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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Murlet(20)
| 1VX6_B | [ FASTA input ] | GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG |
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| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | .(((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))... | |
| 2KDQ_B | [ FASTA input ] | GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC |
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| [ reference ext structure ] |
(((((([..(]((......)).))))))) ( ) |
|
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| 2L94_A | [ FASTA input ] | GGGAAGAUCUGGCCUUCCCACAAGGGAAGGCCAGGGAAUCUUCCC |
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| 2N1Q_A | [ FASTA input ] | GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC |
| [ reference std structure ] | (((((((((((...((((..(((((((....)))))))...(((..(((.(((....((((.(((((((....)))))))...))))..))).)))..)))....)))).......(((..(((((....)))))..)))...))))))))))). | |
| [ reference ext structure ] | ((((((((((((((((((.(((((((((..)))))))))..((((((((((((((..(((((((((((((..)))))))))..))))))))))))))))))....)))).).....((((((((((....)))))))))).))))))))))))). | |
| [ predicted structure ] | .........................................................(((...((((((.....................................))))))...............)))......................... | |
| 2N7M_X | [ FASTA input ] | GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU |
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| 2WRQ_Y | [ FASTA input ] | GCUGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUGAGGGUGAGGUCGGCAGUUCGAAUCUGCCUAUCAGCACCA |
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.((.(.({<(...}....(..(>.)..((((.......))))...)...[...[.).].....].)..)))..... ( ) ( ) |
|
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| 2XKV_B | [ FASTA input ] | CUCUGUUGGUUCUCUGUGCUCUGUGCUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAGACGCAGAGCAGGCAGAUGUAGCUGGC |
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| [ reference ext structure ] |
.........(...(((...(((.....((((......((....(((.(.)..)).)...))...))).).....)).).....)))...)...... ( ) ( ) ( ) |
|
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| 2XQD_Y | [ FASTA input ] | AGGGGCGUAGUUCAAUUGGUAGAACACCGGUCUCCAAAACCGGGUGUUGGGAGUUCGAGUCUCUCCGCCCCUGCCA |
| [ reference std structure ] | ((.((((..((((........))))((((((.......))))).)...(((((.......))))))))).)).... | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((({{.[)(......])}.(((((((.....))))))})..)(((((.......)))))))))))).... ( ) ( ) |
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| 2XXA_G | [ FASTA input ] | GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC |
| [ reference std structure ] | (.((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))).) | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((((.((((((((((((((((((((((...((((...(((((..)))))...))))).))).))).))))))).)).))))))...)))))))))) ( ) |
|
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| 3A2K_C | [ FASTA input ] | GGACCUUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGACGGCUCAUAACCGUCCGGCCGUAGGUUCGAGUCCUACAAGGUCCACCA |
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((((((((.{{{)a...[(..A(}}}.(((((.......)))))..).(<<<<<(]).)).>>>>>))))))).... ( ) |
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| 3AMU_B | [ FASTA input ] | GGGCCCGUAGCUUAGCCAGGUCAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGCGGUCGAGGGUUCGAAUCCCUCCGGGCCCACCA |
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((((((((({{.[)<....(...])}}.((((.........))))....>((((((.).)..)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) |
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| 3G4S_9 | [ FASTA input ] | UUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCACCAGCGUUCCAGGGAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAAUCCGGUUCGCCGCCACC |
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| [ reference ext structure ] |
..([[[[[[.[..[[[[[[..[..)].((((((...({{...)}}.))).)....))...]]]].]]](((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))).]]]]]]... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) |
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| [ predicted structure ] | ..(((((((....(((((((.........((((.............)))).........))))).)).............(((((((.......)))))))............))))))).. | |
| 3GX2_A | [ FASTA input ] | GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGACGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCG |
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((((((((..({(.((((.((((.<<<<.))...).)))))(})..((((..))))...).).(>>>>((((((..))))))..))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| 3IVN_B | [ FASTA input ] | GGCCAGUAUAACCUCAAUGAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGACUACUGGUC |
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(((((((([(.(((((((.{{..{{)))))))).(...].(((((.}}().}}.))))).))))))))) ( ) ( ) ( ) |
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| 3IZ4_A | [ FASTA input ] | GGGGCUGAUUCUGGAUUCGACGGGAUUUGCGAAACCCAAGGUGCAUGCCGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGCAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACCAUCAUCAUCAUCACAUGAGGAUCACCCAUGUAACGAUGAUGAUGCCUCUCUCCCUAGCCUCCGCUCUUAGGACGGGGAUCAAGAGAGGUCAAACCCAAAAGAGAUCGCGUGGAAGCCCUGCCUGGGGUUGAAGCGUUAAAACUUAAUCAGGCUAGUUUGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGACUAAGCAUGUAGUACCGAGGACGUAGGAAUUUCGGACGCGGGUUCAACUCCCGCCAGCUCCACC |
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| [ reference ext structure ] |
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|
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| 3IZF_C | [ FASTA input ] | GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGGUAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU |
| [ reference std structure ] | (((((((((....(((((((......((.(((...(....)...)))...)).....))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))). | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((....((((((((....(((.(((...[(...].).)))...)))...)))))))).((((((((.()((((((((((..)))))))))).)))))))).))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J20_0 | [ FASTA input ] | GCCGCCGUAGCUUAGCUGGUGGAGCGCCGGACUGUUAAUCCGGCGGUCCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGCGGCGCCA |
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| [ reference ext structure ] |
((((((((.{{{{)<..[(..}}}}.((((((.....))))))....>((((((]).)..)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J20_1 | [ FASTA input ] | GGGGCGGUAGCUCAGCCUGGGAGAGCACCGGACUGAAGAUCCGGGUGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCCGCCCCACCA |
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| 3J2L_3 | [ FASTA input ] | CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC |
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| [ reference ext structure ] |
.((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)...... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J3D_C | [ FASTA input ] | AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA |
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| [ reference ext structure ] |
((((((((({{..)(<a<..()}}((((((.......)))))).).)(((((A.>..>.)))))))))))).... ( ) |
|
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| 3J3E_7 | [ FASTA input ] | GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU |
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| [ reference ext structure ] |
(([[[[[[(...)[[[[[[[[.)..(<(((((...{(...}..)))))...>.).)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).))))))))).]]]]]].).. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J3E_8 | [ FASTA input ] | AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG |
| [ reference std structure ] | ........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))........... | |
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..................................().<((((((((.{{(.).{))).[.}(].(((..(((.}}).)......).).))....).))))>).((.....))........... ( ) ( ) ( ) ( ) () () ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J3F_8 | [ FASTA input ] | CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU |
| [ reference std structure ] | ..........................................((.((.[[.....))......(.(((......]].............)))..)...)).....((....))(((((.((.......)).)))))..................... | |
| [ reference ext structure ] |
....................................(.{(((((.((.[[....[))).(.].(((((.(((..]].)........)).)))).))...)))}))((....))(((((((((.....)))))))))..................... () ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J3F_7 | [ FASTA input ] | GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU |
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| [ reference ext structure ] |
((((((((((..)((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))(((((((.(()(((.(((.(((..)))))).))).).))))))))))))))))... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .((((((((....((.((((.....................................))))..))(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))))))).... | |
| 3J3V_B | [ FASTA input ] | UUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGCAAG |
| [ reference std structure ] | ((((((.(.....((((((((.......(((...............)))........)))))).)).((.......((.(((((...))))).)).......))...).)))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
(([[[[[[.(.[)[[[[[[[[[.)]((((((..[.([....).].)]))..)))...]]]]]].]]..((((.(((((((((((...)))))))))).)))))]..].]]]]].).(.) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .(((((((.......((((((.......((((.............))))........))))))....((.......(..(((.......)))..).......))...)))))))..... | |
| 3J46_p | [ FASTA input ] | GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA |
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((((((((.[[[..{.<...)<]]](((.((.......)).))).>.}aaaaaa..>A..AAAAA))))))).... ( ) ( ) |
|
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| 3J5B_1 | [ FASTA input ] | GGGUGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUUACAAGGAGGGGGUCGGCGGUUCGAUCCCGUCAUCACCCACCA |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((([{{.{)<..ab..}]}}((((((.......))))))...>ccccccAB.C..CCCCC))))))).... ( ) ( ) |
|
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| 3J5N_W | [ FASTA input ] | GGCUACGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCACAUCACUCAUAAUGAUGGGGUCACAGGUUCGAAUCCCGUCGUAGCCACCA |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((([{{..)<..ab...b]}}((((((.......)))))).B.>cc.cccAB.C..CC.CC))))))).... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)). | |
| 3JB9_N | [ FASTA input ] | GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA |
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| [ reference ext structure ] | ((((....))))...........................((.....))(.[[[.[(((.....))).)]]]].................. | |
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| 3JYV_7 | [ FASTA input ] | GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((aa.{)(<.[<..})A.(((((((.....)))))))A..)((((((]>.)>.)))))))))))).... ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......)))))))))...))). | |
| 3JYX_3 | [ FASTA input ] | GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGUAGAGCCGACAGUAGUGUAGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU |
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((((((((.....([.....((..)(((.......{(...})......)))...)....(.])((.......(((.((..(...)..)).))).......))).)))))))). ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((....((..((((...................................)))).))(((.......(((((((....)).)))))........)))))))))))). | |
| 3JYX_4 | [ FASTA input ] | AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUAGGUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU |
| [ reference std structure ] | ..........................................(.(((........))).......(..........................)......)................(((((((....)))))))....................... | |
| [ reference ext structure ] |
.(..)..............................().<((((({(([.....[.).}..)..(.(((.((..]].......))......))).)...))))>)...(....)...((((((((..))))))))....................... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .......................(((.........((((.....((((......))))........(((.....))).............))))...........((.....))((((((((......))))))))..)))................ | |
| 3LA5_A | [ FASTA input ] | GGCUUCAUAUAAUCCGAAUGAUAUGGUUUCGGAGCUUCCACCAAGAGCCUUAAACUCUUGACUAUGGAGUC |
| [ reference std structure ] | ((((((((([..((((((......{{.))))))(.....])((((((}}.....))))))..))))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]..]]]))))))..))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3NPB_A | [ FASTA input ] | GUUCUUAUCAAGAGAAGCAGAGGGACUGGCCCGACGAAGCUUCAGCAACCGGUGUAAUGGCGAAAGCCAUGACCAAGGUGCUAAAUCCAGCAAGCUCGAACAGCUUGGAAGAUAAGAAC |
| [ reference std structure ] | (((((((((....(((((...(((.[[[[)))......))))).((..(((((...((((......)))).)))..)).))....(]]]]((.((.......)).))..)))))))))) | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((..(((((((.()(((.[[[[)))......))))).)).()(((((..((((((..))))))))))..)........(]]]]((.((.......)).))..)))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ...((((((......(((...(((.....)))......)))..(((.(((..........................))))))............................))))))... | |
| 3O58_3 | [ FASTA input ] | AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU |
| [ reference std structure ] | .........................................((((([..(.....]))....((..((.........)............))...).).)))....(((...))).((((((((....))))))))...................... | |
| [ reference ext structure ] |
....................................(.{((((([((.<<....<).]..)>((.(.(.........>.>..........))...))..))))}))(((...)))(((((((((....)))))))))..................... () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3O58_2 | [ FASTA input ] | GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU |
| [ reference std structure ] | (((((((((....((((((((.....((.......................))....)))))).)).(((((.......(((((..((....)).))))).....))))).))))))))). | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((....((((((((....({((........[...(.]..)....)}.).))))))).)).(((((......(((((((.((....)))))))))....))))).))))))))). ( ) |
|
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| 3PDR_A | [ FASTA input ] | GGGCUUCGUUAGGUGAGGCUCCUGUAUGGAGAUACGCUGCUGCCCAAAAAUGUCCAAAGACGCCAAUGGGUCAACAGAAAUCAUCGACAUAAGGUGAUUUUUAAUGCAGCUGGAUGCUUGUCCUAUGCCAUACAGUGCUAAAGCUCUACGAUUGAAGCCCA |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((([(.<<<<<<<<<.<<<<<<<<<a(.A.<<<<<<[[[[[[...[[[[..)(]]]]...]]]]]].{...{{{{{{{{b.{...))B}}}}}}}}}.>.>>>>>(((........)))).>>>>>>>>>>>>>>.>>>>..].().}))))))). ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3RKF_A | [ FASTA input ] | GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]()]]]))))))..))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3SD1_A | [ FASTA input ] | GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA |
| [ reference std structure ] | ((((....((((((((((((......(((((((...[[[[....))))))).....((....))))).)))))))))..]]]].)))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((.({{{{{{{{{{{{..{{.{{{{{{{{.[.)((((].)}}}}}}}}.}}.(((..)))}}}.}}}}}}}}}.)))).))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .(((....((((((((((((...((.(((((((.(((....))))))))))))...((....))))).))))))))).......))).. | |
| 3WQY_C | [ FASTA input ] | GGGCUCGUAGCUCAGCGGGAGAGCGCCGCCUUUGCGAGGCGGAGGCCGCGGGUUCAAAUCCCGCCGAGUCCACCA |
| [ reference std structure ] | (((((((..((((....[..)))).((((((.....)))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((([{{.{)<.ab..}]}}(((((((.....)))))))...>ccccccAB.C..CCCCC))))))).... ( ) ( ) |
|
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| 3ZEX_D | [ FASTA input ] | GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU |
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(((((((((..[.((((((((.....((((((...{.(..})..)))..)))....)))))).))(.(((((.(.(((((((.((((..)))))))))))).)))))])))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))((((((......((.((.(((....))))).)).....)))))))))))))).. | |
| 3ZEX_C | [ FASTA input ] | AACGUGUCGCGAUGGAUGACUUGGCUUCCUAUUUCGUUGAAGAACGCAGCAAAGUGCGAUAAGUGGUAUCAAUUGCAGAAUCAUUUCAUUGCCCAAUCUUUGAACGCAAACGGCGCAUGGGAGAAGCUCUCUCGAGCCAUCCCCGUGCAUGCCACAUUUCUCAGUGUCG |
| [ reference std structure ] | .........................................((((((.[[.....)))....(((((((...(.]].).........).)))).).).)))....((.....))(((((.(.(..((((....))))..).).)))))..................... | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | .............................(((...(((((....((((......))))....(((((....)))))............)))))............((.....))(((((((.(.................))))))))...............)))... | |
| 3ZND_W | [ FASTA input ] | GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA |
| [ reference std structure ] | ..(........(.............)..(((...........))).......(((.......))).......)..... | |
| [ reference ext structure ] |
.((((..(..{.{<(.......>)}}..(((([(.....])))))....)(((((.......)))))...)))).... ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((..........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))...)). | |
| 4A1C_2 | [ FASTA input ] | AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA |
| [ reference std structure ] | ............................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]..........).)))..)...)))....((.....))(((((........))))).................... | |
| [ reference ext structure ] |
.......................................(.<((((({((.[[....[).}..)](((((((.((..]]...)....).).)))).))..))))>))((.....))(((((........))))).................... () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ..............................................((((.((((..(((.....(((((....)))))..............((((....))))..)))..))))((((((((()))))))))............)))).... | |
| 4A1C_3 | [ FASTA input ] | GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU |
| [ reference std structure ] | (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((({(.}((((((((....(<(((((...([[..)]].))))...>.).))))))).)))(((((..(.((((((((.(((..))))))))))))..))))).))))))))).. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ..(((((((....(((((((.....................................))))).))(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))).)))... | |
| 4AOB_A | [ FASTA input ] | GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA |
| [ reference std structure ] | ((((((((....(.(((...(((.[.[[)))......))))(((..(((....))).)))...(]].](((.(....).)))..))))))))). | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ..((((((......(((...(((.....)))......))).((((.((((.).)))))))........(((((....)))))...))))))... | |
| 4CXG_Y | [ FASTA input ] | GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCGGUCUCCAAAACCGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA |
| [ reference std structure ] | (((((((..((.(.....[..).)).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((([{{.{)<a.ab..}]}}.((((((.....))))))....>ccccccAB.CA.CCCCC))))))).... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))...)))). | |
| 4ENB_A | [ FASTA input ] | GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
| [ reference std structure ] | ((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]]..... | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ((((........))))................................... | |
| 4ENC_A | [ FASTA input ] | GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG |
| [ reference std structure ] | .((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]]..... | |
| [ reference ext structure ] |
.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>).... ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .......(((((..............................)))))..... | |
| 4FRG_B | [ FASTA input ] | GGCCUAAAAGCAUAGUGGGAAAGUGACGUGAAAUUCGUCCAGAUGCGAAAGCAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGGCCA |
| [ reference std structure ] | ((((((........((((....(.((((.......)))))((((((....)))).[[[.....))]]]....)))).)))))). | |
| [ reference ext structure ] |
((((((...{(.}.((((...<(.(((([(..]..)))))(>(((((..)))))(((((.).).)))))..))))).)))))). ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((.......(..........((((.......))))................))))))).....((.(((.)))....)). | |
| 4L81_A | [ FASTA input ] | GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGUCCGU |
| [ reference std structure ] | (((((....((((....))))(((..((((((.[[[[..))).))).)))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]. | |
| [ reference ext structure ] |
(((((..(((((((..)))))[)).()(((((.{{{{..))).))....]..((((((..)))))))))))((((((..))))))......}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () |
|
| [ predicted structure ] | .........((.(((.)))))((((.((((.((......)))).))))))......................(((......)))............ | |
| 4MGN_D | [ FASTA input ] | CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCUC |
| [ reference std structure ] | ((((((..((((....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))... | |
| [ reference ext structure ] |
((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB))))))... ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))).).. | |
| 4MGN_B | [ FASTA input ] | CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCU |
| [ reference std structure ] | ((((((..((((....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}})))))).. | |
| [ reference ext structure ] |
((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB)))))).. ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).. | |
| 4OQU_A | [ FASTA input ] | GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGGUCCGA |
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| [ reference ext structure ] |
(((((..((((((....))))[))..((((((.{{{{{.))).)))...]..(((((....))))))))))((((((..))))))......}}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () |
|
| [ predicted structure ] | (((......((.(((.)))))((((.((((.((......))).)))))))..................))).......................... | |
| 4QK8_A | [ FASTA input ] | GUUGCCGAAUCCGAAAGGUACGGAGGAACCGCUUUUUGGGGUUAAUCUGCAGUGAAGCUGCAGUAGGGAUACCUUCUGUCCCGCACCCGACAGCUAACUCCGGAGGCAAUAAAGGAAGGA |
| [ reference std structure ] | ..((((....((....))..(((((....(.....(.[((((....((((((.....))))))..(((((.{{{{{{)))))..)))).)].)....)))))..)))).....}}}}}}. | |
| [ reference ext structure ] |
..((((((.((((..))))[.(((((..((.....(.[((((.(.(((((((.....)))))))[)((((.{{{{{{)))).].)))).)].))..))))))]))))).....}}}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ..((((....(((..)))..(((((.............((((......(((.......)))....(((((.......)))))..))))(....)...)))))..))))............ | |
| 4UE4_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGUUUACUUUAAGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUUCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGAAACCUCUCAUGUGCCGCAGGGUUGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCUAGGGUAGCGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
| [ reference std structure ] |
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|
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ....................(((((.................)))))................................................((((((....((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...))))....))))))..................................... | |
| 4UE5_A | [ FASTA input ] | GCCGGGCGCGGUGGCGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGCAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCACUGCACUCCAGCCUGUGCAACAUAGCGAGACCCCGUCUCU |
| [ reference std structure ] | ((((((((((..[...)))))))....{{{{.....]..}}}}))).(((((.((....(((((...((.((((.....((((..((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((.(((.(..((.(..((((((....))))))..).))..).))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...))))))).))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))..)))).)))).)).....)))))...)).))))). | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ...............((...((.........((((.(....).)))).........))...))....(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(.(((((((....))))))).).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).))))))))))...................... | |
| 4W24_7 | [ FASTA input ] | GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUU |
| [ reference std structure ] | ((((((.......((...((......((((((...(....)...))))..)).....))....))((((((......((.((..((....)).)).)).....))))))...)))))).. | |
| [ reference ext structure ] |
(((((...(...)(((.((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))..))((((((..(()(((((((.(((..)))))))))).)..))))))...).)))).. () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((....((((((((...((...(((((......))..)))...))....)))))).))((((.....((.((..(..((....))..)..)).))...))))))))))))).. | |
| 4W24_8 | [ FASTA input ] | CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCU |
| [ reference std structure ] | ............................................(((.[[....[)))...]...{{{......]].............}}}.............((....))(.....((.......)).....).................... | |
| [ reference ext structure ] |
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|
| [ predicted structure ] | ...(((...(((..((....)).(((......................((((..((((........(((.....)))..............((((....)))).)))).))))((((.((((.....)))).))))..))))))..)))....... | |
| 4WFL_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGGUAACGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((((((...[[[[[.)))))(.){{{{{]...]]]]...}}}}})))))(..((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ..(((.....)))....((.((((((((.........)))..)))))))......(((..............))).............................. | |
| 4WJ4_B | [ FASTA input ] | UCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCA |
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(((((((([{{.{)<..ab..}]}}(((((((.....)))))))...>ccccccAB.C..CCCCC))))))).... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))...)))). | |
| 4XW7_A | [ FASTA input ] | GGGUCGUGACUGGCGAACAGGUGGGAAACCACCGGGGAGCGACCCUUGCCGCCCGCCUGGGCAA |
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| 4ZNP_A | [ FASTA input ] | GGGAUACAGGACUGGCGGAUUAGUGGGAAACCACGUGGACUGUAUCCGAAAAAAAGCCGACCGCCUGGGCAUC |
| [ reference std structure ] | .((((((((..(.[[[[[....((((....))))..)..))))))))........{{{..]]]]]..}}}... | |
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(((((((((((((([{{{....{{{{...)}}}}.))))))))))))).......<<<.]}}}....>>>... ( ) ( ) |
|
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| 5CCB_N | [ FASTA input ] | GGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUCCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCGGGCGCCA |
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| 5DDR_A | [ FASTA input ] | CGUUGACCCAGGAAACUGGGCGGAAGUAAGGUCCAUUGCACUCCGGGCCUGAAGCAACGCG |
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(([[[(((((((..)))))))){.(()(((((((..........))))))).).]]].)}. ( ) ( ) ( ) |
|
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| 5DI4_A | [ FASTA input ] | GGGUACUUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGGGAUGCGACGAAACGCCCA |
| [ reference std structure ] | ...............(....).(((((......))))).......... | |
| [ reference ext structure ] | .........(.....(....)[[[[[[[)..].]]]]]]......... | |
| [ predicted structure ] | (((((((...)...........(((((......)))))....)))))) |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition