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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - PETfold_2.0(seed)
| 1VX6_B | [ FASTA input ] | GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG |
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| [ reference ext structure ] |
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|
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| 2MIY_A | [ FASTA input ] | GCUUGGUGCUUAGCUUCUUUCACCAAGCAUAUUACACGCGGAUAACCGCCAAAGGAGAA |
| [ reference std structure ] | ((((((((.....[[[[[[.)))))))).........(((......)))..]]]]]].. | |
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((((((((.[{..<<<<...)))))))).........(((......)))..]}>>>>.. ( ) ( ) |
|
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| 2MS1_B | [ FASTA input ] | GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCC |
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(((((....((((.[.....))))((((((.......))))))...]((((((...)..)))))..))))) ( ) |
|
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| 2N1Q_A | [ FASTA input ] | GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC |
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| [ predicted structure ] | .........................................................((((.((((((((..))))))))...)))).................................................................... | |
| 2N7M_X | [ FASTA input ] | GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU |
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| [ reference ext structure ] | (((((((((((.(((((..(((((.(.(.....(((....)))..).))))))...(((((((....))))))).))))).))))))))))) | |
| [ predicted structure ] | ..(.....)(...)((((.(((((.(((..(..(((....))).)))))))))..))))..(((........)))....(((.....))).. | |
| 3J3V_B | [ FASTA input ] | UUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGCAAG |
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(([[[[[[.(.[)[[[[[[[[[.)]((((((..[.([....).].)]))..)))...]]]]]].]]..((((.(((((((((((...)))))))))).)))))]..].]]]]].).(.) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 3J46_p | [ FASTA input ] | GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA |
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((((((((.[[[..{.<...)<]]](((.((.......)).))).>.}aaaaaa..>A..AAAAA))))))).... ( ) ( ) |
|
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| 3J5B_1 | [ FASTA input ] | GGGUGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUUACAAGGAGGGGGUCGGCGGUUCGAUCCCGUCAUCACCCACCA |
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(((((((([{{.{)<..ab..}]}}((((((.......))))))...>ccccccAB.C..CCCCC))))))).... ( ) ( ) |
|
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| 3J5N_W | [ FASTA input ] | GGCUACGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCACAUCACUCAUAAUGAUGGGGUCACAGGUUCGAAUCCCGUCGUAGCCACCA |
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| 3J7A_7 | [ FASTA input ] | GGGUAAUUGGCGCAGUUGGUUAGCGCGCGGGUCUCAUAAUCCCGAGGUCGUGAGUUCGAUCCUCACAUUACCCA |
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| 3JB9_C | [ FASTA input ] | CGUCAAAGCACUUUGCAAAAGCUAACGUAUCUGUUUCUUGCCUUUUACCAGAAACAGCCGUUUGUAAGGUGUGCUAAUUUGACUGUAUAGUUUUUGUAAUCUUUU |
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(((((((((((((((((((......((...((((((((((.......)))))))))).)))))))))))))).....)))))).).................... () |
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| 3JB9_N | [ FASTA input ] | GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA |
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| 3W1K_J | [ FASTA input ] | GGGAGUAGAUAGGCGCUGGUGUGCCUCCUAGACUUCAAAUCUACGGUCUCGCUAUUUAAGCGAGAGGUGGGUUCGAUUCCCACAUACUCCCG |
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| 4BY9_A | [ FASTA input ] | GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC |
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| 4C4Q_N | [ FASTA input ] | GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC |
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| 4CXG_Y | [ FASTA input ] | GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCGGUCUCCAAAACCGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA |
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| 4KR2_C | [ FASTA input ] | CGCCGCUGGUGUAGUGGUAUCAUGCAAGAUUCCCAUUCUUGCGACCCGGGUUCGAUUCCCGGGCGGCG |
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| 4KR3_C | [ FASTA input ] | CGCCGCUGGUGUAGUGGUAUCAUGCAAGAUUCCCAUUCUUGCGACCCGGGUUCGAUUCCCGGGCGGCGC |
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| 4L81_A | [ FASTA input ] | GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGUCCGU |
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| 4MGN_C | [ FASTA input ] | GAAUCAAUAGUAGUUAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUAAUGAAACGGCAGUUCC |
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(((.....(.(((((((((...(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))))))).......))). ( ) |
|
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| 4MGN_D | [ FASTA input ] | CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCUC |
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| [ reference ext structure ] |
((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB))))))... ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4MGN_B | [ FASTA input ] | CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCU |
| [ reference std structure ] | ((((((..((((....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}})))))).. | |
| [ reference ext structure ] |
((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB)))))).. ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4OQU_A | [ FASTA input ] | GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGGUCCGA |
| [ reference std structure ] | (((((....((((....))))(((..((((((.[[[[[.))).))).)))..(((((....)))))))))).((((....)))).......]]]]]. | |
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| 4P5J_A | [ FASTA input ] | AGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCUCGACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACC |
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| [ reference ext structure ] |
.(((((([[()..)))))(((((((.......)))))))...{{{{{]..}].}}}}(((..{{{{{{{))).).}}}}}}.} () ( ) ( ) |
|
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| 4P8Z_A | [ FASTA input ] | GGUUGGGUUGGGAAGUAUCAUGGCUAAUCACCAUGAUGCAAUCGGGUUGAACACUUAAUUGGGUUAAAACGGUGGGGGACGAUCCCGUAACAUCCGUCCUAACGGCGACAGACUGCACGGCCCUGCCUCUUAGGUGUGUCCAAUGAACAGUCGUUCCGAAAGGAAGCAUCCGGUAUCCCAAGACAAUC |
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|
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| 4QK8_A | [ FASTA input ] | GUUGCCGAAUCCGAAAGGUACGGAGGAACCGCUUUUUGGGGUUAAUCUGCAGUGAAGCUGCAGUAGGGAUACCUUCUGUCCCGCACCCGACAGCUAACUCCGGAGGCAAUAAAGGAAGGA |
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..((((((.((((..))))[.(((((..((.....(.[((((.(.(((((((.....)))))))[)((((.{{{{{{)))).].)))).)].))..))))))]))))).....}}}}}}. ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
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| 4TZY_X | [ FASTA input ] | GGGAAGAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUCUUCCC |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((((.(((((((.[[..[[)))))))).....).{{{{{{]]...]]}}}}}}..))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
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| 4UE4_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGUUUACUUUAAGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUUCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGAAACCUCUCAUGUGCCGCAGGGUUGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCUAGGGUAGCGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
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(((((((...((((((.......[[..))))...{{{{{...]]......}}}}}))......((((((...((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((.(((..(((((((.((((((((..((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..))))...)).))))))....)))))))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))...)))))).))))))) ( ) |
|
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(((((((((((((((((..([[)[[[)))))(.){{{{{.].]].]]...}}}}})))))(..(((((((((((((((.((((((((.(..((((.(((((((.(((((({)(..(((((((.((((((((..(((((((((((....(((((.(((((....)))).))))))..))))).).)))))...)).))))))....)))))))).})))).)))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...................................................... | |
| 4UE5_A | [ FASTA input ] | GCCGGGCGCGGUGGCGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGCAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCACUGCACUCCAGCCUGUGCAACAUAGCGAGACCCCGUCUCU |
| [ reference std structure ] | ((((((((((..[...)))))))....{{{{.....]..}}}}))).(((((.((....(((((...((.((((.....((((..((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((.(((.(..((.(..((((((....))))))..).))..).))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...))))))).))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))..)))).)))).)).....)))))...)).))))). | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((.[{).)))))))....<<<<.....]}.>>>>))).((((((((.(.)(((((..((..((((...(<)(((.(((((((.(((((......(((((((((.((((((((((((((((((((.((.(((((((((..<a)))))))))).)).))))......b.bbbbbb....bbbbbbbbbb....>ABBBBBBBBBB..BBBBBBB)))))))))).)))))))...)))))))...)))))))))))).))).>)))).).)....)))))...)))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))). | |
| 4W24_8 | [ FASTA input ] | CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCU |
| [ reference std structure ] | ............................................(((.[[....[)))...]...{{{......]].............}}}.............((....))(.....((.......)).....).................... | |
| [ reference ext structure ] |
....................................(..(.(.(.((.[[....[))).{.]...{{{{{{{..]]..}.......}}}}}}...}....))..)((....))(((...((((.)..)))...))).................... () ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((.....................)))......))))...((....))(((((((((.....))))))))).)..((.....))....... | |
| 4W24_7 | [ FASTA input ] | GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUU |
| [ reference std structure ] | ((((((.......((...((......((((((...(....)...))))..)).....))....))((((((......((.((..((....)).)).)).....))))))...)))))).. | |
| [ reference ext structure ] |
(((((...(...)(((.((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))..))((((((..(()(((((((.(((..)))))))))).)..))))))...).)))).. () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...))))))))))))))).. | |
| 4W28_6 | [ FASTA input ] | UGCCCGGUAGCCCCGAAGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA |
| [ reference std structure ] |
.(.((((....(.(.[{....).)..((((.........)))).......<<.(...)]}.>.>..)))).).... ( ) |
|
| [ reference ext structure ] |
.(.((((....(.([{(.{).).).(((((.........)))))...]<.<<<<.}.>}.>>.>.>)))))..... ( ) ( ) ( ) ( ) () |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))).)))))))... | |
| 4WFL_A | [ FASTA input ] | GCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUCUAGCAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGGUAACGAAUCGACAGAAGGUGCACGGU |
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| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((((((...[[[[[.)))))(.){{{{{]...]]]]...}}}}})))))(..((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | .........................................................................(.(((....)))..)................. | |
| 4WJ4_B | [ FASTA input ] | UCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCA |
| [ reference std structure ] | (((((((..((((.....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((([{{.{)<..ab..}]}}(((((((.....)))))))...>ccccccAB.C..CCCCC))))))).... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))).... | |
| 4XW7_A | [ FASTA input ] | GGGUCGUGACUGGCGAACAGGUGGGAAACCACCGGGGAGCGACCCUUGCCGCCCGCCUGGGCAA |
| [ reference std structure ] | (((((((..((........(((((....))))).))..)))))))(((((.........))))) | |
| [ reference ext structure ] | ((((((((((((......[[[[[[...)]]]]]])))))))))))(((((.........))))) | |
| [ predicted structure ] | (((((((...(..(.....(((((....)))))..).))))))))..((((.....)..))).. | |
| 4ZNP_A | [ FASTA input ] | GGGAUACAGGACUGGCGGAUUAGUGGGAAACCACGUGGACUGUAUCCGAAAAAAAGCCGACCGCCUGGGCAUC |
| [ reference std structure ] | .((((((((..(.[[[[[....((((....))))..)..))))))))........{{{..]]]]]..}}}... | |
| [ reference ext structure ] |
(((((((((((((([{{{....{{{{...)}}}}.))))))))))))).......<<<.]}}}....>>>... ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ..((((((...((..(......((((....))))..).)))))))).........((((.....)..)))... | |
| 5CCB_N | [ FASTA input ] | GGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUCCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCGGGCGCCA |
| [ reference std structure ] | .(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))).... | |
| [ reference ext structure ] |
((((((((([{{.{).......}]}}((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))))... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | ((.(((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))...)). | |
| 5DDR_A | [ FASTA input ] | CGUUGACCCAGGAAACUGGGCGGAAGUAAGGUCCAUUGCACUCCGGGCCUGAAGCAACGCG |
| [ reference std structure ] | (((((.(((((....)))))..[.....((((((..........))))))....)))))]. | |
| [ reference ext structure ] |
(([[[(((((((..)))))))){.(()(((((((..........))))))).).]]].)}. ( ) ( ) ( ) |
|
| [ predicted structure ] | (((((.((((......))))(.....(.(((................))).).)))))).. | |
| 5DI4_A | [ FASTA input ] | GGGUACUUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGGGAUGCGACGAAACGCCCA |
| [ reference std structure ] | ...............(....).(((((......))))).......... | |
| [ reference ext structure ] | .........(.....(....)[[[[[[[)..].]]]]]]......... | |
| [ predicted structure ] | ((((((....)))))(....).(((((......))))).........) |
- N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
- std - standard base pair definition
- ext - extended base pair definition