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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - DAFS(seed)
| 2MIY_A | [ FASTA input ] | GCUUGGUGCUUAGCUUCUUUCACCAAGCAUAUUACACGCGGAUAACCGCCAAAGGAGAA |
| [ reference std structure ] | ((((((((.....[[[[[[.)))))))).........(((......)))..]]]]]].. | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((.[{..<<<<...)))))))).........(((......)))..]}>>>>.. ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .(((((((............)))))))..........((((....)))).......... | |
| 2N1Q_A | [ FASTA input ] | GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC |
| [ reference std structure ] | (((((((((((...((((..(((((((....)))))))...(((..(((.(((....((((.(((((((....)))))))...))))..))).)))..)))....)))).......(((..(((((....)))))..)))...))))))))))). | |
| [ reference ext structure ] | ((((((((((((((((((.(((((((((..)))))))))..((((((((((((((..(((((((((((((..)))))))))..))))))))))))))))))....)))).).....((((((((((....)))))))))).))))))))))))). | |
| [ predicted structure ] | ....((((......................................................(((((((....)))))))..................................................................))))..... | |
| 2N7M_X | [ FASTA input ] | GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU |
| [ reference std structure ] | (((((((((((.((((...(.(((...(.................)..))).)...((((((......))))))..)))).))))))))))) | |
| [ reference ext structure ] | (((((((((((.(((((..(((((.(.(.....(((....)))..).))))))...(((((((....))))))).))))).))))))))))) | |
| [ predicted structure ] | ..................((((((.(((.....((......))..))))))))........((....))....................).. | |
| 3JB9_N | [ FASTA input ] | GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA |
| [ reference std structure ] | .(........)........................................(..((((.....)))..).)................... | |
| [ reference ext structure ] | ((((....))))...........................((.....))(.[[[.[(((.....))).)]]]].................. | |
| [ predicted structure ] | (((..((.....))..)))................................(...(((.....)))....)................... | |
| 3JB9_C | [ FASTA input ] | CGUCAAAGCACUUUGCAAAAGCUAACGUAUCUGUUUCUUGCCUUUUACCAGAAACAGCCGUUUGUAAGGUGUGCUAAUUUGACUGUAUAGUUUUUGUAAUCUUUU |
| [ reference std structure ] | (((((((((((((((((((......((...((((((((...........)))))))).)))))))))))))).....)))))).).................... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((((((((......((...((((((((((.......)))))))))).)))))))))))))).....)))))).).................... () |
|
| [ predicted structure ] | ...((((.(((((((((((.......(...((((((((.(.......).)))))))).).)))))))))))......))))........................ | |
| 4BY9_A | [ FASTA input ] | GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC |
| [ reference std structure ] | ((((((....................(...((((....))))......).................)))))) | |
| [ reference ext structure ] |
((((((...((((.............(((((((((..)))))...)))).............)))))))))) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ........................................................................ | |
| 4C4Q_N | [ FASTA input ] | GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC |
| [ reference std structure ] | .(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((..((((((((.(((.((....)).))).))))...))))....)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))....(((((...))))).)))))).)).(((....))).((..[[[[.))))))))...))))))).........]]]]. | |
| [ reference ext structure ] |
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| [ predicted structure ] | .((((((((((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((.(((((((((.(((.((....)).))).))))...)))))...)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))...(((((.....))))))))))).)).(((....))).(((.....))))))))))..))))))).............. | |
| 4L81_A | [ FASTA input ] | GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGUCCGU |
| [ reference std structure ] | (((((....((((....))))(((..((((((.[[[[..))).))).)))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]. | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ((.......(.((....)).)(((.(((((((.......))).)))))))...................)).(((......)))............ | |
| 4LCK_F | [ FASTA input ] | GGGUGCGAUGAGAAGAAGAGUAUUAAGGAUUUACUAUGAUUAGCGACUCUAGGAUAGUGAAAGCUAGAGGAUAGUAACCUUAAGAAGGCACUUCGAGCACCC |
| [ reference std structure ] | ((((((.....((.........(..(.(...(.((.(......(..[[[[[...........).]]]]].).)).).).)..).........))..)))))) | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ...................................................................................................... | |
| 4MGN_C | [ FASTA input ] | GAAUCAAUAGUAGUUAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUAAUGAAACGGCAGUUCC |
| [ reference std structure ] | (((.........(((((((...(((((.....(..[[[[[[..........)]]]]]]))))).)))))))..........))). | |
| [ reference ext structure ] |
(((.....(.(((((((((...(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))))))).......))). ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ............(......................(((((...(.......).)))))................((....))).. | |
| 4OQU_A | [ FASTA input ] | GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGGUCCGA |
| [ reference std structure ] | (((((....((((....))))(((..((((((.[[[[[.))).))).)))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]]. | |
| [ reference ext structure ] |
(((((..((((((....))))[))..((((((.{{{{{.))).)))...]..(((((....))))))))))((((((..))))))......}}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () |
|
| [ predicted structure ] | ((.......(.(((.).)).)(((.(((((((.......))).)))))))...................)).(((......)))............. | |
| 4P5J_A | [ FASTA input ] | AGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCUCGACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACC |
| [ reference std structure ] | .((((((..[...)))))(((((((.......)))))))...{{{{..]....}}}}(((...{{{{{{))).).}}}}}}.. | |
| [ reference ext structure ] |
.(((((([[()..)))))(((((((.......)))))))...{{{{{]..}].}}}}(((..{{{{{{{))).).}}}}}}.} () ( ) ( ) |
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| [ predicted structure ] | ..(((((......))))).((((((.......)))))).....(((.......))).(((.........)))........... | |
| 4P8Z_A | [ FASTA input ] | GGUUGGGUUGGGAAGUAUCAUGGCUAAUCACCAUGAUGCAAUCGGGUUGAACACUUAAUUGGGUUAAAACGGUGGGGGACGAUCCCGUAACAUCCGUCCUAACGGCGACAGACUGCACGGCCCUGCCUCUUAGGUGUGUCCAAUGAACAGUCGUUCCGAAAGGAAGCAUCCGGUAUCCCAAGACAAUC |
| [ reference std structure ] | (((((..(((((..(((((((((...[[[.)))))))))..{{{{.{{{.{{{{......{{{{{...{{{{..{{{...]]]}}}.......}}}}((....)).....<<<<<...}}}}}.(((.....)))}}}}.}}}....>>>>>.((((....))))....}}}}...)))))..))))) | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | (((((...((..............................((((((((((((((......(((((........(((((...)))))......(....).....(((....))).....))))).((.......)))))))))))........(((((....)))))...)))))....))...))))) | |
| 4QK8_A | [ FASTA input ] | GUUGCCGAAUCCGAAAGGUACGGAGGAACCGCUUUUUGGGGUUAAUCUGCAGUGAAGCUGCAGUAGGGAUACCUUCUGUCCCGCACCCGACAGCUAACUCCGGAGGCAAUAAAGGAAGGA |
| [ reference std structure ] | ..((((....((....))..(((((....(.....(.[((((....((((((.....))))))..(((((.{{{{{{)))))..)))).)].)....)))))..)))).....}}}}}}. | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ..........(((..))).((((((.....................((((.........))))..((((.........))))...............))))))................. | |
| 4TZY_X | [ FASTA input ] | GGGAAGAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUCUUCCC |
| [ reference std structure ] | ((((((((((..((((((......[[.))))))[.....)]{{{{{{]].....}}}}}}..))))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((.(((((((.[[..[[)))))))).....).{{{{{{]]...]]}}}}}}..))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| [ predicted structure ] | ...((((((...(((((((.......)))))))........((((((.......))))))..))))))... | |
| 4UE4_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGUUUACUUUAAGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUUCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGAAACCUCUCAUGUGCCGCAGGGUUGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCUAGGGUAGCGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
| [ reference std structure ] |
(((((((...((((((.......[[..))))...{{{{{...]]......}}}}}))......((((((...((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((.(((..(((((((.((((((((..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..))))...)).))))))....)))))))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))...)))))).))))))) ( ) |
|
| [ reference ext structure ] |
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| [ predicted structure ] | .....(.......................................................................(...((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........))))).......))))))..)................)..... | |
| 4UE5_A | [ FASTA input ] | GCCGGGCGCGGUGGCGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGCAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCACUGCACUCCAGCCUGUGCAACAUAGCGAGACCCCGUCUCU |
| [ reference std structure ] | ((((((((((..[...)))))))....{{{{.....]..}}}}))).(((((.((....(((((...((.((((.....((((..((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((.(((.(..((.(..((((((....))))))..).))..).))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...))))))).))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))..)))).)))).)).....)))))...)).))))). | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ....((((..........))))..........(((........)))...(((.......(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))... | |
| 4W24_8 | [ FASTA input ] | CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCU |
| [ reference std structure ] | ............................................(((.[[....[)))...]...{{{......]].............}}}.............((....))(.....((.......)).....).................... | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ............................................(((........))).......................................................(((((((((.....))))))))).................... | |
| 4WFL_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGGUAACGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
| [ reference std structure ] | (((((((...((((((....[[[[[..))))...{{{{{...]]]]]...}}}}}))......((((((...((((((....))))))...)))))).))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((((((...[[[[[.)))))(.){{{{{]...]]]]...}}}}})))))(..((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ...((((((..(.(((..((.(((.((.((.)).)))))..)))).)))))).................................)............)...... | |
| 4XW7_A | [ FASTA input ] | GGGUCGUGACUGGCGAACAGGUGGGAAACCACCGGGGAGCGACCCUUGCCGCCCGCCUGGGCAA |
| [ reference std structure ] | (((((((..((........(((((....))))).))..)))))))(((((.........))))) | |
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| 4ZNP_A | [ FASTA input ] | GGGAUACAGGACUGGCGGAUUAGUGGGAAACCACGUGGACUGUAUCCGAAAAAAAGCCGACCGCCUGGGCAUC |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((([{{{....{{{{...)}}}}.))))))))))))).......<<<.]}}}....>>>... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .............((((....(((((....))))).(...)....................))))........ | |
| 5DI4_A | [ FASTA input ] | GGGUACUUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGGGAUGCGACGAAACGCCCA |
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| [ reference ext structure ] | .........(.....(....)[[[[[[[)..].]]]]]]......... | |
| [ predicted structure ] | (((((((...))..........(((((......))))).....))))) |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition