CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods

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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - MXScarna(seed)

1VX6_B	[ FASTA input ]	GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG
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2KUR_A	[ FASTA input ]	GGCUUGAUUGUAUUAUUAAAUUAAUUCUUAAUAACUACAAAUUAAGCC
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2L1F_A	[ FASTA input ]	GGCGGACCCGUGGUGGAACAGACGUGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGG
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2L1F_B	[ FASTA input ]	GGCGGACCCGUGGUGGAACAGACGUGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGG
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2L94_A	[ FASTA input ]	GGGAAGAUCUGGCCUUCCCACAAGGGAAGGCCAGGGAAUCUUCCC
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2LC8_A	[ FASTA input ]	GGUCAGGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGCA
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2MIY_A	[ FASTA input ]	GCUUGGUGCUUAGCUUCUUUCACCAAGCAUAUUACACGCGGAUAACCGCCAAAGGAGAA
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2MS1_B	[ FASTA input ]	GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCC
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2N1Q_A	[ FASTA input ]	GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC
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2N7M_X	[ FASTA input ]	GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU
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2WRQ_Y	[ FASTA input ]	GCUGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUGAGGGUGAGGUCGGCAGUUCGAAUCUGCCUAUCAGCACCA
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2XKV_B	[ FASTA input ]	CUCUGUUGGUUCUCUGUGCUCUGUGCUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAGACGCAGAGCAGGCAGAUGUAGCUGGC
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2XQD_Y	[ FASTA input ]	AGGGGCGUAGUUCAAUUGGUAGAACACCGGUCUCCAAAACCGGGUGUUGGGAGUUCGAGUCUCUCCGCCCCUGCCA
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2XXA_G	[ FASTA input ]	GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC
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2ZZM_B	[ FASTA input ]	GCAGGGGUCGCCAAGCCUGGCCAAAGGCGCUGGGCCUAGGACCCAGUCCCGUAGGGGUUCCAGGGUUCAAAUCCCUGCCCCUGC
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3A2K_C	[ FASTA input ]	GGACCUUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGACGGCUCAUAACCGUCCGGCCGUAGGUUCGAGUCCUACAAGGUCCACCA
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3AKZ_H	[ FASTA input ]	UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAGCCA
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3AMU_B	[ FASTA input ]	GGGCCCGUAGCUUAGCCAGGUCAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGCGGUCGAGGGUUCGAAUCCCUCCGGGCCCACCA
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3GX2_A	[ FASTA input ]	GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGACGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCG
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3IVN_B	[ FASTA input ]	GGCCAGUAUAACCUCAAUGAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGACUACUGGUC
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3IYQ_A	[ FASTA input ]	GGGGGUGAAACGGUCUCGACGGGGGUCGCCGAGGGCGUGGCUGCGCGCCGAGGUGCGGGUGGCCUCGUAAAAACCCGCAACGGCAUAACUGCCAACACCAACUACGCUCUCGCGGCUUAAUGACCGCGACCUCGCCCGGUAGCCCUGCCGGGGGCUCACCGGAAGCGGGGACACAAACCCGGCUAGCCCGGGGCCACGCCCUCUAACCCCGGGCGAAGCUUGAAGGGGGCUCGCUCCUGGCCGCCCGUCCGCGGGCCAAGCCAGGAGGACACGCGAAACGCGGACUACGCGCGUAGAGGCCCGCCGUAGGGACCUUCGGACGGGGGUUCGACUCCCCCCACCUCCACCA
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3IZ4_A	[ FASTA input ]	GGGGCUGAUUCUGGAUUCGACGGGAUUUGCGAAACCCAAGGUGCAUGCCGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGCAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACCAUCAUCAUCAUCACAUGAGGAUCACCCAUGUAACGAUGAUGAUGCCUCUCUCCCUAGCCUCCGCUCUUAGGACGGGGAUCAAGAGAGGUCAAACCCAAAAGAGAUCGCGUGGAAGCCCUGCCUGGGGUUGAAGCGUUAAAACUUAAUCAGGCUAGUUUGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGACUAAGCAUGUAGUACCGAGGACGUAGGAAUUUCGGACGCGGGUUCAACUCCCGCCAGCUCCACC
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3IZF_C	[ FASTA input ]	GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGGUAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
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3J20_1	[ FASTA input ]	GGGGCGGUAGCUCAGCCUGGGAGAGCACCGGACUGAAGAUCCGGGUGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCCGCCCCACCA
	[ reference std structure ]	((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
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3J2L_3	[ FASTA input ]	CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC
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3J3E_8	[ FASTA input ]	AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG
	[ reference std structure ]	........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))...........
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3J3E_7	[ FASTA input ]	GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU
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3J3F_7	[ FASTA input ]	GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU
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3J3F_8	[ FASTA input ]	CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU
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3J46_p	[ FASTA input ]	GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA
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3J5B_1	[ FASTA input ]	GGGUGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUUACAAGGAGGGGGUCGGCGGUUCGAUCCCGUCAUCACCCACCA
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3J5N_W	[ FASTA input ]	GGCUACGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCACAUCACUCAUAAUGAUGGGGUCACAGGUUCGAAUCCCGUCGUAGCCACCA
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3J7A_7	[ FASTA input ]	GGGUAAUUGGCGCAGUUGGUUAGCGCGCGGGUCUCAUAAUCCCGAGGUCGUGAGUUCGAUCCUCACAUUACCCA
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3JB9_N	[ FASTA input ]	GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA
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3JYV_7	[ FASTA input ]	GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
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3JYX_3	[ FASTA input ]	GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGUAGAGCCGACAGUAGUGUAGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
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3LA5_A	[ FASTA input ]	GGCUUCAUAUAAUCCGAAUGAUAUGGUUUCGGAGCUUCCACCAAGAGCCUUAAACUCUUGACUAUGGAGUC
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3NPB_A	[ FASTA input ]	GUUCUUAUCAAGAGAAGCAGAGGGACUGGCCCGACGAAGCUUCAGCAACCGGUGUAAUGGCGAAAGCCAUGACCAAGGUGCUAAAUCCAGCAAGCUCGAACAGCUUGGAAGAUAAGAAC
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3O58_2	[ FASTA input ]	GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
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3PDR_A	[ FASTA input ]	GGGCUUCGUUAGGUGAGGCUCCUGUAUGGAGAUACGCUGCUGCCCAAAAAUGUCCAAAGACGCCAAUGGGUCAACAGAAAUCAUCGACAUAAGGUGAUUUUUAAUGCAGCUGGAUGCUUGUCCUAUGCCAUACAGUGCUAAAGCUCUACGAUUGAAGCCCA
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3RKF_A	[ FASTA input ]	GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC
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3SD1_A	[ FASTA input ]	GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA
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3UZL_B	[ FASTA input ]	GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA
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3W1K_J	[ FASTA input ]	GGGAGUAGAUAGGCGCUGGUGUGCCUCCUAGACUUCAAAUCUACGGUCUCGCUAUUUAAGCGAGAGGUGGGUUCGAUUCCCACAUACUCCCG
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3W3S_B	[ FASTA input ]	GGGAGAGGUUGGCCGGCUGGUGCCGCCCCGGGACUUCAAAUCCCGUGGGAGGUCCCGCAAGGGAGCUCCGGAGGGUUCGAUUCCCUCCCUCUCCCGCC
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3WC1_P	[ FASTA input ]	GCCAUCAUAGUAUAGUGGUCAUUAUAAAUCGUUGUGGCCGAUUAGACCCAAGUUCGAUUCUUGGUGAUGGCAC
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3WQY_C	[ FASTA input ]	GGGCUCGUAGCUCAGCGGGAGAGCGCCGCCUUUGCGAGGCGGAGGCCGCGGGUUCAAAUCCCGCCGAGUCCACCA
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3ZEX_C	[ FASTA input ]	AACGUGUCGCGAUGGAUGACUUGGCUUCCUAUUUCGUUGAAGAACGCAGCAAAGUGCGAUAAGUGGUAUCAAUUGCAGAAUCAUUUCAUUGCCCAAUCUUUGAACGCAAACGGCGCAUGGGAGAAGCUCUCUCGAGCCAUCCCCGUGCAUGCCACAUUUCUCAGUGUCG
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3ZEX_D	[ FASTA input ]	GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU
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	[ reference ext structure ]	(((((((((..[.((((((((.....((((((...{.(..})..)))..)))....)))))).))(.(((((.(.(((((((.((((..)))))))))))).)))))])))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
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3ZND_W	[ FASTA input ]	GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA
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4A1C_2	[ FASTA input ]	AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA
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4A1C_3	[ FASTA input ]	GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU
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4AOB_A	[ FASTA input ]	GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA
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4BY9_A	[ FASTA input ]	GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC
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	[ predicted structure ]	.((..................................................................)).
4C4Q_N	[ FASTA input ]	GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC
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4CXG_Y	[ FASTA input ]	GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCGGUCUCCAAAACCGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
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4ENB_A	[ FASTA input ]	GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
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4ENC_A	[ FASTA input ]	GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
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4FRG_B	[ FASTA input ]	GGCCUAAAAGCAUAGUGGGAAAGUGACGUGAAAUUCGUCCAGAUGCGAAAGCAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGGCCA
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4FRN_A	[ FASTA input ]	GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA
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4JF2_A	[ FASTA input ]	GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA
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4KR2_C	[ FASTA input ]	CGCCGCUGGUGUAGUGGUAUCAUGCAAGAUUCCCAUUCUUGCGACCCGGGUUCGAUUCCCGGGCGGCG
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4KR3_C	[ FASTA input ]	CGCCGCUGGUGUAGUGGUAUCAUGCAAGAUUCCCAUUCUUGCGACCCGGGUUCGAUUCCCGGGCGGCGC
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4LCK_F	[ FASTA input ]	GGGUGCGAUGAGAAGAAGAGUAUUAAGGAUUUACUAUGAUUAGCGACUCUAGGAUAGUGAAAGCUAGAGGAUAGUAACCUUAAGAAGGCACUUCGAGCACCC
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4MGN_C	[ FASTA input ]	GAAUCAAUAGUAGUUAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUAAUGAAACGGCAGUUCC
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4MGN_B	[ FASTA input ]	CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCU
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4MGN_D	[ FASTA input ]	CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCUC
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4TZY_X	[ FASTA input ]	GGGAAGAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUCUUCCC
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4UE5_A	[ FASTA input ]	GCCGGGCGCGGUGGCGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGCAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCACUGCACUCCAGCCUGUGCAACAUAGCGAGACCCCGUCUCU
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4W24_7	[ FASTA input ]	GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUU
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4W24_8	[ FASTA input ]	CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCU
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4W28_6	[ FASTA input ]	UGCCCGGUAGCCCCGAAGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA
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4WJ4_B	[ FASTA input ]	UCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCA
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5CCB_N	[ FASTA input ]	GGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUCCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCGGGCGCCA
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5DDR_A	[ FASTA input ]	CGUUGACCCAGGAAACUGGGCGGAAGUAAGGUCCAUUGCACUCCGGGCCUGAAGCAACGCG
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5DI4_A	[ FASTA input ]	GGGUACUUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGGGAUGCGACGAAACGCCCA
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N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
std - standard base pair definition
ext - extended base pair definition