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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Multilign(20)
| 1VX6_B | [ FASTA input ] | GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG |
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| 2L94_A | [ FASTA input ] | GGGAAGAUCUGGCCUUCCCACAAGGGAAGGCCAGGGAAUCUUCCC |
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| 2N1Q_A | [ FASTA input ] | GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC |
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| 2XXA_G | [ FASTA input ] | GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC |
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| 3J20_1 | [ FASTA input ] | GGGGCGGUAGCUCAGCCUGGGAGAGCACCGGACUGAAGAUCCGGGUGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCCGCCCCACCA |
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| 3J2L_3 | [ FASTA input ] | CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC |
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.((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)...... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| 3J3D_C | [ FASTA input ] | AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA |
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| 3J3E_8 | [ FASTA input ] | AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG |
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| 3J3F_7 | [ FASTA input ] | GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU |
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| 3J46_p | [ FASTA input ] | GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA |
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| 3JB9_N | [ FASTA input ] | GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA |
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| 3ZEX_D | [ FASTA input ] | GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU |
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| 4A1C_3 | [ FASTA input ] | GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU |
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| 4AOB_A | [ FASTA input ] | GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA |
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((((((((..({(.((((.((((.<<<..))...).)))))(})..((((..))))...)...()>>>((((((..))))))..))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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(((((((([{{.{)<a.ab..}]}}.((((((.....))))))....>ccccccAB.CA.CCCCC))))))).... ( ) ( ) |
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| 4ENB_A | [ FASTA input ] | GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
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| 4ENC_A | [ FASTA input ] | GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
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.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>).... ( ) |
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| 4FRG_B | [ FASTA input ] | GGCCUAAAAGCAUAGUGGGAAAGUGACGUGAAAUUCGUCCAGAUGCGAAAGCAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGGCCA |
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| 4L81_A | [ FASTA input ] | GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGUCCGU |
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| 4MGN_D | [ FASTA input ] | CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCUC |
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| 4MGN_B | [ FASTA input ] | CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCU |
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| 4OQU_A | [ FASTA input ] | GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGGUCCGA |
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| 4QK8_A | [ FASTA input ] | GUUGCCGAAUCCGAAAGGUACGGAGGAACCGCUUUUUGGGGUUAAUCUGCAGUGAAGCUGCAGUAGGGAUACCUUCUGUCCCGCACCCGACAGCUAACUCCGGAGGCAAUAAAGGAAGGA |
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| 4UE4_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGUUUACUUUAAGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUUCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGAAACCUCUCAUGUGCCGCAGGGUUGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCUAGGGUAGCGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
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(((((((...((((((.......[[..))))...{{{{{...]]......}}}}}))......((((((...((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((.(((..(((((((.((((((((..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..))))...)).))))))....)))))))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))...)))))).))))))) ( ) |
|
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(((((((((((((((((..([[)[[[)))))(.){{{{{.].]].]]...}}}}})))))(..(((((((((((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((({)(..(((((((.((((((((..(((((((((((....(((((.(((((....)))).))))))..))))).).)))))...)).))))))....)))))))).})))).)))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| 4UE5_A | [ FASTA input ] | GCCGGGCGCGGUGGCGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGCAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCACUGCACUCCAGCCUGUGCAACAUAGCGAGACCCCGUCUCU |
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(((((((((((.[{).)))))))....<<<<.....]}.>>>>))).((((((((.(.)(((((..((..((((...(<)(((.(((((((.(((((......(((((((((.((((((((((((((((((((.((.(((((((((..<a)))))))))).)).))))......b.bbbbbb....bbbbbbbbbb....>ABBBBBBBBBB..BBBBBBB)))))))))).)))))))...)))))))...)))))))))))).))).>)))).).)....)))))...)))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4W24_7 | [ FASTA input ] | GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUU |
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(((((...(...)(((.((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))..))((((((..(()(((((((.(((..)))))))))).)..))))))...).)))).. () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((.(((.((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))....((......((.((.(((....))))).)).....))..))))))))))).. | |
| 4W24_8 | [ FASTA input ] | CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCU |
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| [ reference ext structure ] |
....................................(..(.(.(.((.[[....[))).{.]...{{{{{{{..]]..}.......}}}}}}...}....))..)((....))(((...((((.)..)))...))).................... () ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4WF9_Y | [ FASTA input ] | UCUGGUGACUAUAGCAAGGAGGUCACACCUGUUCCCAUGCCGAACACAGAAGUUAAGGUCUUUAGCGACGAUGGUAGCCAACUUACGUUCCGCUAGAGUAGAACGUUGCCAGGC |
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| [ reference ext structure ] |
()(((..(.....((((((((....(([((((...([....).].))))...).].))))))).)).((((...(((((((.(....).)))))))...))))...)..))).. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| 4WFL_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGGUAACGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
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(((((((((((((((((...[[[[[.)))))(.){{{{{]...]]]]...}}}}})))))(..((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((...(((((.(((((....)))).)...)))))..((.(((((...))))).))...((((((...((((((....))))))...)))))).))))))) | |
| 4WJ4_B | [ FASTA input ] | UCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCA |
| [ reference std structure ] | (((((((..((((.....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((([{{.{)<..ab..}]}}(((((((.....)))))))...>ccccccAB.C..CCCCC))))))).... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... | |
| 4X0B_B | [ FASTA input ] | GGGCCAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACUGGACUGAAAAUCCAGGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCCCCUGGCCCACC |
| [ reference std structure ] | .((((..(..((((........)))).(...............).....(((((.......))))))..)))).... | |
| [ reference ext structure ] |
.(((((.(([{{.{)<...a..}]}}.(...............)....>bbbbbb.A.B..BBBBB).))))).... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))... | |
| 4XW7_A | [ FASTA input ] | GGGUCGUGACUGGCGAACAGGUGGGAAACCACCGGGGAGCGACCCUUGCCGCCCGCCUGGGCAA |
| [ reference std structure ] | (((((((..((........(((((....))))).))..)))))))(((((.........))))) | |
| [ reference ext structure ] | ((((((((((((......[[[[[[...)]]]]]])))))))))))(((((.........))))) | |
| [ predicted structure ] | ((((.((((..((((....(((((....)))))......)).)).)))).)))).......... | |
| 4ZNP_A | [ FASTA input ] | GGGAUACAGGACUGGCGGAUUAGUGGGAAACCACGUGGACUGUAUCCGAAAAAAAGCCGACCGCCUGGGCAUC |
| [ reference std structure ] | .((((((((..(.[[[[[....((((....))))..)..))))))))........{{{..]]]]]..}}}... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((([{{{....{{{{...)}}}}.))))))))))))).......<<<.]}}}....>>>... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .((((((((..((.........((((....))))..)).))))))))........(((.........)))... | |
| 5CCB_N | [ FASTA input ] | GGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUCCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCGGGCGCCA |
| [ reference std structure ] | .(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((([{{.{).......}]}}((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))))... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... | |
| 5DDR_A | [ FASTA input ] | CGUUGACCCAGGAAACUGGGCGGAAGUAAGGUCCAUUGCACUCCGGGCCUGAAGCAACGCG |
| [ reference std structure ] | (((((.(((((....)))))..[.....((((((..........))))))....)))))]. | |
| [ reference ext structure ] |
(([[[(((((((..)))))))){.(()(((((((..........))))))).).]]].)}. ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((.(((((....))))).........(((((..........))))).....))))).. | |
| 5DI4_A | [ FASTA input ] | GGGUACUUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGGGAUGCGACGAAACGCCCA |
| [ reference std structure ] | ...............(....).(((((......))))).......... | |
| [ reference ext structure ] | .........(.....(....)[[[[[[[)..].]]]]]]......... | |
| [ predicted structure ] | ((((......))))........(((((......))))).......... |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition