CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - CRWrnafold
2LBS_A
[ FASTA input ]
GGGAUACCAUGUUCAAGUGAACGUGGUAUCUC
[ reference std structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))
[ reference ext structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))
[ predicted structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))
2LC8_A
[ FASTA input ]
GGUCAGGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGCA
[ reference std structure ]
.(((.((((((((.[[[[[[[)))).))))..))).............]]]]]]].
[ reference ext structure ]
.((((((((((((({{{{{.[)))).))))).))).............])}}}}}.
( )
[ predicted structure ]
.....((((.....))))((((((((....(((.....))).....))))))))..
2LDL_A
[ FASTA input ]
GGAUCCAUUCGAUUAGUGAACGGAUCC
[ reference std structure ]
((((((.(((.......))).))))))
[ reference ext structure ]
((((((((((.......))))))))))
( )
[ predicted structure ]
((((((..(((.....)))..))))))
2LDT_A
[ FASTA input ]
GGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCCCC
[ reference std structure ]
(((((((..((((....))))...)))))))
[ reference ext structure ]
((((((.(.(((((..))))).).).)))))
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..((((....))))...)))))))
2LHP_A
[ FASTA input ]
GGGUGAAAUGGAGGACUUCGGUCCUCAAAUUUCACCC
[ reference std structure ]
(((((((((.((((((....))))))..)))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((.(((((((..)))))))..)))))))))
[ predicted structure ]
((((((((..((((((....))))))...))))))))
2LI4_A
[ FASTA input ]
GGACCGAUAAGGUAGAAAUGCCUUAUCGGUCC
[ reference std structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((((((((..)))))))))))))))
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))
2LK3_A
[ FASTA input ]
GGCUUAGAUCAGAAAUGAUCAGCC
[ reference std structure ]
((((..(((((....)))))))))
[ reference ext structure ]
((((..((((((..))))))))))
[ predicted structure ]
((((..(((((....)))))))))
2LKR_A
[ FASTA input ]
GGCAAUACAGAGAUGAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACCGUUUUACAAAGAGAUUUCUUCGGGAAUCUCUUUGCCUUUUGGCUUAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUC
[ reference std structure ]
((...((.......(((((((..(((.(((.....)))..)))........((((((((((((....)))))))))))).......)))..))))........))....))
[ reference ext structure ]
((((.(((.....((((((((.((((.((((...))))..)))).......((((((((.((((..))))).))))))).......)))..)))))......)))..))))
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
......(((((..(((((.((((.....))))...........(((.....((((((((((((....)))))))))))).....)))....))))).........))))).
2LQZ_A
[ FASTA input ]
GGACUUCCAUUGCUUCGGCAAAAGUCC
[ reference std structure ]
(((((.....(((....)))..)))))
[ reference ext structure ]
(((((...)(((((..)))))..))))
( )
[ predicted structure ]
((((((...((((....))))))))))
2YIE_Z
[ FASTA input ]
GAUUGAUUUGGUGAAAUUCCAAAACCGACAGUAGAGUCUGGAUGAGAGAAGAUUCG
[ reference std structure ]
......(((((.......))))).....(((......)))................
[ reference ext structure ]
....(.((((((...)..)))))..).(((((..)..))))...............
[ predicted structure ]
.((((..(((((...........))))))))).((((((..........)))))).
2YIE_X
[ FASTA input ]
GAUCUUCGGGGCAGGGUGAAAUUCCCGACCGGUGGUAUAGUCCACGAAUCCAU
[ reference std structure ]
.............(((.......))).....((((......))))........
[ reference ext structure ]
.........(.(.((((...)..))))..).(((((..)..))))........
( )
[ predicted structure ]
(((..((((((...........))))))...((((......))))..)))...
3AMU_B
[ FASTA input ]
GGGCCCGUAGCUUAGCCAGGUCAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGCGGUCGAGGGUUCGAAUCCCUCCGGGCCCACCA
[ reference std structure ]
(((((.(..((((..........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))).)))))....
[ reference ext structure ]
((((((((({{.[)<....(...])}}.((((.........))))....>((((((.).)..))))))))))))....
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..((((....)))).....(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
3J0L_g
[ FASTA input ]
GAACCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGG
[ reference std structure ]
.................((........))..
[ reference ext structure ]
......(.........[[[......).]].]
[ predicted structure ]
...((((....................))))
3J0L_a
[ FASTA input ]
GGAGGGCAAGUCAUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUA
[ reference std structure ]
.((((....[.[.[[[.....[[..))]].......]]]]])).....
[ reference ext structure ]
(([[[.())(.(.((((...(((..]])))...)..)))))].)....
( )
[ predicted structure ]
((((((((........)))).((....))...........))))....
3J0L_8
[ FASTA input ]
GACCGUCGUGAGACAGGUUA
[ reference std structure ]
(((((((....))).)))).
[ reference ext structure ]
((((((((..)))).)))).
[ predicted structure ]
(((((((....))).)))).
3J0L_1
[ FASTA input ]
GAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAUUCUCAAACU
[ reference std structure ]
....((..(.(((.(.(.(.(((.....))).).))))).)..)).....
[ reference ext structure ]
.((((((((.(((.(.(.(((((.....))))).))))).))))))..))
( )
[ predicted structure ]
...(((....((((..((((((((...))))))))))))....)))....
3J0L_h
[ FASTA input ]
CACCGCCCGUCGCUUGUAGUAACGAAUGGUCUGGUGAACCUUCUGGACUGCGACAGCAAUGUUGCGGAAAAAUAAGUAAACCCUACCAUUUGGAACAACAAGAAGUCGUAA
[ reference std structure ]
.......((.(.(((((.....((((((((..(((..((.(..(...((((((((....))))))))...)..).))..)))..)))))))).....)))))..).))...
[ reference ext structure ]
.....((((.(((((((....(((((((((((((((((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))))))))))))))))....)))))).).)).))
( )
[ predicted structure ]
.......((...(((((.....((((((((..(((..((........((((((((....))))))))........))..)))..)))))))).....)))))....))...
3J0L_7
[ FASTA input ]
GCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAU
[ reference std structure ]
(.(.(.((((.(...((.......))...).))))...)).)........
[ reference ext structure ]
(((.((((((.(.(((((.....)))))..)))))..)))))........
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((.......)))))......((((....))))..((((....)))).
3J0L_2
[ FASTA input ]
GCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACG
[ reference std structure ]
(((..((((((.(...((.....((((....)))).....)).)))))..))))).((((.........))).)....................(((((.......))))).
[ reference ext structure ]
((([.(.((((.(...((....((((((..))))))....)).)))))..]))))(((((.(....)..))).))..........(...().).(((((.......))))).
( )
( )
[ predicted structure ]
((((.(((((.(((((..............)))))....))))))))).......((((((.......))))))...(((((......)))))((((((.......))))))
3J16_L
[ FASTA input ]
UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA
[ reference std structure ]
(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((((<<.[)({.{...])>>((((((.(..)..))))))..)((((((}..)}.))))))))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
3SD1_A
[ FASTA input ]
GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA
[ reference std structure ]
((((....((((((((((((......(((((((...[[[[....))))))).....((....))))).)))))))))..]]]].)))).
[ reference ext structure ]
((((((.({{{{{{{{{{{{..{{.{{{{{{{{.[.)((((].)}}}}}}}}.}}.(((..)))}}}.}}}}}}}}}.)))).))))).
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((.((.((((((((((......(((((((((.(((....))))))))).)))..(((....))).)))))))))))).....)))).
3SN2_B
[ FASTA input ]
GAUUAUCGGAAGCAGUGCCUUCCAUAAUC
[ reference std structure ]
((((((.((((((...).)))))))))))
[ reference ext structure ]
((((((.((((((...).)))))))))))
[ predicted structure ]
((((((.(((((......)))))))))))
3TRZ_Z
[ FASTA input ]
GGGCAGGGAUUUUGCCCGGAG
[ reference std structure ]
(((((.......)))))....
[ reference ext structure ]
(((((.......)))))(.).
[ predicted structure ]
(((((.......)))))....
3TS0_U
[ FASTA input ]
GGGGUAGUGAUUUUACCCUGGAG
[ reference std structure ]
((((((.......))))))....
[ reference ext structure ]
((((((.......))))))....
[ predicted structure ]
((((((.......))))))....
3TS2_V
[ FASTA input ]
GGGGUCUAUGAUACCACCCCGGAG
[ reference std structure ]
(((((..........)))))....
[ reference ext structure ]
(((((..........)))))....
[ predicted structure ]
(((((..........)))))....
3U4M_B
[ FASTA input ]
GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC
[ reference std structure ]
((((.(......(..[[[[[..(((......((((((((....))))))))...)))..........).]]]]]).))))
[ reference ext structure ]
(((((((..(<.[[){{{{{{{{{{...{{{{{{{{{{....)]}}}}}}}}}}}}}}........>]}}}}}}))))))
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))
4A1C_2
[ FASTA input ]
AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA
[ reference std structure ]
............................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]..........).)))..)...)))....((.....))(((((........)))))....................
[ reference ext structure ]
.......................................(.<((((({((.[[....[).}..)](((((((.((..]]...)....).).)))).))..))))>))((.....))(((((........)))))....................
()
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
......((((((((((.((((......)))))))).....)))))).(((.(((...((((((.(((...))).))))))....)))..(((....)))..(((((.((((...((((((((......))))))))..))))))))).)))...
4A1C_3
[ FASTA input ]
GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU
[ reference std structure ]
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....)))))))))))))))..
[ reference ext structure ]
((((((((({(.}((((((((....(<(((((...([[..)]].))))...>.).))))))).)))(((((..(.((((((((.(((..))))))))))))..))))).)))))))))..
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((.....(((((((.....((((((((......))..))))..))....)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....)))))))))))))))..
4A4U_A
[ FASTA input ]
GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC
[ reference std structure ]
(((((((((....)))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((....)))))))))
[ predicted structure ]
(((((((((....)))))))))
4AOB_A
[ FASTA input ]
GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA
[ reference std structure ]
((((((((....(.(((...(((.[.[[)))......))))(((..(((....))).)))...(]].](((.(....).)))..))))))))).
[ reference ext structure ]
((((((((..({(.((((.((((.<<<..))...).)))))(})..((((..))))...)...()>>>((((((..))))))..))))))))).
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((......(((((.(((.....)))..))..))).(((.((((....)))))))..(((((....))))).........)))))))).
4ENB_A
[ FASTA input ]
GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
[ reference std structure ]
((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]].....
[ reference ext structure ]
{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>)....
( )
[ predicted structure ]
......((((((....((....(((((....)))))))..)))))).....
4ENC_A
[ FASTA input ]
GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
[ reference std structure ]
.((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]].....
[ reference ext structure ]
.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>)....
( )
[ predicted structure ]
.......((((((....((....(((((....)))))))..)))))).....
N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
std - standard base pair definition
ext - extended base pair definition
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