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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Multilign(seed)
| 2L94_A | [ FASTA input ] | GGGAAGAUCUGGCCUUCCCACAAGGGAAGGCCAGGGAAUCUUCCC |
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| [ predicted structure ] | (((((((..((((((((((....)))))))))).....))))))) | |
| 2LC8_A | [ FASTA input ] | GGUCAGGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGCA |
| [ reference std structure ] | .(((.((((((((.[[[[[[[)))).))))..))).............]]]]]]]. | |
| [ reference ext structure ] |
.((((((((((((({{{{{.[)))).))))).))).............])}}}}}. ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .....((((.....)))).(((((......(((.....)))........))))).. | |
| 2MIY_A | [ FASTA input ] | GCUUGGUGCUUAGCUUCUUUCACCAAGCAUAUUACACGCGGAUAACCGCCAAAGGAGAA |
| [ reference std structure ] | ((((((((.....[[[[[[.)))))))).........(((......)))..]]]]]].. | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((.[{..<<<<...)))))))).........(((......)))..]}>>>>.. ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((............)))))))).........((((....)))).......... | |
| 2N1Q_A | [ FASTA input ] | GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC |
| [ reference std structure ] | (((((((((((...((((..(((((((....)))))))...(((..(((.(((....((((.(((((((....)))))))...))))..))).)))..)))....)))).......(((..(((((....)))))..)))...))))))))))). | |
| [ reference ext structure ] | ((((((((((((((((((.(((((((((..)))))))))..((((((((((((((..(((((((((((((..)))))))))..))))))))))))))))))....)))).).....((((((((((....)))))))))).))))))))))))). | |
| [ predicted structure ] | ...............................(((((......(((((((.............(((((((....)))))))...)))))))......)))))...................................................... | |
| 2N7M_X | [ FASTA input ] | GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU |
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| [ reference ext structure ] | (((((((((((.(((((..(((((.(.(.....(((....)))..).))))))...(((((((....))))))).))))).))))))))))) | |
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| 3J3E_8 | [ FASTA input ] | AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG |
| [ reference std structure ] | ........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))........... | |
| [ reference ext structure ] |
..................................().<((((((((.{{(.).{))).[.}(].(((..(((.}}).)......).).))....).))))>).((.....))........... ( ) ( ) ( ) ( ) () () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ...........................................(((((....)))))........................((((.((..(((.((.........)).)))..)).))))... | |
| 3JB9_C | [ FASTA input ] | CGUCAAAGCACUUUGCAAAAGCUAACGUAUCUGUUUCUUGCCUUUUACCAGAAACAGCCGUUUGUAAGGUGUGCUAAUUUGACUGUAUAGUUUUUGUAAUCUUUU |
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(((((((((((((((((((......((...((((((((((.......)))))))))).)))))))))))))).....)))))).).................... () |
|
| [ predicted structure ] | .......(((((((((((......(((...(((((((.((........))))))))).)))))))))))))).............(((((...)))))....... | |
| 3JB9_N | [ FASTA input ] | GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA |
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| 3RKF_A | [ FASTA input ] | GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC |
| [ reference std structure ] | ((((((([..(((((((.....{{)))))))(.....])((((((}}.....))))))..))))))) | |
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(((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]()]]]))))))..))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3SD1_A | [ FASTA input ] | GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA |
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| [ reference ext structure ] |
((((((.({{{{{{{{{{{{..{{.{{{{{{{{.[.)((((].)}}}}}}}}.}}.(((..)))}}}.}}}}}}}}}.)))).))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .(((....((((((((((.....((.(((((((.(((....))))))))))))...(((....))).)))))))))).......))).. | |
| 3W1K_J | [ FASTA input ] | GGGAGUAGAUAGGCGCUGGUGUGCCUCCUAGACUUCAAAUCUACGGUCUCGCUAUUUAAGCGAGAGGUGGGUUCGAUUCCCACAUACUCCCG |
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((((((((...((((([[{.))))).(((((((.....))))).))((((((((...)))))))).<<<<<<]}.>].>>>>>)))))))). ( ) |
|
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| 3W3S_B | [ FASTA input ] | GGGAGAGGUUGGCCGGCUGGUGCCGCCCCGGGACUUCAAAUCCCGUGGGAGGUCCCGCAAGGGAGCUCCGGAGGGUUCGAUUCCCUCCCUCUCCCGCC |
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| [ reference ext structure ] |
(((.((((..((.(((([[()))))))((((((.......))))).)((((((((((..)))))))))).((((((]..)].))))))))).)))... ( ) ( ) |
|
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| 3ZEX_C | [ FASTA input ] | AACGUGUCGCGAUGGAUGACUUGGCUUCCUAUUUCGUUGAAGAACGCAGCAAAGUGCGAUAAGUGGUAUCAAUUGCAGAAUCAUUUCAUUGCCCAAUCUUUGAACGCAAACGGCGCAUGGGAGAAGCUCUCUCGAGCCAUCCCCGUGCAUGCCACAUUUCUCAGUGUCG |
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|
| [ predicted structure ] | ............................................((((......))))..............................((((.............))))..((((((((((.((.((((....))))..)))))))))..)))................ | |
| 4AOB_A | [ FASTA input ] | GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA |
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((((((((..({(.((((.((((.<<<..))...).)))))(})..((((..))))...)...()>>>((((((..))))))..))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4BY9_A | [ FASTA input ] | GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC |
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((((((...((((.............(((((((((..)))))...)))).............)))))))))) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ........................................................................ | |
| 4C4Q_N | [ FASTA input ] | GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC |
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| [ reference ext structure ] |
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|
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| 4FRN_A | [ FASTA input ] | GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA |
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.(((((...{(.}(((((....(.(((([(..]..)))))(.(.<.<<<<).aaaa(.).).)AAAA..))))))))))).......(((>>>>...>))). ( ) ( ) |
|
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| 4JF2_A | [ FASTA input ] | GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA |
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((((((((..)))))))).(((((((((.((...<<<...)))))))))....(.(((((..)))))).))>>>.. ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4P5J_A | [ FASTA input ] | AGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCUCGACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACC |
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| [ reference ext structure ] |
.(((((([[()..)))))(((((((.......)))))))...{{{{{]..}].}}}}(((..{{{{{{{))).).}}}}}}.} () ( ) ( ) |
|
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| 4P8Z_A | [ FASTA input ] | GGUUGGGUUGGGAAGUAUCAUGGCUAAUCACCAUGAUGCAAUCGGGUUGAACACUUAAUUGGGUUAAAACGGUGGGGGACGAUCCCGUAACAUCCGUCCUAACGGCGACAGACUGCACGGCCCUGCCUCUUAGGUGUGUCCAAUGAACAGUCGUUCCGAAAGGAAGCAUCCGGUAUCCCAAGACAAUC |
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| [ reference ext structure ] |
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| [ predicted structure ] | (((((..((((((.(((((((((.......)))))))))((((.((((((....)))))).))))......((((((.....)))))).....((((....)))).(((.(((((..((((((((.....)))).))......))..))))))))....................))))))..))))) | |
| 4QK8_A | [ FASTA input ] | GUUGCCGAAUCCGAAAGGUACGGAGGAACCGCUUUUUGGGGUUAAUCUGCAGUGAAGCUGCAGUAGGGAUACCUUCUGUCCCGCACCCGACAGCUAACUCCGGAGGCAAUAAAGGAAGGA |
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| [ reference ext structure ] |
..((((((.((((..))))[.(((((..((.....(.[((((.(.(((((((.....)))))))[)((((.{{{{{{)))).].)))).)].))..))))))]))))).....}}}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .(((((....((....))..(((.....)))......(((.....))).................(((((.......)))))......................)))))........... | |
| 4TZY_X | [ FASTA input ] | GGGAAGAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUCUUCCC |
| [ reference std structure ] | ((((((((((..((((((......[[.))))))[.....)]{{{{{{]].....}}}}}}..))))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((.(((((((.[[..[[)))))))).....).{{{{{{]]...]]}}}}}}..))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4UE4_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGUUUACUUUAAGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUUCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGAAACCUCUCAUGUGCCGCAGGGUUGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCUAGGGUAGCGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
| [ reference std structure ] |
(((((((...((((((.......[[..))))...{{{{{...]]......}}}}}))......((((((...((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((.(((..(((((((.((((((((..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..))))...)).))))))....)))))))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))...)))))).))))))) ( ) |
|
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((((((..([[)[[[)))))(.){{{{{.].]].]]...}}}}})))))(..(((((((((((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((({)(..(((((((.((((((((..(((((((((((....(((((.(((((....)))).))))))..))))).).)))))...)).))))))....)))))))).})))).)))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .......................................................((((....((((((...(((((((.(((((...(((....(((((((...((((.............(((((((..((((((.............(.....(((....))).....).............))))))....))))))).............))))...)))))))....))).))))))))))))...))))))....)))) | |
| 5DI4_A | [ FASTA input ] | GGGUACUUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGGGAUGCGACGAAACGCCCA |
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| [ predicted structure ] | ((((......))))........(((((......))))).......... |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition