 0.14 0.24 0.33 0.23
O5' 0.21 0.33 0.43 0.29 0.48 0.02 0.52 0.01 0.46 0.32 0.40 0.31 0.27 0.33 0.52 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.37 0.50 0.37 0.60 0.18 0.64 0.21 0.50 0.34 0.48 0.34 0.40 0.48 0.68 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.44 0.51 0.26 0.68 0.24 0.69 0.29 0.54 0.39 0.57 0.41 0.52 0.42 0.77 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.36 0.43 0.24 0.58 0.09 0.62 0.02 0.49 0.33 0.47 0.34 0.33 0.34 0.64 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00