ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 943

back

Distances from reference structure (by RMSD)

31, 154, 100, 28, 9, 26, 19, 15, 4, 1, 0, 6, 30, 17, 3, 8, 9, 4, 2, 34,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, -0.071, 0.246, 0.563, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.246 std_dev=0.317
N9 B 0, 0.020, 0.376, 0.732, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.376 std_dev=0.356
C4 A 0, -0.144, 0.293, 0.730, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.293 std_dev=0.437
N1 A 0, 0.033, 0.547, 1.061, 2.214 max_d=2.214 avg_d=0.547 std_dev=0.514
C5 B 0, -0.073, 0.460, 0.993, 3.605 max_d=3.605 avg_d=0.460 std_dev=0.533
C6 A 0, -0.038, 0.514, 1.065, 2.582 max_d=2.582 avg_d=0.514 std_dev=0.551
C2' B 0, 0.070, 0.631, 1.192, 2.921 max_d=2.921 avg_d=0.631 std_dev=0.561
C1' B 0, -0.012, 0.559, 1.130, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.559 std_dev=0.571
N3 B 0, -0.148, 0.483, 1.114, 3.357 max_d=3.357 avg_d=0.483 std_dev=0.631
C8 B 0, -0.051, 0.647, 1.345, 4.087 max_d=4.087 avg_d=0.647 std_dev=0.698
C1' A 0, -0.132, 0.590, 1.312, 3.350 max_d=3.350 avg_d=0.590 std_dev=0.722
N9 A 0, -0.147, 0.622, 1.391, 3.270 max_d=3.270 avg_d=0.622 std_dev=0.769
C6 B 0, -0.200, 0.582, 1.364, 4.069 max_d=4.069 avg_d=0.582 std_dev=0.782
N3 A 0, -0.205, 0.587, 1.379, 2.989 max_d=2.989 avg_d=0.587 std_dev=0.792
N7 B 0, -0.053, 0.742, 1.537, 5.087 max_d=5.087 avg_d=0.742 std_dev=0.795
C3' B 0, 0.083, 0.886, 1.689, 5.584 max_d=5.584 avg_d=0.886 std_dev=0.803
C5 A 0, -0.184, 0.626, 1.436, 3.037 max_d=3.037 avg_d=0.626 std_dev=0.810
C2 B 0, -0.293, 0.587, 1.466, 5.089 max_d=5.089 avg_d=0.587 std_dev=0.879
O4' B 0, 0.029, 0.914, 1.800, 5.416 max_d=5.416 avg_d=0.914 std_dev=0.886
N1 B 0, -0.342, 0.546, 1.434, 4.676 max_d=4.676 avg_d=0.546 std_dev=0.888
C2' A 0, 0.059, 1.022, 1.984, 4.126 max_d=4.126 avg_d=1.022 std_dev=0.962
C2 A 0, -0.234, 0.735, 1.704, 3.461 max_d=3.461 avg_d=0.735 std_dev=0.969
O2' B 0, 0.036, 1.035, 2.033, 4.341 max_d=4.341 avg_d=1.035 std_dev=0.999
N6 A 0, -0.149, 0.868, 1.886, 3.540 max_d=3.540 avg_d=0.868 std_dev=1.018
C4' B 0, 0.002, 1.073, 2.144, 6.495 max_d=6.495 avg_d=1.073 std_dev=1.071
O3' B 0, 0.099, 1.177, 2.255, 6.854 max_d=6.854 avg_d=1.177 std_dev=1.078
O6 B 0, -0.204, 0.879, 1.962, 5.946 max_d=5.946 avg_d=0.879 std_dev=1.083
O2' A 0, 0.069, 1.318, 2.567, 5.579 max_d=5.579 avg_d=1.318 std_dev=1.249
O4' A 0, -0.134, 1.124, 2.382, 4.838 max_d=4.838 avg_d=1.124 std_dev=1.258
N2 B 0, -0.352, 0.940, 2.232, 7.553 max_d=7.553 avg_d=0.940 std_dev=1.292
C3' A 0, 0.021, 1.423, 2.824, 5.566 max_d=5.566 avg_d=1.423 std_dev=1.401
O5' B 0, 0.081, 1.498, 2.915, 9.233 max_d=9.233 avg_d=1.498 std_dev=1.417
C5' B 0, 0.037, 1.461, 2.885, 9.170 max_d=9.170 avg_d=1.461 std_dev=1.424
C4' A 0, -0.068, 1.356, 2.780, 5.831 max_d=5.831 avg_d=1.356 std_dev=1.424
C8 A 0, -0.335, 1.154, 2.643, 5.225 max_d=5.225 avg_d=1.154 std_dev=1.489
N7 A 0, -0.406, 1.187, 2.780, 5.159 max_d=5.159 avg_d=1.187 std_dev=1.593
O3' A 0, 0.065, 1.836, 3.608, 6.906 max_d=6.906 avg_d=1.836 std_dev=1.771
P B 0, -0.034, 1.906, 3.847, 11.899 max_d=11.899 avg_d=1.906 std_dev=1.941
OP2 B 0, 0.016, 2.030, 4.043, 11.465 max_d=11.465 avg_d=2.030 std_dev=2.014
C5' A 0, -0.144, 2.075, 4.294, 8.730 max_d=8.730 avg_d=2.075 std_dev=2.219
OP1 B 0, -0.078, 2.203, 4.483, 13.972 max_d=13.972 avg_d=2.203 std_dev=2.281
O5' A 0, -0.271, 2.347, 4.965, 10.031 max_d=10.031 avg_d=2.347 std_dev=2.618
P A 0, -0.446, 3.092, 6.631, 13.028 max_d=13.028 avg_d=3.092 std_dev=3.538
OP1 A 0, -0.252, 3.637, 7.526, 14.636 max_d=14.636 avg_d=3.637 std_dev=3.889
OP2 A 0, -0.469, 3.494, 7.456, 14.141 max_d=14.141 avg_d=3.494 std_dev=3.963

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.25 0.33 0.36 0.27
C2 0.03 0.00 0.28 0.27 0.01 0.19 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.35 0.20 0.44 0.58 0.84 0.58
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.08 0.14 0.14 0.14 0.22 0.28 0.11 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.35 0.38 0.48 0.38
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.20 0.01 0.25 0.03 0.26 0.30 0.26 0.24 0.29 0.31 0.17 0.02 0.01 0.02 0.25 0.33 0.29 0.20
C4 0.02 0.01 0.15 0.20 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.11 0.40 0.48 0.74 0.49
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.20 0.15 0.18 0.13 0.18 0.08 0.21 0.03 0.01 0.02 0.22 0.26 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.25 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.23 0.14 0.05 0.51 0.61 0.96 0.63
C5' 0.06 0.37 0.14 0.03 0.21 0.01 0.22 0.00 0.26 0.29 0.32 0.34 0.27 0.28 0.14 0.08 0.16 0.02 0.01 0.25 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.26 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.18 0.10 0.51 0.64 1.03 0.65
C8 0.01 0.01 0.14 0.30 0.01 0.20 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.21 0.12 0.63 0.68 0.93 0.69
N1 0.03 0.00 0.22 0.26 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.27 0.16 0.46 0.61 0.94 0.61
N3 0.03 0.01 0.28 0.24 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.35 0.20 0.39 0.51 0.71 0.50
N6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.13 0.02 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.26 0.19 0.07 0.57 0.73 1.17 0.74
N7 0.01 0.01 0.09 0.31 0.01 0.18 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.26 0.21 0.07 0.65 0.75 1.11 0.77
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.10 0.01 0.41 0.46 0.64 0.45
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.19 0.21 0.23 0.08 0.24 0.25 0.26 0.26 0.26 0.26 0.15 0.00 0.06 0.15 0.24 0.37 0.51 0.32
O3' 0.22 0.35 0.03 0.01 0.18 0.03 0.14 0.16 0.18 0.21 0.27 0.35 0.19 0.21 0.10 0.06 0.00 0.16 0.28 0.54 0.43 0.31
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.12 0.16 0.20 0.07 0.07 0.01 0.15 0.16 0.00 0.20 0.33 0.29 0.23
O5' 0.25 0.44 0.35 0.25 0.40 0.02 0.51 0.01 0.51 0.63 0.46 0.39 0.57 0.65 0.41 0.24 0.28 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.58 0.38 0.33 0.48 0.22 0.61 0.25 0.64 0.68 0.61 0.51 0.73 0.75 0.46 0.37 0.54 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.84 0.48 0.29 0.74 0.26 0.96 0.30 1.03 0.93 0.94 0.71 1.17 1.11 0.64 0.51 0.43 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.58 0.38 0.20 0.49 0.09 0.63 0.02 0.65 0.69 0.61 0.50 0.74 0.77 0.45 0.32 0.31 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.44 1.60 0.39 0.47 0.94 0.85 1.05 1.14 1.40 0.65 1.64 1.99 1.22 0.85 0.60 0.55 0.84 0.77 0.98 1.52 1.48 1.03 1.18
C2 0.86 1.34 0.69 0.74 1.12 1.10 1.22 1.41 1.33 1.12 1.38 1.46 1.19 1.21 1.01 0.94 0.86 1.11 1.35 1.38 1.72 1.50 1.55
C2' 0.42 1.58 0.47 0.47 0.94 0.80 1.06 1.14 1.41 0.66 1.64 1.95 1.20 0.87 0.60 0.65 0.77 0.69 1.01 1.55 1.54 1.12 1.25
C3' 0.39 1.69 0.54 0.42 0.99 0.69 1.11 0.99 1.50 0.60 1.77 2.09 1.28 0.86 0.59 0.70 0.73 0.53 0.83 1.64 1.36 0.95 1.06
C4 0.45 1.38 0.42 0.47 0.84 0.85 0.92 1.12 1.18 0.62 1.38 1.71 1.10 0.77 0.57 0.65 0.79 0.79 0.97 1.25 1.39 1.02 1.15
C4' 0.37 1.82 0.38 0.43 1.06 0.74 1.21 1.02 1.63 0.64 1.92 2.23 1.36 0.93 0.63 0.45 0.84 0.61 0.85 1.78 1.38 0.95 1.07
C5 0.36 1.50 0.39 0.35 0.92 0.70 0.98 0.92 1.25 0.57 1.47 1.83 1.22 0.78 0.56 0.59 0.71 0.66 0.77 1.30 1.12 0.79 0.90
C5' 0.47 2.07 0.48 0.49 1.28 0.71 1.48 0.95 1.95 0.83 2.24 2.47 1.55 1.18 0.81 0.44 0.88 0.60 0.82 2.13 1.29 1.00 1.02
C6 0.37 1.16 0.42 0.38 0.73 0.74 0.77 0.94 0.94 0.52 1.11 1.39 0.97 0.64 0.49 0.75 0.68 0.73 0.82 0.96 1.11 0.84 0.93
C8 0.42 1.98 0.40 0.35 1.22 0.62 1.35 0.84 1.74 0.77 2.01 2.41 1.54 1.09 0.76 0.43 0.74 0.58 0.68 1.84 1.06 0.73 0.81
N1 0.70 1.01 0.61 0.62 0.83 0.99 0.88 1.23 0.96 0.86 1.01 1.15 0.90 0.89 0.76 0.95 0.77 0.99 1.15 0.99 1.44 1.24 1.30
N3 0.72 1.38 0.58 0.65 1.02 1.03 1.12 1.35 1.31 0.96 1.42 1.60 1.15 1.07 0.85 0.81 0.86 1.01 1.26 1.38 1.69 1.38 1.47
N6 0.47 1.32 0.50 0.29 0.98 0.55 0.98 0.71 1.13 0.67 1.26 1.45 1.21 0.82 0.70 0.74 0.59 0.65 0.64 1.12 0.84 0.69 0.72
N7 0.50 2.06 0.46 0.34 1.33 0.56 1.44 0.75 1.79 0.87 2.05 2.46 1.65 1.18 0.87 0.45 0.70 0.57 0.63 1.86 0.94 0.71 0.74
N9 0.38 1.61 0.37 0.41 0.94 0.77 1.04 1.04 1.38 0.59 1.63 2.00 1.24 0.82 0.57 0.53 0.79 0.70 0.86 1.48 1.31 0.89 1.04
O2' 0.66 1.69 0.52 0.65 1.14 1.00 1.31 1.36 1.63 0.99 1.79 2.01 1.33 1.20 0.88 0.64 0.91 0.95 1.28 1.80 1.83 1.43 1.54
O3' 0.41 1.70 0.49 0.44 1.02 0.72 1.16 1.04 1.55 0.68 1.79 2.07 1.29 0.94 0.64 0.65 0.81 0.58 0.90 1.71 1.46 1.04 1.15
O4' 0.43 1.79 0.34 0.48 1.05 0.82 1.17 1.08 1.58 0.64 1.86 2.21 1.35 0.91 0.63 0.40 0.91 0.73 0.90 1.71 1.40 0.94 1.09
O5' 0.74 2.32 0.69 0.62 1.53 0.78 1.74 0.94 2.23 1.09 2.51 2.72 1.78 1.44 1.07 0.65 0.87 0.74 0.88 2.41 1.21 1.06 1.02
OP1 0.98 2.56 0.89 0.92 1.81 0.99 2.11 1.10 2.66 1.43 2.88 2.88 1.97 1.84 1.35 0.81 1.17 0.97 1.09 2.93 1.34 1.36 1.22
OP2 1.55 3.19 1.44 1.32 2.45 1.30 2.75 1.38 3.28 2.07 3.51 3.50 2.59 2.48 1.98 1.26 1.27 1.42 1.55 3.51 1.62 1.93 1.69
P 1.03 2.70 0.93 0.87 1.91 0.93 2.19 1.04 2.73 1.49 2.99 3.05 2.10 1.90 1.43 0.81 1.05 0.96 1.10 2.97 1.31 1.39 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.20 0.03 0.29 0.33 0.21
C2 0.04 0.00 0.29 0.28 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.32 0.21 0.44 0.02 0.52 0.64 0.52
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.16 0.14 0.15 0.23 0.35 0.29 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.38 0.12 0.58 0.56 0.47
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.22 0.01 0.28 0.02 0.30 0.29 0.29 0.30 0.24 0.32 0.18 0.02 0.01 0.02 0.22 0.32 0.41 0.21 0.22
C4 0.02 0.01 0.15 0.22 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.11 0.32 0.02 0.30 0.42 0.31
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.21 0.12 0.24 0.17 0.18 0.07 0.23 0.03 0.00 0.02 0.11 0.19 0.21 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.05 0.38 0.02 0.33 0.51 0.37
C5' 0.07 0.33 0.16 0.02 0.16 0.01 0.16 0.00 0.19 0.26 0.25 0.42 0.30 0.24 0.10 0.08 0.16 0.02 0.01 0.20 0.16 0.22 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.30 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.21 0.09 0.39 0.01 0.37 0.55 0.41
C8 0.02 0.02 0.15 0.29 0.01 0.21 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.19 0.13 0.49 0.03 0.43 0.57 0.46
N1 0.04 0.01 0.23 0.29 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.26 0.16 0.40 0.02 0.44 0.59 0.45
N2 0.05 0.01 0.35 0.30 0.02 0.24 0.02 0.42 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.40 0.25 0.54 0.03 0.69 0.82 0.68
N3 0.04 0.01 0.29 0.24 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.31 0.20 0.41 0.02 0.46 0.55 0.46
N7 0.01 0.02 0.10 0.32 0.01 0.18 0.00 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.22 0.08 0.50 0.03 0.46 0.64 0.50
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.10 0.02 0.30 0.02 0.26 0.37 0.26
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.14 0.23 0.22 0.08 0.22 0.30 0.18 0.28 0.19 0.31 0.15 0.00 0.07 0.17 0.26 0.26 0.53 0.64 0.42
O3' 0.23 0.32 0.03 0.01 0.18 0.03 0.17 0.16 0.21 0.19 0.26 0.40 0.31 0.22 0.10 0.07 0.00 0.16 0.26 0.24 0.42 0.28 0.27
O4' 0.01 0.21 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.09 0.13 0.16 0.25 0.20 0.08 0.02 0.17 0.16 0.00 0.11 0.07 0.16 0.30 0.17
O5' 0.20 0.44 0.38 0.22 0.32 0.02 0.38 0.01 0.39 0.49 0.40 0.54 0.41 0.50 0.30 0.26 0.26 0.11 0.00 0.43 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.32 0.02 0.11 0.02 0.20 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.26 0.24 0.07 0.43 0.00 0.41 0.63 0.46
OP1 0.29 0.52 0.58 0.41 0.30 0.19 0.33 0.16 0.37 0.43 0.44 0.69 0.46 0.46 0.26 0.53 0.42 0.16 0.02 0.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.64 0.56 0.21 0.42 0.21 0.51 0.22 0.55 0.57 0.59 0.82 0.55 0.64 0.37 0.64 0.28 0.30 0.02 0.63 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.52 0.47 0.22 0.31 0.06 0.37 0.02 0.41 0.46 0.45 0.68 0.46 0.50 0.26 0.42 0.27 0.17 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00