ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 946

back

Distances from reference structure (by RMSD)

36, 13, 6, 9, 14, 4, 16, 62, 20, 13, 10, 20, 21, 128, 71, 12, 12, 6, 3, 22,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.237, 0.505, 0.773, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.505 std_dev=0.268
C4 A 0, 0.139, 0.423, 0.707, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.423 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.437, 0.863, 1.289, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.863 std_dev=0.426
C6 B 0, 0.210, 0.657, 1.104, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.657 std_dev=0.447
C1' A 0, 0.311, 0.826, 1.341, 3.089 max_d=3.089 avg_d=0.826 std_dev=0.515
C6 A 0, 0.533, 1.048, 1.563, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.048 std_dev=0.515
C2' B 0, 0.259, 0.820, 1.381, 3.302 max_d=3.302 avg_d=0.820 std_dev=0.561
C5 B 0, 0.302, 0.875, 1.448, 4.124 max_d=4.124 avg_d=0.875 std_dev=0.573
N9 A 0, 0.445, 1.027, 1.608, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.027 std_dev=0.581
N1 A 0, 0.573, 1.167, 1.762, 2.931 max_d=2.931 avg_d=1.167 std_dev=0.595
C2 B 0, 0.309, 0.933, 1.557, 3.181 max_d=3.181 avg_d=0.933 std_dev=0.624
O4' B 0, 0.539, 1.234, 1.929, 4.151 max_d=4.151 avg_d=1.234 std_dev=0.695
C4 B 0, 0.078, 0.828, 1.578, 3.965 max_d=3.965 avg_d=0.828 std_dev=0.750
C5 A 0, 0.539, 1.314, 2.088, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.314 std_dev=0.775
N3 B 0, 0.243, 1.041, 1.840, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.041 std_dev=0.799
C3' B 0, 0.182, 1.046, 1.909, 5.458 max_d=5.458 avg_d=1.046 std_dev=0.864
O2' B 0, 0.572, 1.449, 2.326, 5.602 max_d=5.602 avg_d=1.449 std_dev=0.877
O2 B 0, 0.581, 1.502, 2.423, 5.045 max_d=5.045 avg_d=1.502 std_dev=0.921
C4' B 0, 0.438, 1.377, 2.315, 5.763 max_d=5.763 avg_d=1.377 std_dev=0.939
N3 A 0, 0.508, 1.502, 2.496, 3.274 max_d=3.274 avg_d=1.502 std_dev=0.994
C2' A 0, 0.914, 1.936, 2.959, 4.159 max_d=4.159 avg_d=1.936 std_dev=1.023
O4' A 0, 0.706, 1.736, 2.766, 4.429 max_d=4.429 avg_d=1.736 std_dev=1.030
N6 A 0, 0.931, 1.987, 3.043, 4.298 max_d=4.298 avg_d=1.987 std_dev=1.056
N4 B 0, 0.170, 1.236, 2.301, 5.553 max_d=5.553 avg_d=1.236 std_dev=1.065
C2 A 0, 0.637, 1.848, 3.058, 3.532 max_d=3.532 avg_d=1.848 std_dev=1.211
C4' A 0, 0.799, 2.026, 3.253, 5.002 max_d=5.002 avg_d=2.026 std_dev=1.227
C5' B 0, 0.673, 1.914, 3.154, 8.305 max_d=8.305 avg_d=1.914 std_dev=1.240
O5' B 0, 0.609, 1.883, 3.156, 8.973 max_d=8.973 avg_d=1.883 std_dev=1.274
O3' B 0, 0.141, 1.452, 2.763, 7.581 max_d=7.581 avg_d=1.452 std_dev=1.311
O2' A 0, 1.354, 2.732, 4.110, 5.135 max_d=5.135 avg_d=2.732 std_dev=1.378
C3' A 0, 0.964, 2.455, 3.945, 4.709 max_d=4.709 avg_d=2.455 std_dev=1.491
C8 A 0, 0.778, 2.384, 3.989, 4.720 max_d=4.720 avg_d=2.384 std_dev=1.605
P B 0, 0.825, 2.549, 4.273, 11.347 max_d=11.347 avg_d=2.549 std_dev=1.724
OP2 B 0, 0.852, 2.621, 4.390, 10.750 max_d=10.750 avg_d=2.621 std_dev=1.769
N7 A 0, 0.862, 2.640, 4.418, 5.048 max_d=5.048 avg_d=2.640 std_dev=1.778
O3' A 0, 1.392, 3.362, 5.333, 6.704 max_d=6.704 avg_d=3.362 std_dev=1.971
OP1 B 0, 0.924, 3.012, 5.100, 13.777 max_d=13.777 avg_d=3.012 std_dev=2.088
C5' A 0, 1.197, 3.459, 5.721, 7.094 max_d=7.094 avg_d=3.459 std_dev=2.262
O5' A 0, 1.409, 4.289, 7.168, 8.923 max_d=8.923 avg_d=4.289 std_dev=2.880
P A 0, 1.798, 5.867, 9.937, 11.351 max_d=11.351 avg_d=5.867 std_dev=4.070
OP2 A 0, 2.192, 6.603, 11.013, 12.632 max_d=12.632 avg_d=6.603 std_dev=4.410
OP1 A 0, 1.895, 6.580, 11.265, 12.759 max_d=12.759 avg_d=6.580 std_dev=4.685

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.25 0.38 0.40 0.25
C2 0.04 0.00 0.29 0.31 0.01 0.21 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.40 0.47 0.23 0.49 0.77 0.82 0.62
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.16 0.02 0.09 0.18 0.15 0.13 0.24 0.29 0.12 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.46 0.54 0.61 0.49
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.25 0.01 0.32 0.02 0.33 0.38 0.32 0.28 0.37 0.39 0.22 0.03 0.01 0.02 0.31 0.40 0.33 0.26
C4 0.02 0.01 0.16 0.25 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.24 0.12 0.46 0.62 0.75 0.51
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.14 0.23 0.17 0.21 0.16 0.21 0.10 0.29 0.03 0.01 0.02 0.26 0.26 0.12
C5 0.02 0.01 0.09 0.32 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.18 0.06 0.60 0.76 1.00 0.68
C5' 0.07 0.35 0.18 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.26 0.32 0.31 0.32 0.29 0.32 0.15 0.12 0.20 0.02 0.01 0.25 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.33 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.39 0.24 0.11 0.60 0.82 1.06 0.72
C8 0.02 0.02 0.13 0.38 0.01 0.23 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.30 0.24 0.13 0.71 0.77 0.99 0.73
N1 0.04 0.01 0.24 0.32 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.41 0.36 0.18 0.54 0.80 0.95 0.67
N3 0.04 0.01 0.29 0.28 0.01 0.21 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.36 0.46 0.23 0.43 0.68 0.70 0.53
N6 0.03 0.02 0.12 0.37 0.02 0.16 0.02 0.29 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.41 0.24 0.09 0.67 0.92 1.22 0.82
N7 0.02 0.02 0.08 0.39 0.01 0.21 0.01 0.32 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.25 0.07 0.74 0.88 1.18 0.83
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.45 0.53 0.66 0.45
O2' 0.02 0.40 0.01 0.03 0.30 0.29 0.35 0.12 0.39 0.30 0.41 0.36 0.41 0.35 0.21 0.00 0.09 0.20 0.32 0.47 0.64 0.39
O3' 0.29 0.47 0.03 0.01 0.24 0.03 0.18 0.20 0.24 0.24 0.36 0.46 0.24 0.25 0.12 0.09 0.00 0.20 0.31 0.52 0.45 0.32
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.13 0.18 0.23 0.09 0.07 0.02 0.20 0.20 0.00 0.19 0.34 0.36 0.24
O5' 0.25 0.49 0.46 0.31 0.46 0.02 0.60 0.01 0.60 0.71 0.54 0.43 0.67 0.74 0.45 0.32 0.31 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.77 0.54 0.40 0.62 0.26 0.76 0.25 0.82 0.77 0.80 0.68 0.92 0.88 0.53 0.47 0.52 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.82 0.61 0.33 0.75 0.26 1.00 0.34 1.06 0.99 0.95 0.70 1.22 1.18 0.66 0.64 0.45 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.62 0.49 0.26 0.51 0.12 0.68 0.02 0.72 0.73 0.67 0.53 0.82 0.83 0.45 0.39 0.32 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 1.23 0.51 0.84 1.44 1.17 1.10 1.43 0.82 0.79 1.55 1.75 1.45 0.66 1.35 1.01 1.21 1.73 1.24 1.42
C2 1.21 1.66 0.95 1.07 1.81 1.35 1.64 1.56 1.45 1.41 1.83 1.95 1.78 1.01 1.34 1.40 1.49 1.76 1.61 1.65
C2' 0.68 1.20 0.60 1.04 1.38 1.29 1.05 1.56 0.80 0.77 1.50 1.69 1.44 0.68 1.58 1.05 1.34 1.89 1.36 1.56
C3' 0.52 1.21 0.48 0.87 1.44 1.17 1.03 1.45 0.70 0.68 1.58 1.81 1.45 0.65 1.43 0.91 1.21 1.82 1.23 1.44
C4 0.63 1.11 0.50 0.80 1.28 1.16 1.04 1.40 0.83 0.76 1.36 1.50 1.32 0.72 1.24 1.06 1.20 1.61 1.22 1.38
C4' 0.46 1.31 0.37 0.73 1.61 1.09 1.18 1.40 0.80 0.76 1.72 2.01 1.50 0.56 1.29 0.86 1.15 1.77 1.22 1.40
C5 0.46 1.04 0.33 0.64 1.18 1.08 0.94 1.34 0.73 0.65 1.29 1.37 1.28 0.71 1.07 0.97 1.11 1.50 1.12 1.29
C5' 0.51 1.51 0.39 0.70 1.91 1.07 1.44 1.41 1.01 0.94 1.99 2.34 1.64 0.55 1.25 0.84 1.17 1.81 1.30 1.44
C6 0.50 0.88 0.37 0.63 1.01 1.08 0.91 1.32 0.78 0.64 1.05 1.13 1.07 0.81 0.99 1.06 1.14 1.43 1.16 1.30
C8 0.50 1.36 0.35 0.64 1.56 1.06 1.17 1.36 0.85 0.83 1.71 1.85 1.58 0.63 1.14 0.89 1.10 1.62 1.14 1.32
N1 0.97 1.25 0.76 0.90 1.40 1.23 1.32 1.44 1.19 1.11 1.39 1.49 1.32 0.97 1.16 1.29 1.34 1.57 1.42 1.49
N3 1.02 1.49 0.81 1.00 1.66 1.30 1.45 1.52 1.24 1.19 1.71 1.86 1.65 0.89 1.36 1.28 1.40 1.76 1.50 1.59
N6 0.61 1.04 0.46 0.49 1.08 1.02 0.99 1.30 0.89 0.80 1.15 1.16 1.26 0.96 0.79 1.08 1.14 1.38 1.17 1.30
N7 0.60 1.46 0.42 0.60 1.60 1.05 1.24 1.35 0.96 0.95 1.76 1.83 1.70 0.72 1.03 0.93 1.12 1.58 1.18 1.33
N9 0.51 1.15 0.40 0.75 1.34 1.12 1.01 1.38 0.74 0.69 1.46 1.62 1.38 0.64 1.25 0.96 1.14 1.63 1.16 1.35
O2' 1.20 1.62 1.08 1.48 1.78 1.60 1.51 1.81 1.31 1.30 1.87 2.04 1.80 1.04 1.99 1.42 1.67 2.15 1.75 1.86
O3' 0.71 1.36 0.65 1.06 1.58 1.28 1.19 1.55 0.88 0.87 1.71 1.95 1.59 0.73 1.62 1.02 1.36 1.97 1.42 1.60
O4' 0.51 1.31 0.42 0.70 1.59 1.08 1.18 1.37 0.83 0.79 1.70 1.96 1.50 0.62 1.21 0.90 1.13 1.70 1.19 1.37
O5' 0.91 1.89 0.81 0.94 2.26 1.17 1.77 1.44 1.36 1.33 2.37 2.69 2.02 0.82 1.38 1.01 1.27 1.82 1.41 1.49
OP1 1.28 2.31 1.11 1.13 2.85 1.35 2.34 1.65 1.86 1.77 2.88 3.36 2.33 1.06 1.40 1.29 1.56 2.09 1.82 1.81
OP2 1.51 2.72 1.40 1.35 3.24 1.37 2.68 1.62 2.17 2.11 3.32 3.73 2.75 1.26 1.60 1.36 1.65 2.07 1.99 1.87
P 1.17 2.30 1.03 1.03 2.79 1.20 2.25 1.48 1.76 1.70 2.86 3.28 2.35 0.96 1.36 1.12 1.39 1.90 1.65 1.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.25 0.01 0.17 0.17 0.29 0.18
C2 0.02 0.00 0.14 0.20 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.19 0.07 0.24 0.24 0.36 0.25
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.14 0.13 0.03 0.11 0.06 0.26 0.01 0.03 0.02 0.32 0.33 0.43 0.34
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.30 0.01 0.32 0.02 0.28 0.18 0.25 0.32 0.19 0.02 0.01 0.02 0.21 0.24 0.21 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.30 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.16 0.04 0.37 0.35 0.51 0.39
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.08 0.14 0.07 0.24 0.02 0.01 0.02 0.12 0.15 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.16 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.22 0.07 0.41 0.36 0.52 0.42
C5' 0.05 0.09 0.14 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.17 0.08 0.12 0.19 0.09 0.11 0.18 0.02 0.01 0.12 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01 0.16 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.18 0.09 0.35 0.29 0.42 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.10 0.02 0.24 0.22 0.34 0.24
N3 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.25 0.15 0.06 0.30 0.29 0.44 0.32
N4 0.03 0.02 0.06 0.32 0.01 0.14 0.01 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.32 0.19 0.04 0.40 0.40 0.57 0.44
O2 0.04 0.01 0.26 0.19 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.22 0.34 0.12 0.19 0.22 0.32 0.21
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.29 0.24 0.30 0.11 0.26 0.17 0.25 0.32 0.22 0.00 0.06 0.17 0.20 0.22 0.43 0.24
O3' 0.25 0.19 0.03 0.01 0.16 0.02 0.22 0.18 0.18 0.10 0.15 0.19 0.34 0.06 0.00 0.17 0.28 0.49 0.36 0.35
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.06 0.04 0.12 0.17 0.17 0.00 0.12 0.14 0.25 0.16
O5' 0.17 0.24 0.32 0.21 0.37 0.02 0.41 0.01 0.35 0.24 0.30 0.40 0.19 0.20 0.28 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.24 0.33 0.24 0.35 0.12 0.36 0.12 0.29 0.22 0.29 0.40 0.22 0.22 0.49 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.36 0.43 0.21 0.51 0.15 0.52 0.16 0.42 0.34 0.44 0.57 0.32 0.43 0.36 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.25 0.34 0.18 0.39 0.05 0.42 0.02 0.34 0.24 0.32 0.44 0.21 0.24 0.35 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00