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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - CentroidHomfold‑LAST
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| 2LC8_A | [ FASTA input ] | GGUCAGGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGCA |
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.((((((((((((({{{{{.[)))).))))).))).............])}}}}}. ( ) |
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((((.(((.....((((((((.((((.((((...))))..)))).......((((((((.((((..))))).))))))).......)))..)))))......)))..)))) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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((((([{<abcddddd......d))))).....D.].}>ABCDDDDD. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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(((.(((((((((..))))))))).)).)..........((((((((.(((..))))..))))))).. ( ) |
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| 2YIE_Z | [ FASTA input ] | GAUUGAUUUGGUGAAAUUCCAAAACCGACAGUAGAGUCUGGAUGAGAGAAGAUUCG |
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| 2YIE_X | [ FASTA input ] | GAUCUUCGGGGCAGGGUGAAAUUCCCGACCGGUGGUAUAGUCCACGAAUCCAU |
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| 3AMU_B | [ FASTA input ] | GGGCCCGUAGCUUAGCCAGGUCAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGCGGUCGAGGGUUCGAAUCCCUCCGGGCCCACCA |
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((((((((({{.[)<....(...])}}.((((.........))))....>((((((.).)..)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) |
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| 3J0L_h | [ FASTA input ] | CACCGCCCGUCGCUUGUAGUAACGAAUGGUCUGGUGAACCUUCUGGACUGCGACAGCAAUGUUGCGGAAAAAUAAGUAAACCCUACCAUUUGGAACAACAAGAAGUCGUAA |
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.....((((.(((((((....(((((((((((((((((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))))))))))))))))....)))))).).)).)) ( ) |
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(((.((((((.(.(((((.....)))))..)))))..)))))........ ( ) ( ) |
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.((((((((.(((.(.(.(((((.....))))).))))).))))))..)) ( ) |
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| 3J0L_g | [ FASTA input ] | GAACCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGG |
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| 3J16_L | [ FASTA input ] | UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA |
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|
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| 3J20_1 | [ FASTA input ] | GGGGCGGUAGCUCAGCCUGGGAGAGCACCGGACUGAAGAUCCGGGUGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCCGCCCCACCA |
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| 3J20_0 | [ FASTA input ] | GCCGCCGUAGCUUAGCUGGUGGAGCGCCGGACUGUUAAUCCGGCGGUCCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGCGGCGCCA |
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| [ reference ext structure ] |
((((((((.{{{{)<..[(..}}}}.((((((.....))))))....>((((((]).)..)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J2C_M | [ FASTA input ] | GCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCU |
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| [ reference ext structure ] |
((((((aaa)(((((.((((((((.d.(...)(((........))....c.....cccc(<<<{[.<..<<<<<<<<<<<<<<<<.)>>>>>>>>>.(((>...))).>>>>>>.}]>cc.cccf.b(F(((((..().((((gg(.(....))..).eeee...)EEEE...GG..)).....((((.((((((().(((..((((..).))))))....)))))).h(.(.(((((...))))).).H..)..))))......)).)))B)..).CCCCC..>.>>.CCCC(..D(.)))))))))((..(.(((((((.(.(((..)((((((((..))))))))......))).).)))))).)..)().((.((((((((((C..)..)))))))))).))..)..)))))(..((((((((((.(...).)))))))))))..AAA...))))).. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ...............................................................................................................................................................((......))...............................................................(((((.....)))))..............................((((((.......))))))................(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))).................. | |
| 3J2C_O | [ FASTA input ] | UGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCA |
| [ reference std structure ] | ........(.(..((...((((.(((..((((((((((((.....(((((..(((..((....)).))).)))))....))))))))))))..))).))))....))...)..)...((((((((....))))))))....... | |
| [ reference ext structure ] |
..(.....).((((((((.((((((((((((((((((((((((.(.((((.((((..(((..))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))..)))).)))(..).((((((((((..)))))))))).(...) ( ) ( ) () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ................................................................................................................................................ | |
| 3J2L_3 | [ FASTA input ] | CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC |
| [ reference std structure ] | .((((((....(((.((((.....(.((((...(.....)...))))...)....)))).).))..(((((((....((((((.((....))))))))...)))))))..)))))).......... | |
| [ reference ext structure ] |
.((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)...... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((....(((((((.((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))(.(((((((....((((((.((....))))))))...))))))).))))))))......... | |
| 3J3D_C | [ FASTA input ] | AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA |
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| [ reference ext structure ] |
((((((((({{..)(<a<..()}}((((((.......)))))).).)(((((A.>..>.)))))))))))).... ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((...(((.((....)))))(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... | |
| 3J3E_7 | [ FASTA input ] | GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU |
| [ reference std structure ] | (((((((((.....(((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).).(.(((((.....((.((..((....)).)).))....))))).)))))))))).. | |
| [ reference ext structure ] |
(([[[[[[(...)[[[[[[[[.)..(<(((((...{(...}..)))))...>.).)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).))))))))).]]]]]].).. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((.....(((((((......(((((...(....)...))))).......)))))).).(.(((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))).)))))))))).. | |
| 3J3E_8 | [ FASTA input ] | AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG |
| [ reference std structure ] | ........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))........... | |
| [ reference ext structure ] |
..................................().<((((((((.{{(.).{))).[.}(].(((..(((.}}).)......).).))....).))))>).((.....))........... ( ) ( ) ( ) ( ) () () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ....................((((((....)))))).........(((....))).......(((((((..(....)..)))))))..................................... | |
| 3J3F_8 | [ FASTA input ] | CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU |
| [ reference std structure ] | ..........................................((.((.[[.....))......(.(((......]].............)))..)...)).....((....))(((((.((.......)).)))))..................... | |
| [ reference ext structure ] |
....................................(.{(((((.((.[[....[))).(.].(((((.(((..]].)........)).)))).))...)))}))((....))(((((((((.....)))))))))..................... () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .(((.(((((..(...........((..(((((((((((.....(((((....)))))...(((((((((..........))))))))))))))).........)))))..))(((((((((.....)))))))))...)....))))).))).... | |
| 3J3F_7 | [ FASTA input ] | GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU |
| [ reference std structure ] | (((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).))(((((((.....((.((..((....)).)).))....))))))))))))))))... | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((((..)((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))(((((((.(()(((.(((.(((..)))))).))).).))))))))))))))))... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((....((((((((...((..(((.((......))...)))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))... | |
| 3J3V_B | [ FASTA input ] | UUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGCAAG |
| [ reference std structure ] | ((((((.(.....((((((((.......(((...............)))........)))))).)).((.......((.(((((...))))).)).......))...).)))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
(([[[[[[.(.[)[[[[[[[[[.)]((((((..[.([....).].)]))..)))...]]]]]].]]..((((.(((((((((((...)))))))))).)))))]..].]]]]].).(.) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((((.....((((((.......((((((.......))..))))........))))))..................((.....))(((((....))))).)))))))))).... | |
| 3J45_4 | [ FASTA input ] | CGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGU |
| [ reference std structure ] |
....(((((..(((........(((((..((....))...)))))........)))))))) ( ) |
|
| [ reference ext structure ] |
....(((((..(((...(((((((((((((((..))))).))))))))))...)))))))) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ....(((((..((((...(((((((((..((....))...)))))..)))).))))))))) | |
| 3J46_2 | [ FASTA input ] | AAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGA |
| [ reference std structure ] | .......((((((...((.....)).)))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
.....(.(((((((...(.....)).)))))).).. ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ......((((((((..((.....))))))))))... | |
| 3J46_4 | [ FASTA input ] | CUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA |
| [ reference std structure ] | ..(((((((((((.(.((.(...........(((...........(((.(((......))).)))..................)))..).)).).)))))))))))... | |
| [ reference ext structure ] |
..(((((((((((.((((((.(.([.{.).<.<<<.(.(...).((((.(((.....).)).))))....).......).]}>>>>..)))))).)))))))))))... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ..(((((((((((.((((..............((..((((((...((((((((....))))))))))))))..))...............)))).)))))))))))... | |
| 3J46_1 | [ FASTA input ] | AAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUU |
| [ reference std structure ] | ....((((.[..[[[.))).....{{{{{{...{{{]]]..].}}}.......}}}}}}...) | |
| [ reference ext structure ] |
....(((([{..{{.{)))...}<<<<<<<<<<<<<]}}..}.>>>>....>>>>>>>>>..) ( ) ( ) () ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .....((((......)))).....((((((...(((.......))).......)))))).... | |
| 3J46_p | [ FASTA input ] | GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA |
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| [ reference ext structure ] |
((((((((.[[[..{.<...)<]]](((.((.......)).))).>.}aaaaaa..>A..AAAAA))))))).... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((........)))).(((((((((....).))))))))((((.......)))).))))))).... | |
| 3NMU_E | [ FASTA input ] | GCCGUUGAAGCUCUGACCGAAAGGCGUGAUGAGC |
| [ reference std structure ] | ............(...((....))......)... | |
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| [ predicted structure ] | .........((((.................)))) | |
| 3R9X_C | [ FASTA input ] | CAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCU |
| [ reference std structure ] | (((((((.(......).)))))))........... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((.(.(...)).)))))))........... ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((((....))))))))))........... | |
| 3RKF_A | [ FASTA input ] | GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC |
| [ reference std structure ] | ((((((([..(((((((.....{{)))))))(.....])((((((}}.....))))))..))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]()]]]))))))..))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))) | |
| 3SD1_A | [ FASTA input ] | GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA |
| [ reference std structure ] | ((((....((((((((((((......(((((((...[[[[....))))))).....((....))))).)))))))))..]]]].)))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((.({{{{{{{{{{{{..{{.{{{{{{{{.[.)((((].)}}}}}}}}.}}.(((..)))}}}.}}}}}}}}}.)))).))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((....((((((((((.....(...((((((...........))))))..)..............)))))))))).......)))). | |
| 3SIU_F | [ FASTA input ] | CUGUCCAAUGAGCGCAUAGUGAGGGCAG |
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| [ reference ext structure ] | ((((((...(((((..).)))))))))) | |
| [ predicted structure ] | ((((((................)))))) | |
| 3SN2_B | [ FASTA input ] | GAUUAUCGGAAGCAGUGCCUUCCAUAAUC |
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| 3TRZ_Z | [ FASTA input ] | GGGCAGGGAUUUUGCCCGGAG |
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| 3TS0_U | [ FASTA input ] | GGGGUAGUGAUUUUACCCUGGAG |
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| [ reference ext structure ] | ((((((.......)))))).... | |
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| 3TS2_V | [ FASTA input ] | GGGGUCUAUGAUACCACCCCGGAG |
| [ reference std structure ] | (((((..........))))).... | |
| [ reference ext structure ] | (((((..........))))).... | |
| [ predicted structure ] | (((((..........))))).... | |
| 3U4M_B | [ FASTA input ] | GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC |
| [ reference std structure ] | ((((.(......(..[[[[[..(((......((((((((....))))))))...)))..........).]]]]]).)))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((..(<.[[){{{{{{{{{{...{{{{{{{{{{....)]}}}}}}}}}}}}}}........>]}}}}}})))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ..........(((..(((((..((((.....((((((((....))))))))..))))............)))))..))). | |
| 3UZL_B | [ FASTA input ] | GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA |
| [ reference std structure ] | ((.((.(..(...............).(((((.......))))).((.....))...(..((.......))..)).)).)).... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((..(((..(<[<..().)))(((((((.....)))))))(((...)))..)((((((]>.)>.)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... | |
| 3VJR_D | [ FASTA input ] | GGGGGCUAAGCGGUUCGAUCCCGCUUAGCUCCACCA |
| [ reference std structure ] | .((((((((((((.......)))))))))))).... | |
| [ reference ext structure ] | .(((((((((((((...)..)))))))))))).... | |
| [ predicted structure ] | .((((((((((((.......)))))))))))).... | |
| 3W3S_B | [ FASTA input ] | GGGAGAGGUUGGCCGGCUGGUGCCGCCCCGGGACUUCAAAUCCCGUGGGAGGUCCCGCAAGGGAGCUCCGGAGGGUUCGAUUCCCUCCCUCUCCCGCC |
| [ reference std structure ] | (((.((((..((.((([..(.])))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((..)....))))))))).)))... | |
| [ reference ext structure ] |
(((.((((..((.(((([[()))))))((((((.......))))).)((((((((((..)))))))))).((((((]..)].))))))))).)))... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((.....((((....))))...(((((.......)))))..((((.((((....)))).)))).(((((.......)))))))))))))... | |
| 3ZEX_D | [ FASTA input ] | GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU |
| [ reference std structure ] | (((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......((....(((....)))...)).....))))))))))))))). | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((..[.((((((((.....((((((...{.(..})..)))..)))....)))))).))(.(((((.(.(((((((.((((..)))))))))))).)))))])))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((.(....(.((((((...((..((((((......))..))))..))....))))))..)((((((......(((((.(((....)))))))).....))))))).))))))). | |
| 3ZEX_G | [ FASTA input ] | GUGAGAUUGUGAAGGGAUCUCGCAGGCAUCGUGAGGGAAGUAUGGGGUAGUACGAGAGGAACUCCCAUGCCGUGCCUCUGGUUUCUGGAGUUUGUCGAAGGGCAAGUGCUCCGACGCUAUCGCACGGUGGUUCUCGGCUGAACGCCUCUAAGCCAGAAACCAGUCCCAAGACCGGGUGCCCG |
| [ reference std structure ] | ...(((((.(...).)))))....((((((....(((..(..((((......(....).....))))..)((.((...((((....((((((((((....)))))..)))))...))))..)).)).((((....(.(.............).)....))))..))).......)))))).. | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ((((((((.......)))))))).((((((....(((..(((((((...(...........).)))))))(((((....(((....((((((((((....)))))..)))))...)))...))))).(((((...((((...........))))...)))))..))).......)))))).. | |
| 3ZEX_E | [ FASTA input ] | UGGAAAUGCGAAACACUUGCCAGGUGACCCAUCCAUCCUCCCACGGUGAGCUUUCUUUUCACCAUAAUCCACAUCUCCGGCCUUGCUGGGGCUUGGGCCUCUCGACUUCUCGCGUUACUCGGAGCGGGGGCUCAAGAUUGAAAAAUGCAGCUCACCCUACGUACUGUCCUUUGUUGUGAGUUCGGCGCAUUAAAGCAAAAACCUGGGGUG |
| [ reference std structure ] | ((....))........((....(.(...((...(((........((((((.......)))))....((...((.............))(..((((........(((.......)))........))))...)....)).......((..((.........))..)).).......))).....)).........))..)).......... | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ............................................((((((((...((((((.............(((((((...)))))))((((((((((....((...............))..))))))))))..))))))....))))))))...................................................... | |
| 3ZND_W | [ FASTA input ] | GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA |
| [ reference std structure ] | ..(........(.............)..(((...........))).......(((.......))).......)..... | |
| [ reference ext structure ] |
.((((..(..{.{<(.......>)}}..(((([(.....])))))....)(((((.......)))))...)))).... ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((...................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... | |
| 4A1C_2 | [ FASTA input ] | AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA |
| [ reference std structure ] | ............................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]..........).)))..)...)))....((.....))(((((........))))).................... | |
| [ reference ext structure ] |
.......................................(.<((((({((.[[....[).}..)](((((((.((..]]...)....).).)))).))..))))>))((.....))(((((........))))).................... () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ........((((.((..(((.........))).....)).)))).............((((((.(((...))).))))))......................((((.((((((...((((((......))))))..))))))))))........ | |
| 4A1C_3 | [ FASTA input ] | GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU |
| [ reference std structure ] | (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((({(.}((((((((....(<(((((...([[..)]].))))...>.).))))))).)))(((((..(.((((((((.(((..))))))))))))..))))).))))))))).. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((.....(((((((...((..((((............))))..))....)))))))..((((((......((.((((((....)))))))).....))))))))))))))).. | |
| 4A4U_A | [ FASTA input ] | GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC |
| [ reference std structure ] | (((((((((....))))))))) | |
| [ reference ext structure ] | (((((((((....))))))))) | |
| [ predicted structure ] | (((((((((....))))))))) | |
| 4AOB_A | [ FASTA input ] | GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA |
| [ reference std structure ] | ((((((((....(.(((...(((.[.[[)))......))))(((..(((....))).)))...(]].](((.(....).)))..))))))))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((..({(.((((.((((.<<<..))...).)))))(})..((((..))))...)...()>>>((((((..))))))..))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((............(((.....)))..........((((.(((....)))))))........(((.(....).)))...)))))))). | |
| 4BW0_A | [ FASTA input ] | GGGGGAGCCGAAAGGCGAAGAACCCA |
| [ reference std structure ] | (((...(((....)))......))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((((..)))))...))))). ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((...(((....)))......))). | |
| 4BY9_A | [ FASTA input ] | GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC |
| [ reference std structure ] | ((((((....................(...((((....))))......).................)))))) | |
| [ reference ext structure ] |
((((((...((((.............(((((((((..)))))...)))).............)))))))))) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((........................((((....))))........................)))))) | |
| 4C4Q_N | [ FASTA input ] | GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC |
| [ reference std structure ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((..((((((((.(((.((....)).))).))))...))))....)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))....(((((...))))).)))))).)).(((....))).((..[[[[.))))))))...))))))).........]]]]. | |
| [ reference ext structure ] |
.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((((((..))))))).))))...)))))...)))))(((....))).))))).))))..((((((((((...))))))))))....(((((...))))).)))))).))(((((..)))))((..[[[[[))))))))...)))))))........]]]]]. ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...((((((...)))))))))))).))((((....))))((.......))))))))...))))))).............. | |
| 4ENB_A | [ FASTA input ] | GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
| [ reference std structure ] | ((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]]..... | |
| [ reference ext structure ] |
{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>).... ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ......((((((..........(((((....)))))....))))))..... | |
| 4ENC_A | [ FASTA input ] | GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
| [ reference std structure ] | .((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]]..... | |
| [ reference ext structure ] |
.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>).... ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .......((((((..........(((((....)))))....))))))..... | |
| 4FRG_B | [ FASTA input ] | GGCCUAAAAGCAUAGUGGGAAAGUGACGUGAAAUUCGUCCAGAUGCGAAAGCAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGGCCA |
| [ reference std structure ] | ((((((........((((....(.((((.......)))))((((((....)))).[[[.....))]]]....)))).)))))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((...{(.}.((((...<(.(((([(..]..)))))(>(((((..)))))(((((.).).)))))..))))).)))))). ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((....(((.[[[[((..((((((((...(((((......)))))..))).{{)))))..))}}.)))]]]].)))))). | |
| 4FRN_A | [ FASTA input ] | GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA |
| [ reference std structure ] | .(((((.......(((((....(.((((.......)))))(.(([.[[[.)).{{{......)}}}....)))))))))).......(((.]]]...]))). | |
| [ reference ext structure ] |
.(((((...{(.}(((((....(.(((([(..]..)))))(.(.<.<<<<).aaaa(.).).)AAAA..))))))))))).......(((>>>>...>))). ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((....((([[[[[((((((((.{{{{{{{b((aaa...)B))))..<<<))}}}}}})))}.)))]]]]]))))))...>>>(((...AAA..))). | |
| 4HXH_A | [ FASTA input ] | CCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCA |
| [ reference std structure ] | .....((((((....))))))..... | |
| [ reference ext structure ] | .....((((((....))))))..... | |
| [ predicted structure ] | .....((((((....))))))..... | |
| 4JF2_A | [ FASTA input ] | GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA |
| [ reference std structure ] | (((((((....))))))).((((((((.......[[[[[..))))))))......((((....))))..]]]]].. | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((..)))))))).(((((((((.((...<<<...)))))))))....(.(((((..)))))).))>>>.. ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((....))))))).((((((((..............))))))))......((((....))))......... | |
| 4JRC_A | [ FASTA input ] | GAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUCC |
| [ reference std structure ] | (((((...(((((.....(..[[[[[[..........)]]]]]]))))).))))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((...((((...[{(.]((((((.........})))))))))))).))))). ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .((((.....(((........((((((...........)))))))))...)))).. | |
| 4LCK_F | [ FASTA input ] | GGGUGCGAUGAGAAGAAGAGUAUUAAGGAUUUACUAUGAUUAGCGACUCUAGGAUAGUGAAAGCUAGAGGAUAGUAACCUUAAGAAGGCACUUCGAGCACCC |
| [ reference std structure ] | ((((((.....((.........(..(.(...(.((.(......(..[[[[[...........).]]]]].).)).).).)..).........))..)))))) | |
| [ reference ext structure ] |
((((((...(.((.....(.(((..(((..((.(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))..))))......)).))))))) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((.....((((.......((((((..(((((((..........(((((...........)))))..))))))))))))).......))))..)))))) | |
| 4MGN_D | [ FASTA input ] | CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCUC |
| [ reference std structure ] | ((((((..((((....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))... | |
| [ reference ext structure ] |
((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB))))))... ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))... | |
| 4MGN_B | [ FASTA input ] | CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCU |
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| [ reference ext structure ] |
((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB)))))).. ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))).. | |
| 4MGN_C | [ FASTA input ] | GAAUCAAUAGUAGUUAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUAAUGAAACGGCAGUUCC |
| [ reference std structure ] | (((.........(((((((...(((((.....(..[[[[[[..........)]]]]]]))))).)))))))..........))). | |
| [ reference ext structure ] |
(((.....(.(((((((((...(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))))))).......))). ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ............(((((((....((((........((((((...........))))))))))..))))))).............. |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition