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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Cylofold
| 2KRL_A | [ FASTA input ] | GGACGGUGGCAGCACUGUCUAGCUGCGGGCAUUAGACUGGAAAACUAGUGCUCUUUGGGUAACCACUAAAAUCCCGAAAGGGUGGGCUGUGGUGACCCUCCG |
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| [ reference ext structure ] |
.(((((.((..))).))))......([[)((((((..<.<{(}.)))))).]].....(.((((((.....((.((.).).).)....)))))))...)>.> ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| 2L1F_B | [ FASTA input ] | GGCGGACCCGUGGUGGAACAGACGUGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGG |
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.((((((((((((({{{{{.[)))).))))).))).............])}}}}}. ( ) |
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.........(...(((...(((.....((((......((....(((.(.)..)).)...))...))).).....)).).....)))...)...... ( ) ( ) ( ) |
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| 2XXA_G | [ FASTA input ] | GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC |
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((((((((((.((((((((((((((((((((((...((((...(((((..)))))...))))).))).))).))))))).)).))))))...)))))))))) ( ) |
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(((.(((((((((..))))))))).)).)..........((((((((.(((..))))..))))))).. ( ) |
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| 3ADB_C | [ FASTA input ] | GGCCGCCGCCACCGGGGUGGUCCCCGGGCCGGACUUCAGAUCCGGCGCGCCCCGAGUGGGGCGCGGGGUUCAAUUCCCCGCGGCGGCCGCCA |
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((((((((.[[[[)(.....]]]].((((((.....))))))...)((((((...)..)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) |
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| 3IZF_C | [ FASTA input ] | GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGGUAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((....((((((((....(((.(((...[(...].).)))...)))...)))))))).((((((((.()((((((((((..)))))))))).)))))))).))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J0L_g | [ FASTA input ] | GAACCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGG |
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| 3J0L_a | [ FASTA input ] | GGAGGGCAAGUCAUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUA |
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| 3J0L_h | [ FASTA input ] | CACCGCCCGUCGCUUGUAGUAACGAAUGGUCUGGUGAACCUUCUGGACUGCGACAGCAAUGUUGCGGAAAAAUAAGUAAACCCUACCAUUUGGAACAACAAGAAGUCGUAA |
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| [ reference ext structure ] |
.....((((.(((((((....(((((((((((((((((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))))))))))))))))....)))))).).)).)) ( ) |
|
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| 3J0L_2 | [ FASTA input ] | GCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACG |
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((([.(.((((.(...((....((((((..))))))....)).)))))..]))))(((((.(....)..))).))..........(...().).(((((.......))))). ( ) ( ) |
|
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| 3J0L_1 | [ FASTA input ] | GAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAUUCUCAAACU |
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.((((((((.(((.(.(.(((((.....))))).))))).))))))..)) ( ) |
|
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| 3J0L_7 | [ FASTA input ] | GCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAU |
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(((.((((((.(.(((((.....)))))..)))))..)))))........ ( ) ( ) |
|
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|
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| 3J20_1 | [ FASTA input ] | GGGGCGGUAGCUCAGCCUGGGAGAGCACCGGACUGAAGAUCCGGGUGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCCGCCCCACCA |
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((((((((.{{{{)<..[(..}}}}.((((((.....))))))....>((((((]).)..)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) |
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| 3J2C_O | [ FASTA input ] | UGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCA |
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| [ reference ext structure ] |
..(.....).((((((((.((((((((((((((((((((((((.(.((((.((((..(((..))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))..)))).)))(..).((((((((((..)))))))))).(...) ( ) ( ) () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .........(((((..............[[[[[[[[[[[[..(((({{{{.)))).}}}}......)))))........]]]]]]]]]]]]((((.......)))).........((((((((((....))))))))))..... | |
| 3J2L_3 | [ FASTA input ] | CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC |
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| [ reference ext structure ] |
.((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)...... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| [ predicted structure ] | (((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))..)))))))......... | |
| 3NDB_M | [ FASTA input ] | GUCUCGUCCCGUGGGGCUCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUCGGCGCUCACGGGGGUGCGGGAC |
| [ reference std structure ] | .(((.(..(((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))).....).))). | |
| [ reference ext structure ] |
.(((((.((((((((((.((((((((((([.((((((((({.(}))))))))).(])))))...((((((((....((((..((((...))))).).)))))))))))))))))))).)))))))....)))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3NKB_B | [ FASTA input ] | GGUCCGCAGCCUCCUCGCGGCGCAAGCUGGGCAACAUUCCGAAAGGUAAUGGCGAAUGCGGACC |
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(((((((((((({{..).))).......}..[}(.((((((..))).)))])....)))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3NMU_E | [ FASTA input ] | GCCGUUGAAGCUCUGACCGAAAGGCGUGAUGAGC |
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| 3O58_3 | [ FASTA input ] | AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU |
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| [ reference ext structure ] |
....................................(.{((((([((.<<....<).]..)>((.(.(.........>.>..........))...))..))))}))(((...)))(((((((((....)))))))))..................... () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| [ predicted structure ] | ..............(((((....))))).....(((((((....((((......))))....{{{{{{{(....{{{{...........)))))))...........)}}}}}}}(((((((((....)))))))))((((}}}}....))))..... | |
| 3O58_2 | [ FASTA input ] | GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((....((((((((....({((........[...(.]..)....)}.).))))))).)).(((((......(((((((.((....)))))))))....))))).))))))))). ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((......((((((....................................))))))...((((((.......((((.((((....)))))))).....))))))))))))))). | |
| 3OVB_D | [ FASTA input ] | GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACCA |
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| 3OVS_D | [ FASTA input ] | GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACC |
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| 3P22_G | [ FASTA input ] | GCUGGGUUUUUCCUUCGAAAGAAGGUUUUUAUCCCAGUC |
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| 3PDR_A | [ FASTA input ] | GGGCUUCGUUAGGUGAGGCUCCUGUAUGGAGAUACGCUGCUGCCCAAAAAUGUCCAAAGACGCCAAUGGGUCAACAGAAAUCAUCGACAUAAGGUGAUUUUUAAUGCAGCUGGAUGCUUGUCCUAUGCCAUACAGUGCUAAAGCUCUACGAUUGAAGCCCA |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((([(.<<<<<<<<<.<<<<<<<<<a(.A.<<<<<<[[[[[[...[[[[..)(]]]]...]]]]]].{...{{{{{{{{b.{...))B}}}}}}}}}.>.>>>>>(((........)))).>>>>>>>>>>>>>>.>>>>..].().}))))))). ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3R4F_A | [ FASTA input ] | GGCGUGUAUGUGGGGAAACCCUGAUUGAGUUCAGCCCACAUACUUUGUUGAUGGUUGUCAAUCGCC |
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| 3R9X_C | [ FASTA input ] | CAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCU |
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(((((((.(.(...)).)))))))........... ( ) |
|
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| 3RKF_A | [ FASTA input ] | GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]()]]]))))))..))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3SD1_A | [ FASTA input ] | GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA |
| [ reference std structure ] | ((((....((((((((((((......(((((((...[[[[....))))))).....((....))))).)))))))))..]]]].)))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((.({{{{{{{{{{{{..{{.{{{{{{{{.[.)((((].)}}}}}}}}.}}.(((..)))}}}.}}}}}}}}}.)))).))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ........((((((((((........(((((((...[[[[[[..))))))).........{{{{...))))))))))]]]]]]}}}}.. | |
| 3SIU_F | [ FASTA input ] | CUGUCCAAUGAGCGCAUAGUGAGGGCAG |
| [ reference std structure ] | ((((((.....((.....))..)))))) | |
| [ reference ext structure ] | ((((((...(((((..).)))))))))) | |
| [ predicted structure ] | ((((((................)))))) | |
| 3SN2_B | [ FASTA input ] | GAUUAUCGGAAGCAGUGCCUUCCAUAAUC |
| [ reference std structure ] | ((((((.((((((...).))))))))))) | |
| [ reference ext structure ] | ((((((.((((((...).))))))))))) | |
| [ predicted structure ] | .......(((((......)))))...... | |
| 3TRZ_Z | [ FASTA input ] | GGGCAGGGAUUUUGCCCGGAG |
| [ reference std structure ] | (((((.......))))).... | |
| [ reference ext structure ] | (((((.......)))))(.). | |
| [ predicted structure ] | ((((((.....)))))).... | |
| 3TS2_V | [ FASTA input ] | GGGGUCUAUGAUACCACCCCGGAG |
| [ reference std structure ] | (((((..........))))).... | |
| [ reference ext structure ] | (((((..........))))).... | |
| [ predicted structure ] | (((((..........))))).... | |
| 3U4M_B | [ FASTA input ] | GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC |
| [ reference std structure ] | ((((.(......(..[[[[[..(((......((((((((....))))))))...)))..........).]]]]]).)))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((..(<.[[){{{{{{{{{{...{{{{{{{{{{....)]}}}}}}}}}}}}}}........>]}}}}}})))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..)))) | |
| 3UZL_B | [ FASTA input ] | GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA |
| [ reference std structure ] | ((.((.(..(...............).(((((.......))))).((.....))...(..((.......))..)).)).)).... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((..(((..(<[<..().)))(((((((.....)))))))(((...)))..)((((((]>.)>.)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((((((..{{{{{....)))))).............}}}}}..((((....[[[[[.))))..]]]]].)))))).... | |
| 3VJR_D | [ FASTA input ] | GGGGGCUAAGCGGUUCGAUCCCGCUUAGCUCCACCA |
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| [ predicted structure ] | .((((((((((((.......)))))))))))).... | |
| 3W3S_B | [ FASTA input ] | GGGAGAGGUUGGCCGGCUGGUGCCGCCCCGGGACUUCAAAUCCCGUGGGAGGUCCCGCAAGGGAGCUCCGGAGGGUUCGAUUCCCUCCCUCUCCCGCC |
| [ reference std structure ] | (((.((((..((.((([..(.])))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((..)....))))))))).)))... | |
| [ reference ext structure ] |
(((.((((..((.(((([[()))))))((((((.......))))).)((((((((((..)))))))))).((((((]..)].))))))))).)))... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((......((((....))))...(((((((((...[[[[....)))))))))...]]]].....((((((.......)))))))))))))... | |
| 3ZEX_D | [ FASTA input ] | GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU |
| [ reference std structure ] | (((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......((....(((....)))...)).....))))))))))))))). | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((..[.((((((((.....((((((...{.(..})..)))..)))....)))))).))(.(((((.(.(((((((.((((..)))))))))))).)))))])))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((......((((((.......((((..[[[[......))))........))))))...((((((.....]]]]...((((((....))))))....))))))))))))))). | |
| 3ZEX_E | [ FASTA input ] | UGGAAAUGCGAAACACUUGCCAGGUGACCCAUCCAUCCUCCCACGGUGAGCUUUCUUUUCACCAUAAUCCACAUCUCCGGCCUUGCUGGGGCUUGGGCCUCUCGACUUCUCGCGUUACUCGGAGCGGGGGCUCAAGAUUGAAAAAUGCAGCUCACCCUACGUACUGUCCUUUGUUGUGAGUUCGGCGCAUUAAAGCAAAAACCUGGGGUG |
| [ reference std structure ] | ((....))........((....(.(...((...(((........((((((.......)))))....((...((.............))(..((((........(((.......)))........))))...)....)).......((..((.........))..)).).......))).....)).........))..)).......... | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | (((((((((((........[[((((...................{{{{{{{{...............))))...(((((((...)))))))[[[[[[[[[[[...(((()))))))....)))).]]]]]]]]]]]............}}}}}}}}..................((((.......))))...........]])))).... | |
| 3ZND_W | [ FASTA input ] | GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA |
| [ reference std structure ] | ..(........(.............)..(((...........))).......(((.......))).......)..... | |
| [ reference ext structure ] |
.((((..(..{.{<(.......>)}}..(((([(.....])))))....)(((((.......)))))...)))).... ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((((((......))))))..(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... | |
| 4A4U_A | [ FASTA input ] | GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC |
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| [ reference ext structure ] | (((((((((....))))))))) | |
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| [ reference ext structure ] |
((((((((..({(.((((.((((.<<<..))...).)))))(})..((((..))))...)...()>>>((((((..))))))..))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((......(((........[[[[.......)))......((((....))))]]]].(((((....))))).........)))))))). | |
| 4ATO_G | [ FASTA input ] | AAAUUGGUGUAACCUUACCGUAGUAGGUGCUAA |
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| [ reference ext structure ] |
.....(((...[[[[[)))....]]]]]..... ( ) () |
|
| [ predicted structure ] | ....(((((..[[[[)))))....]]]]..... | |
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| [ reference ext structure ] |
{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>).... ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]]..... | |
| 4ENC_A | [ FASTA input ] | GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
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.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>).... ( ) |
|
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| 4FNJ_A | [ FASTA input ] | CUGCUGGCUAAGGCAUGAAAGUGCUAUGCCUGCUG |
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| [ reference ext structure ] |
((((.((((()((((((..))))))).))).)))) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .....(((...(((((....)))))..)))..... | |
| 4FRG_B | [ FASTA input ] | GGCCUAAAAGCAUAGUGGGAAAGUGACGUGAAAUUCGUCCAGAUGCGAAAGCAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGGCCA |
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((((((...{(.}.((((...<(.(((([(..]..)))))(>(((((..)))))(((((.).).)))))..))))).)))))). ( ) |
|
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| 4FRN_A | [ FASTA input ] | GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA |
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| [ reference ext structure ] |
.(((((...{(.}(((((....(.(((([(..]..)))))(.(.<.<<<<).aaaa(.).).)AAAA..))))))))))).......(((>>>>...>))). ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((...(((((............))))).(((((...........................)))))......))))))..................... | |
| 4HXH_A | [ FASTA input ] | CCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCA |
| [ reference std structure ] | .....((((((....))))))..... | |
| [ reference ext structure ] | .....((((((....))))))..... | |
| [ predicted structure ] | .....((((((....))))))..... |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition