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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Alterna
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.........(...(((...(((.....((((......((....(((.(.)..)).)...))...))).).....)).).....)))...)...... ( ) ( ) ( ) |
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|
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| 3AKZ_H | [ FASTA input ] | UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAGCCA |
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| 3AM1_B | [ FASTA input ] | GGCGCGGGGUACCGGGCUUGGUAGCCCGGGGCUUCGGCCGAGGGCGAGAGCCCUCGGGGUUCGAUUCCCCCCCUGCGCCGC |
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| 3AMU_B | [ FASTA input ] | GGGCCCGUAGCUUAGCCAGGUCAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGCGGUCGAGGGUUCGAAUCCCUCCGGGCCCACCA |
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| 3DW4_A | [ FASTA input ] | UGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUG |
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| 3GCA_A | [ FASTA input ] | CUGGGUCGCAGUAACCCCAGUUAACAAAACAAG |
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| 3GX2_A | [ FASTA input ] | GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGACGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCG |
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| 3HAY_E | [ FASTA input ] | GGCUGCCUGGGUCCGCCUUGAGUGCCCGGGUGAGAAGCAUGAUCCCGGGUAAUUAUGGCGGACCCACA |
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| 3HJW_D | [ FASTA input ] | GGGCCACGGAAACCGCGCGCGGUGAUCAAUGAGCCGCGUUCGCUCCCGUGGCCCACAA |
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| 3IAB_R | [ FASTA input ] | GGACUCAGUAAUAUGCUUUGGAAACGAAGCUUACAAAAUGGAGUCC |
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| 3ID5_D | [ FASTA input ] | GGGGCGCCCUCUGAGCGUUCGCGCUGUGAUGA |
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| 3IVN_B | [ FASTA input ] | GGCCAGUAUAACCUCAAUGAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGACUACUGGUC |
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| 3IWN_A | [ FASTA input ] | CACGCACAGGGCAAACCAUUCGAAAGAGUGGGACGCAAAGCCUCCGGCCUAAACGGCAUUGCACUCCGCCGUAGGUAGCGGGGUUACCGAUGG |
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| [ reference ext structure ] |
((((......({...(((((((..)))))))..(}).(.(((.([[(((((..((((..........)))))))))))]].))))..)).)). ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J0L_1 | [ FASTA input ] | GAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAUUCUCAAACU |
| [ reference std structure ] | ....((..(.(((.(.(.(.(((.....))).).))))).)..))..... | |
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.((((((((.(((.(.(.(((((.....))))).))))).))))))..)) ( ) |
|
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| 3J0L_8 | [ FASTA input ] | GACCGUCGUGAGACAGGUUA |
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| 3J0L_a | [ FASTA input ] | GGAGGGCAAGUCAUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUA |
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| [ reference ext structure ] |
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|
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| 3J0L_g | [ FASTA input ] | GAACCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGG |
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| [ reference ext structure ] | ......(.........[[[......).]].] | |
| [ predicted structure ] | ...((((.((.(((...))).))....)))) | |
| 3J0L_7 | [ FASTA input ] | GCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAU |
| [ reference std structure ] | (.(.(.((((.(...((.......))...).))))...)).)........ | |
| [ reference ext structure ] |
(((.((((((.(.(((((.....)))))..)))))..)))))........ ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ......(((((.....((((...))))...)))))..((((....)))). | |
| 3J16_L | [ FASTA input ] | UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA |
| [ reference std structure ] | (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((<<.[)({.{...])>>((((((.(..)..))))))..)((((((}..)}.)))))))))))).... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... | |
| 3JYV_7 | [ FASTA input ] | GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA |
| [ reference std structure ] | .((((((..((([.....(..]))).((((.........)))).....(((((..)....)))))))))))..... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((aa.{)(<.[<..})A.(((((((.....)))))))A..)((((((]>.)>.)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((.(((((.(((((....))))).))........)))(((((.......)))))))))))).......... | |
| 3KTW_C | [ FASTA input ] | AGAUAGUCGUGGGUUCCCUUUCUGGAGGGAGAGGGAAUUCCACGUUGACCGGGGGAACCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGUGCCCGGCUAUC |
| [ reference std structure ] | .(((....((..((((.((((((....)))))).))))...))......((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))) | |
| [ reference ext structure ] |
.((..((.(((<((((.((((([..{(]))))).))))(>))).)....(((((.(...((.(..(((....})))).)..))))))))))..).) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .((((((((((((((((((((((....)))))))))).))))...((.((((.....)))).))(((.(((..........))).))))))))))) | |
| 3LA5_A | [ FASTA input ] | GGCUUCAUAUAAUCCGAAUGAUAUGGUUUCGGAGCUUCCACCAAGAGCCUUAAACUCUUGACUAUGGAGUC |
| [ reference std structure ] | ((((((((([..((((((......{{.))))))(.....])((((((}}.....))))))..))))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]..]]]))))))..))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..))))))))) | |
| 3NKB_B | [ FASTA input ] | GGUCCGCAGCCUCCUCGCGGCGCAAGCUGGGCAACAUUCCGAAAGGUAAUGGCGAAUGCGGACC |
| [ reference std structure ] | (((((((((((.[[....))).......]]....((((((....)).)))).....)))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((({{..).))).......}..[}(.((((((..))).)))])....)))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((((.(((.(((((....)))..))...........)))....)))...)))))))) | |
| 3NMU_E | [ FASTA input ] | GCCGUUGAAGCUCUGACCGAAAGGCGUGAUGAGC |
| [ reference std structure ] | ............(...((....))......)... | |
| [ reference ext structure ] | ............((((((....))...))))... | |
| [ predicted structure ] | (((((((..(((..........))).))))).)) | |
| 3OVB_D | [ FASTA input ] | GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACCA |
| [ reference std structure ] | ((((.(((((((.......))))))).)))).... | |
| [ reference ext structure ] | ((((.(((((((.......))))))).)))).... | |
| [ predicted structure ] | ((((((((((((.......)))))))))))).... | |
| 3OVS_D | [ FASTA input ] | GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACC |
| [ reference std structure ] | ((((((((((((.......))))))))))))... | |
| [ reference ext structure ] | (((((((((((((...)..))))))))))))... | |
| [ predicted structure ] | ((((((((((((.......))))))))))))... | |
| 3P22_G | [ FASTA input ] | GCUGGGUUUUUCCUUCGAAAGAAGGUUUUUAUCCCAGUC |
| [ reference std structure ] | ((((((.....(((((....))))).......)))))). | |
| [ reference ext structure ] | ((((((.....((((((..)))))).......)))))). | |
| [ predicted structure ] | ((((((.....(((((....))))).......)))))). | |
| 3R4F_A | [ FASTA input ] | GGCGUGUAUGUGGGGAAACCCUGAUUGAGUUCAGCCCACAUACUUUGUUGAUGGUUGUCAAUCGCC |
| [ reference std structure ] | ((((.((((((((.......((((......)))).))))))))...((((((....)))))))))) | |
| [ reference ext structure ] | ((((((((((((((......(((((....)))))))))))))))..((((((....)))))))))) | |
| [ predicted structure ] | ((((.(((((((((......((((......)))))))))))))...((((((....)))))))))) | |
| 3R9X_C | [ FASTA input ] | CAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCU |
| [ reference std structure ] | (((((((.(......).)))))))........... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((.(.(...)).)))))))........... ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((((....))))))))))........... | |
| 3RKF_A | [ FASTA input ] | GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC |
| [ reference std structure ] | ((((((([..(((((((.....{{)))))))(.....])((((((}}.....))))))..))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]()]]]))))))..))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((...(((((((.......)))))))(((......(((((.......))))))))))))))) | |
| 3SD1_A | [ FASTA input ] | GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA |
| [ reference std structure ] | ((((....((((((((((((......(((((((...[[[[....))))))).....((....))))).)))))))))..]]]].)))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((.({{{{{{{{{{{{..{{.{{{{{{{{.[.)((((].)}}}}}}}}.}}.(((..)))}}}.}}}}}}}}}.)))).))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((.(((..(((((((((((..((((((((((...........)))))).))...))...)))))...)))))).))).....)))). | |
| 3SIU_F | [ FASTA input ] | CUGUCCAAUGAGCGCAUAGUGAGGGCAG |
| [ reference std structure ] | ((((((.....((.....))..)))))) | |
| [ reference ext structure ] | ((((((...(((((..).)))))))))) | |
| [ predicted structure ] | ((((((......(((...))).)))))) | |
| 3SN2_B | [ FASTA input ] | GAUUAUCGGAAGCAGUGCCUUCCAUAAUC |
| [ reference std structure ] | ((((((.((((((...).))))))))))) | |
| [ reference ext structure ] | ((((((.((((((...).))))))))))) | |
| [ predicted structure ] | (((((..(((((......))))).))))) | |
| 3TRZ_Z | [ FASTA input ] | GGGCAGGGAUUUUGCCCGGAG |
| [ reference std structure ] | (((((.......))))).... | |
| [ reference ext structure ] | (((((.......)))))(.). | |
| [ predicted structure ] | (((((((...))))))).... | |
| 3TS0_U | [ FASTA input ] | GGGGUAGUGAUUUUACCCUGGAG |
| [ reference std structure ] | ((((((.......)))))).... | |
| [ reference ext structure ] | ((((((.......)))))).... | |
| [ predicted structure ] | (((((((.....))))))).... | |
| 3TS2_V | [ FASTA input ] | GGGGUCUAUGAUACCACCCCGGAG |
| [ reference std structure ] | (((((..........))))).... | |
| [ reference ext structure ] | (((((..........))))).... | |
| [ predicted structure ] | (((((..........))))).... | |
| 3UZL_B | [ FASTA input ] | GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA |
| [ reference std structure ] | ((.((.(..(...............).(((((.......))))).((.....))...(..((.......))..)).)).)).... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((..(((..(<[<..().)))(((((((.....)))))))(((...)))..)((((((]>.)>.)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((....(((((((((...))...((((.......))))))))..))).....(((((.......)))))))))))).... |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition