CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - NanoFolder
1VX6_B
[ FASTA input ]
GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG
[ reference std structure ]
((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))..
[ reference ext structure ]
([[[[[[[....[[[[[[[[[.)](((((((...([...).].))))..))...)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).)))))))))]]]]]]]...
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((.....(((((([[.[[[{{{...{{{{{{{.....<<<<<<<<<<<<<))))))aa>>>>>>>>.]]]AA..}}}}}}}..]]..>>>>>.......}}}))))))))..
2LC8_A
[ FASTA input ]
GGUCAGGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGCA
[ reference std structure ]
.(((.((((((((.[[[[[[[)))).))))..))).............]]]]]]].
[ reference ext structure ]
.((((((((((((({{{{{.[)))).))))).))).............])}}}}}.
( )
[ predicted structure ]
(((.{{{{{((((.[[[[[[[)))).)))...(((.}}}}}....)))]]]]]]].
2LDL_A
[ FASTA input ]
GGAUCCAUUCGAUUAGUGAACGGAUCC
[ reference std structure ]
((((((.(((.......))).))))))
[ reference ext structure ]
((((((((((.......))))))))))
( )
[ predicted structure ]
((((((.((((.....)))).))))))
2LI4_A
[ FASTA input ]
GGACCGAUAAGGUAGAAAUGCCUUAUCGGUCC
[ reference std structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((((((((..)))))))))))))))
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))
2LK3_A
[ FASTA input ]
GGCUUAGAUCAGAAAUGAUCAGCC
[ reference std structure ]
((((..(((((....)))))))))
[ reference ext structure ]
((((..((((((..))))))))))
[ predicted structure ]
((((..(((((....)))))))))
2LKR_A
[ FASTA input ]
GGCAAUACAGAGAUGAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACCGUUUUACAAAGAGAUUUCUUCGGGAAUCUCUUUGCCUUUUGGCUUAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUC
[ reference std structure ]
((...((.......(((((((..(((.(((.....)))..)))........((((((((((((....)))))))))))).......)))..))))........))....))
[ reference ext structure ]
((((.(((.....((((((((.((((.((((...))))..)))).......((((((((.((((..))))).))))))).......)))..)))))......)))..))))
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((.{{{{{{(aaaaaaaa.aaaa))[[[[((((((((AAAA.))..<<((((((((((((()}))))))))))))))))))))AAA..AAAAA.]]]]))>>}}}}}.
2LQZ_A
[ FASTA input ]
GGACUUCCAUUGCUUCGGCAAAAGUCC
[ reference std structure ]
(((((.....(((....)))..)))))
[ reference ext structure ]
(((((...)(((((..)))))..))))
( )
[ predicted structure ]
((((((...(((((..)))))))))))
2LU0_A
[ FASTA input ]
GGAAUAUGCUCAACGAAAGUGAAUCAGCUUCGGCUGAGAGCUAAGUUCC
[ reference std structure ]
(((((..((((.((....))...(((((....)))))))))...)))))
[ reference ext structure ]
(((((..((((.((....))...(((((....)))))))))...)))))
[ predicted structure ]
(((((..((((.((....))((.[[[[[[))]]]]]]))))...)))))
2LUN_A
[ FASTA input ]
GGGCAGUGAUGCUUCGGCAUAUCAGCCC
[ reference std structure ]
((((.(...(((....)))...).))))
[ reference ext structure ]
((((.(.(((((....))))).).))))
[ predicted structure ]
((((..(((((((..)))))..))))))
2LV0_A
[ FASTA input ]
GGGCUAAUGUUGAAAAAUUAGCCC
[ reference std structure ]
(((((((..........)))))))
[ reference ext structure ]
(((((((.(......).)))))))
[ predicted structure ]
((((((((.((...))))))))))
2LWK_A
[ FASTA input ]
GAGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU
[ reference std structure ]
.(((((((.(..(((....))).).)))))))
[ reference ext structure ]
.((((((((((.(((....)))))))))))))
[ predicted structure ]
.(((((((...(((((..)))))..)))))))
2M12_A
[ FASTA input ]
GGGUGUAUUGGAAAUGAGCACCC
[ reference std structure ]
((((((...........))))))
[ reference ext structure ]
((((((...........))))))
[ predicted structure ]
(((((((((...)))..))))))
2M57_A
[ FASTA input ]
GGAGCCGUAUGCGGUAGUUCCGCACGUACGGAUCU
[ reference std structure ]
((..((((..((((.....))))....))))..))
[ reference ext structure ]
((..((((..((((.....))))....))))..))
[ predicted structure ]
(((([[[[[[[.{{{..))))...]]]]]]]}}}.
2M58_A
[ FASTA input ]
GAAGAAAGGGCUUCGGCCACUCAAACUACAGAGACGCCAGUCACUCAGAUAUCCUGGU
[ reference std structure ]
...((...(((....)))..))........(((...[[[[...))).......]]]].
[ reference ext structure ]
((.((((.((((..)))))))).)).....(((...[[[[...))).......]]]].
[ predicted structure ]
(a.((.(((((({{)))).<<<...))...>>>..[[[[[)A..)).}}....]]]]]
2M5U_A
[ FASTA input ]
GGCAGAUUCUGGUGAAUCUGCC
[ reference std structure ]
(((((((((....)))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((....)))))))))
( )
[ predicted structure ]
(((((((((....)))))))))
2M8K_A
[ FASTA input ]
GGUUUCUUUUUAGUGAUUUUUCCAAACCCCUUUGUGCAAAAAUCAUUA
[ reference std structure ]
(((((......[[[[[[[[[[[[))))).....].].]]]]]]]]]].
[ reference ext structure ]
((((([{<abcddddd......d))))).....D.].}>ABCDDDDD.
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((.....[[[[[[[[[[[..))))).........]]]]]]]]]]]
2MFE_D
[ FASTA input ]
GGGCCAUCAAGGACGAUGGUCC
[ reference std structure ]
((((((((......))))))))
[ reference ext structure ]
((((((((......))))))))
[ predicted structure ]
((((((((......))))))))
2MFG_B
[ FASTA input ]
GGGUCAUCAGGACGAUGACCC
[ reference std structure ]
((((((((.....))))))))
[ reference ext structure ]
((((((((.....))))))))
[ predicted structure ]
((((((((.....))))))))
2MHI_A
[ FASTA input ]
GGAAACGCCGCGGUCAGCUCGGCUGCUGCGAAGAGUUCGUCUCUGUUGUUUCC
[ reference std structure ]
((((((((...((.((((...))))))..(...((.....)).)).)))))))
[ reference ext structure ]
((((((((..(((.((((...))))))).(..(((.....))))).)))))))
[ predicted structure ]
(((((((.((((((.[[[[[{{{.))))))..]]]]].}}}.....)))))))
2MI0_A
[ FASTA input ]
GAGCAGCAUCGUCGGCUGCUCA
[ reference std structure ]
((((((.........)))))).
[ reference ext structure ]
((((((.........)))))).
[ predicted structure ]
(((((((.......))))))).
2MI0_B
[ FASTA input ]
GCGGCAGUUGACUACUGUCGC
[ reference std structure ]
(((((((.......)))))))
[ reference ext structure ]
(((((((.......)))))))
[ predicted structure ]
((((((((.....))))))))
2MIY_A
[ FASTA input ]
GCUUGGUGCUUAGCUUCUUUCACCAAGCAUAUUACACGCGGAUAACCGCCAAAGGAGAA
[ reference std structure ]
((((((((.....[[[[[[.)))))))).........(((......)))..]]]]]]..
[ reference ext structure ]
((((((((.[{..<<<<...)))))))).........(((......)))..]}>>>>..
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((..[[.{{{{{{{)))))))).{{{]]...<<<<}}}.>>>>.}}}}}}}..
2MQT_A
[ FASTA input ]
GGGCGAGGGUCUCCUCUGAGUGAUUGACUACCCGUCAGCGGGGGUCUUUCAUUUGGGGGCUCGUGCCC
[ reference std structure ]
(((((.((((((((.....((((..((((.((((....))))))))..))))..)))))))).)))))
[ reference ext structure ]
(((((.((((((((.....((((((((((.(((((..)))))))))))))))..)))))))).)))))
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((.[[[[[[[[[[[..)))).(((((..))))){{.)).]]]]]]]]]]]}}..)))))
2MS1_B
[ FASTA input ]
GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCC
[ reference std structure ]
(((((....((...........))((((((.......)))))).....((((.......))))...)))))
[ reference ext structure ]
(((((....((((.[.....))))((((((.......))))))...]((((((...)..)))))..)))))
( )
[ predicted structure ]
(((((((((([[[.{{{{{.{{{{{{{{{{)).<<<.}}}}}}}..>>>]]].}}}.}}}}}.))))))))
2N0R_A
[ FASTA input ]
CUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUG
[ reference std structure ]
(...((((....))))......)
[ reference ext structure ]
((((((((....))))...))))
[ predicted structure ]
....((((....)))).......
2N1Q_A
[ FASTA input ]
GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC
[ reference std structure ]
(((((((((((...((((..(((((((....)))))))...(((..(((.(((....((((.(((((((....)))))))...))))..))).)))..)))....)))).......(((..(((((....)))))..)))...))))))))))).
[ reference ext structure ]
((((((((((((((((((.(((((((((..)))))))))..((((((((((((((..(((((((((((((..)))))))))..))))))))))))))))))....)))).).....((((((((((....)))))))))).))))))))))))).
[ predicted structure ]
(((((((((((.((((((..(((((((....)))))))....[[[[[[[)))))).{{{{{.(((((((<<<<)))))))...]]]]]]]...}}}.<<<<<.}}.>>>>>....>>>>..(((((....)))))........))))))))))).
2N2O_A
[ FASTA input ]
GCAUGUUUUCUGUGAAAACGGUU
[ reference std structure ]
....((((((...))))))....
[ reference ext structure ]
....((((((...))))))....
[ predicted structure ]
((([[[[[[[)))]]]]]]]...
2N2P_A
[ FASTA input ]
GCAUGUUUAGUGUCUAAACGGUU
[ reference std structure ]
....((((((...))))))....
[ reference ext structure ]
....((((((...))))))....
[ predicted structure ]
((([[[[[[[)))]]]]]]]...
2N4L_A
[ FASTA input ]
GGAAUAUUUUUGCUGUACUUUCUAUAGUGAAUAGAGUUAGGCAGGGAUAUUCC
[ reference std structure ]
(((((((((((((((.(((..((((.....)))))))).))))))))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((((((((.(((..((((.....)))))))).))))))))))))))
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((.(((([[[[[[)))).]]]]]]...))))))))))))))
2N6Q_A
[ FASTA input ]
AACCUUCACCAAUUAGGUUCAAAUAAGUGGU
[ reference std structure ]
((((..[{{{{.{{{))))....}}}]}}}}
[ reference ext structure ]
((((.[{<<<<..<<))))....>>]}>>>>
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((..[[[[[[[)))))..]]]...]]]]
2N7M_X
[ FASTA input ]
GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU
[ reference std structure ]
(((((((((((.((((...(.(((...(.................)..))).)...((((((......))))))..)))).)))))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((((.(((((..(((((.(.(.....(((....)))..).))))))...(((((((....))))))).))))).)))))))))))
[ predicted structure ]
(((((((((((.(((((......(((((((((((((((((..)))[[{{{{))))))))))))))...]].}}}}))))).)))))))))))
2N8V_X
[ FASTA input ]
GGAACAGCUGUACUGGGCAGUUACAGCAGUCGUAUGGUAACACAUGCGGCGUUCCGAAAUACCAUGCCUG
[ reference std structure ]
.((((..((((((.[[[.[).)))))...(((((((......))))))).))))..........].]]].
[ reference ext structure ]
(((((.(((((((.[[[[[).)))))).((((((((......))))))))))))).........]]]]].
( )
[ predicted structure ]
(((((.((((((..[[[[[[[)))))).{{{<<<<<<<<]]...]]]}}})))))....>>>>>>>>]].
3J16_L
[ FASTA input ]
UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA
[ reference std structure ]
(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((((<<.[)({.{...])>>((((((.(..)..))))))..)((((((}..)}.))))))))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((.((({(([[[[..)})).((((())<<<..))))).>>>.((((.......))))))))))))]]]]
3J20_1
[ FASTA input ]
GGGGCGGUAGCUCAGCCUGGGAGAGCACCGGACUGAAGAUCCGGGUGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCCGCCCCACCA
[ reference std structure ]
((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.[[[[)........]]]].(((((.......))))).....((((((...)..))))))))))))....
[ predicted structure ]
(((((((..((((.[[[[[[[.))))....((({{....]]]]]]])))(((((((..))))))).)))))))..}}
3J2L_3
[ FASTA input ]
CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC
[ reference std structure ]
.((((((....(((.((((.....(.((((...(.....)...))))...)....)))).).))..(((((((....((((((.((....))))))))...)))))))..))))))..........
[ reference ext structure ]
.((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)......
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((.{{{{..(((((((.....((((<<<(.aaaaaaaa))))..AAA..)))))))..AAA(((((((([[.((((((((.)>>>))))))))AA))))))))..)))))))]]..}}}}.
3J3D_C
[ FASTA input ]
AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA
[ reference std structure ]
(((((((..(([.....(...])).(((((.......))))).......(((..)....)))..)))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((({{..)(<a<..()}}((((((.......)))))).).)(((((A.>..>.))))))))))))....
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((((..{{{..)))).<<<<<..))...>>>>>.[[[.(((((.}}}...))))))))))))]]].
3J3E_7
[ FASTA input ]
GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU
[ reference std structure ]
(((((((((.....(((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).).(.(((((.....((.((..((....)).)).))....))))).))))))))))..
[ reference ext structure ]
(([[[[[[(...)[[[[[[[[.)..(<(((((...{(...}..)))))...>.).)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).))))))))).]]]]]].)..
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((.((...{{{{{(..aaa.(((((<<<<<<<.....))))).))(((()}}}}}[[[[[[[[[[[.AAA))))>>>>>>>]]]]]]]]]((....)).]].)))))))))..
3J3E_8
[ FASTA input ]
AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG
[ reference std structure ]
........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))...........
[ reference ext structure ]
..................................().<((((((((.{{(.).{))).[.}(].(((..(((.}}).)......).).))....).))))>).((.....))...........
( )
( )
( )
( )
()
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( )
( )
( )
[ predicted structure ]
...(((..{{([[[[[[....[[(((...))aaaaaaa.)))...((((....(((((((..(((((((..)]]<<<<<))))))).AAAAAAA.>>>>>.))))))).)}}.]]]]]]))))
3J3F_7
[ FASTA input ]
GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU
[ reference std structure ]
(((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).))(((((((.....((.((..((....)).)).))....))))))))))))))))...
[ reference ext structure ]
((((((((((..)((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))(((((((.(()(((.(((.(((..)))))).))).).))))))))))))))))...
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((.(((((([[(.bbb.bb(((((((((..((((({{)))))..aaaaa..))))))))).))))<<BB.AAAAA)))]].....((((((}}.>>)))))))))))))))BBB
3J3F_8
[ FASTA input ]
CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU
[ reference std structure ]
..........................................((.((.[[.....))......(.(((......]].............)))..)...)).....((....))(((((.((.......)).))))).....................
[ reference ext structure ]
....................................(.{(((((.((.[[....[))).(.].(((((.(((..]].)........)).)))).))...)))}))((....))(((((((((.....))))))))).....................
()
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((.(((.[[[[[[[[[b((<<<<<...<<<<<<<<<<<<)B).((((((..)))))).aaa((((((((.)]]{{{{{.))))))))>>>>>>>>...)))...>>>>.)>.(((((((((AAA..)))))))))...}}}}}>>>>)]]]]]]].
3J3V_B
[ FASTA input ]
UUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGCAAG
[ reference std structure ]
((((((.(.....((((((((.......(((...............)))........)))))).)).((.......((.(((((...))))).)).......))...).))))))....
[ reference ext structure ]
(([[[[[[.(.[)[[[[[[[[[.)]((((((..[.([....).].)]))..)))...]]]]]].]]..((((.(((((((((((...)))))))))).)))))]..].]]]]].).(.)
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((...(((..[[[[[[..{{((((<<<..<<<<<<<<))))..>>>..aaaaaa...))).]]>>>>>}}aaaaaa]]]]AAAAAA.AAAAAA.>>>))))))))))....
3J45_4
[ FASTA input ]
CGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGU
[ reference std structure ]
....(((((..(((........(((((..((....))...)))))........))))))))
( )
[ reference ext structure ]
....(((((..(((...(((((((((((((((..))))).))))))))))...))))))))
( )
[ predicted structure ]
(([[[[))((.{{{{{{))..<<<<<<<.]]]].(((...))).}}}}}}..>>>>>>>..
3J46_4
[ FASTA input ]
CUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA
[ reference std structure ]
..(((((((((((.(.((.(...........(((...........(((.(((......))).)))..................)))..).)).).)))))))))))...
[ reference ext structure ]
..(((((((((((.((((((.(.([.{.).<.<<<.(.(...).((((.(((.....).)).))))....).......).]}>>>>..)))))).)))))))))))...
( )
( )
( )
( )
( )
( )
()
( )
[ predicted structure ]
..(((((((((((.((((.(([[[[[.{{{{{{{..{{{{{{...{{{{{{{{))<<}}}}}}}}}}}}}}..]]]>>..]].}}}}}..)))).)))))))))))}}.
3J46_p
[ FASTA input ]
GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA
[ reference std structure ]
(((((((...((..........)).....(.........)........((((.........)))))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.[[[..{.<...)<]]](((.((.......)).))).>.}aaaaaa..>A..AAAAA)))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((([[[[..{{{{))]]]].<<<<<<<<}}}}aa.>>>>>>>>((((((..)).)))).))))))).AA.
3J46_1
[ FASTA input ]
AAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUU
[ reference std structure ]
....((((.[..[[[.))).....{{{{{{...{{{]]]..].}}}.......}}}}}}...)
[ reference ext structure ]
....(((([{..{{.{)))...}<<<<<<<<<<<<<]}}..}.>>>>....>>>>>>>>>..)
( )
( )
()
( )
[ predicted structure ]
...((((((([[[[[[))){{...<<<<<<<.]]]]aaa}}....)))).]]>>>>>>>AAA.
3J46_2
[ FASTA input ]
AAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGA
[ reference std structure ]
.......((((((...((.....)).))))))....
[ reference ext structure ]
.....(.(((((((...(.....)).)))))).)..
( )
( )
[ predicted structure ]
((..(([[[[[[[[.)).))..{{{]]]]]]]]}}}
3J5N_W
[ FASTA input ]
GGCUACGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCACAUCACUCAUAAUGAUGGGGUCACAGGUUCGAAUCCCGUCGUAGCCACCA
[ reference std structure ]
(((((((..(((...........))).(((((.......)))))......(.((.......)).).)))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((([{{..)<..ab...b]}}((((((.......)))))).B.>cc.cccAB.C..CC.CC)))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((..))))).((([[[[[.[[[[...{{)))....<<<<<<<<<<.....]]]]}}>>>>>>>>>>]]]]]...
3J7A_7
[ FASTA input ]
GGGUAAUUGGCGCAGUUGGUUAGCGCGCGGGUCUCAUAAUCCCGAGGUCGUGAGUUCGAUCCUCACAUUACCCA
[ reference std structure ]
.((......((...........))..(............)......(..(.........)..)....)).....
[ reference ext structure ]
(((.((.([{{..)..<...<]}}..(.(........).)...>..aa.aa>......AA.AA.))).))....
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((((.[[[[[[[[)))).{{{{<<<))]]].}}}}>>>..<<<<<.]]]]].>>>>>))))))).
3JB9_C
[ FASTA input ]
CGUCAAAGCACUUUGCAAAAGCUAACGUAUCUGUUUCUUGCCUUUUACCAGAAACAGCCGUUUGUAAGGUGUGCUAAUUUGACUGUAUAGUUUUUGUAAUCUUUU
[ reference std structure ]
(((((((((((((((((((......((...((((((((...........)))))))).)))))))))))))).....)))))).)....................
[ reference ext structure ]
(((((((((((((((((((......((...((((((((((.......)))))))))).)))))))))))))).....)))))).)....................
()
[ predicted structure ]
.(((((((((((((((((([[[[[[[[[[.((((((((.[[...{{{{.))))))))...))))))))))))]]]].))))))]]].]]]]]...}}}}......
3JB9_N
[ FASTA input ]
GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA
[ reference std structure ]
.(........)........................................(..((((.....)))..).)...................
[ reference ext structure ]
((((....))))...........................((.....))(.[[[.[(((.....))).)]]]]..................
[ predicted structure ]
((((((([[.{{{{{{{{{{{{.((((...)))).....)))))))....}}}}}]]<<<<.}}}}aaa....>>>>.AAA}}}......
3SN2_B
[ FASTA input ]
GAUUAUCGGAAGCAGUGCCUUCCAUAAUC
[ reference std structure ]
((((((.((((((...).)))))))))))
[ reference ext structure ]
((((((.((((((...).)))))))))))
[ predicted structure ]
((((((.(((((......)))))))))))
3U4M_B
[ FASTA input ]
GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC
[ reference std structure ]
((((.(......(..[[[[[..(((......((((((((....))))))))...)))..........).]]]]]).))))
[ reference ext structure ]
(((((((..(<.[[){{{{{{{{{{...{{{{{{{{{{....)]}}}}}}}}}}}}}}........>]}}}}}}))))))
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((.({((...((.[[[[[..[[[[))...(((((((((<<)))))))))aa]]]])}.>>....)).]]]]]AA))))
3UZL_B
[ FASTA input ]
GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA
[ reference std structure ]
((.((.(..(...............).(((((.......))))).((.....))...(..((.......))..)).)).))....
[ reference ext structure ]
(((((((..(((..(<[<..().)))(((((((.....)))))))(((...)))..)((((((]>.)>.))))))))))))....
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((({{{{{{{{{..))))).(((.}}....)))}}}}}..}}((.(((((([[))))))....))))))))).]].
3VJR_D
[ FASTA input ]
GGGGGCUAAGCGGUUCGAUCCCGCUUAGCUCCACCA
[ reference std structure ]
.((((((((((((.......))))))))))))....
[ reference ext structure ]
.(((((((((((((...)..))))))))))))....
[ predicted structure ]
.((((((((((((.......))))))))))))....
3W3S_B
[ FASTA input ]
GGGAGAGGUUGGCCGGCUGGUGCCGCCCCGGGACUUCAAAUCCCGUGGGAGGUCCCGCAAGGGAGCUCCGGAGGGUUCGAUUCCCUCCCUCUCCCGCC
[ reference std structure ]
(((.((((..((.((([..(.])))))((((((.......))))).)((((.((((....)))).)))).(((((..)....))))))))).)))...
[ reference ext structure ]
(((.((((..((.(((([[()))))))((((((.......))))).)((((((((((..)))))))))).((((((]..)].))))))))).)))...
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((.((([[[(..<<<.<(aaaaaaaaaaaa(...{{))).)>)AAAAAAAA..((((((..)>>>.AAAA..}})))))).))))))))]]]
3WC1_P
[ FASTA input ]
GCCAUCAUAGUAUAGUGGUCAUUAUAAAUCGUUGUGGCCGAUUAGACCCAAGUUCGAUUCUUGGUGAUGGCAC
[ reference std structure ]
.((((((..((............))..(..(.......)..).....(((((.......)))))))))))...
[ reference ext structure ]
.((((((.([[.(.({{<..)))]]..((.(..()...).)).....aaaaaa}>.A}.AAAAA))))))...
[ predicted structure ]
((((((((((((((.[[[[[[[)))){{{{{..]]]]]]].)).((..<<<<))}}}}}>>>>))))))))..
3ZEX_E
[ FASTA input ]
UGGAAAUGCGAAACACUUGCCAGGUGACCCAUCCAUCCUCCCACGGUGAGCUUUCUUUUCACCAUAAUCCACAUCUCCGGCCUUGCUGGGGCUUGGGCCUCUCGACUUCUCGCGUUACUCGGAGCGGGGGCUCAAGAUUGAAAAAUGCAGCUCACCCUACGUACUGUCCUUUGUUGUGAGUUCGGCGCAUUAAAGCAAAAACCUGGGGUG
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
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3ZEX_D
[ FASTA input ]
GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
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3ZEX_G
[ FASTA input ]
GUGAGAUUGUGAAGGGAUCUCGCAGGCAUCGUGAGGGAAGUAUGGGGUAGUACGAGAGGAACUCCCAUGCCGUGCCUCUGGUUUCUGGAGUUUGUCGAAGGGCAAGUGCUCCGACGCUAUCGCACGGUGGUUCUCGGCUGAACGCCUCUAAGCCAGAAACCAGUCCCAAGACCGGGUGCCCG
[ reference std structure ]
...(((((.(...).)))))....((((((....(((..(..((((......(....).....))))..)((.((...((((....((((((((((....)))))..)))))...))))..)).)).((((....(.(.............).)....))))..))).......))))))..
[ reference ext structure ]
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3ZND_W
[ FASTA input ]
GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA
[ reference std structure ]
..(........(.............)..(((...........))).......(((.......))).......).....
[ reference ext structure ]
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( )
( )
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[ predicted structure ]
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4A1C_2
[ FASTA input ]
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[ reference std structure ]
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4A1C_3
[ FASTA input ]
GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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4A4U_A
[ FASTA input ]
GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
(((((((((....)))))))))
[ predicted structure ]
(((((((((....)))))))))
4AOB_A
[ FASTA input ]
GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA
[ reference std structure ]
((((((((....(.(((...(((.[.[[)))......))))(((..(((....))).)))...(]].](((.(....).)))..))))))))).
[ reference ext structure ]
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4ATO_G
[ FASTA input ]
AAAUUGGUGUAACCUUACCGUAGUAGGUGCUAA
[ reference std structure ]
.....(((...[[[[.))).....]]]].....
[ reference ext structure ]
.....(((...[[[[[)))....]]]]].....
( )
()
[ predicted structure ]
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4BY9_A
[ FASTA input ]
GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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( )
[ predicted structure ]
((..[[.{{.{{..)).<<..aa....bbbbbbbb.....]].}}.}}..bb.>>..AA..BBBBBBBBBB.
4BYQ_N
[ FASTA input ]
GUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUGGCGCGG
[ reference std structure ]
.((.((((..(.....[..{{{.{..{{{......{..{.{.{...)}.}.}..}...}}}..........].}.}}}..)))).))
[ reference ext structure ]
.(((((((..(..(..[[){{{{{{.{{{...{{.{.{{{{.....)].}}}}.}.}}}}}.....(...)]}}}}}}..)))))))
( )
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[ predicted structure ]
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4C4Q_N
[ FASTA input ]
GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC
[ reference std structure ]
.(((((((.((((((((.((((((.(((((((((..((((((....))))))..(((((..((((((((.(((.((....)).))).))))...))))....)))))(((....))).)))).)))))..((((((((((...))))))))))....(((((...))))).)))))).)).(((....))).((..[[[[.))))))))...))))))).........]]]].
[ reference ext structure ]
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4C4W_H
[ FASTA input ]
GAGCAAGAGCCAUUGCACUCCGGUUUGAUGACCUC
[ reference std structure ]
(((...(((((..........)))))......)))
[ reference ext structure ]
(((.(((((((..........))))))...).)))
( )
[ predicted structure ]
(((((([[[[[.))))..)).]]]]]((.....))
4C7O_E
[ FASTA input ]
UGUUGGUUCUCCCGCAACGCGGAAGCGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCA
[ reference std structure ]
(((((((.((((((((((((....)))).))).)))).)..)))))))
[ reference ext structure ]
(((((((.(((((((((((((..))))).))).)))).)..)))))))
[ predicted structure ]
..((.((([[.[[[[)))]]]]))((((.{{{{{{.))))]]}}}}}}
4CXG_2
[ FASTA input ]
UGGCUUGUGGCGGCCAAGCGUUCAUAGCGACGUCGCUUUUUGAUCCUUCG
[ reference std structure ]
.((.(.(.((((((...((.......))...))))))...)).).)....
[ reference ext structure ]
.((((.((((((((..(((.......)))..))))))..))))).)....
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( )
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4CXG_a
[ FASTA input ]
ACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCGACCCGG
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
((.(((..))).))..........(..)............(.....).
[ predicted structure ]
....((..[[[..[[.{{.)).]]}}...{{..<<..]]].}}...>>
4CXG_Y
[ FASTA input ]
GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCGGUCUCCAAAACCGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
[ reference std structure ]
(((((((..((.(.....[..).)).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}})))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((([{{.{)<a.ab..}]}}.((((((.....))))))....>ccccccAB.CA.CCCCC)))))))....
( )
( )
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4CXG_1
[ FASTA input ]
CGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCCUGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAA
[ reference std structure ]
.(..((.(..(.((.((..(.(.(.((((.(((..(.((..(.....(...((((((((.(.........).)))))))).....).....)..)).)..))).)))).).))..)).)).)...).))...)..
( )
[ reference ext structure ]
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( )
( )
[ predicted structure ]
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4ENC_A
[ FASTA input ]
GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
[ reference std structure ]
.((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]].....
[ reference ext structure ]
.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>)....
( )
[ predicted structure ]
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4HXH_A
[ FASTA input ]
CCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCA
[ reference std structure ]
.....((((((....)))))).....
[ reference ext structure ]
.....((((((....)))))).....
[ predicted structure ]
..((([[[[[[))).]]]]]].....
4JF2_A
[ FASTA input ]
GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA
[ reference std structure ]
(((((((....))))))).((((((((.......[[[[[..))))))))......((((....))))..]]]]]..
[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
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4JRC_A
[ FASTA input ]
GAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUCC
[ reference std structure ]
(((((...(((((.....(..[[[[[[..........)]]]]]]))))).))))).
[ reference ext structure ]
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( )
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[ predicted structure ]
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4K27_U
[ FASTA input ]
GCCCCUGCCUGCCUGCAGCUAAGGAUGAAAGUCUAUGCUGCCUGCCUGCCUGGGC
[ reference std structure ]
((((..((..((..(((((...((((....))))..)))))..))..))..))))
[ reference ext structure ]
((((..((((((((((((((()(((((..)))))).)))))))))))))..))))
[ predicted structure ]
((((..((..((..(((((...((((....))))..)))))..))..))..))))
4KR7_X
[ FASTA input ]
GCCCGGAUAGUGUCCUUGGGAAACCAAGUCCGGGCACCA
[ reference std structure ]
((((((((.......((((....))))))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((().(..)(((((..)))))))))))))....
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((((((((.[[.((.[[[[))..]]]]))))))))]]..
4LCK_F
[ FASTA input ]
GGGUGCGAUGAGAAGAAGAGUAUUAAGGAUUUACUAUGAUUAGCGACUCUAGGAUAGUGAAAGCUAGAGGAUAGUAACCUUAAGAAGGCACUUCGAGCACCC
[ reference std structure ]
((((((.....((.........(..(.(...(.((.(......(..[[[[[...........).]]]]].).)).).).)..).........))..))))))
[ reference ext structure ]
((((((...(.((.....(.(((..(((..((.(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))..))))......)).)))))))
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( )
[ predicted structure ]
((((((..((.......((((.((((((.((((((((.[[[[{{..{{{{{{.))))))))..}}}}}}..]]]]..))))))....}})))))).))))))
4M4O_B
[ FASTA input ]
GGGUUCAUCAGGGCUAAAGAGUGCAGAGUUACUUAGUUCACUGCAGACUUGACGAACCC
[ reference std structure ]
((((((.(((((.((.......((((.(.(.[..)]..).)))))).))))).))))))
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(((((((((((((((..(...)((((.(.(.[..)]..).)))))))))))))))))))
( )
( )
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((((((.((((((((((....[[[[[{{{{..))))))).]]]]]}}}}))).))))))
4M6D_L
[ FASTA input ]
GGCGGCUAAAGAGUGCAGAGUUACUUAGUUCACUGCAGACGCC
[ reference std structure ]
.(((..(.......((...(.(.[..)]..)...)))..))).
[ reference ext structure ]
.((((.(..(...)((...(.(.[..)]..)...))).)))).
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((.[[.{{{{{..<<..)))))]].}}}}}>>))))
4M6D_F
[ FASTA input ]
GCGGCUAAAGAGUGCAGAGUUACUUAGUUCACUGCAGACGC
[ reference std structure ]
..(.((.......((((.(.(.[..)]..).)))))).)..
[ reference ext structure ]
.(((((..(...)((((.(.(.[..)]..).)))))))).)
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((....[[[[[.{{{..))))))..]]]]]}}}))
4M6D_D
[ FASTA input ]
GGCGGCUAAAGAGUGCAGAGUUACUUAGUUCACUGCAGACGC
[ reference std structure ]
.(((.((.......((((...(.[..)]....)))))).)))
[ reference ext structure ]
.((((((...(..)((((.(.(.[..)]..).))))))))))
( )
( )
[ predicted structure ]
.((((((((....[[[[[.{{{..))))))..]]]]]}}}))
4MGN_C
[ FASTA input ]
GAAUCAAUAGUAGUUAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUAAUGAAACGGCAGUUCC
[ reference std structure ]
(((.........(((((((...(((((.....(..[[[[[[..........)]]]]]]))))).)))))))..........))).
[ reference ext structure ]
(((.....(.(((((((((...(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))))))).......))).
( )
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((((.....((.(((((((.(((((((((..((..[[[[[[.))..))))))]]]]]]..))).)))))))......)).)))).
4MGN_B
[ FASTA input ]
CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCU
[ reference std structure ]
((((((..((((....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))..
[ reference ext structure ]
((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB))))))..
( )
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4MGN_D
[ FASTA input ]
CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCUC
[ reference std structure ]
((((((..((((....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))...
[ reference ext structure ]
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( )
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( )
[ predicted structure ]
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4OO8_B
[ FASTA input ]
GGAAAUUAGGUGCGCUUGGCGUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCU
[ reference std structure ]
....................((((((..((((....))))....))))))..(((..).)).......((((....)))).((((((...)))))).
[ reference ext structure ]
....................((((((..(((((..)))))....)))))).((((..).)))......(((((..))))).((((((.())))))).
[ predicted structure ]
.....(((((.(((([[[))))))))).{{{{{...]]]<<<<<<...<<<<<<}}}}}>>.>>>>.>>>>>>.......(((((((...)))))))
4OOG_D
[ FASTA input ]
CAUGUCAUGUCAUGAGUCCAUGGCAUGGCAUGGC
[ reference std structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))..
[ reference ext structure ]
((((((((((((((....))))))))))))))..
[ predicted structure ]
((((((((((((((.[[.))))))))))))))]]
4PDB_I
[ FASTA input ]
GGGAUGCUCAGUGAUCCUUCGGGAUAUCAGGGCAUCCC
[ reference std structure ]
(((((((((...(((((....)))..)).)))))))))
[ reference ext structure ]
((((((((((.([)((((..))))...]))))))))))
( )
( )
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(((((((((..(((((((..)))))..)))))))))))
4PJO_4
[ FASTA input ]
GACUUACCUGGCAGUGAGGUGCACACACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGG
[ reference std structure ]
..........((((((.........)))))).................
[ reference ext structure ]
..........(((((((.......))))))).................
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4PJO_2
[ FASTA input ]
GACUUACCUGGCAGUGAGGUGCACACACUGCAUAAUUUGUGGUAGUG
[ reference std structure ]
..........((((((.........))))))................
[ reference ext structure ]
..........(((((((.......)))))))................
[ predicted structure ]
.((((((((.[[[[[[))))){{{{]]]]]]<<....}}}}>>))).
4PKD_V
[ FASTA input ]
GAUCCAUUGCACUCCGGAUCCAGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCU
[ reference std structure ]
(((((..........))))).((((((..((((..........)))).))))))
[ reference ext structure ]
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(((((.[[[...[[.))))).{{{{{{.{{{{{]]...]]]..}}}}}}}}}}}
4QJD_B
[ FASTA input ]
GUAAAUGAUAUAGCCGGUCCCAAGCCCGGAAAAAGGAGGAGGGUAUA
[ reference std structure ]
.............((((.[[[....))))...........]]]....
[ reference ext structure ]
.............((((([[[[)[.))))....].....]]]]....
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(((..[[.)))..{{..{{{]].<<<<}}}.......}}.>>>>...
4QJD_D
[ FASTA input ]
UAAAUGAUAUAGCCGGUCCCAAGCCCGGAAAAAGGAGGAGGGUAUA
[ reference std structure ]
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............((((([[[[)[.))))....].....]]]]....
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4QJD_F
[ FASTA input ]
UAAAUGAUAUAGCCGGUCCCAAGCCCGGAAAAAGGAGGAGGGUAUA
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4QJH_F
[ FASTA input ]
GCAAUAAAGCGGUUACAAGCCCGCAAAAAUAGCAGAGUAAUGUCGCG
[ reference std structure ]
.........(((.[[[....))).............]]]........
[ reference ext structure ]
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( )
[ predicted structure ]
(((.((..(((([[[[..{{)))).....)).....]]]]))).}}.
4QJH_D
[ FASTA input ]
GCAAUAAAGCGGUUACAAGCCCGCAAAAAUAGCAGAGUAAUGUCGCG
[ reference std structure ]
........(((..[[......))).............]]........
[ reference ext structure ]
........(((((()[[)..))))...........]]........()
( )
( )
[ predicted structure ]
(((.((..(((([[[[..[[)))).....))]]...]]]])))....
4QJH_B
[ FASTA input ]
GCAAUAAAGCGGUUACAAGCCCGCAAAAAUAGCAGAGUAAUGUCGCG
[ reference std structure ]
.........(((..[[....))).............]].........
[ reference ext structure ]
.........(((.[[[[)[..)).....]......]]]]........
( )
( )
( )
()
[ predicted structure ]
((..[[..[[[[{{{{..))]]]].....]]<<<..}}}}>>>....
4QK8_A
[ FASTA input ]
GUUGCCGAAUCCGAAAGGUACGGAGGAACCGCUUUUUGGGGUUAAUCUGCAGUGAAGCUGCAGUAGGGAUACCUUCUGUCCCGCACCCGACAGCUAACUCCGGAGGCAAUAAAGGAAGGA
[ reference std structure ]
..((((....((....))..(((((....(.....(.[((((....((((((.....))))))..(((((.{{{{{{)))))..)))).)].)....)))))..)))).....}}}}}}.
[ reference ext structure ]
..((((((.((((..))))[.(((((..((.....(.[((((.(.(((((((.....)))))))[)((((.{{{{{{)))).].)))).)].))..))))))]))))).....}}}}}}.
( )
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4R4P_A
[ FASTA input ]
GCGCUGUGUCGCAAUCUGCGAAGGGCGUCGUCGGCCCGAGCGGUAGUAAGCAGGGAACUCACCUCCAAUGAAACACAUUGUCGUAGCAGUUGACUACUGUUAUGUGAUUGGUAGAGGCUAAGUGACGGUAUUGGCGUAAGCCAAUACCGCGGCACAGCACAAGCCCGCUUGCGAGAUUACAGCGC
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(.((((..((.....((((...((((.......))))..))))..((((((.(((..((((((..(((((.....)))))..(((((((.......)))))))......))).)))(((..(((.(((..((((......))))..)))...)))))).....)))))))))..))...)))).)
[ reference ext structure ]
(.(((((.((..((.(((((..((((.......)))).)))))))((((((([[[[.(((((((((((((.....)))))..(((((((.......)))))))....))))).)))[[[).(((((((..((((......))))..)))..))))]]]....]]]]))))))..))..))))).)
( )
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(([[[[[[[[[[...((((((.{{{{((<<<.<<<<..<<<<<<<<<..aaaaa.aaabbbb.ccccccc..)).CCCCC))))))..AAA.>>>>>>>>>.ddddddd.))...>>>>..BBBB.(((((((((dd..)))))))))]]]]]]]]]]DD..}}}}.AAAAACCDDDDDDD>>>.
4RMO_P
[ FASTA input ]
AAGUUUACCACUGACCGAUAUGUGGUAUAUAAAUGGUCGGGUUG
[ reference std structure ]
......(((((...[[[[[..))))).........]]]]]....
[ reference ext structure ]
......((((((.[[[[[[).))))).........]]]]]]...
( )
[ predicted structure ]
((.((((((([[[[[[[.[[[[)))))]]]]))]]]]]]].)).
4TUW_C
[ FASTA input ]
GGCCAAAGGCCCUUUUCAGGGCCACCC
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
.......((((((....))))))....
[ predicted structure ]
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4TUX_D
[ FASTA input ]
GGCCAAAGGCCCUUUUCAGGGCCACC
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
.......((((((....))))))...
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4TVX_L
[ FASTA input ]
AUAAACCGACGGUAUUGUUCAGAUCCUGGCUUGCCAACAGGAGUUCCCCGCGCCAGCGGG
[ reference std structure ]
..............................................(((((....)))))
[ reference ext structure ]
..............................................((((((..))))))
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...(((.((([[[[[[)))..]]{{{{{<<.]]]]..}}}}}))).aaaaa>>..AAAAA
4TZY_X
[ FASTA input ]
GGGAAGAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUCUUCCC
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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( )
( )
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( )
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4U7U_X
[ FASTA input ]
AUAAACCGGGCUCCCUGUCGGUUGUAAUUGAUAAUGUUGAGAGUUCCCCGCGCCAGCGGGG
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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4UE4_A
[ FASTA input ]
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[ FASTA input ]
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4UN5_A
[ FASTA input ]
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[ FASTA input ]
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[ FASTA input ]
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[ FASTA input ]
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[ FASTA input ]
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[ reference std structure ]
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[ reference std structure ]
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5CCB_N
[ FASTA input ]
GGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUCCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCGGGCGCCA
[ reference std structure ]
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5D3G_E
[ FASTA input ]
ACCCCCCCUUCGGUGCUUUGCACCGAAGGGGGGG
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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CGUUGACCCAGGAAACUGGGCGGAAGUAAGGUCCAUUGCACUCCGGGCCUGAAGCAACGCG
[ reference std structure ]
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[ FASTA input ]
GGGUACUUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGGGAUGCGACGAAACGCCCA
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
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N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
std - standard base pair definition
ext - extended base pair definition
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