ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 945

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 56, 41, 44, 36, 3, 0, 1, 1, 0, 2, 53, 34, 12, 23, 11, 24, 28, 65, 62,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, 0.218, 0.680, 1.143, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.680 std_dev=0.462
C4 A 0, 0.127, 0.620, 1.112, 2.619 max_d=2.619 avg_d=0.620 std_dev=0.493
C4 B 0, 0.084, 0.587, 1.089, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.587 std_dev=0.503
C6 A 0, 0.317, 0.877, 1.437, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.877 std_dev=0.560
N3 B 0, 0.173, 0.806, 1.438, 3.153 max_d=3.153 avg_d=0.806 std_dev=0.633
N9 B 0, 0.180, 0.837, 1.494, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.837 std_dev=0.657
N1 A 0, 0.325, 0.983, 1.640, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.983 std_dev=0.657
C2' B 0, 0.136, 0.863, 1.589, 4.134 max_d=4.134 avg_d=0.863 std_dev=0.727
C1' A 0, 0.238, 1.051, 1.865, 4.350 max_d=4.350 avg_d=1.051 std_dev=0.813
C3' B 0, 0.213, 1.030, 1.848, 6.295 max_d=6.295 avg_d=1.030 std_dev=0.818
C5 A 0, 0.398, 1.257, 2.116, 3.536 max_d=3.536 avg_d=1.257 std_dev=0.859
N9 A 0, 0.299, 1.168, 2.036, 4.266 max_d=4.266 avg_d=1.168 std_dev=0.868
C2 B 0, 0.195, 1.064, 1.933, 4.187 max_d=4.187 avg_d=1.064 std_dev=0.869
C4' B 0, 0.391, 1.285, 2.180, 6.479 max_d=6.479 avg_d=1.285 std_dev=0.895
N1 B 0, 0.203, 1.134, 2.064, 4.504 max_d=4.504 avg_d=1.134 std_dev=0.931
O4' B 0, 0.419, 1.388, 2.357, 4.589 max_d=4.589 avg_d=1.388 std_dev=0.969
N3 A 0, 0.378, 1.348, 2.317, 2.907 max_d=2.907 avg_d=1.348 std_dev=0.969
N6 A 0, 0.592, 1.632, 2.672, 3.695 max_d=3.695 avg_d=1.632 std_dev=1.040
O2' B 0, 0.152, 1.309, 2.465, 5.149 max_d=5.149 avg_d=1.309 std_dev=1.157
C2 A 0, 0.371, 1.602, 2.832, 3.387 max_d=3.387 avg_d=1.602 std_dev=1.231
C5 B 0, 0.081, 1.322, 2.563, 3.521 max_d=3.521 avg_d=1.322 std_dev=1.241
C2' A 0, 0.513, 1.785, 3.057, 4.795 max_d=4.795 avg_d=1.785 std_dev=1.272
O3' B 0, 0.306, 1.603, 2.900, 8.150 max_d=8.150 avg_d=1.603 std_dev=1.297
C6 B 0, 0.128, 1.436, 2.745, 3.732 max_d=3.732 avg_d=1.436 std_dev=1.309
O4' A 0, 0.557, 1.932, 3.307, 6.787 max_d=6.787 avg_d=1.932 std_dev=1.375
C5' B 0, 0.645, 2.100, 3.554, 8.664 max_d=8.664 avg_d=2.100 std_dev=1.455
C8 B 0, 0.181, 1.734, 3.287, 4.867 max_d=4.867 avg_d=1.734 std_dev=1.553
O2' A 0, 0.668, 2.224, 3.780, 6.071 max_d=6.071 avg_d=2.224 std_dev=1.556
C4' A 0, 0.563, 2.295, 4.026, 8.143 max_d=8.143 avg_d=2.295 std_dev=1.731
C8 A 0, 0.556, 2.297, 4.039, 6.316 max_d=6.316 avg_d=2.297 std_dev=1.742
N7 A 0, 0.659, 2.466, 4.273, 5.994 max_d=5.994 avg_d=2.466 std_dev=1.807
O5' B 0, 0.833, 2.658, 4.484, 7.957 max_d=7.957 avg_d=2.658 std_dev=1.825
C3' A 0, 0.597, 2.429, 4.261, 7.405 max_d=7.405 avg_d=2.429 std_dev=1.832
N7 B 0, 0.144, 2.052, 3.961, 5.597 max_d=5.597 avg_d=2.052 std_dev=1.908
N6 B 0, 0.213, 2.184, 4.155, 5.683 max_d=5.683 avg_d=2.184 std_dev=1.971
O3' A 0, 0.916, 3.229, 5.541, 8.588 max_d=8.588 avg_d=3.229 std_dev=2.312
C5' A 0, 0.990, 3.590, 6.190, 10.913 max_d=10.913 avg_d=3.590 std_dev=2.600
O5' A 0, 1.766, 4.420, 7.074, 12.238 max_d=12.238 avg_d=4.420 std_dev=2.654
P B 0, 0.885, 3.680, 6.475, 9.676 max_d=9.676 avg_d=3.680 std_dev=2.795
OP1 B 0, 0.902, 3.785, 6.668, 10.754 max_d=10.754 avg_d=3.785 std_dev=2.883
OP1 A 0, 3.140, 6.417, 9.694, 15.609 max_d=15.609 avg_d=6.417 std_dev=3.277
P A 0, 2.488, 5.965, 9.443, 15.118 max_d=15.118 avg_d=5.965 std_dev=3.478
OP2 B 0, 0.787, 4.304, 7.820, 11.110 max_d=11.110 avg_d=4.304 std_dev=3.516
OP2 A 0, 2.837, 6.804, 10.770, 17.017 max_d=17.017 avg_d=6.804 std_dev=3.966

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.28 0.42 0.43 0.31
C2 0.04 0.00 0.37 0.36 0.01 0.47 0.01 0.88 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.36 0.48 0.70 0.82 1.02 0.85
C2' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.19 0.02 0.10 0.20 0.17 0.19 0.29 0.37 0.13 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.47 0.66 0.79 0.59
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.27 0.01 0.33 0.03 0.35 0.40 0.35 0.33 0.38 0.41 0.23 0.02 0.01 0.03 0.34 0.58 0.51 0.40
C4 0.02 0.01 0.19 0.27 0.00 0.20 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.19 0.25 0.45 0.50 0.61 0.48
C4' 0.01 0.47 0.02 0.01 0.20 0.00 0.13 0.01 0.19 0.34 0.35 0.45 0.16 0.26 0.10 0.29 0.03 0.00 0.02 0.31 0.33 0.12
C5 0.01 0.01 0.10 0.33 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.15 0.12 0.61 0.71 0.82 0.68
C5' 0.08 0.88 0.20 0.03 0.40 0.01 0.27 0.00 0.42 0.48 0.69 0.81 0.35 0.39 0.15 0.11 0.22 0.02 0.01 0.29 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.35 0.01 0.19 0.01 0.42 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.21 0.22 0.58 0.68 0.84 0.65
C8 0.02 0.02 0.19 0.40 0.01 0.34 0.01 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.18 0.25 0.96 1.05 1.09 1.05
N1 0.03 0.00 0.29 0.35 0.01 0.35 0.01 0.69 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.29 0.38 0.60 0.70 0.89 0.71
N3 0.04 0.00 0.37 0.33 0.00 0.45 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.36 0.49 0.63 0.71 0.88 0.73
N6 0.02 0.01 0.13 0.38 0.01 0.16 0.01 0.35 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.29 0.23 0.15 0.67 0.83 1.01 0.79
N7 0.01 0.01 0.11 0.41 0.01 0.26 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.20 0.13 0.93 1.08 1.19 1.07
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.01 0.51 0.57 0.58 0.53
O2' 0.02 0.42 0.00 0.02 0.22 0.29 0.26 0.11 0.27 0.45 0.33 0.41 0.29 0.41 0.20 0.00 0.06 0.21 0.29 0.60 0.86 0.50
O3' 0.31 0.36 0.03 0.01 0.19 0.03 0.15 0.22 0.21 0.18 0.29 0.36 0.23 0.20 0.11 0.06 0.00 0.22 0.29 0.61 0.46 0.35
O4' 0.01 0.48 0.02 0.03 0.25 0.00 0.12 0.02 0.22 0.25 0.38 0.49 0.15 0.13 0.01 0.21 0.22 0.00 0.24 0.38 0.41 0.30
O5' 0.28 0.70 0.47 0.34 0.45 0.02 0.61 0.01 0.58 0.96 0.60 0.63 0.67 0.93 0.51 0.29 0.29 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.82 0.66 0.58 0.50 0.31 0.71 0.29 0.68 1.05 0.70 0.71 0.83 1.08 0.57 0.60 0.61 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 1.02 0.79 0.51 0.61 0.33 0.82 0.35 0.84 1.09 0.89 0.88 1.01 1.19 0.58 0.86 0.46 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.85 0.59 0.40 0.48 0.12 0.68 0.02 0.65 1.05 0.71 0.73 0.79 1.07 0.53 0.50 0.35 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 1.75 0.55 0.50 1.48 0.72 2.25 1.12 2.62 1.95 2.26 1.31 3.33 2.54 1.26 0.65 0.63 0.84 1.50 2.00 2.42 2.00
C2 1.03 1.63 0.98 0.94 1.57 1.03 2.08 1.23 2.28 1.86 2.01 1.39 2.60 2.24 1.42 1.03 0.92 1.16 1.53 1.88 2.11 1.81
C2' 0.62 1.68 0.58 0.56 1.45 0.70 2.25 1.07 2.65 1.92 2.25 1.25 3.43 2.54 1.23 0.72 0.75 0.78 1.45 1.96 2.36 1.94
C3' 0.58 1.79 0.55 0.52 1.44 0.68 2.23 1.07 2.65 1.89 2.31 1.32 3.43 2.52 1.19 0.73 0.75 0.74 1.45 1.99 2.40 1.96
C4 0.62 1.52 0.55 0.49 1.38 0.71 2.09 1.03 2.34 1.81 1.97 1.16 2.83 2.33 1.19 0.72 0.62 0.83 1.37 1.76 2.14 1.76
C4' 0.80 2.03 0.69 0.65 1.73 0.86 2.53 1.35 2.95 2.19 2.62 1.52 3.73 2.82 1.48 0.69 0.71 0.97 1.76 2.24 2.72 2.26
C5 0.49 1.58 0.41 0.32 1.33 0.62 1.95 0.98 2.13 1.72 1.87 1.23 2.49 2.18 1.11 0.64 0.49 0.75 1.30 1.65 2.08 1.69
C5' 1.05 2.38 0.90 0.87 2.02 1.09 2.79 1.59 3.25 2.41 2.98 1.82 4.00 3.04 1.74 0.84 0.89 1.21 1.96 2.40 2.90 2.45
C6 0.48 1.21 0.43 0.34 1.13 0.65 1.64 0.92 1.72 1.50 1.46 0.98 1.97 1.84 0.99 0.75 0.51 0.80 1.17 1.45 1.78 1.46
C8 0.56 2.07 0.44 0.38 1.54 0.65 2.21 1.13 2.56 1.92 2.40 1.56 3.07 2.47 1.25 0.51 0.49 0.74 1.51 1.98 2.49 2.04
N1 0.80 1.17 0.79 0.73 1.23 0.89 1.69 1.06 1.78 1.56 1.51 0.98 2.03 1.85 1.14 0.99 0.76 1.02 1.30 1.60 1.79 1.53
N3 0.90 1.67 0.84 0.80 1.56 0.92 2.19 1.18 2.46 1.91 2.13 1.35 2.93 2.40 1.37 0.90 0.83 1.05 1.51 1.90 2.20 1.85
N6 0.60 1.42 0.52 0.36 1.20 0.69 1.48 0.97 1.55 1.39 1.47 1.29 1.70 1.61 1.02 0.74 0.45 0.85 1.16 1.35 1.72 1.42
N7 0.62 2.18 0.50 0.43 1.59 0.68 2.16 1.14 2.45 1.89 2.37 1.70 2.81 2.38 1.28 0.53 0.49 0.77 1.50 1.90 2.44 1.98
N9 0.56 1.72 0.47 0.40 1.43 0.66 2.17 1.06 2.50 1.88 2.17 1.28 3.10 2.45 1.20 0.62 0.56 0.77 1.43 1.89 2.33 1.90
O2' 0.89 1.88 0.84 0.84 1.64 0.92 2.37 1.25 2.77 2.05 2.42 1.46 3.50 2.63 1.43 0.86 0.93 1.00 1.63 2.15 2.52 2.12
O3' 0.66 1.77 0.67 0.65 1.49 0.73 2.27 1.15 2.67 1.98 2.31 1.33 3.46 2.59 1.27 0.81 0.84 0.78 1.57 2.16 2.55 2.11
O4' 0.85 2.03 0.74 0.68 1.75 0.89 2.53 1.37 2.93 2.21 2.59 1.54 3.66 2.82 1.52 0.70 0.69 1.02 1.77 2.23 2.69 2.25
O5' 1.10 2.61 0.96 0.90 2.10 1.06 2.82 1.52 3.31 2.37 3.14 2.03 4.03 3.00 1.76 0.83 0.87 1.19 1.86 2.29 2.79 2.33
OP1 1.24 2.89 1.06 1.05 2.27 1.21 2.96 1.67 3.50 2.47 3.43 2.24 4.19 3.10 1.89 0.94 1.05 1.32 2.01 2.53 3.01 2.54
OP2 1.35 3.23 1.20 1.07 2.46 1.15 3.08 1.55 3.67 2.48 3.72 2.54 4.26 3.10 2.00 1.03 0.93 1.31 1.89 2.33 2.86 2.38
P 1.17 2.97 1.00 0.90 2.29 1.02 2.96 1.48 3.53 2.41 3.49 2.30 4.19 3.05 1.86 0.84 0.85 1.18 1.83 2.29 2.83 2.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.25 0.31 0.40 0.28
C2 0.04 0.00 0.30 0.31 0.01 0.25 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.33 0.25 0.62 0.72 1.00 0.76
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.16 0.02 0.10 0.20 0.15 0.16 0.24 0.29 0.13 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.50 0.60 0.64 0.54
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.28 0.01 0.39 0.02 0.40 0.42 0.35 0.27 0.45 0.46 0.26 0.02 0.01 0.02 0.29 0.44 0.32 0.26
C4 0.02 0.01 0.16 0.28 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.18 0.13 0.44 0.47 0.79 0.52
C4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.28 0.19 0.25 0.16 0.25 0.10 0.31 0.03 0.01 0.02 0.17 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.39 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.20 0.06 0.55 0.59 1.06 0.68
C5' 0.07 0.46 0.20 0.02 0.19 0.01 0.18 0.00 0.21 0.39 0.34 0.43 0.23 0.35 0.12 0.12 0.22 0.02 0.01 0.20 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.40 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.23 0.11 0.56 0.63 1.12 0.72
C8 0.02 0.01 0.16 0.42 0.01 0.28 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.25 0.15 0.72 0.71 1.12 0.83
N1 0.03 0.01 0.24 0.35 0.01 0.19 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.26 0.19 0.58 0.67 1.06 0.73
N3 0.04 0.01 0.29 0.27 0.01 0.25 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.35 0.25 0.56 0.63 0.84 0.66
N6 0.03 0.01 0.13 0.45 0.01 0.16 0.02 0.23 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.38 0.30 0.08 0.63 0.72 1.30 0.82
N7 0.01 0.01 0.10 0.46 0.01 0.25 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.30 0.09 0.74 0.78 1.31 0.90
N9 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.11 0.02 0.41 0.41 0.70 0.48
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.24 0.31 0.33 0.12 0.34 0.35 0.29 0.23 0.38 0.39 0.22 0.00 0.07 0.22 0.34 0.52 0.63 0.43
O3' 0.31 0.33 0.03 0.01 0.18 0.03 0.20 0.22 0.23 0.25 0.26 0.35 0.30 0.30 0.11 0.07 0.00 0.21 0.30 0.57 0.36 0.33
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.15 0.19 0.25 0.08 0.09 0.02 0.22 0.21 0.00 0.14 0.22 0.33 0.21
O5' 0.25 0.62 0.50 0.29 0.44 0.02 0.55 0.01 0.56 0.72 0.58 0.56 0.63 0.74 0.41 0.34 0.30 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.72 0.60 0.44 0.47 0.17 0.59 0.20 0.63 0.71 0.67 0.63 0.72 0.78 0.41 0.52 0.57 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 1.00 0.64 0.32 0.79 0.22 1.06 0.24 1.12 1.12 1.06 0.84 1.30 1.31 0.70 0.63 0.36 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.76 0.54 0.26 0.52 0.06 0.68 0.02 0.72 0.83 0.73 0.66 0.82 0.90 0.48 0.43 0.33 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00