ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 9126

back

Distances from reference structure (by RMSD)

12, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, -0.033, 0.107, 0.247, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.107 std_dev=0.140
C2 B 0, 0.006, 0.164, 0.321, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.164 std_dev=0.157
N1 B 0, -0.050, 0.141, 0.332, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.141 std_dev=0.191
N3 B 0, -0.024, 0.198, 0.420, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.198 std_dev=0.222
N9 A 0, -0.055, 0.180, 0.415, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.180 std_dev=0.235
C1' B 0, -0.079, 0.200, 0.479, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.200 std_dev=0.279
O2 B 0, -0.018, 0.339, 0.696, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.339 std_dev=0.357
C6 B 0, -0.080, 0.293, 0.666, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.293 std_dev=0.373
C4 B 0, -0.112, 0.283, 0.679, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.283 std_dev=0.396
C5 B 0, -0.114, 0.365, 0.844, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.365 std_dev=0.479
N3 A 0, -0.186, 0.300, 0.786, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.300 std_dev=0.486
C1' A 0, -0.172, 0.321, 0.814, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.321 std_dev=0.493
O4 B 0, -0.155, 0.389, 0.932, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.389 std_dev=0.543
C5 A 0, -0.241, 0.325, 0.891, 2.484 max_d=2.484 avg_d=0.325 std_dev=0.566
C2 A 0, -0.171, 0.402, 0.975, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.402 std_dev=0.573
N1 A 0, -0.187, 0.413, 1.013, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.413 std_dev=0.600
O4' A 0, -0.198, 0.449, 1.096, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.449 std_dev=0.647
O4' B 0, -0.232, 0.439, 1.111, 2.100 max_d=2.100 avg_d=0.439 std_dev=0.672
C8 A 0, -0.274, 0.407, 1.087, 3.049 max_d=3.049 avg_d=0.407 std_dev=0.680
C6 A 0, -0.273, 0.446, 1.164, 2.722 max_d=2.722 avg_d=0.446 std_dev=0.718
C2' A 0, -0.412, 0.426, 1.264, 3.963 max_d=3.963 avg_d=0.426 std_dev=0.838
N7 A 0, -0.421, 0.498, 1.418, 4.266 max_d=4.266 avg_d=0.498 std_dev=0.919
C2' B 0, -0.398, 0.548, 1.495, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.548 std_dev=0.946
C4' B 0, -0.416, 0.633, 1.683, 3.368 max_d=3.368 avg_d=0.633 std_dev=1.050
O2' B 0, -0.494, 0.675, 1.843, 4.162 max_d=4.162 avg_d=0.675 std_dev=1.168
N6 A 0, -0.496, 0.674, 1.844, 4.881 max_d=4.881 avg_d=0.674 std_dev=1.170
C4' A 0, -0.421, 0.754, 1.930, 3.120 max_d=3.120 avg_d=0.754 std_dev=1.176
O2' A 0, -0.531, 0.733, 1.996, 5.238 max_d=5.238 avg_d=0.733 std_dev=1.263
C3' B 0, -0.571, 0.732, 2.035, 4.314 max_d=4.314 avg_d=0.732 std_dev=1.303
C5' A 0, -0.488, 0.894, 2.275, 3.905 max_d=3.905 avg_d=0.894 std_dev=1.382
O5' A 0, -0.518, 0.930, 2.379, 4.798 max_d=4.798 avg_d=0.930 std_dev=1.449
C3' A 0, -0.612, 0.885, 2.383, 5.211 max_d=5.211 avg_d=0.885 std_dev=1.498
C5' B 0, -0.750, 1.023, 2.795, 6.008 max_d=6.008 avg_d=1.023 std_dev=1.772
O3' B 0, -0.845, 1.039, 2.923, 6.387 max_d=6.387 avg_d=1.039 std_dev=1.884
OP1 A 0, -0.784, 1.200, 3.183, 7.921 max_d=7.921 avg_d=1.200 std_dev=1.984
P A 0, -0.780, 1.237, 3.253, 7.050 max_d=7.050 avg_d=1.237 std_dev=2.016
O3' A 0, -0.934, 1.262, 3.458, 7.412 max_d=7.412 avg_d=1.262 std_dev=2.196
O5' B 0, -0.964, 1.279, 3.523, 7.379 max_d=7.379 avg_d=1.279 std_dev=2.244
OP2 A 0, -0.911, 1.443, 3.797, 6.872 max_d=6.872 avg_d=1.443 std_dev=2.354
P B 0, -1.433, 1.762, 4.958, 10.421 max_d=10.421 avg_d=1.762 std_dev=3.195
OP2 B 0, -1.500, 1.854, 5.208, 11.492 max_d=11.492 avg_d=1.854 std_dev=3.354
OP1 B 0, -1.655, 2.192, 6.038, 11.936 max_d=11.936 avg_d=2.192 std_dev=3.846

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.31 0.00 0.33 0.49 0.32 0.26
C2 0.03 0.00 0.22 0.29 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.20 0.08 0.33 0.72 0.68 0.37
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.20 0.12 0.09 0.18 0.22 0.10 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.55 0.69 0.30 0.52
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.31 0.00 0.40 0.02 0.42 0.35 0.37 0.24 0.46 0.42 0.25 0.02 0.01 0.01 0.22 0.29 0.21 0.16
C4 0.01 0.01 0.13 0.31 0.00 0.12 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.14 0.04 0.34 0.70 0.63 0.35
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.18 0.20 0.14 0.07 0.22 0.23 0.11 0.27 0.03 0.00 0.01 0.21 0.17 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.40 0.01 0.18 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.20 0.04 0.35 0.77 0.78 0.42
C5' 0.06 0.12 0.20 0.02 0.13 0.01 0.21 0.00 0.23 0.21 0.18 0.08 0.29 0.26 0.10 0.09 0.18 0.01 0.01 0.21 0.19 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.42 0.01 0.18 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.22 0.05 0.35 0.79 0.84 0.45
C8 0.03 0.01 0.09 0.35 0.01 0.20 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.20 0.08 0.38 0.71 0.65 0.38
N1 0.03 0.01 0.18 0.37 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.18 0.06 0.34 0.77 0.79 0.42
N3 0.03 0.00 0.22 0.24 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.23 0.08 0.32 0.67 0.59 0.33
N6 0.02 0.01 0.10 0.46 0.01 0.22 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.32 0.28 0.05 0.35 0.82 0.93 0.49
N7 0.02 0.01 0.06 0.42 0.01 0.23 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.27 0.07 0.36 0.78 0.82 0.44
N9 0.00 0.01 0.03 0.25 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.11 0.02 0.36 0.65 0.51 0.32
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.23 0.27 0.28 0.09 0.30 0.22 0.29 0.22 0.32 0.27 0.18 0.00 0.06 0.21 0.32 0.57 0.24 0.39
O3' 0.31 0.20 0.03 0.01 0.14 0.03 0.20 0.18 0.22 0.20 0.18 0.23 0.28 0.27 0.11 0.06 0.00 0.23 0.28 0.52 0.34 0.28
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.02 0.21 0.23 0.00 0.16 0.28 0.30 0.19
O5' 0.33 0.33 0.55 0.22 0.34 0.01 0.35 0.01 0.35 0.38 0.34 0.32 0.35 0.36 0.36 0.32 0.28 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.49 0.72 0.69 0.29 0.70 0.21 0.77 0.21 0.79 0.71 0.77 0.67 0.82 0.78 0.65 0.57 0.52 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.68 0.30 0.21 0.63 0.17 0.78 0.19 0.84 0.65 0.79 0.59 0.93 0.82 0.51 0.24 0.34 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.37 0.52 0.16 0.35 0.06 0.42 0.01 0.45 0.38 0.42 0.33 0.49 0.44 0.32 0.39 0.28 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.38 0.45 0.73 0.43 0.83 0.44 1.21 0.46 0.41 0.42 0.37 0.48 0.73 0.51 0.70 1.69 2.16 2.38 2.06
C2 0.56 0.27 0.63 0.58 0.39 0.62 0.48 0.76 0.62 0.47 0.34 0.24 0.74 0.55 0.65 0.59 0.99 1.13 1.13 1.09
C2' 0.60 0.41 0.70 0.99 0.37 1.02 0.50 1.39 0.60 0.53 0.36 0.40 0.72 1.06 0.38 0.83 1.91 2.50 2.65 2.31
C3' 0.68 0.45 0.79 1.11 0.36 1.17 0.55 1.58 0.67 0.60 0.34 0.43 0.79 1.20 0.25 0.95 2.12 2.82 2.95 2.59
C4 0.39 0.18 0.46 0.47 0.16 0.51 0.31 0.76 0.43 0.33 0.17 0.17 0.58 0.45 0.29 0.43 1.02 1.29 1.44 1.23
C4' 0.50 0.38 0.57 0.88 0.35 0.98 0.45 1.41 0.51 0.46 0.34 0.36 0.58 0.91 0.34 0.81 1.92 2.56 2.74 2.39
C5 0.57 0.35 0.57 0.50 0.34 0.56 0.60 0.74 0.66 0.53 0.25 0.28 0.67 0.46 0.21 0.53 0.65 0.91 0.94 0.81
C5' 0.44 0.32 0.55 0.81 0.27 0.86 0.38 1.28 0.45 0.41 0.26 0.31 0.58 0.87 0.21 0.67 1.72 2.36 2.51 2.16
C6 0.79 0.54 0.74 0.65 0.58 0.75 0.89 0.87 0.92 0.76 0.43 0.44 0.81 0.60 0.41 0.76 0.59 0.79 0.59 0.68
C8 0.39 0.23 0.42 0.46 0.20 0.51 0.38 0.81 0.44 0.36 0.15 0.18 0.53 0.47 0.14 0.39 0.92 1.29 1.44 1.17
N1 0.72 0.38 0.73 0.63 0.30 0.69 0.76 0.77 0.85 0.66 0.19 0.28 0.81 0.58 0.14 0.69 0.64 0.81 0.51 0.70
N3 0.49 0.35 0.55 0.61 0.49 0.67 0.49 0.91 0.54 0.44 0.44 0.34 0.64 0.58 0.67 0.62 1.29 1.51 1.67 1.48
N6 1.09 0.89 0.96 0.94 1.05 1.11 1.29 1.25 1.26 1.09 0.83 0.75 0.99 0.85 0.94 1.14 0.90 1.09 0.87 1.01
N7 0.61 0.43 0.58 0.54 0.46 0.63 0.67 0.85 0.70 0.58 0.36 0.35 0.66 0.51 0.37 0.58 0.69 1.00 1.07 0.88
N9 0.32 0.18 0.40 0.52 0.17 0.57 0.25 0.89 0.34 0.27 0.18 0.19 0.49 0.52 0.26 0.44 1.21 1.58 1.77 1.49
O2' 1.03 1.00 1.04 1.50 1.01 1.57 1.04 1.96 1.05 1.02 1.02 1.00 0.89 1.55 1.02 1.38 2.57 3.18 3.32 2.98
O3' 1.12 0.89 1.17 1.63 0.84 1.75 1.03 2.23 1.12 1.05 0.81 0.85 1.07 1.69 0.74 1.53 2.82 3.60 3.75 3.37
O4' 0.36 0.34 0.38 0.68 0.39 0.80 0.38 1.21 0.39 0.36 0.38 0.34 0.41 0.67 0.46 0.67 1.67 2.18 2.41 2.07
O5' 0.52 0.47 0.62 0.95 0.39 0.98 0.42 1.35 0.48 0.49 0.42 0.49 0.56 1.04 0.36 0.78 1.81 2.39 2.51 2.17
OP1 0.71 0.78 0.83 1.27 0.73 1.26 0.67 1.64 0.67 0.72 0.78 0.83 0.63 1.41 0.74 0.99 1.93 2.51 2.63 2.28
OP2 0.95 0.97 0.96 0.90 1.00 0.93 1.02 1.15 1.01 0.99 0.97 0.94 1.03 0.91 1.00 0.89 1.29 1.79 1.78 1.57
P 0.53 0.52 0.63 0.96 0.49 0.98 0.51 1.35 0.53 0.53 0.49 0.52 0.56 1.07 0.47 0.75 1.67 2.27 2.33 2.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.17 0.20 0.09
C2 0.05 0.00 0.12 0.21 0.02 0.26 0.05 0.46 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.19 0.02 0.25 0.50 0.67 0.79 0.66
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.02 0.10 0.02 0.13 0.02 0.10 0.21 0.00 0.02 0.05 0.01 0.15 0.26 0.11 0.11
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.03 0.18 0.06 0.20 0.33 0.02 0.01 0.15 0.02 0.25 0.41 0.08 0.21
C4 0.02 0.02 0.04 0.13 0.00 0.09 0.01 0.19 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.01 0.06 0.20 0.21 0.57 0.12
C4' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.09 0.00 0.27 0.01 0.31 0.04 0.19 0.51 0.07 0.01 0.10 0.00 0.02 0.15 0.20 0.02
C5 0.01 0.05 0.10 0.16 0.01 0.27 0.00 0.44 0.00 0.03 0.01 0.05 0.18 0.13 0.02 0.24 0.62 0.58 0.87 0.61
C5' 0.04 0.46 0.02 0.03 0.19 0.01 0.44 0.00 0.47 0.10 0.37 0.86 0.06 0.03 0.21 0.02 0.01 0.20 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.18 0.03 0.31 0.00 0.47 0.00 0.01 0.03 0.03 0.20 0.14 0.04 0.31 0.65 0.61 0.76 0.62
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.10 0.20 0.31 0.09
N3 0.04 0.00 0.10 0.20 0.01 0.19 0.01 0.37 0.03 0.02 0.00 0.01 0.15 0.20 0.01 0.15 0.37 0.58 0.75 0.53
O2 0.11 0.01 0.21 0.33 0.02 0.51 0.05 0.86 0.03 0.03 0.01 0.00 0.38 0.27 0.02 0.49 1.03 1.22 1.36 1.25
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.08 0.07 0.18 0.06 0.20 0.04 0.15 0.38 0.00 0.06 0.08 0.05 0.08 0.25 0.11 0.09
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.14 0.01 0.13 0.03 0.14 0.05 0.20 0.27 0.06 0.00 0.18 0.01 0.26 0.59 0.11 0.28
O4 0.03 0.02 0.05 0.15 0.01 0.10 0.02 0.21 0.04 0.02 0.01 0.02 0.08 0.18 0.00 0.05 0.21 0.23 0.64 0.14
O4' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.06 0.00 0.24 0.02 0.31 0.03 0.15 0.49 0.05 0.01 0.05 0.00 0.11 0.21 0.22 0.14
O5' 0.06 0.50 0.15 0.25 0.20 0.02 0.62 0.01 0.65 0.10 0.37 1.03 0.08 0.26 0.21 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.67 0.26 0.41 0.21 0.15 0.58 0.20 0.61 0.20 0.58 1.22 0.25 0.59 0.23 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.79 0.11 0.08 0.57 0.20 0.87 0.30 0.76 0.31 0.75 1.36 0.11 0.11 0.64 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.66 0.11 0.21 0.12 0.02 0.61 0.01 0.62 0.09 0.53 1.25 0.09 0.28 0.14 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00